חלבונים

Question 1

D L חומצות אמינו

Answer 1

העדפה ביולוגית ל L

Question 2

מבנה חומצה אמינית

Answer 2

פחמן אלפא כיראלי= פעילות אופטית
קבוצה קרבוקסילית COOH
קבוצה אמינית NH2
מימן
R - משתנה בגודל, מטען, מבנה, קוטביות, מסיסות

Question 3

קשר דיסולפידי

Answer 3

קשר קוולנטי דרך הגופרית של ציסטאינים. כשהן מחוברות=ציסטין
מצב מחוזר SH
מצב מחומצן SS, הידרופובי
תיואסתרי: בין תיול לקרבוקסיל. יוצר קשר בין גופרית לקרבוניל

Question 4

ח. אמינו יוצאות דופן

Answer 4

א. 4-הידרוקסי-פרולין: דורש ח. אסקורבית, מצוי בקולגן
ב. 5-הידרוקסי-ליזין: מצוי בקולגן
ג. 6-אן-מתיל-ליזין: מצוי במיוזין
ד. גמא-קרבוקסי-גלוטמט: מצוי בטרומבין, מסייע בקשירת סידן
ה. דזמוזין: נגזר מליזין, מצוי באלסטין
ו. סלנוציסטאין: נגזר מסרין, מוספת כשאר החומצות האמיניות
ז. אורניטין, ציטרולין- מטבוליטים במעגל האוריאה ובמסלול החנקן.

Question 5

חומציות של ח. אמינו

Answer 5

pH נמוך: מטען חיובי
pH בין הקרבוקסיל לאמין: מטען ניטרלי, צביטריון
pH גבוה: מטען שלילי

Question 6

pI נקודה איזואלקטרית

Answer 6

pH בו סך המטען החשמלי הוא אפס.

חישוב: ממוצע של שני ערכי pK ביניהם המטען יהיה אפס (של השייר ושל הקבוצה הדומה לו)

Question 7

קשר פפטידי

Answer 7

יצירת אמיד ע”י דחיסה בין פחמן קרבוקסילי לחנקן אמיני. יוצא מים.
קשר עם רזוננס=חזק כמו קשר כפול, נטיה של השיירים להסתדר בטרנס

Question 8

אורך החלבון: הגדרות

Answer 8

אוליגופפטיד: עד 10 ח.א
פוליפפטיד: יותר מ10 ח.א, פחות מ10 קילודלטון
חלבון: מעל 10 קילודלטון

Question 9

מבנה חלבונים

Answer 9

ראשוני: רצף ח.א
שניוני: קשרי מימן בשלד הפפטיד. סליל אלפא, סדין בתא
שלישוני: מבנה תלת מימדי, כולל קשרים בין השיירים
רביעוני: קשרים בין שרשראות

Question 10

אוליגומר

Answer 10

חלבון המורכב מכמה שרשראות כאשר לפחות 2 מהן זהות. היחידות הזהות: פרוטומרים

Question 11

חלבונים מצומדים

Answer 11

ליפו-פרוטאינים: קבוצה פרוסטטית ליפיד

גליקו-פרוטאינים: קבוצה פרוסטטית סוכר

Question 12

קשרים בקיפול חלבוני

Answer 12

קשרי די-סולפידיים: מייצבים מבנה שלישוני ורביעוני. נדיר בציטופלזמה - סביבה מחזרת, גלוטטיון
אינטראקציות הידרופוביות: התרחקות מהמים ומרשת קשרי המימן
אינטראקציות הידרופיליות: קשרי מימן עם המים
גשרי מלח: קשרים אלקטרוסטטיים, משיכות חשמליות של פלוס ומינוס

העדפה בקיפול למס’ המקסימלי של אינטראקציות בין-מולקולריות - בהתאם לאנרגיה חופשית, בעיקר קשור לעליה באנטרופיה של המים בעקבות אינטראקציות הידרופוביות.

Question 13

דיאגרמת רמצ’דראן

Answer 13

ערכי פסאיי ופיי של הקשרים הפפטידיים והמבנים השניוניים האופיניים כתלות בזויות

Question 14

אלפא הליקס - מספרים

Answer 14

קשרי מימן בין קרבוקניל של ח.א לאמין של ח.א+4.
סיבוב = 3.6 ח.א בממוצע.
זוית הסיבוב בין 2 ח.א = 100 מעלות.
המרחק בין 2 פחמני אלפא = 1.5 אנגסטרם.

