6. Diagnostic moléculaire

Question 1

Qu’est-ce que le site consensus d’épissage

Answer 1

Site entre les introns et exon

Question 2

Les ilots CpG sont des endroits fréquents de mutation. Quelle est cette mutation

Answer 2

CG devient TG

Question 3

Qu’est-ce qu’un microsatellite

Answer 3

Répétition d’une séquence

-Moyenne variation

Question 4

Qu,est-ce qu’un SNP

Answer 4

Une variation dans l’ADN

-petite variation

Question 5

Quel est le type le plus fréquent de mutation

Answer 5

Substitutions

Question 6

Nomme différentes conséquences des variations sur l’ADN

Answer 6

1. Homologue
2. Faux-sens
3. Non-sens
4. Frameshift

Question 7

Quels sont les éléments à considérer pour classifier une variation de bénin/ pathologique

Answer 7

1. Fréquence de la mutation dans la population
2. Conservation
3. Impact ARNm (ex : épissage)
4. Impact sur protéine
5. Fonction du gène

Question 8

Quelle est la différence entre une perte et gain de fonction

Answer 8

Perte : phénotype causé par réduction dans la quantité / activité de la protéine
Gain : phénotype causé par augmentation de la quantité / activité de la protéine

Question 9

Nomme quelques mécanismes associés aux gains de fonction

Answer 9

1. Augmentation du dosage génique (plus d’ADN codant pour cette protéine)
2. Altération de l’expression de l’ARNm
3. Activité accrue de la protéine
4. Nouvelle fonction de la protéine
5. Altération toxique à la protéine

Question 10

Quelles cellules utilisent-on pour l’isolation de l’ADN

Answer 10

Cellules nucléées (sang : leucocyte)

Question 11

Quelles sont les deux substances utilisées pour isoler un ADN

Answer 11

1. Phénol-chlorophorme

2. Sels chaotropique

Question 12

Pourquoi les sels chaotropiques sont-ils plus avantageux

Answer 12

Non-toxique

Automatisable

Question 13

Comment fonctionne le phénol-chlorophorme

Answer 13

Joue sur la charge - de l’ADN

Question 14

COmment fonctionne les sels chaotropique

Answer 14

Joue sur l’adhérence de l’ADN sur le verre et la solubilité des autres composantes

Question 15

Quels sont les deux façons d’évaluer l’efficacité de l’isolation de l’ADN

Answer 15

1. Densité optique

2. Teinture intercalantes

Question 16

Comment la densité optique permet de mesurer l’efficacité de l’isolation de l’ADN

Answer 16

ADN : Absorbance max à 260 nm
Protéine : 280 nm
Ratio 260/280 estime pureté

Question 17

Comment la teinture intercalante permet de mesurer l’efficacité de l’isolation de l’ADN

Answer 17

Teinture se fixe à ADN

Estimation de la quantité et taille de l’ADN

Question 18

Décrit l’hybridation de façon générale

Answer 18

1. Construction séquence de nucléotide complémentaire à une portion de l’ADN
2. Sonde est marquée (fluorescence, radioactivité)
3. Détection signal indique présence de la séquence complémentaire

Question 19

Quel est le but de l’électrophorèse capillaire

Answer 19

Séparer les molécules d’ADN selon leur taille en les faisant migrer à travers un gel

Question 20

Qu’est-ce que le buvardage southern (nomme les étapes)

Answer 20

1. Digestion de l’ADN génomique
2. Électrophorèse capillaire
3. Transfer sur membrane
4. Hybridation
5. Détection par autoradiographie

Question 21

Quel est le but du buvardage southern

Answer 21

Quantifier les grandes expansions (mutations dynamiques)

Question 22

Quels sont les composantes de la réaction de PCR

Answer 22

1. ADN patient
2. Amorces
3. Polymérase
4. Nucléotides
5. Tampons
6. Autre additifs si nécessaire

Question 23

Quel est le but de la PCR

Answer 23

Doubler l’ADN à chaque cycle

Question 24

Quel est le but de la PCR migration

Answer 24

Détection insertion / délétions récurrente
Analyse d'identité génétique
-Instabilité microsatellites
-Contamination foeto-maternelle
-Judiciaire

Question 25

Comment fonction le PCR migration

Answer 25

Électrophorèse capillaire des produits de PCR | Détection du signal

Question 26

Quelles sont les applications du PCR-digestion

Answer 26

Détection mutations ponctuelles récurrentes | Trouver un site de restriction créé ou aboli par la mutation que l'on recherche

Question 27

Comment fonctionne l'allele specific primer extension

Answer 27

1. Amplification PCR 2. Jeux d'amorces marquées fluorescence dont certaines ont mismatch 3' 3. Extension si match 3' 4. Détection

Question 28

Quel est le but du séquençage Sanger

Answer 28

Détecter la séquence d'ADN à un nucléotide près

Question 29

Quels sont les étapes du séquençage Sanger

Answer 29

1. Amplification PCR 2. Dénaturation 3. Réamplification avec mélange de nucléotides et nucléosides marqués par fluorescence

Question 30

Quelle est la différence entre les dNTP et ddNTP

Answer 30

ddNTP n'ont pas de -OH au C3 du ribose | Empêche la liaison du prochain dNTP

Question 31

Quels sont les applications possibles du séquençage Sanger

Answer 31

1. Gènes avec grand nombre de mutations 2. Méthode de choix pour substitution 3. Bonne méthode pour petites insertions / délétion 4. Ne détecte pas les grandes anormalies de dosage

Question 32

Quelles sont les possibilités de PCR temps réel

Answer 32

1. Discrimination allélique | 2. Quantiification (relative / absolue)

Question 33

Décrit la méthode de l'essai TaqMan (PCR temps réel)

Answer 33

1. Sonde composé d'un rapporteur et inhibiteur 2. Sonde se lie à l'ADN et amorce 3. Taq libère rapporteur ce qui génère fluorescence

Question 34

Quel est le but du PCR temps réel pour discrimination allélique

Answer 34

Quantifier nombre d'ADN contenant séquence

Question 35

Quels sont les étapes du PCR temps réel quantitative

Answer 35

1. Fixer un seuil arbitraire (unités relatives de fluorescence) 2. Seuil est le même pour tous les patients 3. Quantifie nombre d'ADN basé sur le nombre de cycle à atteindre le seuil

Question 36

Le MLPA est une méthode pour la recherche de quoi

Answer 36

Délétions / duplications

Question 37

Décrit brièvement le MLPA

Answer 37

1. Sonde en 2 sous-unités qui s'hybride côte-à-côte sur l'ADN du patient 2. Ligase scelle sous-unités 3. Amplification PCR 4. Électrophorèse capillaire

Question 38

Quelle est l'utilité des adaptateurs de séquençage

Answer 38

"code-barre" moléculaire | -ex : pour identifier les différents patients

Question 39

Quels sont les deux façons d'amplification en parallèle

Answer 39

1. PCR-émulsion | 2. PCR-cluster

Question 40

Quel est le but du séuençage de nouvelle génération (SNG)

Answer 40

Isoler les séquences d'ADN visé par le test afin de les amplifier sélectivement

Question 41

Quels sont les applications SNG

Answer 41

1. Identification exome | 2. Analyse ADN foetal circulant dans sang de mère