04 Transkription Flashcards
Allgmein DNA RNA
Die Transkription macht aus dem DNA-Doppelstrang einen Strang der abgelesen wird und als Synthese eines einzelnen RNA-Strangs dient.
Die Translation synthetisiert aus der RNA anschließend ein Protein.
Aber der primär abgelesene RNA-Strang (precursor RNA) wird nicht unbedingt direkt verwendet sondern erst zu einer mature RNA umgewandelt.
5’->3’ unidirektional Ribose als zentrales Nukleotid.
Wie heißen die 2 DNA-Stränge?
Welcher davon kann in RNA übersetzt werden?
name the two DNA strands with respect to transcription
1) der codierende Strang 5’-3’ (DNA nontemplate coding strand)
2) der Vorlagen-Strang 3’-5’ (DNA template strand)
Nur der codierende Strang kann abgelesen und in RNA übersetzt werden.
Was ist der Unterschied zwischen Bakterien und Eukaryoten?
- Prokaryoten haben eine hohe codieren Dichte.
- Prokaryoten codieren mehrere Gene auf einem mRNA Molekül und einem primärem Transkript codiert werden = polycystronic mRNA = mehrere Funktionen werden gekoppelt
- Prokaryoten haben ein zirkuläres Genom = Replikation und Transkription
- Prokaryoten: Multiple translation start site mit verschiedenen Regulatoren
- Eukaryoten: 1 Gen und 1 Transkript und 1 Protein = single translation start site
- Transkriptionsfaktoren sind bei Eukaryoten wichtiger als bei Prokaryoten
- Eukaryoten haben mehrere Binderegionen für Transkriptionsfaktoren.
Was sind die regulatorischen Einheiten? (Die die Aktivität eines Gens bestimmen)
Prokaryoten:
Was für eine Rolle spielen sie bei der Initiierung der Transkription?
Wie viele Sigma-Faktoren gibt es in E. coli?
Welche Funktionen und Faktoren beenden die Transkription bzw. Termination? (2 Mechanismen)
describe and contrast prokaryotic and eukaryotic promoter organization, and initiation and termination of transcription
Upstream Promoter ( UP-Element) und Pribnow Box (-10 Box)
Prokaryoten:
UP-Element und Sigma Faktoren ( -10 und -35) erhöhen die Chance dass die RNA-Polymerase bindet und die Transkription initiiert wird.
Je fester die Bindung, desto wahrscheinlicher die Initiierung.
Unterschiedliche Sigma Faktoren erkennen unterschiedliche Gensequenzen = schalten unterschiedliche Gene an
Es gibt 7 Sigma-Faktoren in E. coli (z. B. σ70 unter normalen Bedingungen und σ32 bei Hitzestress)
A. Rho-indepentent (intrinsisch) = spontan sequenzabhängig
hairpin (kurzer Doppelstrang) mit vielen G/Cs (sind fester da mehr dreifach Wasserstoffbrückenbindungen) gefolgt von schwacher A/U Bindung die schnell rausrutscht.
B. Rho-dependent = alternativer energieverbrauchende Prozess
Rho-Faktor der neu synthetisierten Einzelstrang binden kann und unter ATP-Hydrolyse und Energieverbrauch aktiv den RNA-Strang aus der Blase herauszieht und die Transkription beendet.
Wie sind Gene organisiert?
Welche Elemente spielen eine Rolle?
Was ist der Unterschied zwischen Bakterien und Eukaryoten?
recite prominent features of prokaryotic gene organization
Das Genom der Prokaryoten ist zirkulär.
Struktur der Transkriptionsfaktoren bei Eukaryoten.
Können TFs Gene nur initiieren?
Die Funktionsweise der Transkriptionsfaktoren bei Eukaryonten.
Was beeinflusst die Termination?
Welches Antibiotika inhibiert die Transkription bei Eukaryoten?
discuss the structure, role and mechanism of action of transcription factors
3 verschiedene Domänen = N-terminal DBD, SSD, TAD C-terminal
– DNA-binding domain (DBD)
– signal-sensing domain (SSD) = reagiert auf Umwelteinfluss
– trans-activating domain (TAD)
TFs können Gene aktivieren oder reprimieren.
Die RNA-Polymerase erkennt und bindet nicht selbst die Start-Stelle, sondern wird über Transkriptionsfaktoren rekrutiert.
TBP = TATA-box Binding Protein bekommt Hilfe von Transkriptionsfaktoren (TFs)
Die Phosphorylierung hat vermutlich einen Einfluss auf die Termination.
Act D / Dactinmycin
