Virus 3: DNA virus Flashcards
Nämn två DNA virus från Baltimore klass II.
- Parvoviridae
2. Anelloviridae
Nämn fem DNA virus från Baltimore klass I.
- Polyomaviridae
- Papillomaviridae
- Adenoviridae
- Herpesviridae
- Poxviridae
Nämn ett DNA virus från Baltimore klass VII.
Hepadnaviridae
Nämn ett DNA virus som använder reverse transkriptase.
Hepatit B virus
Vad sker under tidiga fas av DNA virus livscykel?
- Modifikation av cellen
- Kontroll av cellcykel
- Undvikande av antiviralt försvar
- Regulatoriska proteiner tillverkas
Vad sker under DNA replikation av DNA virus?
Cellen ställs om för replikation av virusgenomet
Vad sker under sen fas av DNA virus livscykel?
- Strukturproteiner tillverkas
- Genomet packas in
- Ny viruspartikel frisätts
Nämn tre problem med DNA-replikation för virus.
- Tillgång till replikationsfaktorer endast i S-fas
- Viruset vill ha multipla kopior från varje mall
- Replikation av ändar (ej förlora telomerer)
Nämn ett virus med liten genom.
Parvovirus
När replikerar Parvovirus?
Endast under cellens S fas.
Använder cellens maskineri.
Förekommer i blaster
Nämn 5 karakterisk för Parvovirus.
- Linjärt
- ssDNA
- +ve eller -ve polaritet
- Ikosahedral kapsid
- Utan hölje
Nämn tre Humana Parvovirus.
- B19
- Bocavirus
- Adeno-associerat virus, AAV (Dependovirus)
Vad är B19?
- Humana Parvovirus
- Erythrovirus (mild anemi)
- Femte sjukan (slapped cheeks)
- Fetal hydrops hos foster
Vad är Bocavirus?
- Humana Parvovirus
- Luftvägs- och tarminfektioner
Vad är Adeno-associerat virus, AAV (Dependovirus)?
- Humana Parvovirus
- Behöver hjälparvirus (Adeno- eller herpesvirus)
- Latens i frånvaro av hjälpfunktion
- Genterapivektor
Nämn 6 karakterisk för Adenovirus.
- Linjärt ds DNA
- Stor (35000 bp)
- Ikosahedral kapsid
- Inget hölje
- Kompakt genom med tidiga och sena gener
- Eget DNA polymeras
- Mycket splitsning
- Dereglerad translation
Nämn minst 3 typer av adenovirus.
Typ A - Gastroentrit
Typ B1 - 3, 7, mm - ARDS
Typ B2 - 14 mm. - Urinblåseinfektion
Typ D - 8, 9, 19, 53, 54, mm - Keratokonjunktitvit
Nämn ett virus som har egna replikations faktorer.
Poxvirus
Har många egna enzymer
Nämn 3 karakterisk för poxvirus
- Har egna enzymer
(DNA polymeraser, RNA polymeraser, kinaser, transkriptionfaktorer, cap enzymer mm) - Replikerar i cytoplasma
- En promotor - en gen, ingen splitsning, inga introner
Nämn två virus som orsakar smittkoppor
Variola minor och Variola major
Tillhör Orthopoxvirus från Poxviridae familjen.
Nämn tre poxvirus hos människan.
- Molluscum contagiosum (godartad hudtumör)
- Apkoppor (Feber, huvudvärk, 5% dödlighet)
- Kokoppor (Från kor och katter)
När det gäller telomeras borttappning, hur fixar Herpes-, polyoma- och papillomavirus denna problem?
Cirkulärt DNA = inga ändar
När det gäller telomeras borttappning, hur fixar adeno-, parvo- och poxvirus denna problem?
Dessa har linjärt DNA.
Adenovirus = Har en proteinprimer
Parvovirus, poxvirus = Har en DNA-primer
Herpesvirus = Cirkulariserar och har rolling circle replication.
Hur skyddar virus med linjärt DNA sina ändar?
Cirkulariseras inuti cellen mha cellens replikationssystem
De som är SS kan ha en ögla i änden
DS kan ha kovalent slutna ändar.
Hur skapar virus DNA kopior från varje mall?
Har egen mall = känner igen virus “origin of replication
Vad gör LT under replikation?
Binder till viralt DNA, enhancer/ORI
Nämn två klinisk viktiga polyomavirus.
- JC virus (progressive multifocal leukoencefalopati, CNS påverkan)
- BK virus (i urin hos friska. Nefropati hos njurtransplanterade)
- Merkelcell polyomavirus (2008) (Cancervirus på huden)
Nämn minst 3 faktorer som behövs för transkription.
- dsDNA beroende RNA polymeras (I-III)
- Vävnadsspecifik reglering
- Generella och specifika TF
- Epigenetisk kontroll
- Splicing
Nämn tre problem som uppkommer hos DNA virus under transkription.
- Tävla om cellens transkriptionsmaskineri
- Reglera epigenetisk kontroll av viral och cellulär transkription
- Utnyttja sitt genom maximalt genom alternativ splicing
Hur löser virus problemet med cellens transkriptionsmaskineri ?
- Ha ”extra starka” promotorer
- Ha virusproteiner som reglerar transkription
- Göra större mängd templat (Större chans att få sitt DNA transkriberat)
Hur fixar polyomavirus extra starka promotorer?
Virala enhancers
Hur fixar Hepatit B virus extra starka promotorer?
Har cellspecifika promotorer
Hur reglerar adenovirus transkriptionen med virus proteiner?
Den modifierar cellens TF
Hur reglerar herpesvirus transkriptionen med virus proteiner?
Ha egna bindande TF
När det gäller “Reglera epigenetisk kontroll av viral och cellulär transkription”, hur gör virus?
T.ex latenta Epstein Barr virus packar ner sitt genome och undgår cellens antivirala försvar.
Nämn två problem som virus har under translation.
- Tävla om cellens translationsmaskineri
2. Cellen stänger av translationen som ett antiviralt försvar
Hur tävlar virus med cellens maskineri under translation?
- Virus kan stänga av translation av cellulärt mRNA (adenovirus)
- Kan göra cap-oberoende translation av virus-mRNA
- Kan skapa selektiv uttransport av virus-mRNA ur kärnan
Hur blockerar cellen translation?
PKR, protein kinas R, induceras/aktiveras av stress
TF fosforyleras och translation blockeras.
Vad gör virus när cellen stänger av translationen? Nämn ex hos adenovirus och poxvirus.
Förhindra blockering effekt av PKR
Adenovirus: Blockerar PKR aktivering eller binder PKR
Poxvirus: Skaffar pseudosubstrat
Sammanfattning:
Nämn minst fyra karakterisk för DNA virus.
- Stor storleks variation (3-250 kbp)
- Kemisk stabila (kvar i cellen i många år)
- Persisterande infektioner (oftast latent)
- Använder cellens syntesmaskineri
- Genuttryck regleras under transkription och translation
- Underkommer immunförsvaret effektivt