Brainscape's Knowledge GenomeTM

Browse over 1 million classes created by top students, professors, publishers, and experts.


See full index

2A1 > Week 2 > Flashcards

Week 2 Flashcards

1
Q

Welke mutaties in kanker hebben we?

A
  • Puntmutaties
  • Chromosomale afwijkingen
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Wat zijn purines en pyrimides?

A
  • Purine: de baseparen A en G
  • Pyrimide: de baseparen C en T
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Welke puntmutaties kennen we?

A
  • Transities: purine→purine of pyrimide→pyrimide
  • Transversies: purine→ pyrimide of vice versa
  • Kleine inserties/deleties
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Welke chromosomale afwijkingen kennen we?

A
  • Translocaties
  • Amplificaties
  • Deleties
  • Numerieke afwijkingen
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

Wat zijn de oorzaken van DNA schade?

A
  • Chemische instabiliteit
  • Chemische verbindingen
  • Biologische stoffen
  • Fysische agentia
  • Foutieve replicatie
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Wat voor soort DNA beschadigingen hebben we?

A
  • Chemische adducten
  • Intrastreng crosslink
  • Interstreng crosslink
  • DNA strengbreuken
  • Basepaar mismatches
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Welke chemische instabiliteit oorzaken zijn er?

A
  1. Spontane hydrolyse
  2. Deaminatie van basen
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

Wat gebeurt er bij spontane hydrolyse?

A

Hydrolyse van N-glycosyl-verbinding tussen suiker en base.
Suiker zonder base= depurinatie

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Waartoe leidt depurinatie?

A

1 bp deletie

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

Wat gebeurt er bij deaminatie van basen?

A

Verdwijnen van een amonigroep van de base.
Vb: omzetting van cytosine in uracil.
→ leidt tot verandering van complementariteit (transitie).

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Welke biologische stoffen oorzaken zijn er?

A
  1. Endogene stoffen
  2. Benzo(a)pyreen (aanwezig in sigarettenrook)
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Wat gebeurt er bij oxidatieve DNA schade (endogene stoffen)?

A

Door de aanwezigheid van zuurstofradicalen/ROS, veranderd het basepaar.
→ leidt tot verandering van complementariteit (transversie).

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Wat zijn de chemische adducten die de DNA dubbelhelix niet verstoren?

A
  • Spontane hydrolyse
  • Deaminatie
  • Oxidatieve DNA schade
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Wat gebeurt er bij benzo(a)pyreen?

A

Benzo(a)pyreen wordt omgezet in BPDE en bindt aan DNA.
- Verstoord chemische adducten die de DNA dubbelhelix verstoren.
- BPDE reageert voornamelijk met G residue.
- Tegenover G-BPDE wordt een A residue ingebouwd.
→ leidt tot verandering van complementariteit (transversie).

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Wat gebeurd er mbt. DNA schade bij fysische agentia

A

UV: Intrastreng DNA beschadigingen door straling.
- Cyclopyrimidine dimeer (CPD)
- 6-4 fotoproduct

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Welke 4 reparatie mechanismen voor DNA worden besproken?

A
  • Base Excisie Reparatie (BER)
  • Nucleotide Excisie Reparatie (NER)
  • Niet-homologe DNA eind verbinding
  • Homologe recombinatie
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

Waarbij is Base Excisie Reparatie (BER) bestrokken?

A

Enzymatisch process dat kleine adducten herstelt.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

Via welke stappen werken alle reparatie mechanismen?

A
  1. Herkenning DNA schade (DNA glycosylase)
  2. Excisie DNA schade (AP-endonuclease)
  3. Herstel (DNA polymerase en ligase)
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
19
Q

Hoe verloopt de herkenning van DNA schade bij BER?

