10. Mikrobielle omics

Question 1

Hvor mange prokariotiske genomer er tilgængelige i offentlige databaser?

Answer 1

Hundredetusindvis

Question 2

Hvordan hænger ukaryote organismers intron-frekvens sammen med genomstørrelse?

Answer 2

Flere introns = større genom

Question 3

En open reading frame (ORF) koder for…

Answer 3

En polypeptid

Question 4

Microarrays kan bruges til at…

a.
Analysere global gen-ekspression

b.
Detektere pathogener

c.
Detektere uønskede tilsætningsstoffer i mad

d.
Detektere pathogener, analysere global gen-ekspression, detektere uønskede tilsætningsstoffer i mad.

Answer 4

Detektere pathogener, analysere global gen-ekspression, detektere uønskede tilsætningsstoffer i mad.

Question 5

Transkriptom-analyse er nyttigt i relation til genom-analyse fordi…

Answer 5

Tanskriptomanalyse analyserer RNA, og kan afsløre hvilke gener der udtrykkes under forskellige omstændigheder

Question 6

Den totale RNA under bestemte vækstbetingelser kaldes…

Answer 6

Transkriptomet

Question 7

Den første generation af DNA-sekventering hed Sanger sekventering og involverede…

Answer 7

Inkorporering af dideoxynukleotider i DNA-fragmenterne hvilket bremser DNA syntesen

Question 8

Fordelen(e) ved anden-generations sekventering sammenlignet med Sanger-metoden er…

Answer 8

Langt flere DNA-sekvenser kan sekventeres på kortere tid

Question 9

Den komplette samling af al genetisk information i alle celler i et mikrobielt samfund hedder…

Answer 9

Metagenom

Question 10

At forbinde et ORF med en specifik funktion er et eksempel på gen-…

Answer 10

Annotering

Question 11

Gen-funktion annoteres vha. homolig mellem ORFs i et genom og proteiner hvis funktion er blevet bekræftet vha. eksperimenter. Hvilke(n) -omics kan hjælpe med at bestemme funktionen af proteiner som kodes af en ORF?

a.
Metabolomics

b.
Metagenomics

c.
Transcriptomics

d.
Proteomics

Answer 11

Transcriptomics,

Proteomics

Question 12

Hvilken metode bruges ofte i metabolomics?

a.
Sanger-sekventering

b.
Massespektrometri

c.
2D polyakrylamid gelelektroforese

d.
RNA-Seq

Answer 12

Massespektrometri

Question 13

Genom-assembly udøfres vha.

Answer 13

Overlap mellem DNA-sekvenser

Question 14

Ofte kan op mod ___ af ORFs (open reading frames) i et genom ikke annoteres med en funktion. Disse ORFs kaldes hypotetiske proteiner

a.
1%

b.
5%

c.
30%

d.
70%

Answer 14

30%

Question 15

Hvorfor har forskning i metabolomics gået langsommere end forskning i genomics, transcriptomics og proteomics?

Answer 15

Det er langt mere udfordrende at karakterisere og identificere metabolitter grundet deres diversitet

Question 16

Hvad er fordelen(e) ved third generation sekventering sammenlignet second generation?

a.
Flere sekvenser

b.
Længere sekvenser

c.
Parallelisering

d.
Højere nøjagtighed

Answer 16

Længere sekvenser

Question 17

Hvad er navnet på et populært genom-annoterings værktøj?

Answer 17

Prokka

Question 18

Hvordan brugte man komparative genomics til at finde nye antiphag-gener i B. subtilis?

a.
Man fandt kendte antiphag gener i chromosomal islands og lavede mutanter af dem

b.
Man fandt chromosomal islands hvor kendte antiphag gener lå og alignede dem for at finde ukarakteriserede homologer i samme locus

c.
Man fandt chromosomal islands hvor kendte antiphag gener lå og kombinerede disse vha. Multiple Sequence Alignment

d.
Man fandt kendte antiphag gener i chromosomal islands og udtrykte dem i E. coli

Answer 18

Man fandt chromosomal islands hvor kendte antiphag gener lå og alignede dem for at finde ukarakteriserede homologer i samme locus

Question 19

Tn-Seq fungerer ved at man laver et Tn-library af kendte mutanter og udsætter dem for en vækstbetingelse. Herefter sekventeres mutanterne, så man ved hvilke mutanter med hvilke indsatte transposoner der er stiget eller faldet i antal.

a.
De mutanter der stiger i antal har fået indsat et transposon i et gen med en gavnlig effekt i den givne vækstbetingelse.

b.
De mutanter der stiger i antal har fået indsat et transposon i et gen med en ubetydelig effekt i den givne vækstbetingelse.

c.
De mutanter der falder i antal har fået indsat et transposon i et gen med en ubetydelig effekt i den givne vækstbetingelse.

d.
De mutanter der falder i antal har fået indsat et transposon i et gen med en gavnlig effekt i den givne vækstbetingelse.

