Uvod u biokemijske pojmove

Question 1

Objasni hidrofobni efekt.

Answer 1

Hidrofobni učinak posljedica je svojstava vode.
Interakcije nepolarnih molekula s vodom nisu povoljne za razliku od interakcija među samim molekulama vode.
Kada se molekule vode nađu oko nepolarnih stvaraju oko njih kaveze te postaju uređenije od molekula vode slobodnih u otopini.
Kada se dvije nepolarne molekule približe neke se molekule vode otpuštaju i slobodno stvaraju interakcije s molekulama u preostaloj količini vode umjesto da stvaraju interakcije s nepolarnom površinom.
Kao rezultat nepolarne molekule u vodi pokazuju veću tendenciju združivanja jedne s drugom nego kad se nalaze u manje polarnim.

The hydrophobic effect is the tendency of non-polar molecules and molecular segments in an aqueous solution to avoid the contact with water molecules.
The hydrophobic interaction is entropy-driven and thus intrinsically temperature sensitive.
In liquid water, a single water molecule can form four hydrogen bonds with nearby water molecules. However, around an apolar solute, surrounding waters can not form hydrogen bonds with it. Therefore the orientation of waters near the hydrophobic solute is more ordered and the entropy of the system is reduced. For this reason, apolar solutes tend to be lumped together to minimize the number of waters affected by them. The area of the apolar interface is much larger in the unfolded state and after hydrophobic association, the entropy is increased.

The hydrophobic effect is considered to be the major driving force for the folding of globular proteins. It results in the burial of the hydrophobic residues in the core of the protein.

Question 2

Napiši jednadžbu nastanka disulfidnog mosta.

Answer 2

2 cisteina u cistin

Question 3

Napiši izraz za H-H jednadžbu, zašto je možemo koristiti?

Answer 3

Možemo je koristiti jer su aminokiseline slabe kiseline ili baze, a H-H jednadžba koristi se za otopinu slabih kiselina i baza te njihovih soli.

Question 4

O čemu ovisi pKa vrijednost?

Answer 4

Ovisi o temperaturi, ionskoj jakosti i mikrookolini ionizirajuće funkcijske grupe.

Question 5

Objasni postupak Edmanove odgradnje i mehanizmom.

Answer 5

Edman degradation is a long-established technique for N-terminal sequencing of proteins and cleavage fragments.
Because the Edman degradation proceeds from the N-terminus of the protein, it will not work if the N-terminus has been chemically modified (e.g. by acetylation or formation of pyroglutamic acid).

Question 6

Na temelju biokemijskih svojstava, različiti organizmi modernog svijeta mogu se podijeliti u 3 domene života:

Answer 6

eukarioti, bakterije i arheje.

Question 7

Na temelju biokemijskih svojstava, različiti organizmi modernog svijeta mogu se podijeliti u 3 domene života:

Answer 7

eukarioti, bakterije i arheje.

Question 8

Prokarioti su koji i kakvi organizmi?

Answer 8

Bez jezgre, jednostanični organizmi

Arheje i bakterije

Question 9

Opiši građu DNA.

Answer 9

DNA je linearni polimer koji je sastavljen od 4 različitih tipova monomera.
Fiksnu okosnicu čini ponavljajuća sekvenca šećer-fosfat. Šećer su molekule deoksiriboze po kojima je DNA dobila ime.
Svaki je šećer povezan s dvije fosfatne skupine i svaki je šećer orijentiran na isti način tako da je DNA polarna molekula s različitim krajevima.
Na svaku je deoksiribozu vezana jedna od 4 baze: A, C, G I T. *planarne su im strukture.
Većina DNA se sastoji od 2 lanca. Struktura je tada dvolančana uzvojnica koja stvara specifične parove baza povezanih vodikovim vezama.
Dva su lanca antiparalelna i pružaju se u suprotnim smjerovima s obzirom na os uzvojnice.
G-C 3 v.v.
A-T 2 v.v.

Question 10

Nekovalentne veze: 4 temeljna tipa

Answer 10

elektrostatske interakcije
vodikove veze
hidrofobne interakcije
van der Waalsove interakcije
RAZLIKUJU SE U ENERGIJI, JAKOSTI I SPECIFIČNOSTI.

Question 11

Elektrostatske interakcije objasni. Objasni i važnost dielektrične konstante medija.

Answer 11

Nabijena skupina jedne molekule privlači nabijenu skupinu druge molekule.
Dana je Coulombovim zakonom.
Privlačne interakcije su negativnog predznaka.
Veća je privlačna interakcija za ione u mediju veće dielektrične konstante.

Question 12

Vodikove veze objasni.

Answer 12

One su temeljne elektrostatske interakcije.
Donor vodika za vodikovu vezu je skupina koja sadrži vodikov atom i atom za koji je vodikov atom čvršće vezan.
Akceptor vodika u vodikovoj vezi.
Stvaranje parcijalnog naboja uslijed elektronegativnosti.-razlog zašto vodikov atom stvara el.stat. int. s parc. neg. atomom.
Najjače su pravocrtne.