4) RMN

Question 1

quelle valeur de I (spin nucléaire) est active?

Answer 1

I = 1/2 soit H, C^13 et N^15

point SENSIBLE

Question 2

déplacement chimique (𝞭) [ppm]?

Answer 2

environnement électronique des noyaux

Question 3

couplage scalaire (J)?

Answer 3

effet noyaux proches dans structure covalente -> donne info sur angles de torsion et dans certains cas, sur formation liaisons H

Question 4

effet NOE?

Answer 4

effet des noyaux proches dans l’espace -> donne info sur distance qui les sépare

Question 5

V/F: le déplacement chimique est indépendant du champ magnétique?

Answer 5

VRAI

Question 6

sur quoi dépend le déplacement chimique (2)?

Answer 6

1. nature groupements chimiques auquel H est associé

2. repliement protéine en solution

Question 7

V/F: plus la distance entre proton A et pt B est PETITE, plus la valeur de NOE est FORTE

Answer 7

VRAI -> le signal est inversement proportionnel à la distance

Question 8

quels groupes chimiques sont remplacés par deutérium (D2O)?

Answer 8

protons groupes amides > NH > COOH > NH2 > NH3 > OH > SH

électronégatif changé par deutérium

Question 9

1e étape détermination de structures par RMN?

Answer 9

purification des protéines

Question 10

2e étape détermination de structures par RMN?

Answer 10

attribution des résonances (déplacements chimiques)

Question 11

2 expériences principales pour attribution résonances par RMN 2D Homonucléaire?

Answer 11

1. COSY (COrrelated SpectroscopY)

2. TOCSY (TOtal Correlated SpectroscopY)

Question 12

sur quoi se basent les spectres COSY et TOCSY?

Answer 12

couplage scalaire

Question 13

fonction spectre COSY?

Answer 13

étudier corrélations de couplage scalaire J

Question 14

comment sont disposés les signaux sur la diagonale?

Answer 14

symétriquement de chaque côté de la diag

Question 15

nombre maximal de liaisons pour spectre 2D COSY?

Answer 15

3

Question 16

V/F: dans le spectre TOSCY, chaque H d’un système de spins est corrélé à TOUS les autres H de ce système

Answer 16

VRAI

Question 17

est ce que tous les signaux de COSY sont aussi dans spectre TOCSY?

Answer 17

oui pcq TOCSY est le total des signaux, donc il devrait avoir le + de signaux

Question 18

V/F: chaque acide aminé présente un patron de signaux caractéristiques dans les spectres COSY et TOCSY permettant son identification?

Answer 18

VRAI -> mais certains aa ont des systèmes de spin identiques donnant des patrons identiques soit Cys, Asp et Glu, Gln et Met

Question 19

limites RMN Homonucléaire

Answer 19

• transfert magnétique par couplage scalaire J =/= efficace pour petites valeurs J
• signaux se recouvrent dans les spectres
• méthodes limitées aux petites protéines (< 100 résidus)

Question 20

avantages RMN Hétéronucléaire

Answer 20

• permet transfert magnétisation par couplage scalaire J + efficaces
• permet meilleure résolution des signaux par des corrélations hétéronucléaires
• • grosses protéines peuvent être étudiées

Question 21

V/F: des protéines marquées ne sont pas produites pour les études hétéronucléaires?

Answer 21

FAUX -> elles DOIVENT être produites (N^15 ou C^13-N^15)

Question 22

fonction déplacements chimiques en absence d’une structure?

Answer 22

déterminer structure secondaire des protéines

Question 23

3e étape détermination de structures par RMN?

Answer 23

collection des contraintes structurales

Question 24

fonction spectre NOESY (NOE SpectroscopY)?

Answer 24

étudier les corrélations de NOE

Question 25

V/F: l’intensité des signaux est proportionnelle à la distance inter-résidue pour spectre NOESY

Answer 25

VRAI

Question 26

les contraintes de distance sont-elles précises ou non?

Answer 26

PAS précises

Question 27

V/F: les patrons de NOE des hélices alpha et feuillets béta sont similaires?

Answer 27

FAUX -> ils sont DIFFÉRENTS

Question 28

type de force de la corrélation entre angle Phi caractéristique des éléments de structure 2˚ et valeur de J^3?

Answer 28

corrélation FORTE

Question 29

4e étape détermination de structures par RMN?

Answer 29

calcul des structures

Question 30

type de liaison des protéines

Answer 30

structure COVALENTE

Question 31

critère d’acceptation des structures

Answer 31

énergie basse et petits nombres de violations de contraintes

Question 32

fonction structures accpetées

Answer 32

minimiser RMSD (root-mean-square-deviation) de la position des atomes lourds

Question 33

fonction diagramme de Ramachandran?

Answer 33

analyser conformation squelette protéique sous forme de graphique représentant les valeurs des angles dièdres phi et psi pour chq aa

Question 34

avantages détermination structure protéines par RMN?

Answer 34

• méthode à l’état liquide
• UTILE pour déterminer structure petites protéines ne pouvant pas être cristallisées
• UTILE pour étudier repliement protéines et cartographier sites de liaison par changement de déplacements chimiques
• UTILE pour mesurer pKa certaines chaînes latérales
• infos sur dynamique des protéines pouvant être obtenues

Question 35

limites détermination structure protéines par RMN?

Answer 35

• limitée aux petites protéines ( < 30-40 kDa)
• grande quantité de protéines doit être purifiée (3 échantillons)
• permet pas d’obtenir détails sur emplacement molécules H2O et difficile de localiser ions métalliques

Question 36

autres application RMN des protéines?

Answer 36

expérience H-N^15 HSQC

Question 37

applications importantes du H-N^15 HSQC (2)?

Answer 37

1. études du repliement des protéines

2. cartographie des sites de liaison chez protéines

Question 38

V/F: si la structure de la protéine est connue, les sites de liaison peuvent être identifiés pour H-N^15

Answer 38

VRAI