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Microbiologie TD / TP > Virologie > Flashcards

Virologie Flashcards

1
Q

Virus (définition jusqu’à la fin du XIXe siècle)

A

agents nocifs capables de causer des maladies (toxines, bactéries, virus)

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2
Q

filtre de Chamberland

A

filtre de porcelaine capable de retenir les éléments de taille supérieure à la taille des pores

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3
Q

Théorie de Pasteur-Koch

A

Pour chaque maladie infectieuse,on peut trouver un micro-organisme:
-visible au microscope (optique)
-cultivable sur milieu nutritif
-retenu par le filtre de Chamberland

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4
Q

Expérience de Beijerink

A

-Le filtrat de feuilles infectées par le virus de la mosaïque du tabac est capable de se propager et d’infecter des cellules végétales vivantes -> agent ultra-filtrable
-Beijerink inocule des plantes en série. Toutes développent la maladie. Cet agent n’est pas seulement une toxine, il est capable de réplication

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5
Q

définition d’un virus après l’expérience de Beijerink

A

agent qui, extrait d’une plante ou d’un animal malade est capable de passer à travers le filtre de Chamberland et qui n’est pas affecté par des dilutions successives

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6
Q

Groupe I

A

DNA (+ / -) : Adenovirus, Herpes, Poxvirus

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7
Q

Groupe II

A

DNA (+) : Parvovirus

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8
Q

Groupe III

A

RNA (+ / -) : Reovirus, Totivirus

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9
Q

Groupe IV

A

RNA (+) : Picornavirus, Togavirus

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10
Q

Groupe V

A

RNA (-): Rhabdovirus, orthomyxovirus

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11
Q

Groupe VI

A

RNA (+) : Rétrovirus (Reverse transcriptase)

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12
Q

Groupe VII

A

DNA (+ / -) : Orthohépadnavirus (reverse transcriptase)

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13
Q

ADN (+) ou ARN (+)

A

codant

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14
Q

ADN (-) ou ARN (-)

A

non-codant

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15
Q

morphologies

A
  • forme hélicoïdale
  • forme icosaédrique
  • forme complexe (ex: bactériophage T4)
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16
Q

virion

A

produit ultime du développement viral

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17
Q

capside

A

protège l’acide nucléique

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18
Q

protomère

A

Sous-unité individuelle d’une capside virale

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19
Q

nucléocapside

A

constituée de la capside et de l’acide nucléique forme l’unité de base du virus

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20
Q

nucléocapside enveloppée

A

la nucléocapside est entourée d’une enveloppe lipoprotéique

21
Q

nucléocapside nue

A

La nucléocapside seule forme le virion

22
Q

symétrie hélicoïdale

A

La longueur de l’acide nucléique contrôle la taille de la particule virale

23
Q

symétrie icosaédrique

A
  • 12 sommets
  • 20 faces triangulaire
  • un penton à chaque sommet
  • plusieurs hexons par face
24
Q

structure complexe

A

Structure qui n’est pas complètement icosaédrique ou hélicoïdale

25
Q

enveloppe

A
  • Chez de nombreux virus animaux, quelques virus de
    plantes ( + bactérien)
  • Glucides et lipides proviennent généralement des
    membranes de la cellule hôte (nucléaires ou plasmiques)
  • Les protéines sont codées par des gènes viraux. Peuvent
    former des projections (spicules)
26
Q

les génomes viraux

A

4 types d’acide nucléique :
- ADN simple ou double brin
- ARN simple ou double brin
- L’Ac nucléique peut être linéaire ou circulaire (le phage lambda peut passer d’une forme à l’autre)
- Présence possible de bases inhabituelles

27
Q

cycle de vie des virus

A
  1. Adsorption de la particule virale à la surface de la cellule
  2. Pénétration de l’acide nucléique (ou de la nucléocapside)
  3. Réplication du génome
  4. Encapsidation des particules virales
  5. Libération
28
Q

Etape1: Adsorption à la cellule hôte

A
  • Utilisation de récepteur spécifique
    -phage lambda: protéine membranaire LamB
  • Le spectre d’hôte
  • Souche réfractaire (souche bactérienne devenue résistante grâce à une mutation qui a fait perdre le récepteur spécifique)
29
Q

Etape 2: Pénétration de l’Ac. Nucléique

A
  • Uncoating at the plasma membrane
  • Uncoating within endosomes (vésicules)
  • Uncoating at the nuclear membrane

Uncoating: phase où la capside est enlevée ou jetée pour injecter l’AC. Nucléique dans la cellule hôte

30
Q

Etape 3: réplication du génome viral

A
  • les virus à ARN (+ ou -) ont besoin d’une enzyme qui n’existe pas chez les bactéries ou les eucaryotes : l’ARN polymérase ARN dépendantes (réplicase)
  • les virus à ARN (+) la synthétise comme les autres protéines avant de se répliquer
  • les virus à ARN (-) sont non-codants et ne peuvent donc pas synthétiser la réplicase avant de se répliquer. Ils en contiennent donc dans leur capside.
31
Q

Etape 4: Encapsidation

A

Formation des nouvelles particules virales

32
Q

Etape 5 : Libération

A
  • Par lyse cellulaire
  • Par bourgeonnement
33
Q

Spécificité bactériophages

A
  • Durée du cycle de vie: 20 à 60 min
  • Le génome viral est généralement injecté, la capside restant à l’extérieur de la cellule.
  • Le cycle de vie s’achève par la lyse de la cellule; tous les phages sont libérés en même temps (sauf M13)
  • Les protéines phagiques ne pénètrent que très rarement dans la cellule hôte.
34
Q

