10. Mikrobielle omics

Question 1

Hvor mange prokariotiske genomer er tilgængelige i offentlige databaser?

Answer 1

Hundredetusindvis

Question 2

Hvordan hænger ukaryote organismers intron-frekvens sammen med genomstørrelse?

Answer 2

Flere introns = større genom

Question 3

En open reading frame (ORF) koder for…

Answer 3

En polypeptid

Question 4

Microarrays kan bruges til at…

Answer 4

Detektere pathogener, analysere global gen-ekspression, detektere uønskede tilsætningsstoffer i mad.

Question 5

Transkriptom-analyse er nyttigt i relation til genom-analyse fordi…

Answer 5

Tanskriptomanalyse analyserer RNA, og kan afsløre hvilke gener der udtrykkes under forskellige omstændigheder

Question 6

Den totale RNA under bestemte vækstbetingelser kaldes…

Answer 6

Transkriptomet

Question 7

Den første generation af DNA-sekventering hed Sanger sekventering og involverede…

Answer 7

Inkorporering af dideoxynukleotider i DNA-fragmenterne hvilket bremser DNA syntesen

Question 8

Fordelen(e) ved anden-generations sekventering sammenlignet med Sanger-metoden er…

Answer 8

Langt flere DNA-sekvenser kan sekventeres på kortere tid

Question 9

Den tkomplette samling af al genetisk information i alle celler i et mikrobielt samfund hedder…

Answer 9

Metagenom

Question 10

At forbinde et ORF med en specifik funktion er et eksempel på gen-…

Answer 10

Annotering

Question 11

Gen-funktion annoteres vha. homolig mellem ORFs i et genom og proteiner hvis funktion er blevet bekræftet vha. eksperimenter. Hvilken -omics kan hjælpe ud med at bestemme funktionen af proteiner som kodes af en ORF?

Answer 11

Transcriptomics,

Proteomics

Question 12

Hvilken metode bruges ofte i metabolomics?

Answer 12

Massespektrometri

Question 13

Genom-assembly udøfres vha.

Answer 13

Overlap mellem DNA-sekvenser

Question 14

Ofte kan op mod ___ af ORFs i et genom ikke annoteres med en funktion. Disse ORFs kaldes hypotetiske proteiner

Answer 14

30%

Question 15

Hvorfor har forskning i metabolomics gået langsommere end forskning i genomics, transcriptomics og proteomics?

Answer 15

Det er langt mere udfordrende at karakterisere og identificere metabolitter grundet deres diversitet

Question 16

Hvad er fordelen(e) ved third generation sekventering sammenlignet second generation?

Answer 16

Længere sekvenser

Question 17

Hvad er navnet på et populært genom-annoterings værktøj?

Answer 17

Prokka

Question 18

Hvordan brugte man komparative genomics til at finde nye antiphag-gener i B. subtilis?

Answer 18

Man fandt chromosomal islands hvor kendte antiphag gener lå og alignede dem for at finde ukarakteriserede homologer i samme locus

Question 19

Tn-Seq fungerer ved at man laver et Tn-library af kendte mutanter og udsætter dem for en vækstbetingelse. Herefter sekventeres mutanterne, så man ved hvilke mutanter med hvilke indsatte transposoner der er stiget eller faldet i antal.

Answer 19

De mutanter der falder i antal har fået indsat et transposon i et gen med en gavnlig effekt i den givne vækstbetingelse.

Question 20

Hvilke(n) fordel(e) har RNA-Seq sammenlignet med Microarrays?

Answer 20

Alt RNA (minus rRNA) i cellen under en given vækstbetingelse identificeres og kvantificeres, ikke kun mRNA

Question 21

Hvorfor skal rRNA fjernes og/eller mRNA amplificeres for at få RNA-Seq til at virke

Answer 21

rRNA findes i meget store mængder i cellen sammenlignet med mRNA

Question 22

Hvad er forskellen på proteomics og translatomics?

Answer 22

Proteomics omhandler alle proteiner der kan produceres af en celle

Translatomics omhandler alle proteiner der produceres af en celle under specifikke vækstbetingelser

Question 23

Hvorfor foretrækkes NIMS frem for MALDI-TOF når man studerer metabolomer?

Answer 23

NIMS har højere sensitivitet og kan modsat MALDI-TOF udføres direkte på en prøve

Question 24

Hvad er single-cell omics et eksempel på?

Answer 24

Systems biology

Question 25

Hvad er MDA?

Answer 25

Multiple Displacement Amplification, hvor man amplificerer meget lave koncentrationer af DNA med en meget sensitiv polymerase

Question 26

Hvilke omics er brugt i kampen mod tuberkolose?

Answer 26

Proteomics, transkriptomics og metabolomics

Question 27

Hvorfor er størrelses-separation og hydrolyse af proteiner ikke nødvendigt i MALDI-TOF?

Answer 27

I MALDI-TOF maskinen bliver proteinerne brækket i mindre stykker af laseren, og de forskellige masser bliver separeret baseret på deres Time of Flight (TOF)

Question 28

Prokaryotiske genomstørrelser er ofte forbundne med deres metabolisme og deres interaktioner med omgivelserne. Hvilken slags prokaryot har typisk det mindste genom?

Answer 28

Endosymbiont

Question 29

Hvis der er forskel i ___ mellem et gen og andre gener i genomet kan det indikere at genet kommer fra nyligt horisontal gen transfer

Answer 29

Codon bias

Question 30

Interaktomer…

Answer 30

Fortæller om hvilke makromolekyler der interagerer i en celle