Virus Flashcards
Vilka två typer av kapsider finns det?
Vad innebär tropism?
- Den/de organ/celler som ett virus har specificitet för
- Bred tropism ex jonkanaler som receptor (finns hos många celler)
- Smal tropism ex vissa kolhydratstrukturer som kanske bara finns på leverceller (hepatit)
Hur kan viruset ta sig in i cellen?
- Kan smälta in
- Receptormedierad endocytos (kan sedan frigöras därifrån)
- En del virus mer komplexa
- Kan fästa till huvudsaklig receptor men behöver coreceptor också att smälta samman med, (HIV, Herpes),
- kemokinreceptor Co-receptor för HIV-1, vissa saknar en funktionell sådan och blir därmed immuna
- Kan också mutera och byta co-receptor (HIV t ex, olika individer påverkar viruset (mutationer) byter tropism)
- Kan fästa till huvudsaklig receptor men behöver coreceptor också att smälta samman med, (HIV, Herpes),
Vad är signifikant för pluspolariserat RNA?
Är likt mRNA och kan därför läsas av direkt till proteinsyntes
Vad är signifikant för minuspolariserat RNA?
Vad är den beroende av som är vad?
Okänt för värdcellen och kräver därför RNA-beroende RNApolymeras, både transkriptas och replikas, antingen färdigt i viruspartikeln eller kodat som pluspolariserat RNA. Virusets egna polymeras är snabba och har få/inga proofreading-mekanismer vilket ger många mutationer
Hur fungerar ett retrovirus?
Har +RNA men kodar för ett omvänt transkriptas som är ett RNA-beroende DNA-polymeras som bildar en komplementär DNA-sträng från en RNA-mall. Detta DNA-fragment kan integreras i värdcellens genom (mha enzymet integras) och kan då använda värdens maskineri för replikation, proteinsyntes mm
Vad är signifikant för DNA-virus?
Vad kräver det?
Hur ser tidsaspekten ut gällande replikering och varför?
- Enkel (s) eller dubbelsträngat (ds) (vanligast)
- Kräver DNA-beroende DNApolymeras, enhancer, transkriptionsfaktorer och promoter. Detta kan antingen vara värdcellens eller virusets.
- Då DNA-virus måste integreras i genomet tar det längre tid att replikeras och utöva verkan genom translation osv än för RNA virus.
- Tiden mellan avklädning och viral proteinsyntes kallas eclipse period och under denna period kan virusinfektionen inte upptäckas av kroppens immunförsvar.
Varför finns vRNA-beroende RNA-polymeras och vad gör det?
Både plus- och minus-RNA virus är beroende av RNA-beroende RNA-polymeras för replikation av arvsmassan.
Vad gör ett vDNA-polymeras?
Vad gör ett omvänt RNA-polymeras?
Vad gör vProteaser?
- vDNA-polymeras hos DNA-virus (förökar och replikerar viralt DNA)
-
vOmvänt RNA-polymeras hos retro och hepadnavirus (finnns i vår arvsmassa)
- Omvänt transkriptas som bygger om till DNA som kan integreras i våra kromosomer som sedan ger RNA
- vProteaser, enzymer som klipper upp proteiner så de kan gå ihop och bygga upp nya kapsider och virus
Vilka tre faser har viruset?
- Fäster först till cellvägg
- Eklipsperiod (letar sig fram till cellulära strukturer där syntesen kan komma igång)
- Intracellulär till extracellulär
Vilka skillnader finns mellan bakterie och virus gällande
Tillväxt utanför cell?
Självständig proteinsyntes?
Yttre höljen?
Mottaglighet för antibiotika?
Reproduktionssätt?
Nukleonsyra?
Hur är influensaviruset uppbyggt?
Latinskt namn?
Influensa (Orthomyxoviridae)
-
-ssRNA-virus av 3 typer: Influensa A och B med genom i 8 segment och influensa C med genom i 7 segment
- Höljeförsedd
- Subtyper av influensa A beror av kombinationerna av de olika höljeproteinerna (spikes) de har, HA/Hemagglutinin (18 olika) och NA/Neuroaminidas (11 olika)
-
H1N1, H2N2 och H2N3 är ex på humananpassade
- Det röda på bilden är RNA-beroende RNA polymeras
- Helikal kapsid, membranförsett (troligen deriverat från värdcell)
Vad innebär det att influensaviruset har genetisk drift?
Ge också ett exempel när detta kan gynna viruset
- Saknar RNA-proofreading-enzymer varför mutationer är vanliga (1/10 000 nukleotider = nästan varje nytt RNA-virus är mutant)
- Stjälklängd – En mild icke patogen influensa kan cirkulera i stora anläggningar med ex kyckling varpå aminosyror byggs på i stjälklängder på ex NA
Vad bildas antikroppar mot gällande influensaviruset?