Question 15

אלפא הליקס- מבנה

Answer 15

השיירים פונים לחוץ הסליל
נטיה לסליל ימני, קרבוקסיל למטה אמין למעלה
דיפול חשמלי מייצב את ההליקס: שיירים חיוביים יהיו קרובים לצד הקרבוקסילי ולהיפך.
גליצין (קטנה) ופרולין (נוקשה ובעלת אמין שניוני שלא עושה קשרי מימן) נדירות בסליל אלפא
השפעות על ציבות ההליקס: רמצ’דרן, אינטראקציות בין שיירים, גודל שיירים, שכיחות פרולין וגליצין, השפעה על הדיפול

Question 16

קונפורמציית בתא

Answer 16

מבנה של זיג-זג.השיירים מתארגנים בטרנס- מעל ומתחת למישור

סדין בתא- כמה גדילי בתא מיוצבים ע”י קשרי מימן

Question 17

סוגי סדיני בתא

Answer 17

לא מקביל: נפוץ ויציב. קשרי המימן ממש אחד מעל השני.

מקביל: קשרי מימן לא ישרים.

Question 18

סיבוב בתא

Answer 18

סיבוב חד בשרשרת ליצירת סדין בתא לא מקביל
מכיל 4 ח.א- קשר מימן בין ח.א ראשונה לרביעית

טייפ 1: פרולין, עמדה 2
טייפ 2: גליצין, עמדה 3

לפעמים פרולין בציס, טייפ 1 נפוץ יותר

Question 19

קרטין

Answer 19

חלבון סיבי- לא מסיס במים
סיב ביניים, נמצא ביונקים בשיער, פרווה, צמר, קרניים, עור
אלפא קרטין- אלפא הליקס ימני
מבנה רביעוני: סליל מסולסל (בדימר האמין בשני הסיבים באותו צד, די-דימר בצורה הפוכה וכן הלאה חיבורים הפוכים) בליפוף שמאלי
יציב הודות לקשרים דיסולפידיים

Question 20

סלסול קבוע של השיער

Answer 20

שינוי מבנה הקרטין
הוספת חומר מחזר- שבירת קשרי SS
חימום השיער - שבירת קשרי המימן, סלילי האלפא הופכים לגדילי בתא
הוספת חומר מחמצן- יצירת קשרי SS

Question 21

קולגן

Answer 21

חלבון סיבי, הנפוץ ביותר באדם. מצוי ברקמת החיבור, מעניק קשיחות. נמצא בעצמות, סחוס, עור, קרנית, מפרקים
אלפא קולגן: לעומת אלפא הליקס (הליקס של 4 ח.א, זוית 100, סיבוב ימני), כאן ההליקס של 3 ח.א, זוית פיתול של 120 וסיבוב שמאלי
מבנה רביעוני: סופר הליקס (שלוש שרשראות) בליפוף ימני

Question 22

ח.א של קולגן

Answer 22

בעיקר: גליצין, אלאנין, פרולין, הידרוקסיפרולין.
סידור: לרוב חזרות של גלי-פרו-הידרו
הידרוקסי-ליזין: ההידרוקסילציה מתבצעת בתא במהלך ההפרשה, נוצרים קשרי צילוב בינה לבין ליזין וזה מגדיל את החוזק של הקולגן

Question 23

צפדינה

Answer 23

מחלת יורדי הים.
מחסור בחומצה אסקורבית שחיונית להידרוקסילציה של פרולין וליזין, פוגע בקולגן
רוב בעלי החיים מייצרים ויטמין C, השאר צורכים אותו מהמזון- פירות טריים, פלפל, עגבניות…

Question 24

משי

Answer 24

פיברואין- חלבון סיבי, מסודר בסדין בתא אנטי-מקביל (יותר יציב). עשיר בגליצין ואלאנין.
מבנה גמיש (קשרים בין מולקולריים חלשים) אך לא מתיח.

Question 25

מיוגלובין

Answer 25

חלבון גלובולארי, משמש להובלת חמצן בשריר. מכיל קבוצת הם- ברזל וקשירת חמצן רוב הארגון הפנימי הוא באלפא הליקס

Question 26

Heme

Answer 26

קבוצה אורגנית שנמצאת בתוך המיוגלובין. במרכזה יון ברזל 2+ (פרוס, מחוזר, פעיל) או 3+ (פריק, מחומצן, לא פעיל) שמתחבר להיסטדין ולחמצן

Question 27

מוטיב

Answer 27

מבנה המייצג מרכיב מתוך חלבון ומתייחס לרצפי מבנים שניוניים. | דוגמאות: בתא-אלפא-בתא, חבית בתא, סליל מסולסל

Question 28

דומיין

Answer 28

חלק מחלבון אשר יציב בפני עצמו ובעל תפקיד ופעילות עצמאית. דומיין יכול להכיל מוטיבים רבים.