Answer 19

De mutanter der falder i antal har fået indsat et transposon i et gen med en gavnlig effekt i den givne vækstbetingelse.

Question 20

Hvilke(n) fordel(e) har RNA-Seq sammenlignet med Microarrays?

Answer 20

Alt RNA (minus rRNA) i cellen under en given vækstbetingelse identificeres og kvantificeres, ikke kun mRNA

Question 21

Hvorfor skal rRNA fjernes og/eller mRNA amplificeres for at få RNA-Seq til at virke

Answer 21

rRNA findes i meget store mængder i cellen sammenlignet med mRNA

Question 22

Hvad er forskellen på proteomics og translatomics?

Answer 22

Proteomics omhandler alle proteiner der kan produceres af en celle

Translatomics omhandler alle proteiner der produceres af en celle under specifikke vækstbetingelser

Question 23

Hvorfor foretrækkes NIMS frem for MALDI-TOF når man studerer metabolomer?

Answer 23

NIMS har højere sensitivitet og kan modsat MALDI-TOF udføres direkte på en prøve

Question 24

Hvad er single-cell omics et eksempel på?

a.
Metagenomics

b.
Analyse af mikrobielle samfund

c.
Systems biology

d.
Codon bias

Answer 24

Systems biology

Question 25

Hvad er MDA? a. Mass DNA Alignment, hvor man aligner hele genomer fra beslægtede arter for at finde forskelle i arvemassen b. Multiple Displacement Amplification, hvor man amplificerer mRNA og omdanner det til komplementært DNA (cDNA) c. Many Different Amplicons, hvor man anvender >1 primersæt i samme PCR-reaktion d. Multiple Displacement Amplification, hvor man amplificerer meget lave koncentrationer af DNA med en meget sensitiv polymerase

Answer 25

Multiple Displacement Amplification, hvor man amplificerer meget lave koncentrationer af DNA med en meget sensitiv polymerase

Question 26

Hvilke omics er brugt i kampen mod tuberkolose? a. Kun transkriptomics b. Kun metabolomics c. Kun proteomics d. Proteomics, transkriptomics og metabolomics

Answer 26

Proteomics, transkriptomics og metabolomics

Question 27

Hvorfor er størrelses-separation og hydrolyse af proteiner ikke nødvendigt i MALDI-TOF? a. Det er nødvendigt i MALDI-TOF b. I MALDI-TOF maskinen bliver proteinerne brækket i mindre stykker af laseren, og de forskellige masser bliver separeret baseret på deres Time of Flight (TOF) c. I MALDI-TOF maskinen er der et kammer med enzymer der nedbryder proteinerne og separerer dem baseret på TOF d. MALDI-TOF maskinen separerer størrelse ved hjælp af demultiplexing (computeralgoritme) efter massesprektrummet er blevet dannet.

Answer 27

I MALDI-TOF maskinen bliver proteinerne brækket i mindre stykker af laseren, og de forskellige masser bliver separeret baseret på deres Time of Flight (TOF)

Question 28

Prokaryotiske genomstørrelser er ofte forbundne med deres metabolisme og deres interaktioner med omgivelserne. Hvilken slags prokaryot har typisk det mindste genom?

Answer 28

Endosymbiont

Question 29

Hvis der er forskel i ___ mellem et gen og andre gener i genomet kan det indikere at genet kommer fra nyligt horisontal gen transfer

Answer 29

Codon bias

Question 30

Interaktomer... a. Kan kun konstrueres ud fra proteomics data b. Siger noget om, hvilke gener en celle kan udtrykke c. Fortæller om hvilke makromolekyler der interagerer i en celle d. Kan kun konstrueres ud fra transkriptomics data

Answer 30

Fortæller om hvilke makromolekyler der interagerer i en celle

Question 31

Hvad er genomik, og hvad indebærer det?