- Bildas i regel mot hemaglutenin
Vilka är influensavirusets virulensfaktorer?
- NA (ex dess stjälklängd), HA, RNA-beroende RNA-polymeras (PB2 framför allt, kan vara extra snabb (flera potenser) att producera RNA) och M2
-
NS1 – blockerar RNA (syntes av interferoner i cellen och interferonreceptorer / även apoptosblock)
- Kan också spridas till andra celler och påverka deras förmåga att reagera på infektionen
- Var extra stark vid spanska sjukan
- Längden på HA och NA avgör patogeniciteten, där långa proteiner är mer aggressiva
Vilken struktur har herpesviruset?
- dsDNA-genom
- Icosahedral kapsid
- Ytterligare hölje med tegumentprotiner
- Innehåller bland annat virala proteiner som behövs för att manipulera cellen
- Membran av fett (envelope), med glykoproteiner
- Stort virus 150-200 nm
Vilket förlopp har herpesviruset?
Förlopp
- Efter inbindning (HSV-1 t ex fäster med glykoproteiner till heparansulfat), kommer närmre och kan fussionera med hjälp av fettlöslig del, kläs viruset av till DNA som kan migrera till cellkärna där replikation av DNA- samt transkription av virala gener sker
- Vid symptomatisk infektion transkriberas gener som leder till cellens undergång
- Men i vissa värdceller ackumuleras latency-associated transcript (LAT) vilket gör att den kan finnas kvar då den läggs i genomet sovandes (gökägg) i perfiera neurala celler som kan aktiveras vid sänkt immunförsvar
- Inga symptom
- Syntes av herpesvirusproteiner sker i tre stadier
- Immidiate-early
- Sker initial avläsning av viralt mRNA, dessa proteiner går tillbaka in i cellkärna för att stödja replikation och mer proteinsyntes (reglerar Early och Late-gener)
- Early
- Replikering av viruset
- Late
- Dessa proteiner formar kapsid och ytreceptorer på nytt virus (bygger upp nytt virus), som paketeras i kärnan
- Immidiate-early
- Kan sedan knoppa av först från nukleus och ytterligare del av hölje från golgi och cellmembranet (olika grad av höljen på virusen)
Vilka olika typer av virusinfektioner finns det?
- Akut självbegränsande infektion (influensa)
- Kroniska – tillfrisknar med en liten produktion (hepatit B)
-
Latent – helt tyst men kan aktiveras långt senare (herpes), (bältros)
- Kroniska och latenta kan aktiveras vid sänkt immunförsvar
- Neurotropa, börjar ofta infektera respiratoriska membran, letar sig sedan fram i nervbanor och planterar sig i neuron, finns där som små gökungar (stress eller läkemedel kan aktivera dem på nytt) och virus kan vandra tillbaka med nervbanan och ger bältros eller nya blåsor dit nervände når) (VZV (vattkoppor), HSV (herpes))
- Kronisk infektion efter akut infektion (HIV/AIDS)
- Kroniska långsamma infektioner – ingen akut fas, även prionliknande sjukdomar
Beskriv virusets core – nukleoprotein – kärna
- RNA eller DNA
- dubbelsträngat (ds) eller enkelsträngat (ss)
- linjärt (lättare infiltrera genom) eller cirkulärt (lättare för polymeras att läsa av)
- omgiven av kapsid (tät proteinstruktur)
Vad består kapsiden (skalet) av och vilken form har den (vem är mest stabil)?
- Består av ett antal identiska proteinenheter (”bollar”) kapsomerer
- Kapsidens form antingen helikal-eller oftast ikosaedral då den är mest stabil
Kärnan plus kapsiden
Nukleokapsid
Vad är ett matrixprotein hos viruset?
- Stödjande hölje under yttre hölje
Vad innebär ett naket virus?
- Bara nukleinsyra och kapsid.
- Tåliga mot syra och torka
Vad innebär ett enveloped virus?
-
Kapsid med omslutande lipidmembran (stulits från cell)
- Viktigaste virulensfaktorn (styr hur virus hittar fram liksom
-
Höljeprotein (spikes) är en proteinenhet som sticker ut ur virion-ytan, består oftast av glykoprotein
- Kan ibland skjutas iväg men sitter oftast fast
- Kallas peplomer på adenovirus
- Mindre tåliga och måste smittas via ”vätska”, ex aerosol, avföring, blod
- eter förstör höljeförsedda virus, (en typ av typtestning)
Ge tre exempel på DNA-virus
Adenovirus, parvovirus, herpes
Ge tre exempel på RNA-virus
Ortomyxo (influenza) och paramyxo (mässling), HIV
Vilka två typer av RNA samt DNA-virus finns det avseende kapsid?
