4 - Genetisk assosiasjon og polygenetiske skårer

Question 1

Hva er en (PRS) Polygenic Risk Score?

Answer 1

PRS er en beregning som brukes i genetisk forskning for å vurdere en persons risiko for å utvikle en bestemt kompleks sykdom eller tilstand, basert på deres genetiske profil. Denne scoren tar hensyn til flere genetiske varianter (typisk mange tusen eller mer) som er assosiert med sykdommen.

Question 2

Hva er (PGS) Polygenetisk skåre?

Answer 2

“Polygenic scores (PGS)” er en beregning som vurderer den genetiske påvirkningen eller risikoen en person har for en bestemt egenskap eller tilstand basert på deres genetiske profil. “Genetic liability to others in the population” betyr hvor mye risiko en persons genetiske sammensetning innebærer sammenlignet med gjennomsnittet av befolkningen.

Question 3

Hva gjør man i en gene-finding?

Answer 3

Identifisering av sammenhenger mellom genetiske varianter og fenotype.

Question 4

Hva er candidate gene studies (Kandidatgenstudier)?

Answer 4

Candidate gene studies (Kandidatgenstudier) = Spesifikke hypoteser om en liten gruppe genvarianter (ofte 1) basert på biologisk funksjon.

Question 5

Hva er en kompleks egenskap?

Answer 5

Complex trait (Kompleks egenskap) = De fleste egenskaper er påvirket av flere genetiske varianter (polygeniske).

Question 6

Hva er en GWAS studie?

Answer 6

Studie som tar inn hele genomet når man ser etter assosiasjoner. Assosiasjonen mellom hver SNP og fenotypen.
/
GWAS ser på et stort antall genetiske varianter, vanligvis flere hundre tusen, for å finne ut hvilke av dem kan være knyttet til den spesifikke egenskapen eller trekket som studeres.
Genome-wide associations study (GWAS) -

Question 7

Hva er en SNP?

Answer 7

SNP (Enkelt nukleotid polymorfi) = En liten genetisk variasjon der en enkelt nukleotid i DNA-sekvensen er annerledes. SNP-er er den mest vanlige typen genetisk variasjon i befolkningen, der mer enn 1% av mennesker har denne varianten.

Question 8

Hvordan øke statistisk styrke for genetiske analyser?

Answer 8

Kombinering av flere studier i meta-analyser for å øke muligheten for å oppdage små effekter (minst 500 000 SNPer og 100 000 individer).

Question 9

Hva er et Manhattan-plot?

Answer 9

Manhattan-plot = Visualisering av GWAS-resultater som en graf som kan minne om silhuetten til en by (NB! med en signifikansgrense).

Question 10

Hvorfor bruker vi genfinnere (gene-finding)?

Answer 10

For å…
1.Få forståelse av de genetiske mekanismene bak sykdommer og egenskaper.
2.Identifisere mål for legemidler.
3.Skjerme enkeltpersoner med høy individuell risiko for en spesifikk fenotype.
4.Grunnlaget for senere bruk av polygeniske risikoscore (PGS).

Question 11

Hva kreves for å gjøre en GWAS?

Answer 11

For å utføre en GWAS (Genomvid assosiasjonsstudie) trenger du to ting:

• Genetiske data som viser SNP-er (varianter i DNA) over hele genomet.
• Informasjon om de egenskapene eller trekkene du ønsker å studere for en gruppe individer, deres “fenotyper.”

Dette er nødvendig for å identifisere sammenhenger mellom genetiske varianter og egenskaper.

Question 12

Langsvar

Hvordan bruker man SNPs i PGS?/ Hvordan regne ut polygeniske risikoskårer

Answer 12

• I genomet til mennesker har vi to forskjellige varianter av et gen (alleler) på et bestemt sted (lokus) på kromosomet.
• SNP-variasjonen inkluderer alltid to varianter, der den ene er mer vanlig enn den andre. Den mindre vanlige varianten kalles “minor allele,” og det er denne vi er interessert i når vi utfører analyser.

For å analysere SNP-variasjon, gir vi tall til de ulike genotypene:
* 0 representerer ingen kopier av den mindre vanlige allelen
* 1 representerer én kopi,
* 2 representerer to kopier av den mindre vanlige allelen.

Denne kodningen hjelper med å beregne risikoscore i PGS.

Generelt sett, jo flere kopier av den mindre vanlige allelen en person har, desto større er den antatte effekten på den tilknyttede egenskapen.

Dette er en antakelse om en additiv effekt, der flere kopier øker risikoen eller innflytelsen på egenskapen.

Question 13

Hva er egentlig en minor allele?

Answer 13

I genomet til mennesker har vi to forskjellige varianter av et gen (alleler) på et bestemt sted (lokus) på kromosomet.
SNP-variasjonen inkluderer alltid to varianter, der den ene er mer vanlig enn den andre. Den mindre vanlige varianten kalles “minor allele,” og det er denne vi er interessert i når vi utfører analyser.

Question 14

Hvor får vi tak i data til GWAS studier?

Answer 14

I tvillingregistere, Medisinske kohorter, spørreundersøkelser, nasjonale biobanker, selskaper som tilbyr gentesting

Question 15

Hvordan bruker vi PGS?

Answer 15

Noen har høyere PGS enn andre (lav, moderat, høy risiko).
(Metaforen om hvor mange kuler man har i glasset)

PGS alene gir ikke full forklaring; det avhenger også av miljøfaktorer og beskyttende faktorer for å forstå utviklingen av en egenskap eller sykdom.
* Beskyttende faktorer kan gjøre at du får et stødig lokk på glasset slik at det ikke “renner over” med kuler= egenskapen kommer ikke til utrykk i fenotypen.

Question 16

Hva er problemer med GWAS? (7 stykk)

Answer 16

• Ancestry bias og populasjonsspesifikke resultater kan begrense generalisering.
• Dårlig kommunikasjon om funn.
• Eurosentriske GWAS begrenser forståelsen.
• Forskjeller i allelfrekvens kan hindre overføring av genetiske resultater og forverre helseulikheter.
• Behov for mer mangfold i studier.
• GWAS-resultater er avhengige av tid og samfunnsstruktur og bør ikke brukes til å forutsi individuelle utfall.
• Ingen bevis for genetiske forskjeller i komplekse trekk mellom ulike grupper.

Question 17

Hva indikerer en høy PGS vs lav?

Answer 17

En høy PGS indikerer at personen har en høyere genetisk risiko enn gjennomsnittet for befolkningen, mens en lav PGS indikerer en lavere risiko. Dette kan være nyttig for å forutsi en persons predisposisjon for en bestemt egenskap eller sykdom basert på deres genetikk.