Spécificités virus des eucaryotes

A
  • Durée du cycle de vie: 6 à 48 h
  • Le génome viral n’est jamais injecté dans les cellules hôtes; le virion est généralement internalisé par la cellule.
  • Quelques cellules meurent; d’autres continuent à se diviser et libèrent en continu des virus
  • Les protéines virales pénètrent
    habituellement dans la cellule
35
Q

Purification des virus

A
  • Centrifugation (différentielle ou gradient)
  • Par précipitation, dénaturation ou dégradation enzymatique des contaminants
  • on peut traiter les virus comme s’ils étaient des protéines grâce à leur capside
36
Q

Titrage des virus

A
  • Comptage direct au microscope électronique
  • Méthode des plages de lyse
  • Test de l’hémagglutination
  • Dose létale (DL50) ou dose infectieuse (DI50)
37
Q

Comptage direct

A
  • Mélange de l’échantillon à compter avec une
    concentration connue de billes de latex
  • Observation au microscope électronique
  • Comptage des billes et des virions
  • Déduction du titre.
  • Problème, si la distribution en billes/virus n’est pas homogène, le résultat est peu précis.
38
Q

méthode des plages de lyses

A
  • seulement pour les bactériophages
  • dilution en série au 1/10e
  • étalement de 1mL sur la boîte de Pétri
  • Permet d’observer des plages de lyses (zones de la boîte où les bactéries sont mortes tuées par un bactériophage)
  • 1 plage de lyse = 1 bactériophage
  • titrage exprimée en pfu/mL (plage forming unit)
39
Q

Test hémagglutinine

A
  • seulement virus grippaux (car les globules rouges possèdent des récepteurs acides cyaliques qui sont comparable l’hémagglutinine des virus grippaux)
  • dilution en série au facteur 2
  • quand il y a suffisamment de de virus, les globules rouges vont former un biofilm à la surface de la boîte
  • quand il n’y en a pas assez, il coagule en un point au centre
  • on exprime le titrage en X HA/mL avec X le dernier facteur de dilution où les globules rouges forment un biofilm
40
Q

Cytométrie en flux

A
  • préparation courte, résultats rapides
  • coloration des protéines et des acides nucléiques avec des marqueurs fluorescents
  • détermination du nombre de particules par mL
41
Q

Test ELISA

A
  • Un anticorps avec enzyme conjuguée s’attache à des antigènes viraux
  • Un substrat et l’enzyme interagissent pour former des produits colorés
42
Q

Détermination de la dose DL50 ou DI50

A

Permet de déterminer la quantité de virus requise pour provoquer la maladie ou la mort

43
Q

Mimivirus

A
  • ‘microbe mimicking’ virus
  • Identifié comme une bactérie; Bradford coccus.
    – ‘bactérie intracellulaire’ trouvée dans une amibe aquatique. (comme la Legionella, bactérie responsable de la légionellose)
    – visible au microscope optique.
    – coloration de type Gram +
    Toutefois, il était impossible d’identifier l’ARN 16S de cet organisme
  • Dépasse de loin la taille des plus gros virus précédemment
    identifiés.
  • Premier virus à être retenu par le filtre de Chamberland (porosité 200 nm)
  • Structure icosaédrique 750 nm
  • Particules virales entourées d’une enveloppe de type LPS (125 nm d’épaisseur) qui est responsable:
    – De l’interaction avec les réactifs de Gram.
    – De la reconnaissance par les amibes.
  • Virus à ADNdb
  • Génome 1.2 Mpb (911 protéines)
  • Présence de gènes normalement retrouvés dans les cellules hôtes (e.g. aminoacétyle ARNt synthétases)
44
Q

virus géants

A
  • Virus clairement visibles en microscopie optique (def proposée par l’équipe J-M Claverie).
  • Autre critère parfois utilisé : les virus ayant un génome supérieur à 300 kilobases
  • Une partie des gènes est issue des eukaryotes, des prokaryotes ou d’autres virus
  • Les 3/4 des gènes ont une fonction inconnue car il n’y a aucun mach
45
Q

virophages

A

virus infectant des virus géants

46
Q

Bactérie lysogène

A

Bactérie non-virulente devenue virulente après conversion lysogénique due à l’action d’un phage

47
Q

Nouvelles virulences portées par les bactériophages

A
  1. Exotoxines
  2. Modifications des antigènes de surface
  3. Améliorations de l’invasion
  4. Activités enzymatiques
  5. Adhésion des bactéries aux cellules
  6. Facteurs mitogènes
48
Q

viroïdes

A

*Agents infectieux responsables de plus de 20 maladies chez les plantes (pomme de terre, chrysantème, …).
*ARN circulaire simple brin de 250 à 370 nucléotides.
*Les viroïdes sont localisés principalement dans le noyau (200 à 10 000 copies).
*ARN ne sert pas d’ARNm pour la synthèse de protéine.
*Réplication via l’ARN polymérase II
*Les mécanismes moléculaires expliquant les symptômes de la maladie ne sont pas connues.
*La transmission des viroïdes s’effectue par les pollens ou des blessures de la plante.
*La virulence des viroïdes semble dépendre de la plante hôte

49
Q

familles de viroïdes

A

*Pospiviroidae : réplication dans le noyau des cellules végétales
*Avsunviroidae: réplication dans les chloroplastes + structure de l’ARN circulaire simple brin en épingle à cheveux + capacité à être catalytiques

Microbiologie TD / TP (4 decks)

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