4) RMN Flashcards
quelle valeur de I (spin nucléaire) est active?
I = 1/2 soit H, C^13 et N^15
point SENSIBLE
déplacement chimique (𝞭) [ppm]?
environnement électronique des noyaux
couplage scalaire (J)?
effet noyaux proches dans structure covalente -> donne info sur angles de torsion et dans certains cas, sur formation liaisons H
effet NOE?
effet des noyaux proches dans l’espace -> donne info sur distance qui les sépare
V/F: le déplacement chimique est indépendant du champ magnétique?
VRAI
sur quoi dépend le déplacement chimique (2)?
- nature groupements chimiques auquel H est associé
2. repliement protéine en solution
V/F: plus la distance entre proton A et pt B est PETITE, plus la valeur de NOE est FORTE
VRAI -> le signal est inversement proportionnel à la distance
quels groupes chimiques sont remplacés par deutérium (D2O)?
protons groupes amides > NH > COOH > NH2 > NH3 > OH > SH
électronégatif changé par deutérium
1e étape détermination de structures par RMN?
purification des protéines
2e étape détermination de structures par RMN?
attribution des résonances (déplacements chimiques)
2 expériences principales pour attribution résonances par RMN 2D Homonucléaire?
- COSY (COrrelated SpectroscopY)
2. TOCSY (TOtal Correlated SpectroscopY)
sur quoi se basent les spectres COSY et TOCSY?
couplage scalaire
fonction spectre COSY?
étudier corrélations de couplage scalaire J
comment sont disposés les signaux sur la diagonale?
symétriquement de chaque côté de la diag
nombre maximal de liaisons pour spectre 2D COSY?
3
V/F: dans le spectre TOSCY, chaque H d’un système de spins est corrélé à TOUS les autres H de ce système
VRAI
est ce que tous les signaux de COSY sont aussi dans spectre TOCSY?
oui pcq TOCSY est le total des signaux, donc il devrait avoir le + de signaux
V/F: chaque acide aminé présente un patron de signaux caractéristiques dans les spectres COSY et TOCSY permettant son identification?
VRAI -> mais certains aa ont des systèmes de spin identiques donnant des patrons identiques soit Cys, Asp et Glu, Gln et Met
limites RMN Homonucléaire
- transfert magnétique par couplage scalaire J =/= efficace pour petites valeurs J
- signaux se recouvrent dans les spectres
- méthodes limitées aux petites protéines (< 100 résidus)
avantages RMN Hétéronucléaire
- permet transfert magnétisation par couplage scalaire J + efficaces
- permet meilleure résolution des signaux par des corrélations hétéronucléaires
- grosses protéines peuvent être étudiées
V/F: des protéines marquées ne sont pas produites pour les études hétéronucléaires?
FAUX -> elles DOIVENT être produites (N^15 ou C^13-N^15)
fonction déplacements chimiques en absence d’une structure?
déterminer structure secondaire des protéines
3e étape détermination de structures par RMN?
collection des contraintes structurales
fonction spectre NOESY (NOE SpectroscopY)?
étudier les corrélations de NOE
V/F: l’intensité des signaux est proportionnelle à la distance inter-résidue pour spectre NOESY
VRAI
les contraintes de distance sont-elles précises ou non?
PAS précises
V/F: les patrons de NOE des hélices alpha et feuillets béta sont similaires?
FAUX -> ils sont DIFFÉRENTS
type de force de la corrélation entre angle Phi caractéristique des éléments de structure 2˚ et valeur de J^3?
corrélation FORTE
4e étape détermination de structures par RMN?
calcul des structures
type de liaison des protéines
structure COVALENTE
critère d’acceptation des structures
énergie basse et petits nombres de violations de contraintes
fonction structures accpetées
minimiser RMSD (root-mean-square-deviation) de la position des atomes lourds
fonction diagramme de Ramachandran?
analyser conformation squelette protéique sous forme de graphique représentant les valeurs des angles dièdres phi et psi pour chq aa
avantages détermination structure protéines par RMN?
- méthode à l’état liquide
- UTILE pour déterminer structure petites protéines ne pouvant pas être cristallisées
- UTILE pour étudier repliement protéines et cartographier sites de liaison par changement de déplacements chimiques
- UTILE pour mesurer pKa certaines chaînes latérales
- infos sur dynamique des protéines pouvant être obtenues
limites détermination structure protéines par RMN?
- limitée aux petites protéines ( < 30-40 kDa)
- grande quantité de protéines doit être purifiée (3 échantillons)
- permet pas d’obtenir détails sur emplacement molécules H2O et difficile de localiser ions métalliques
autres application RMN des protéines?
expérience H-N^15 HSQC
applications importantes du H-N^15 HSQC (2)?
- études du repliement des protéines
2. cartographie des sites de liaison chez protéines
V/F: si la structure de la protéine est connue, les sites de liaison peuvent être identifiés pour H-N^15
VRAI