RNA
- Ikosahedral – fotboll – kan vara nakna eller inte
- Helikal – tub – har alltid hölje
DNA
- De flesta DNA är ikosahedrala
- Comlex är speciell, liknar inte de andra (smittkoppor – utrotat)
Herpes - kapacitet att utveckla latent eller kronisk infektion, vilka herpesvirus tillhör alfa-herpesvirus?
Vad infekterar de?
- Herpes simplex (genus) typ I och II (HSV-1, HSV-2), samt varicella zooster (vattenkoppar) (nr 3)
- Infekterar sensoriska neuron och förmågan att ligga latent (HSV-1 Kan förekomma i många olika celler)
- Snabbt replikerande
Vilka herpesvirus hör till betatypen?
- CMV (nr 5), cytomegalovirus, ca 70 % av befolkningen. Ligger ofta latent och är ofarlig så länge man inte är immunologiskt nedsatt. Infekterar B-, T-celler, monocyter mm. CMV bredast. Kan ge problem hos äldre, blodsjukdomar, lunginflammation
- Bredast av dessa
- Herpesvirus 6 (pussar från föräldrar)
- Herpes 7 (cancer- och AIDS-patienter)
- Långsam replikation
Vilka herpesvirus hör till gammatypen?
- EBV (Epstein-Barr-virus) (nr 4)
- Infekterar B-celler och kan ligga latent i minnesceller. Har dålig replikationsförmåga. Körtelfeber
- Herpesvirus 8 (ger godartade tumörer hos HIV-patienter (AIDS)
- Långsam replikation
- EBV bredast
Hur kan herpesvirus störa/lura immunförsvaret?
- Proteiner täpper igen TAP-systemet, förhindrar presentation av virala peptider på MHC klass I. (HSV-1)
- Virala cytokiner
- Ger Th2-immunsvar, immunsvaret stimuleras till B-celler och antikroppsproduktion som inte når virus då de är intracellulära (kan nås när de sprids och tillfälligt är extracellulära, men detta stoppar inte en viral infektion)
- Bildar miljö runt cellen, tillåter inte att cytotoxiska T-celler hittar dit
- Har förmågan att bilda syncyticum, vilket gör att de kan spridas ”icke-extracellulärt” och därmed inte upptäcks lika lätt av värdens immunförsvar
- EBV kan ex störa transport till proteasom
Covid-19 (SARS Cov-2)
- +ssRNA virus
- betyder att det liknar cellens mRNA vilket gör att de kan passa med ribosomer direkt
- Höljevirus
- Human coronavirus (SARS) 30 kb (st)
- Beta eller alfa corona
- Var tredje förkylning
- SARS utgör nykomlingen - covid-2 (19)
- Ger lunginflammation: feber, torrhosta, dyspnea, huvudvärk, hypoxiaemia
- 1-2 veckor inkubationstid
- Ursprung troligen från fladdermus och mellanvärdar som mårdhund
Vad innebär en virulensfaktor?
- Specifik egenskap som ger upphov till virulens i cellen, hur virus kan överleva i aktuell cell och föröka sig
Beskriv paramyxovirus (mässling) utseende och vad de olika delarna gör
- Icke segmenterat -ssRNA, helikal kapsid, matrixprotein, höljeprotein (hemaglutinin samt fusionsprotein som kan smälta samman med cellen och pumpa in i cellens cytoplasma
- RNA-beroende RNA-polymeras sitter på -ssRNAt
- Görs om till +RNA (mRNA typ), translateras till virala proteiner som byggs ihop till nya virus (knoppar av)
Vilka mottagliga receptorer har paramyxo (mässling)?
- CD150 sitter på alla lymfocyter (B- och T-celler), kan utrota dessa under 1-4 veckor, därför mkt infektionskänslig patient under denna period
- CD46 finns på alla kärnbärande celler
Hur sker paramyxovirusets (i form av mässling) utveckling (symptom)?
- Kopliks fläckar ganska tidigt i munhålan
- Inkubationstid 2 veckor och virusmängd peak varpå symptom med exanthem (mun och ögon först), hög feber, hosta, konjunktivit och nästäppa (värst smittorisk här)
- Immunsystemet är extremt undertryckt under en period vid virus peak
- Fortsatt hosta även efter 3 veckor
- Kan utvecklas till encefalit (mkt ovanligt), långsam process, dödsdömd, ingen behandling
Vad möjliggör genetisk shift hos influensaviruset?
Segmenterat genom
Vilket förlopp har influensaviruset?
