Week 2 College’s Flashcards
Voor de meesten psychiatrische ziekten is het erfelijkheidspercentage
Relatief hoog
(Vooral bij schizofrenie en bipolaire stoornis)
Wat zijn de Mendelian patterns of inheritance
- autosomal dominant
-autosomal recessief - x-linked dominant
- X-linked recessief
- mitochondriaal
Wat is het monogenetic model
Een specifiek gen is defect waardoor ziekte ontstaat
(Dit is dus niet vaak bij psychiatrische ziekten)
Wat zijn multigenetic models
Meerdere genen moeten defect zijn voor ziekte om te ontstaan
(Bij de meeste ziektes het geval)
Wat is het multifactorial model
Meerdere genetische factoren en omgevingsfactoren zijn nodig voor de ziekte om te ontstaan
Wat is het mixed model
Het ontstaan van de ziekte is afhankelijk van
- genetische factoren
- Brain aging
- omgevingsfactoren
- stochastic factors (de novo mutation, cell development) = bad luck
zie plaatjes van alle soorten modellen in bestand
Echt even bekijken!!
Sporadische ziekten en erfelijkheid (7 redenen)
Kunnen wel erfelijk zijn!!
Redenen:
- autosomaal recessief
- de novo mutatie
- incomplete doorslag van gen; niet iedereen met het gen krijgt de ziekte (er zijn nog extra onbekende factoren die van invloed zijn)
- multigenetische erfelijkheid
- onbekende medische geschiedenis
- vader is niet biologische vader
- adoptie
- genetische methylering van genen
Welke twee factoren beïnvloeden de erfelijkheid
- frequentie van het allel
- effect-size van de mutatie
Wat betekent allel frequentie
Hoe vaak het voorkomt in een populatie
wat houd de effect-size van een mutatie in
Het risico dat mensen met dit gen de ziekte krijgen
Zie plaatje over beïnvloeding van erfelijkheid
Echt bekijken met je domme doos
Psychiatrische ziekten hebben meestal een …. Allelfrequentie met een … effect-size
Lage frequentie en een hoge effect-size
(Meestal krijgen deze mensen geen kinderen en sterft de mutatie ook weer uit)
Veelvoorkomende mutaties met een hoge effect-size
Komen meestal pas voor nadat iemand kinderen heeft gekregen en zijn daarom niet relevant voor evolutie
-> meestal hebben deze genen juist een beschermend element in de eerste levensfase
Hoe vind je zeldzame allelen met een hoge effect-size
Familie-based linkage studies
Hoe vind je veelvoorkomende allelen met een lage effect size
Een case-control studie
Je kan ook alles onderzoeken door
Examen/whole genome sequencing
Er zijn op dit moment …. Loci die geassocieerd worden met schizofrenie
287 loci
- deze genen liggen zowel in excitatory als inhibitory neurons of the central nervous system
- deze genen zijn te zwak om uit te kunnen leggen waardoor iemand schizofrenie krijgt (het verklaart ongeveer 10%)
Odds ratio
De odds ratio is de verhouding tussen twee wedverhoudingen of odds. Daarbij is de wedverhouding de verhouding tussen de waarschijnlijkheid dat een gebeurtenis optreedt (zal optreden) en de waarschijnlijkheid dat ze niet optreedt (zal optreden
Wat is WES
Whole-exome sequencing
- 180.000 genen = 1,5% van whole genome = toetsvaag!
Wat is WGS
Whole-genome sequencing
Kosten voor genome sequencing
5000 dollar for 1 genome
Duurt ongeveer 1-2 dagen
Tegenwoordig kan het DNA gescand worden door
Long read NGS
(Door middel van de-novo assembly)
- geen reference nodig, dat moet alleen bij short reads
Manieren om NGS te gebruiken voor het vinden van nieuwe ziekte allelen
- Trio design: de novo mutaties zoeken door het analyseren van 3 patiënten en hun ouders
- case-control studies: het hele genoom onderzoeken van zowel case als controle
(Linkage mapping van families)
Zie plaatje over inzetten NGS
In word
Wat zijn stochastic factors
Stochastic gene expression occurs when transcriptional regulators are present at very low concentrations, so that binding and release of regulators from their binding sites becomes probabilistic
Wat zijn de nieuwe technologieën die worden gebruikt voor neurobiologisch onderzoek (5)
- NGS
- Induced pluripotent stem cell technology
- large cohort studies
- functional brain imaging
- transgenic mouse models
Welke 4 typen stamcellen zijn er
- totipotent
- pluripotent
- mulitpotent
- unipotent
Totipotente stamcel
Kan een heel organisme vormen
(En ook extra-embryonaal weefsel)
Pluripotente stamcel
Kan alle celtypen uit het lichaam vormen, maar niet een volledig organisme
(Dus geen placenta etc)
Multipotente stamcel
Kan verschillende celtypen worden maar meer begrensd dan pluripotente stamcel
omnipotente stamcel
Kan nog 1 type gedifferentieerde cel vormen (bv alleen in spierweefsel)
Nog meer begrensd dan multipotente stamcel
Wat zijn iPSCs en hoe worden ze gemaakt
Induced pluripotent stem cells
- door transcriptiefactoren in de cellen te brengen
- kunnen deze worden teruggebracht naar embryonale staat (herprogrammering)
- kan met huidcellen, bloedcellen en fibroblasten
Humane onderzoeksmodellen
Voor psychiatrisch onderzoek worden brain organoids gemaakt, dit zijn stukjes hersenenen die zijn nagebootst
- mens heeft complexere subventriculaire zone dan de muis
Verschillen muis en mensen hersenen
- grootte
- complexiteit
- frontale cortex -> mens gyro en sulci, bij de muis is dit glad
= in de muis is er een subventriculaire zone en een ventriculaire zone
= mens heeft een cortex van 6 lagen (binnenste laag wordt als eerst gemaakt)