A
  • Een DNA glycosylase herkent een fout door ‘base flipping’.
  • In het geval van een deaminatie: Uracil DNA glycosylase (UNG)
    1. UNG verwijdert ongewenste uracil
    2. Creert een abasische plaats (AP)
  • In het geval van Oxidatieve DNA schade: 8-Oxoguanine DNA glycosylase (OGG1)
    1. OGG1 hydrolyseert N-glycosyl binding tussen deoxyribose en 8-oxoG
    2. Creert een abasische plaats (AP)
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
20
Q

Waarbij is Nucleotide Excisie Reparatie (NER) betrokken?

A

Herstel van grote adducten.

21
Q

Wat zijn de stappen bij NER?

A
  1. Herkenning DNA schade (DNA glycosylase)
  2. Openen van omringende DNA
  3. Verwijderen DNA schade
  4. Herstel (DNA synthese en ligase)
22
Q

Hoe verloopt de Globaal Genoom NER (traag)?

A
  1. Een lesie wordt herkent door een groep van 3 eiwitten (XPC, CETN2 en RAD23B) en binden aan de plek.
  2. Dan komt er een ander complex eiwitten en die checken wat de DNA schade is (UV-DDB).
  3. Na de controle laat RAD23B los.
  4. Dit is een signaal voor een ander complex eiwitten om te komen (o.a. TF2H (betrokken bij openen van dubbelstreng))
  5. XPG knipt het stuk DNA eruit.
  6. Polymerase vult het ‘gat’.
23
Q

Hoe verloopt de Transcriptie gekoppelde NER?

A
  1. CSB herkent DNA schade en RNA-polymerase wordt geblokkeerd.
  2. CSA en CSB “duwen” het transcriptie complex naar achteren.
  3. Dit is een signaal voor een ander complex eiwitten om te komen (o.a. TF2H (betrokken bij openen van dubbelstreng))
  4. XPG knipt het stuk DNA eruit.
  5. Polymerase vult het ‘gat’.
24
Q

Welke ziekten bevatten een defect in het NER proces?

A
  1. Xeroderma pigmentosum (XP): autosomaal recessief= GG-NER defect
  2. Cockayne syndroom (CS): autosomaal recessief= TC-NER defect
25
Q

Waarbij is niet-homologe DNA eindverbinding en homologe recombinatie reparatie betrokken?

A

Herstel van dubbelstrengs DNA breuken.

26
Q

Hoe verloopt de niet-homologe DNA eindverbinding?

A
  1. Een complex van 2 eiwitten (KU70/80) binden aan de DNA breuk.
  2. Dit is een signaal voor andere eiwitten: DNA-PKcs en XRCC4-DNA ligase 4.
  3. Deze eiwitten zorgen ervoor dat de strengen weer aan elkaar binden.
  4. Aan het einde is er een kleine deletie
    →defect in niet-homologe DNA eindverbinding kan resulteren in radiosensitiviteit (SCID).
27
Q

Wat doen RAG1/2 (B cel specifiek eiwit)?

A

Induceren DNA dubbelostrengs breuken in het immunoglobuline locus.
→niet-homologe DNA eindverbinding koppelt D en J segmenten.
→niet-homologe DNA eindverbinding koppelt V en DJ segmenten.

28
Q

Hoe verloopt de homologe recombinatie?

A
  1. Dubbelstrengs breuk in het DNA wordt herkend door RAD51.
  2. Via zusterchromatide wordt de breuk herstelt mbv. BRCA1/2.
29
Q

Wat is een risico bij homologe recombinatie?

A

Mogelijk verlies van heterozygositeit (LOH).

30
Q

Wat is een risico bij niet-homologe DNA eindverbinding?

A

Translocatie: de 2 strengen worden kruislinks gebonden.

31
Q

Welke aspecten zorgen voor de nauwkeurigheid van DNA replicatie?

A
  1. Base selectie: voor nucleotide inbouw
  2. Proofreading: tijdens nucleotide inbouw
  3. Mismatch reparatie: na nucleotide inbouw
32
Q

Hoe verloopt het proces genaamd proofreading?

