עריכה גנומית

Question 1

מה המטרה?

Answer 1

לשנות את הDNA ברמה כרומוזומית

Question 2

מה היתרון במגנוקלאזות?

Answer 2

יתרחש פעם אחת בגנום.

בעלי אתר היכרות ארוך - 12-40 סוגות בסיסיפ

Question 3

איפה אפשר למצוא מגנוקלאזות

Answer 3

באינטרונים
INTEINS
אזור לא מקודד בDNA

Question 4

The LAGLIDADG family of meganucleases

Answer 4

בכל החלבונים של המשפחה רצף ח”א שמור
החלבונים מצויים בעיקר במיטכונדריה
וכלורופלסטים של אורגניזמים איאוקריוטים חד
תאיים.

Question 5

איך פועלת המגנוקלאזה בעריכה גנומית?

Answer 5

הן ייצרו שברים בדנא הדו גדילי באתרים ספציפים באורך של 20-30 בסיסים, ולאחר מכןיובילו לאירועי רקומבינציה במקומות ספציפיים שיכולים לגרום להחדרה, מחיקה, מוטציה או תיקון.

Question 6

מה החדירו עם המגנוקלאזות לכותנה?

Answer 6

גן עמידות לחרקים

גן עמידות לקוטל עשבים

Question 7

איך יוצרים מגהנוקלאזות חדשות המותאמות לאתרי המטרה הרצויים?

Answer 7

1. שינוי הספציפיות של מגהנוקלאזות קיימים על ידי הכנסת מספר קטן של שינויים לרצף חומצות האמינו
   ואז סלקציה של החלבונים הפונקציונלים.

2.איחוי אתרים חלבוניים של אנזימים שונים- פיתוח כימרות של מגהנוקלאזות עם אתר היכרות חדש
המורכב מחצי אתר של מגהנוקלאזה א’ וחצי אתר של חלבון ב’.

Question 8

. Zinc-finger nucleases (ZFN) מה זה

Answer 8

שיטה לעריכה גנומית- הם גורמי שעתוק. בעלי אתר קשירה הקודר אתרים ספציפים כמו פרומוטר או אינהנסר, ובעלי אתר אקטיבציה- נקשר למרכיבים אחרים בעשתוק. באמצע יש אטום אבץ. כל אצבע מזהה 3 או 4 נוק, וככה כשיש 4 אצבעות אפשר ליצור רצף רצוי.

Question 9

TALEN מה זה

Answer 9

were discovered in Xanthomonas species of bacteria. They increase pathogenicity of bacteria by facilitating
the infection in plant. they can bind to double strand DNA. Similar to ZFNs, TALENs are engineered from proteins capable of binding to specific DNA
sequences.
One TALE monomer has a DNA binding domain and a functional domain. Monomers are tandem repeats of 34 amino acids. The two located at positions 12 and 13 are highly variable (repeat variable di-residue, RVD), and are responsible for the recognition of a
specific nucleotide.

Question 10

Cas9 protein

Answer 10

a protein that works with CRISPR and that has DNA-cutting abilities.

Question 11

CRISPR In nature

Answer 11

used by bacteria as an immune system to kill invading viruses

Question 12

HOW CRISPR WORKS

Answer 12

researchers create a short RNA template that matches a target DNA sequence in the genome. Creating synthetic RNA sequences is much easier than
engineering proteins as is those required for ZFNs and TALENs. Strands of RNA and DNA can bind to each other when they have matching sequences. The RNA portion of the CRISPR, called a guide RNA, directs Cas9 enzyme to the targeted DNA sequence. Cas9
cuts the genome at this location to make the edit. CRISPR can make deletions in the genome and/or be engineered to insert new DNA sequences.