Question 29

צ'פרונים

Answer 29

חלבוני עזר בקיפול החלבונים HSP70- חלבוני עקת חום פעילים לרוב כדימרים נקשרים לאזורים הידרופוביים קושרי ATP = מצב פתוח, זיקה נמוכה לאתרים לא מקופלים קושרי ADP = מצב סגור, זיקה גבוהה לאתרים לא מקופלים דרך פעולה: קישור לאזור הידרופובי - הידרוליזה לATP - הגברת זיקה - יציאה של ADP - התנתקות מהחלבון והזדמנות לקיפול נכון חלבוני סיוע: HSP40, NEF

Question 30

דנטורציה

Answer 30

הרס מבנה החלבון חום- פירוק קשרי מימן בעיקר, מנגנון קואופורטיבי pH- משפיע על מטעני השיירים ממס אורגני- משפיע על אינטראקציות הידרופוביות חומר מחזר- משפיע על SS

Question 31

כריסטיאן אנפינסן

Answer 31

דנטורציה של ריבונוקלאז A ע"י אוריאה וחומר מחזר, ורה-נטורציה ע"י הסרת החומרים מסקנה: הקיפול ספונטני ומקודד ברצף החלבון לא נכון ברוב החלבונים, שנעזרים בצ'פרונים לקיפול.

Question 32

צ'פרונינים

Answer 32

קומפלקסים המסייעים בקיפול לא ספונטני של חלבונים יוקריוטי: HSP60 פרוקריוטי: GroEL (barrel), GroES (cover) מבנה החבית: 2 חביות צמודות, כל חבית מכילה 7 יחידות קושרות ATP ב. השפה ההידרופובית קושרת את החלבון והמכסה סוגר את החבית ATP ג. עובר הידרוליזה ד. החלבון מתקפל בחבית ה. המכסה מתנתק וADP יוצא החוצה במקביל- סבב של חבית תחתונה

Question 33

עמילואידוזיס

Answer 33

מחלה שנובעת מקיפול חלבונים שגוי אגרגציה של חלבונים שקופלו לא נכון עליה בריכוז ח.א ארומטיות

Question 34

פריונים

Answer 34

מחלה שנובעת מקיפול חלבונים שגוי | החלבון בסדין בתא במקום בסליל אלפא, מפגש עם חלבון תקין יהפכו גם אותו לפגום

Question 35

induced fit

Answer 35

התאמה מושרית | מנגנון בו קישור הליגנד לאתר גורם לשינוי קונפורמציה שמעלה את הזיקה ומהדקת את החיבור

Question 36

המוגלובין- תפקיד ומבנה

Answer 36

חלבון מעביר חמצן בדם קומפלקס המורכב מ2 יחידות אלפא-גלובין, 2 יחידות בתא-גלובין וקבוצת הם. הגלובינים מחוברים ביניהם בקשרים הידרופוביים בעובר- גמא מחליף את בתא המוגלובין נקשר לחמצן, ולפרוטונים ופד"ח שמורידים זיקה לחמצן

Question 37

Heme

Answer 37

מכיל יון ברזל קושר חמצן, כלומר טעון +2 ולא +3- הגלובין מונע חמצון הברזל קשור ל4 חנקנים של פרוטופירין (חומר אורגני טבעתי, מוצאו מגליצין), להיסטדין ולחמצן פנילאלנין וואלין מסייעות בעגינה לגלובין

Question 38

קבוע דיסוציאציה Kd

Answer 38

ריכוז הליגנד בו 50% מהרצפטורים תפוסים מדד הופכי לאפיניות האפיניות הגבוהה ביותר: בין ביוטין לאבידין- הלבן של הביצה קשרים לפי מידת אפיניות: אבידין-ביוטין, נוגדן-אנטיגן, חלבון-דנא, רצפטור-ליגנד, אנזים-סובסטרט

Question 39

אפיניות בהמוגלובין

Answer 39

חלבון אלוסטרי. הקישור במנגנון קואופורטיבי- קישור ראשון מעלה זיקה של שאר היחידות R זיקה גבוהה T זיקה נמוכה בריאה- יותר R, ברקמות- יותר T

Question 40

חלבונים אלוסטרים

Answer 40

קישור של ליגנד לאתר אחד משפיע על יכולת הקישור של אתר אחר. משנה K0.5 ולא מהירות מקסימלית גרף סטורציה סיגמואידי. לדוגמא, המוגלובין הומוטרופי- אותם ליגנדים ב2 אתרי הקישור הטרוטרופי- ליגנדים שונים ב2 אתרי הקישור

Question 41

אפקט בוהר

Answer 41

המוגלובין ברקמה פעילה קושר פד"ח ולכן בעל זיקה נמוכה לחמצן . מצב T המוגלובין בריאה קושר חמצן שקיים בריכוז גבוה ומשחרר פד"ח . מצב R

Question 42

BPG

Answer 42

מולקולה שמיוצרת בכדוריות דם אדומות כתוצר ביניים של גליקוליזה מולקולה אחת מורידה זיקה של כל 4 היחידות בהמוגלובין לחמצן- הכל במצב T משפיעה פחות על המוגלובין עוברי