A

DNA-polymerase knipt de verkeerde nucleotide uit de streng.

33
Q

Hoe verloopt het proces genaamd mismatch reparatie?

A
  1. MSH2, MLH1, MSH6 en PMS2 vinden de mismatch.
  2. EXO1 knipt de mismatch en nucleotiden erom heen uit.
  3. DNA-polymerase bouwt een nieuwe nucleotide in.
34
Q

Wat is er aan de hand bij het Lynch syndroom (HNPCC)?

A

Er is een mismatch reparatiedefect.

35
Q

Hoe kun je een mismatch reparatiedefect aantonen?

A
  1. Immunohistochemische kleuring
  2. Microsatellite instability assay (MSI)
36
Q

Hoeveel % van de Nederlandse bevolking krijgt een coloncarcinoom?

A

5%
→75% sporadisch
→20% belaste familieanamnese
→5% Lynch syndroom

37
Q

Wat zijn de Bethesda criteria van erfelijk colorectaal carcinoom (wanneer onderzoek doen)?

A
  1. CRC <50 jaar.
  2. Tweemaal CRC met een Lynch syndroom geassocieerde tumor bij 1 patiënt.
  3. CRC met MSI <60 jaar.
  4. CRC bij patiënt met 1 of meer eerste/tweedegraads familieleden.
  5. CRC bij patiënt met 2 of meer eerste/tweedegraads familieleden.
38
Q

Wat is 1 van de kenmerken van erfelijke darmkanker?

A

Speelt zich meestal af proximaal rechtszijdig in het colon.

39
Q

Hoe is het Lynch syndroom overerfbaar?

A

Autosomaal dominant.

40
Q

Welke andere vormen van kanker zijn sterk verhoogde risico’s bij het Lynch syndroom?

A
  • Baarmoeder
  • Maag
  • Eierstok
  • Alvleesklier
  • Galgangen
  • Dunne darm
  • Talglieren
  • Hogere urinewegen
  • Hersenen
41
Q

Waar kunnen de DNA beschadigingen van agentia voor zorgen?

A
  • Tijdelijke celcyclus blokkade
  • Apoptose
  • Kanker/erfelijke ziekten
42
Q

Wat is het risico van het gebruik van bleomycine?

A

Zorgt voor DNA-dubbelstrengsbreuken.
- Bijwerking: verminderde longfunctie

43
Q

Wat is de functie van topoisomerase 1 en 2?

A
  1. Maakt enkelstrengsbreuken
  2. Maakt dubbelstrengsbreuken
44
Q

Wat is etoposide?

A

Een topiosomerase remmer.
Zorgt ook voor DNA-dubbelstrengsbreuken.

45
Q

Wat is de functie van PARP1 remmers?

A

Ze remmen het eiwit PARP1 dat zorgt voor DNA reparatie (BER).

46
Q

Hoe erft het fenotype van BRCA1/2 mutatiedragers over?

A

Autosomaal dominant

47
Q

Hoe werkt het synthetische lethaliteit mechanisme?

A
  1. Via PARP-remmers worden enkelstrengsbreuken niet meer gerepareerd.
  2. Hierdoor is er een ophoping van enkelzijdige dubbelstrengs breuken.
  3. In BRCA-deficiënte cellen is de homologe recombinatie gestoord→ dubbelstrengs breuken worden niet hersteld.
  4. Cel gaat dood.
48
Q

Hoe werkt hyperthermie als anti-kankertherapie?

A
  1. RAD51 (belangrijk voor DNA-schade herstel) wordt beïnvloedt door BRCA.
  2. Hyperthermie resulteert in afbraak van BRCA.
  3. Hierdoor kan RAD51 niet meer ophopen.
  4. Hyperthermie zorgt voor BRCA-mutatie→ PARP1-remmer is dan effectief.

2A1 (7 decks)

Brainscape helps you reach your goals faster, through stronger study habits.
© 2024 Bold Learning Solutions. Terms and Conditions