- Hemaglutinin binder till målcellen via sialinsyrareceptorer som ofta finns i slemhinnor i näsa, hals och lungor. Värdenzymer, bakterier (proteaser) eller NA klyver hemagglutinin (från H0 till H1,H2) på viruset varpå klatrinmedierad endocytos sker (virus omsluts intracellulärt i vesikel till endosom)
-
Jonkanalen M2 (från viruspartikeln) pumpar in H+ i viruspartikeln (klär av sig) vilket frisläpper RNA, proteiner (även då RNA-beroende RNA polymeras) till cytosol som transporteras till cellens nukleus
- ”undantag” då RNA-virus normalt stannar i cytosolen
- M2 – mål för antivirala medel (blir inkapabel att klä av sig kapsid), men resistens uppstår lätt och även neuronala symptom
-
RNA-beroende RNA-polymeras transkriberar (är också tjuv) komplementärt RNA vilket då ger +ssRNA (vmRNA)
- kan sedan transporteras till cytosol efter cap-snatching från cellens mRNA som byggs på vRNA
- Delar av +ssRNA stannar också i nukleus och replikeras genom RNA-polymeras som transkriberats i cytosol
- Translation och produktion av virusproteiner i cytosol av cellens ribosomer
- Kan sedan förpackas i Golgi till ytan av cellen (Ha och Na) eller till kärnan och forma nytt virus
- Effekt kan vara nedreglering av cellens mRNA-produktion och återanvändning av nukleotider för vRNA-syntes
- Kan då även förpackas till virus och -ssRNA transporteras ut från nukleus och omges med värdcellens fosfolipider som hölje när den lämnar och får då med sig Ha och Na på köpet
-
Neuraminadas klipper bort viruset från cialinsyran
- antivirala medel kan verka på denna
Hur infekterar herpesviruset (nr 4) Epstein Barr B-cellerna?
- Infekterar epitelceller (kyssjukan) som sprider sig till B-celler på apikalsidan
- EBV:s glykoprotein gp350 binder till komplementreceptor 2 (CR2/CD21) vilken uttrycks av B-celler, och gp42 använder B-cellens MHC klass II-molekyl som co-receptor. Detta leder till fusion av virusets hölje och cellmembranet, varpå viruset tar sig in i cellen. Väl där löses kapsiden upp och virusets genom transporteras till cellkärnan.
Varför får vi symptom av Epstein Barr (herpes 4)?
- Virus stimulerar till expansion av mängd B-celler (massiv mängd), heterogen expansion av antikroppar mot allt möjligt, ger svullnad i halskörtlar då Th1 CD4+ T-celler angriper B-cellerna genom sitt immunsvar
På vilket sätter lägger sig Epstein Barr latent i kroppen och hur kan det väckas på nytt?
- Ligger sedan latent i B-minnesceller.
- Intracellulära nukleära proteiner (EBNA) reglerar viruset så det håller sig latent och slutar producera.
- BZLF1 (zebra-proteinet) kan binda till EBNA och aktivera infektionen på nytt och kan då sedan bli onkogen (B-cells-lymfom) hos immunsvaga och smittbar igen vid reaktivering
Vad är viktigt att tänka på hos äldre som haft influensa gällande Streptococcus. pneumoniae, H. influenzae eller Staphylococcus aureus som ofta finns som normalflora?
Cilierna tar skada vilket ger ökad mottaglighet för efterföljande bakterieinfektion, många äldre dör genom detta
Vilken typ av infektion skulle du säga att detta tyder på och varför?
- Kraftiga virusinfektioner som influensa kan ge ett CRP-värde över cirka 50 mg/L. Bakteriell lunginflammation ger ofta CRP-nivåer över 100 mg/L
- Virusinfektioner som till exempel förkylningar, ger för det mesta ingen eller bara en liten höjning av CRP.
- LPK knappt förhöjd talar också för virus
Hur kan vi diagnosticera Epstein Barr?
- Vanligast i åldern 10-30 år
- Har feber och halsont uppkommit nån månad efter närkontakt (6 veckor inkubation)
- Palpation av mjälte, lymfnoder, lever
- Blodutstryk: atypiska/ökat antal lymfocyter (CD8) perifert
-
Serologi
- Snabbtest - IgM mot antigen på häst/får erytrocyt (låg sensitivitet)
-
Långsammare testning
- Anti-VCA (Viral capsid antigen): IgM under pågående infektion (försvinner sedan)
- Anti-VCA: IgG 2-4 v. efter symptom och resten av livet
- Anti-EA (early antigen): IgG i akut fas och försvinner oftast efter 3-6 mån
- Anti-EBNA (EBV nuclear antigen): uppkommer 2-4 mån efter symptom och finns sedan resten av livet
Vad infekterar RSV framför allt, vad frisätts och vad bildas?
- Infekterar luftvägarna (frisätter IL-33) och det bildas också syncytier (jättecell med flera kärnor).