Question 43

המוגלובין עוברי

Answer 43

מכיל גמא גלובין במקום בתא גלובין | זיקה גבוהה יותר לחמצן, נמוכה יותר לBPG

Question 44

CO והמוגלובין

Answer 44

גז רעיל שנקשר להמוגלובין באתר הקישור לחמצן בזיקה גבוהה פי 250 מחמצן מעבירה את היחידות לR ולכן חמצן לא משתחרר ברקמות, בנוסף לירידה במספר האתרים הפעילים

Question 45

אנמיה חרמשית

Answer 45

אוטוזומלית רציסיבית גלוטמאט הופכת לואלין ביחידה בתא גלובין בכדורית הדם האדומה יחידות בתא ללא חמצן שוקעות בתא ומשנות את צורתו A יחידה בריאה מסיסה S יחידה חולה יוצרת אגרגטים מלריה (אפריקה) לא חודרת לכדורית חולה

Question 46

איזומראז

Answer 46

יצירת איזומר מבני- שינוי מבנה המולקולה | מוטאז- העברת קבוצה כימית בין פחמנים על אותה מולקולה

Question 47

ליגאז

Answer 47

חיבור 2 חתיכות בדחיסה. דורש אנרגיה

Question 48

אוקסידורדוקטאז

Answer 48

זירוז ריאקציית חמצון חיזור | דה-הידרוגנאז- העברת פרוטון וזוג אלקטרונים לנשא אלקטרונים

Question 49

טרנספראז

Answer 49

העברת קבוצה כימית בין מולקולות. קינאז

Question 50

הידרולאז

Answer 50

זירוז ריאקציית פירוק בשיתוף מים= הידרוליזה | פפטידאז, נוקלאז, ליפאז, פוספטאז...

Question 51

ליאז

Answer 51

רה-ארגון לקשר כפול. | מעורב בקרבוקסילציה ודה-קרבוקסילציה

Question 52

קופקטור

Answer 52

יון או מתכת - קבוצה לא אורגנית

Question 53

קו-אנזים

Answer 53

קבוצה אורגנית (או מתכת+אורגנית) שקשורה בצורה הפיכה לאנזים

Question 54

קבוצה פרוסטטית

Answer 54

קבוצה אורגנית (או מתכת+אורגנית) שקשורה בצורה בלתי הפיכה לאנזים אפו-אנזים – אנזים ללא הקבוצה הפרוסטטית - לא פעיל. הולו-אנזים – אנזים עם הקבוצה הפרוסטטית – פעיל.

Question 55

פעילות אנזים

Answer 55

הורדת אנרגיית אקטיבציה של ריאקציה ע"י ייצוב מצב המעבר, ובכך הגברת קצב הריאקציה

Question 56

כימוטריפסין

Answer 56

סרין-פרוטאז. חותך בקצה הקרבוקסילי של ח"א ארומטיות משופעל ע"י טריפסין במעי טריאדה קטליטית: באתר הפעיל יש סרין (נוקלאופיל), אספרטט והיסטדין DSH פעילות: אצילציה- קשר קוולנטי בין האנזים לח.א, ודה-אצילציה- ניתוק מהאנזים ע"י מים

Question 57

הנחות יסוד למיכאליס מנטן

Answer 57

מיכאליס מנטן: פעילות האנזים בזמן 0 ``` הזנחה של קיום תוצר ושל הריאקציה ההפוכה ריכוז הסובסטרט גדול מריכוז האנזים = ריאקציה מסדר ראשון שלב קובע מהירות: K2 - בין ES לP+E ריכוז ES לא משתנה V0 = K2[ES] = (Vmax*[s])/(K+[s]) ```

Question 58

Km

Answer 58

הנטיה של אנזים לקשור סובסטרט ולזרז את הריאקציה קדימה לא מדד לאפיניות- אאכ K2 זניח (קבוע דיסאוציאציה: קבוע פירוק הקומפלקס חלקי קבוע היווצרותו) ריכוז הסובסטרט כשהמהירות ההתחלתית היא חצי מהמהירות המקסימלית Km= (K2+K-1)/K1

Question 59

סוגי מעכבים

Answer 59

מעכב בלתי הפיך מעכב הפיך תחרותי מעכב הפיך בלתי תחרותי un מעכב הפיך אל-תחרותי non

Question 60

פניצילין

Answer 60

אנטיביוטיקה הפוגעת בביוסינתזה של הפפטידוגליקאן D בדופן התא של חיידקים מעכב בלתי הפיך הנקשר קוולנטית לאנזים טראנס-פפטידאז.

Question 61

סינתאז וסינתתאז

Answer 61

אנזימים מנצלי אנרגיה סינתתאז מנצל אנרגיה מנוקלאוטיד - ATP וכו סינתאז מנצל אנרגיה ממקור אחר