UA2 Microbiome et humain

Question 1

Processus pour obtenir (isoler) une bactérie à partir d’un échantillon clinique

• milieu de culture
• processus pour isoler une bactérie sur le milieu de culture
• principe fondamental dans le processus

Answer 1

• Milieu de culture: agar –> offre un support solide, sur lequel repose l’échantillon pour croissance
• Processus pour isoler bactérie: une colonie indépendante est issue d’une seule bactérie. À partir d’un échantillon clinique, possible de répandre de l’échantillon suffisamment pour obtenir des colonies indépendantes en croissance (sans se toucher). Ces colonies indépendantes peuvent ensuite être testées pour identification de la bactérie et pour déterminer la susceptibilité aux antibios

Question 2

Identifier résultats en fonction de 4 différents paramètres pour déterminer si la culture est cliniquement significative et si les micro-organismes sont responsables de l’infection (1)

Answer 2

1. Condition clinique du patient. Signes et symptômes que présente le patient. Non pertinent de prendre les cultures si le patient ne présente pas de signes et symptômes. Il faut traiter le patient et non le résultat de laboratoire

Question 3

Identifier résultats en fonction de 4 différents paramètres pour déterminer si la culture est cliniquement significative et si les micro-organismes sont responsables de l’infection (2)

Answer 3

2. Site de culture. Le type de micro-organisme en fonction du site de culture= bon indicateur. Un pathogène non colonisateur pour le site est signe d’une infection. L’obtention d’une croissance d’un mirco-organisme normalemet présent est considéré comme étant un colonisateur. L’obtention d’un micro-organisme non pathogène qui n’est pas colonisateur du site de prélèvement est considéré un contaminant. Par exemple, si on isole du E.coli d’une culture urinaire et en quantité importante, on peut supposer une infection urinaire en partculier si le patient se plaint de dysurie. Toutefois, une culture urinaire positive pour Enterococcus est plus souvent une contamination qu’une infection.

Question 4

Identifier résultats en fonction de 4 différents paramètres pour déterminer si la culture est cliniquement significative et si les micro-organismes sont responsables de l’infection (3)

Answer 4

Méthode de prélèvement. Doit éviter la contamination par le microbiome humain. Ex: un prélèvement via une sonde urinaire n’est pas recommandé, tandis qu’un specimen mi-jet ou aspiration suprabubique est une méthode plus fiable.

Question 5

Identifier résultats en fonction de 4 différents paramètres pour déterminer si la culture est cliniquement significative et si les micro-organismes sont responsables de l’infection (4)

Answer 5

4. Le type et la quantité de micro-organisme isolés. Le type et la quantité de micro-organismes isolés nous indiquent également si le spécimen est contaminé ou non. Par exemple, un expectorat est souvent contaminé par la salive du patient et si l’on retrouver plusieurs espèces provenant du microbiome buccale, on peut supposer une contamination.

Question 6

Diagnostic des infections chez les PA

Answer 6

Difficile
Manifestations cliniques peuvent être atypiques et non spécifiques (delirium, agitation, léthargie, baisse autonomie, confusion)
Peuvent même être inexistantes chez les sujets très âgées et débilités. (fièvre absente)
-Tests de labo et culture pertinentes chez ce groupe de patients.

Question 7

Tests pertinents chez PA (1)

Answer 7

1. Culture et analyse d’urine:
   À effectuer seulement chez les patients AVEC symptômes urinaires ou état fébrile. Investigation urinaire n’est pas indiquée si symptômes non spécifiques
   -Résultats positifs: pas très utiles pour différencier une vraie infection d’une bactériurie asymptomatique. Si porteur de sonde: positif chez 100% des patients
   -Résultats négatifs: utile pour éliminer source d’infection

Question 8

Tests pertinents chez PA (2)

Answer 8

2. Culture d’expectorations: pertinence controversée , test pas très fiable car difficulté d’obtenir échantillon de qualité: haut taux de colonisation et contamination de l’échantillon (par la salive ou autre) dans 50% des cas. Peut être utile lorsqu’une personne est diagnostiquée

Question 9

Tests pertinents chez PA (3)

Answer 9

3. Hémoculture: Utile pour confirmer le diagnostic bactériologique lorsqu’une bactériémie est soupçonnée (présence d’un cathéter veineux, plaie infectée, pneumonie)

Question 10

Tests pertinents chez PA (4)

Answer 10

4. Recherche to toxines de C.difficile: confirme le diagnostic. À effectuer si diarrhée et prise récente d’antibios. Une culture de selles pour recherche d’entéropathogènes serait utile seulement si fièvre élevée, crampes ou diarrhée sanglante et l’absence de prise d’antibiotiques.

Question 11

Pricipal facteur de la résistance

Answer 11

-Exposition antérieure aux antibios: l’utilisation d’un antibio, ou d’une classe d’antibio ou d’une classe d’antibio au cours des 3 derniers mois est la cause de propression de la résistance aux céphalosporines de 3e génération.

Question 12

5 étapes principales de la sélection de l’antibiothérapie

Answer 12

1. Évaluation du patient
2. Identification des issues cliniques désirées
3. choix de l’agent: identification de la classe d’antibiotique, identification de l’agent au sein d’une classe thérapeutique (selon efficacité du produit, innocuité du produit, résistance bactérienne, adhérence au traitement, coût
4. suivi du traitement
5. prévention