4 controler lexpression genique Flashcards
comment controler l’expression genique, les points de controle?
dans la plupart des cas pendant la transcription, a la premiere etape
la premiere etape de la transcription (ou seffectue le controle de la transcription)?
liaison de l’ARN polymerase au site d’initiation de la transcription
2 probleme pour l’ARN polymerase
- genes sont disperses dans le genome, comment localiser le debut du gene
- adn relativement innaccessible car sous forme de chromatine
chromatine
complexe constitué à 50-50 d’adn et de prot (histones)
comment permettre a l’ARN poly d’atteindre le gene, deux types de signaux?
- promotteur
- elements regulateurs
promoteur en bref
courte region de l’adn (dizaine de bases) situee au debut du gene et qui indique a larn poly ou elle doit commencer la transcription + sa direction
les elements du promoteur
- une sequence TATA (à ~25nucl du point de demarrage de la trans)
- une sequence INR (initiateur), courte sequence riche en pyrimidine (C T) au point de demarrage de la trans
sequence consensus?
sequence idealisee dans laquelle chaque position represente la base rencontree la plus frequement dans le brin d’ADN sup(convention)
ARN poly peut reconnaitre un promoteur et sy lier?
besoin de?
Non
facteurs generaux de trancription (proteines) qui s’assemblent au niveau du promoteur pour que poly puisse sattacher.
Un jeu de facteur generaux de transcription different pour chacue des 3 ARN poly ?
Oui
2 facteurs generaux de trancription
TFIID
TBP
TFIID
une de ses sous unités reconnait la boite TATA
une autre de ses sous unités est TBP (deplace les brins d’adn pour voir tata)
TFIID sert de repere à ?
- 100 prot differentes dont facteurs generaux de transcription
- ARN poly
que fait TPB?
deplace legerement les deux brins d’ADN pour voir l’element TATA
assemblage du complexe d’initiation de transcription est assemblé sur le promoteur ou avant?
avant
fonction des facteurs generaux de transcription?
- positionnent bien l’arn poly sur le promoteur
- separent les deux brins dadn pour que larn poly puisse commencer
- aide poly a quitter le promoteur
certains facteurs generaux de transcription sont aussi impliqué dans
le couplage entre la transcription et la maturation des transcrits primaires (coiffage, epissage)
les elements regulateurs en bref
courts elements d’adn (6-20pb sequence tres variable) qui permettent
- accessibilité du promoteur
- determinent le nb de copies de genes
elements regulateur fonctionnent par eux meme?
Non, ils sont des sites de liaison pour des facteurs regulateurs de transcription.
Activateurs contiennent 3 domaines
- domaine de liaison (fixation de l’activateur sur lelement regulateur donc sur l’adn)
- domaine d’activation, permet de stimuler la transcription
- domaine de dimerisation, conduit 2 molecules a former un dimere.
a quoi sert la dimerisation?
a doubler la surface de contact entre activateur et adn, augmente force et specificité de l’interaction
sequence nucleotide des elements est ….? pourquoi?
palindromique (mm seqence quand tourne de 180 degres)
activateurs se lient a l’adn sous forme de dimere
est ce que les domaines d’activation et de liaison a l’adn de l’activateur doivent etre ensemble?
oui
quelle partie de l’activateur determine quel gene est activé?
le domaine de liaison
quels signaux peuvent controler un activateur
hormone, kinase, facteurs de croissance, cytokines
dimerisation de certains activateurs necessite la presence de
cytokines
ou
facteurs de croissances
activateur peut etre sequestre dans le cyto, quest ce qui lui permet de passer au noyau?
hormone
les activateurs se fixent sur quel sillon de l’ADN? pourquoi?
le grand
points de contacts asymetriques, discrimination entre paires de base plus facile
mode d’activation des activateurs 2 modes
- certains activateurs activent direct la transcription
- dautres ont besoin dune autre prot : coactivateur
comment les activateurs/coactivateurs facilitent lassemblage du complexe d’initiation
- modifient les nucleosomes et structure de la chromatine, meilleure accessibilité du promoteur
- certains peuvent recruter la machinerie eux meme ce qui facilite lassemblage du complexe
comment les activateurs/coactivateurs modifient les nucleosomes?
- acti modifie extremités des nucleosomes grace a des enzymes qui ajoutent des acetyles sur les N terminaux, relache la fibre
- recrute des complexes enzymatiques qui utilisent lenergie liberee par hydrolyse de l’ATP pour deplacer les nucleosomes
quand les activateurs recrutent eux meme la machinerie de transcription, ca implique?
un contact physique entre activateur et machinerie, adn forme donc une boucle
bien qune partie des genes sont exprimés de maniere constantes, la plupart montrent un profil dexpression unique, ils peuvent etre exprimés :
- a differents moments du developpement
- a des niveaux differents (nombre d’arnm)
- dans differentes cellules
- en reponse a differents signaux
est ce quon pourrait avoir un activateur different pour les 25 000 genes? ca impliquerait quoi?
Non, ca impliquerait davoir le meme nombre de gene qui code les activateurs, … nombre de genes infini
Un activateur controle plusieurs genes grace a une
combinaison d’activateurs pour chaque gene
combien de genes codants des activateurs
3000
enhancer?
amplificateur
segment d’adn regroupant plusieurs element regulateurs reconnus par differents activateurs
conditions au fonctionnement du controle combinatoire?
- seul un jeu complet d’activateur stimule efficacement la transcription
- si jeu incomplet, transcription pas optimale
synergie d’activation
phenomene par lequel l’effet de deux activateurs est bien plus grand que la somme des effets de chaque activateurs
point de controle de l’expression genique peut se faire ailleurs que lors de la 1ere etape de la transcription? ou?
Oui points de controles post transcriptionnels -maturation du transcrit (coiffe,...) -transport de larnm -stabilité de larnm -synthese de la prot -activité de la prot
comment reguler la stabilité des arnm ? un arnm stable? instable?
exemple de proteine regulatrice
proteine regulatrice peut se lier a l’arnm pour l’empecher detre traduit
est protégé contre la degradation
rapidement degradé
transferine
syndrome des lymphocytes nus, coactivateur muté donc
l’empeche detre recruté sur le enhancer et donc dactiver la transcription de certains genes
regulation de l’expression genique
controle la production ou non des genes et en quelle quantité
