2. El genoma humano en acción Flashcards
Cuando la cromatina está ___ quiere decir que es funcional.
Relajada / abierta
TAD (topologically associated domain) (definición)
Región cromosómica en la que las secuencias de DNA interactúan físicamente entre sí con más frecuencia que con secuencias fuera del TAD
Los TADs inactivos están más cerca de (la periferia / el centro) del núcleo.
la periferia
Características de los dominios activos de la cromatina
Alta transcripción
Mayor densidad de Alu
Replicación temprana
Acetilación H3K27
Características de los dominios inactivos de la cromatina
Baja transcripción
Mayor densidad de LINE y LTR
Replicación tardía
Metilación H3K27
Las histonas pueden ____ o ____, pero la modificación principal es la ____.
Acetilarse o metilarse; metilación
El DNA puede sufrir modifaciones en forma de ____, pero no ____.
Metilaciones; acetilaciones
En el DNA de mamíferos, sólo se encuentran metilaciones en ___.
Dinucleotidos CG
Las enzimas encargadas de las metilaciones del DNA son:
Metilasas
Islas CpG (definición)
Regiones del genoma mayores de 500 bp en las que el contenido de GC es más del 55% y el ratio O / E de CG es >0.65
Qué hace el tratamiento con bisulfito?
Convierte C en T, excepto las C que están metiladas
Cuando las islas CpG de un promotor están (metiladas / desmetiladas), se transcribe el gen.
Desmetiladas
Todos los CpG del genoma están metilados. ( V / F )
Falso, hay algunos en las islas CpG que no están metilados.
Diferencias entre promotores high y low
High (70%): en housekeeping genes, están regulados por islas CpG
Low (30%): específicos de tipo celular; tienen otro tipo de regulación diferente a las islas CpG
DNA hemi-metilado (definición)
Cuando el DNA se replica, una de las dobles hélices hijas tendrá una hebra metilada (procedente de la original) y una no metilada (nueva)
Tipos de DNA metil-transferasas
De novo: introducen metilaciones en DNA que no estaba metilado previamente (DNMT3A y DNMT3B)
De mantenimiento: actúan en el DNA hemi-metilado (DNMT1)
Metilación no CpG
Es una excepción que ocurre en las células pluripotentes en las que se metilan C seguidas de cualquier nucleótido excepto G
Patrones de metilación en tumores
Hipermetilación de genes supresores de tumores
Hipometilación de todo el resto de los genes
Qué ocurre tras la metilación del DNA (a nivel de las histonas)?
Tras la metilación, se unen las proteínas MBD (methyl-CpG-binding) domain).
Estas reclutan a las proteínas HDAC (histone deacetylases) y HMT (histone methyltransferases).
Esto da la metilación y desacetilación de histonas, lo que conduce al silenciamiento del promotor.
Mecanismo de regulación de las histonas por la acetilación
Las histonas desacetiladas tienen una cola positiva que se une al DNA (negativo), impidiendo la unión de factores de transcripción.
La acetilación bloquea la carga positiva de las histonas, evitando que se una al DNA, dejando una conformación abierta permisiva para la transcripción.
Las acetilaciones de las histonas son una modificación que ( activa / inhibe ) la transcripción.
Activa
Las enzimas encargadas de la acetilación y desacetilación de histonas son las
HDAC (histone deacetylase): represores de la transcripción
HAT (histone acetyltransferase): activadores de la transcripción
DHS (DNAse I hypersensitive sites) (definición)
Regiones que son sensibles a la escisión por la enzima DNasa I. Son regiones de cromatina abierta
Cómo las DHS nos dicen que zonas del genoma son más activos?
Las zonas más activas del DNA tendrán más zonas abiertas porque necesitan permitir la transcripción. Por lo tanto, en las zonas más activas, habrá mas DHS. A fragmento más corto tras la digestión con la DNAsa I, más activo.
