הרצאה 5- ישומים בריצוף דנא

Question 1

מה זה הרכבת גנום

Answer 1

לוקחים מקטעים קטנים שריצפנו ומהם נעשה
CONTIGS
ואז SCAFFOLD
וכך נבין איפה על הכרומוזום נמצא הרצף.

Question 2

what is Gene annotation

Answer 2

Identifying the coding regions, the predicated products and other features of the sequence (GC content, regulatory elements, repeats..).
the function of the proteins and their involvement in specific biological activity .

Question 3

annotation in prokaryotes

Answer 3

In prokaryotes gene annotation is mainly based on identifying long open reading frames (ORFs) - coding region. something eith stop codon after 64 bp- if doesnt stop- this is the coding region/

Question 4

annotation in eukaryotes

Answer 4

the lenghts of the exons are short so we need to think about something else:

Intron-exon boundaries
Intron/exon length 
Codon usage
Promoter elements
Homology
RNA Data (cDNA)

Question 5

דוגמא להרכבת גנום

Answer 5

ארבידופסיס
זהו גנום קטן ביחס למינים אחרים
מעגל חיים קצר ומהיר, קל
לעשות טרנספורמציה של גנים. זהו הצמח הראשון שרוצף

Question 6

what is RNASeq

Answer 6

לדעת איזה גן מתבטא באיזו רקמה ומתי. כלומר השיטה מאפשרת

לנו לרצף רק גנים שמתבטאים

Question 7

what are the steps in RNASeq

Answer 7

1. long RNAs are first converted into a library of cDNA fragments.
2. Sequencing adaptors are subsequently added to each cDNA fragment.
3. Short sequence is obtained from each cDNA using high-throughput sequencing technology.
4. The resulting sequence reads are aligned with the reference genome or transcriptome, and classified as three types: exonic reads, junction reads and poly(A) end-reads.

Question 8

RPKM?

Answer 8

כמה קריאות מתמפות לגן הזה חלקי

)אורך הגן*מס’ הקריאות שעשינו לכל הדגימה(.

Question 9

RNASeq alternative splicing

Answer 9

אפשר לקבל חלבונים שונים מאותו הרצף על ידיד חיתוך במקומות שונים

Question 10

scRNAseq

Answer 10

מיפוי סוגי תאים שונים

• למצוא מרקרים לסוגים ספציפיים של תאים
• שונות בין- תאית )למשל בחדירות לפתוגנים, פעילות מטבולית(
• זיהוי סוגי תאים נדירים