Еукариотен геном Flashcards
1
Q
Типове ДНК последователности
A
- уникални (1 или 2 копия) – почти всички гени (структурни и регулаторни)
- умерено повторена ДНК (от десетки до хиляди копия) – гените за хистони и рРНК; някои с регулаторна и неясна фунция
- високо повторени ДНК - много къси мотиви, тандемни копия, свързани едно с друго - сателитна ДНК в теломерните и центромерните участъци на хромозомит със структурна функция
2
Q
Какво представляват нуклеолусовите организатори?
A
- съдържат гени за рРНК във вторичните прищъпвания на хромозомите (под сателити)
- на късите рамена на 13,14,15,21,22 хромозома при човека
3
Q
Връзка между транскрипционната активност и кондензацията на хроматина
A
- еухроматин (активни гени, светъл), хетерохроматин (некативни гени, плътен)
- хетерохроматин - конститутивен (за всички кл), факултативен (различен за разл. кл.)
- позиционен ефект - преместване на активен ген в хетерохроматинов район (спира)
- хетерохроматинизация - инактивиране на гените на голям ДНК район (телце на Бар)
4
Q
С какво са свързани разликите в хроматинова кондензация? функция, ензими
A
- ДНК метилация най-често на C и др. бази
- при гръбначните метилирането се използва за трайно инхибиране на експресия на определени гени
- ниво на метилация е по-високо при хетерохроматин, активни гени имат малко
- диференциация на ембрионални кл. е съпроводена с метилиране
- ензими за метилация са метилази (метилтрансферази)
5
Q
Видове метилази и действие
A
- de novo метилази - ранно ембрионално развитие, метилират С след разпознаване на фактор в ДНК, определят модел на метилация за кл.
– при гаметогенеза ДНК се деметилира и после de novo по различен начин при половете - поддържащи метилази - при репликация, метилиране на новосинтезирана верига като матрица
- нарушения водят до нарушения в диференциране и функции
6
Q
Какво е геномен импринтинг?
A
- гени, при които трябва да се експресира само майчин или бащин алел
- поради различно метилиране на яйцекл. и сперматозоиди, респ. майчини и бащини хромозоми
7
Q
Модифициране на хистонови опашки
A
- контрол на връзка между хистони и ДНК (здраво свързани, основен характер)
- при свързване на ацетилови групи към опашки на хистоните - кисел характер, връзка с ДНК е по-нестабилна, улеснява се транскрипция
- когато опашки се метилират - обратно
8
Q
Инициация на транскрипция при еукариотите изисквания, участъци, промотори на различните видове полимерази
A
- изисква TF (фактори), всеки разпознава промотори и мобилизира полимерази
- между -1 и -30 позиция - район направляващ свързване на IF и РНКпол със стартова точка
- позиция -60 - участък за честота на процеса
- промотори на РНКпол I - преди кодираща част на гена
- промотори на РНКпол II - има консервативни участъци, които са различни за гените - ТАТА бокс при 15% от гените за белтъци
- промотори на РНКпол III - в кодиращата част на гена +10 до +70
9
Q
Как действа еукариотната РНКпол?
A
- не могат да намерят сами промотора
- преди РНКпол към промотора се свързват последователно много TF, които помагат да намери промотора
10
Q
Какво представляват енхансерите?
A
- ДНК участъци преди промотора (-100 нк двойки), които свързват активатори на полимеразите
- цис-регулатори (на една хромозома с регулирания от тях ген)
- могат да бъдат на много гени - необходимо е ДНК-лупинг (образуване на бримки)
11
Q
Какво е хомеобокс и хомеодомен?
A
- хомеобокс - ДНК последователност в гени, които участват в регулация на морфогенезата
- хомеобокс кодира хомеодомен - той може да се свързва с определен ДНК участък (консенсусна посл.)
- протеините с хомеодомен (хомеопротеини) са ядрени и действат като TF (включват каскада от следващи гени) в промоторния район на прицелните гени, образуват комплекси с други
12
Q
Гени с хомеобокс
A
- Hox-гени - контролират формиране на частите на тялото по предно-задната ос на ембриона
- последователност за хомеодомена е еволюционно консервативна (ларва на дрозофила използва Нох-протеин на бозайник)
13
Q
Как регулаторните белтъци се свързват с ДНК?
A
- хомеодоменът (и др. рег. белтъци), свързващ се с ДНК, е изграден на принципа спирала-завой-спирала с 3 алфа-спирали
- разпознаваща спирала 3 се свързва директно с голямата бразда на ДНК, амино-край на хомеодомена контактува с малката бразда
14
Q
Какво са цинкови пръсти?
A
- ДНК-свързващи мотиви само при еукариотите - къса верига АК, свързана с цинков йон и образува бримка (един пръст)
- пръстите се образуват в серия - С-край е алфа-спирала и неконсервативните последователности разпознават молекули, N-края е бета-лист
15
Q
Gene silencing видове и функция
A
- transcriptional gene silencing – химични модификации на хистоните, непозволяващи на транскрипция да се задейства (хетерохроматин)
- post-transcriptional gene silencing - мРНКи се накъсват и разграждат преди транслация - чрез РНК интерференция (miRNA/siRNA - образуване на RISC - регулация на генна експресия, защита от паразитни нк последователности)