Answer 31

Genomik er studiet af genomer, som inkluderer kortlægning, sekventering og analyse af et organisms samlede DNA. Dette omfatter både strukturelle og funktionelle aspekter.

Question 32

Hvad er et metagenom, og hvordan bruges det?

Answer 32

Et metagenom er den samlede genetiske materiale der er direkte indhentet fra et miljø. Det bruges til at studere diversiteten af mikrobielle samfund og deres funktioner.

Question 33

Hvad er transkriptomik, og hvad studeres med denne metode?

Answer 33

Transkriptomik er studiet af det samlede RNA i en celle eller organisme. Det omfatter identifikation og kvantificering af RNA-transkripter for at forstå genekspression og celleaktivitet.

Question 34

Hvad er proteomik, og hvordan adskiller det sig fra genomik og transkriptomik?

Answer 34

Proteomik er studiet af de samlede proteiner i en celle eller organisme. Det fokuserer på proteinidentifikation, struktur, funktion og interaktioner og giver et direkte billede af cellens funktionelle aktivitet.

Question 35

Hvad er multi-omics, og hvad er fordelen ved denne tilgang?

Answer 35

Multi-omics integrerer data fra flere "omik"-felter (genomik, transkriptomik, proteomik, metabolomik) for at skabe en helhedsorienteret forståelse af biologiske systemer. Det kan afsløre komplekse sammenhænge og dynamiske ændringer.

Question 36

Hvad er RNA-sekventering (RNA-seq), og hvordan bruges det?

Answer 36

RNA-seq er en teknik til at bestemme sekvensen og mængden af RNA i en prøve. Det giver information om genekspression, splicing og nye RNA-transkripter.

Question 37

Hvad er dual RNA-seq, og hvordan bruges det i studiet af patogener?

Answer 37

Dual RNA-seq er en variant af RNA-seq, der bruges til at samtidigt sekventere RNA fra både en patogen og dens vært. Det er nyttigt til at forstå interaktioner under en infektion.

Question 38

Hvad er et interaktom, og hvilken rolle spiller det i forståelsen af biologiske systemer?

Answer 38

Et interaktom er et netværk af interaktioner mellem molekyler (proteiner, gener, metabolitter) i en celle eller organisme. Det hjælper med at forstå de komplekse relationer og reguleringer inden i et biologisk system.

Question 39

Hvad er transposon-mutagenese, og hvordan anvendes det?

Answer 39

Transposon-mutagenese er en metode til at indføre tilfældige mutationer i et genom ved hjælp af transposoner. Det bruges til at identificere geners funktion og studere genetiske ændringer.

Question 40

Hvad er single-cell sequencing, og hvilke fordele giver det?

Answer 40

Single-cell sequencing er sekventering af genetisk materiale fra individuelle celler. Det giver mulighed for at analysere cellulær diversitet og heterogenitet inden for en population.

Question 41

Hvad er metabolomik, og hvad studerer det?

Answer 41

Metabolomik er studiet af det samlede antal metabolitter i en celle, væv eller organisme, og studerer de metaboliske processer og biokemiske veje.

Question 42

Hvad er forskellen mellem et gen og et ORF?

Answer 42

Et gen er en region af DNA, der koder for et bestemt produkt (RNA eller protein), mens et ORF (open reading frame) er en sekvens af DNA, der kan oversættes til et protein. Et gen omfatter både den kodende sekvens (ORF) og regulatoriske elementer, der kontrollerer genekspression. En ORF er kun den kodende sekvens.

Question 43

Hvilken type gener er typisk mest talrige i bakterielle genomer?

Answer 43

Metaboliske gener er typisk de mest talrige i bakterielle genomer, selvom gener for proteinsyntese kan dominere i mindre genomer.

Question 44

Hvad er Tn-seq og hvordan bruges det?

Answer 44

Tn-seq kombinerer transposon-mutagenese med sekventering for at identificere gener der er essentielle for overlevelse eller vækst under specifikke betingelser.

Question 45

Hvad er iPOP, og hvad er dets formål?

Answer 45

iPOP (integrated personal omics profile) er en detaljeret analyse af en individuel persons biologiske data over tid. Det kombinerer data fra genomik, transkriptomik, proteomik, metabolomik, og kan hjælpe med at forstå sundhed og sygdom.