הרצאה 4 - ריצוף DNA

Question 1

מהי שיטת סנגר

Answer 1

ריצוף דידיאוקסי 600-800 ז"ב
חומרים : דנא פולימראז
נוק
נוק דידיאוקסי
טמפלט דנא

Question 2

איך מתרחש סנגר

Answer 2

מכניסים את כל המרכיבים ביחד למבחנה ומתקבלים מלא גדילים באורכים שונים בגלל הדידיאוקסי. שמים באלקטרופורזה יוצא לפי הגודל. מתקבל הרצף

Question 3

מה היה בשיטה הישנה של סנגר

Answer 3

כל דידיאוקסי שונה ACTG בטור אחר כי אי אפשר להבגיל

Question 4

מה יש בשיטה המתקדמת של סנגר

Answer 4

לכל דידיאוקסי יש צבע אחר אז אפשר להבדיל בערבוב

Question 5

מה עושים אם רוצים לרצף משהו יותר ארוך מ800 ז”ב בסנגר

Answer 5

1 .הליכת פריימר – הפריימר כל
פעם מאריך חלק מתקדם יותר
של הגנום. אבל זה די ארוך 
2 .שוטגאן - מרצפים מלא מקטעים
קטנים ואז המחשב מחפש
חפיפות ביניהם ויודע לסדר
אותם לפי הסדר.

Question 6

How many sanger reactions we need to sequence the human genome?

Answer 6

21.3 MILLION

Question 7

WHAT IS Hierarchical shotgun approach or BAC

TO BAC

Answer 7

whole genome is first fragmented and cloned into bacteria artificial chromosome (BAC) and the order of the fragments is established before sequencing using DNA marker approacheS. Instead of sequencing all genome we are dealing with smaller pieces of DNA. Each BAC is then broken randomly into 1,500 bp pieces and placed in another artificial piece of DNA called M13. This collection is known as an M13
library.

Question 8

WHAT IS The whole genome shotgun method

Answer 8

works directly with large number of smaller fragments which is a concomitantly more challenging
assembly problem.

Question 9

2 of next generation sequencing

Answer 9

1. Illumina dye sequencing

2. Roche/454