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MMD 1045 Génétique > 6. Diagnostic moléculaire > Flashcards

6. Diagnostic moléculaire Flashcards

1
Q

Qu’est-ce que le site consensus d’épissage

A

Site entre les introns et exon

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Q

Les ilots CpG sont des endroits fréquents de mutation. Quelle est cette mutation

A

CG devient TG

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3
Q

Qu’est-ce qu’un microsatellite

A

Répétition d’une séquence

-Moyenne variation

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Q

Qu,est-ce qu’un SNP

A

Une variation dans l’ADN

-petite variation

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Q

Quel est le type le plus fréquent de mutation

A

Substitutions

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6
Q

Nomme différentes conséquences des variations sur l’ADN

A
  1. Homologue
  2. Faux-sens
  3. Non-sens
  4. Frameshift
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7
Q

Quels sont les éléments à considérer pour classifier une variation de bénin/ pathologique

A
  1. Fréquence de la mutation dans la population
  2. Conservation
  3. Impact ARNm (ex : épissage)
  4. Impact sur protéine
  5. Fonction du gène
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8
Q

Quelle est la différence entre une perte et gain de fonction

A

Perte : phénotype causé par réduction dans la quantité / activité de la protéine
Gain : phénotype causé par augmentation de la quantité / activité de la protéine

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9
Q

Nomme quelques mécanismes associés aux gains de fonction

A
  1. Augmentation du dosage génique (plus d’ADN codant pour cette protéine)
  2. Altération de l’expression de l’ARNm
  3. Activité accrue de la protéine
  4. Nouvelle fonction de la protéine
  5. Altération toxique à la protéine
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10
Q

Quelles cellules utilisent-on pour l’isolation de l’ADN

A

Cellules nucléées (sang : leucocyte)

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11
Q

Quelles sont les deux substances utilisées pour isoler un ADN

A
  1. Phénol-chlorophorme

2. Sels chaotropique

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12
Q

Pourquoi les sels chaotropiques sont-ils plus avantageux

A

Non-toxique

Automatisable

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13
Q

Comment fonctionne le phénol-chlorophorme

A

Joue sur la charge - de l’ADN

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14
Q

COmment fonctionne les sels chaotropique

A

Joue sur l’adhérence de l’ADN sur le verre et la solubilité des autres composantes

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15
Q

Quels sont les deux façons d’évaluer l’efficacité de l’isolation de l’ADN

A
  1. Densité optique

2. Teinture intercalantes

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16
Q

Comment la densité optique permet de mesurer l’efficacité de l’isolation de l’ADN

A

ADN : Absorbance max à 260 nm
Protéine : 280 nm
Ratio 260/280 estime pureté

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17
Q

Comment la teinture intercalante permet de mesurer l’efficacité de l’isolation de l’ADN

A

Teinture se fixe à ADN

Estimation de la quantité et taille de l’ADN

18
Q

Décrit l’hybridation de façon générale

A
  1. Construction séquence de nucléotide complémentaire à une portion de l’ADN
  2. Sonde est marquée (fluorescence, radioactivité)
  3. Détection signal indique présence de la séquence complémentaire
19
Q

Quel est le but de l’électrophorèse capillaire

A

Séparer les molécules d’ADN selon leur taille en les faisant migrer à travers un gel

20
Q

Qu’est-ce que le buvardage southern (nomme les étapes)

A
  1. Digestion de l’ADN génomique
  2. Électrophorèse capillaire
  3. Transfer sur membrane
  4. Hybridation
  5. Détection par autoradiographie
21
Q

Quel est le but du buvardage southern

A

Quantifier les grandes expansions (mutations dynamiques)

22
Q

Quels sont les composantes de la réaction de PCR

A
  1. ADN patient
  2. Amorces
  3. Polymérase
  4. Nucléotides
  5. Tampons
  6. Autre additifs si nécessaire
23
Q

Quel est le but de la PCR

A

Doubler l’ADN à chaque cycle

24
Q

Quel est le but de la PCR migration

A 
Détection insertion / délétions récurrente
Analyse d'identité génétique
-Instabilité microsatellites
-Contamination foeto-maternelle
-Judiciaire
25
Q

Comment fonction le PCR migration

A

Électrophorèse capillaire des produits de PCR

Détection du signal

26
Q

Quelles sont les applications du PCR-digestion

A

Détection mutations ponctuelles récurrentes

Trouver un site de restriction créé ou aboli par la mutation que l’on recherche

27
Q

Comment fonctionne l’allele specific primer extension

A
  1. Amplification PCR
  2. Jeux d’amorces marquées fluorescence dont certaines ont mismatch 3’
  3. Extension si match 3’
  4. Détection
28
Q

Quel est le but du séquençage Sanger

A

Détecter la séquence d’ADN à un nucléotide près

29
Q

Quels sont les étapes du séquençage Sanger

A
  1. Amplification PCR
  2. Dénaturation
  3. Réamplification avec mélange de nucléotides et nucléosides marqués par fluorescence
30
Q

Quelle est la différence entre les dNTP et ddNTP

A

ddNTP n’ont pas de -OH au C3 du ribose

Empêche la liaison du prochain dNTP

31
Q

Quels sont les applications possibles du séquençage Sanger

A
  1. Gènes avec grand nombre de mutations
  2. Méthode de choix pour substitution
  3. Bonne méthode pour petites insertions / délétion
  4. Ne détecte pas les grandes anormalies de dosage
32
Q

Quelles sont les possibilités de PCR temps réel

A
  1. Discrimination allélique

2. Quantiification (relative / absolue)

33
Q

Décrit la méthode de l’essai TaqMan (PCR temps réel)

A
  1. Sonde composé d’un rapporteur et inhibiteur
  2. Sonde se lie à l’ADN et amorce
  3. Taq libère rapporteur ce qui génère fluorescence
34
Q

Quel est le but du PCR temps réel pour discrimination allélique

A

Quantifier nombre d’ADN contenant séquence

35
Q

Quels sont les étapes du PCR temps réel quantitative

A
  1. Fixer un seuil arbitraire (unités relatives de fluorescence)
  2. Seuil est le même pour tous les patients
  3. Quantifie nombre d’ADN basé sur le nombre de cycle à atteindre le seuil
36
Q

Le MLPA est une méthode pour la recherche de quoi

A

Délétions / duplications

37
Q

Décrit brièvement le MLPA

A
  1. Sonde en 2 sous-unités qui s’hybride côte-à-côte sur l’ADN du patient
  2. Ligase scelle sous-unités
  3. Amplification PCR
  4. Électrophorèse capillaire
38
Q

Quelle est l’utilité des adaptateurs de séquençage

A

“code-barre” moléculaire

-ex : pour identifier les différents patients

39
Q

Quels sont les deux façons d’amplification en parallèle

A
  1. PCR-émulsion

2. PCR-cluster

40
Q

Quel est le but du séuençage de nouvelle génération (SNG)

A

Isoler les séquences d’ADN visé par le test afin de les amplifier sélectivement

41
Q

Quels sont les applications SNG

A
  1. Identification exome

2. Analyse ADN foetal circulant dans sang de mère

MMD 1045 Génétique (5 decks)

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