Transport et régulation Flashcards
Quelles sont les types de protéines qui compose le système de transport nucléosytoplasmique?
- Protéines qui forment le complexe de pore nucléaire (NPC)
- Caryophérines
- Petites GTPase de la famille des RAN
Combien de pore à en moyenne une cellule mammifère?
Entre 2000 et 5000 NPC
Quelles sont les 3 parties importants du NPC?
- Partie centrale
- Panier formé de 8 filaments
- 8 longs filaments cytoplasmiques
De quoi est formé le filet des NPC?
De 10 nucléoporines qui contiennent des longues séquences répétées en FG
Que permet le filet des NPC?
Permet la diffusion passive et la liaison avec es caryophérines
Quelles sont les 5 fonctions des nucléoporines?
- Ancrage dans la membrane nucléaire
- Échafaudage/squelette
- Diffusion
- Transport actif
- Liaison à la chromatine
Qu’est-ce que forment les NPC?
Les nucléoporines (NUP)
Les NUP de quel complexe forment l’anneau central?
Du complexe Y
Est-ce que les NUP de répétition FG sont hydrophobe ou hydrophile?
Hydrophobes
Quelles protéines nécessitent l’assitance de caryophérines pour traverser?
Les protéines de plus de 40kDa
Comment les caryophérines reconnaissent les protéines?
Via leur séquences d’acides aminés conservés
- NLS
- NES
Où sont synthétisé les protéines nucléaires et où doivent-elles aller?
Dans le cytoplasme et doivent migrer au noyau
Quel signal possède les protéines nucléaires?
NLS
Que permet le cycle d’hydrolyse du GTP en GDP pour le système Ran-GTP?
Permet de fournir l’énergie au transport des cargos à travers le pore
Le facteur d’échange nucléotidique fait quoi (GEF)?
Transforme le Ran-GDP en Ran-GTP
La protéine activatrice des GTPases fait quoi (GAP)?
Stimule l’hydrolyse du GTP en GDP
Quel signal permet la traslocation d’un complexe protéique au cytoplasme?
Le signal d’export nucléaire (NES)
Par quoi est établie la direction du transport?
Par les protéines Ran de conformation différentes (GTP ou GDP)
Quel Ran est présent au noyau principalement?
Ran-GTP
Quel Ran est présent au cytosol principalement?
Ran-GDP
Qu’est-ce qui permet de réguler les niveaux de protéines dans la cellule?
- Transcription
- Transport des ARNm
Dégradation d’ARNm
Que transcrit Pol I?
ARNr
Que transcrit Pol II?
ARNm
Que transcrit Pol III?
ARNt
Quelles sont les 4 étape de la modification d’ADN?
1) Transcription et capping
2) Coupure à la queue poly-A
3) Polyadénylation
4) Épissage des intron
Que permet l’ajout de la coiffe?
Protège de la dégradation en 5’
À quoi sont sensible les extrémités non protégées des ARN?
Les ARNases
Quels exemple d’ARN n’ont pas de queue poly-A?
ARN d’histone
Jusque où se rent la transcription de l’ARNm?
Au-dela de la région poly-A et ensuite elle est coupé et polyadénylé
Quelles séquence reconnait le complexe protéique qui intervient pour l’ajout de la queue poly-A?
AAUAAA qui se situe à 15-30 nucléotides avant la queue
Région riche en UG (20 nucléo) après le site de clivage
Quelles sont les étapes de la coupure et polyadénylation des ARNm?
1) Liaison CPSF sur séquence consensus
2) Liaison CSTF
3) Liaison CFI/CFII qui recrutent PAP (poly (A) polymérase
4) stimule coupure de l’ARNm entre les site de reconnaissance
5) PAP polymérise lentement ce qui stimule détachement CFI/CFII et CSTF et recrute PABPN
6) Ajout rapide par PABPN
Où se trouve l’endonucléase qui coupe l’ARNm lors de la polyadénylation?
Dans les CPSF
Que contient le complexe exosome?
- Protéine Rrp44 : exonucléase 3’ -) 5’
- Hélicase Mtr4 : linéarisation des ARN
Quelle protéine joue un rôle similaire que le complexe nucléaire exosome et que fait-elle?
XRN1 : elle dégrade l’ARN de 5’ -) 3’
Sous quelle forme migre l’ARNm au cytoplasme?
mRNP : complexe ribonuclléoprotéique
Quel est le rôle du facteur REF?
lie les jonctions exons/exons et les facteurs NXF1/NXT1
Qu’arrive-t-il à la protéin qui lie le cap et à la protéine PABN1 une fois arrivé au cytoplasme?
Cap est remplace par elF4E et PABN1 est remplacé par PABC1 pour faciliter la traduction
Qu’est-ce qu’une protéine SR?
Protéine qui modulent l’épissage alternatif
- Riche en sérine et arginine
- Possède un/des domaines de liaison à l’ARN
- Reconnaissent les séquence ESE (enhancer)
Que stimule les protéines SR?
L’inclusion d’un exon dans l’ARNm
Qu’est-ce que les protéines hnRNPs?
protéines qui lient l’ARN via domaine de liaison à l’ARN reconnaissant des SSE (silencer)
Que font les hnRNPs?
Empêchent un exon d’être inclus dans l’ARNm
Que font NXF1 et NXT1?
Elles forment un hétérodimère qui lie les ARNm dans le noyau. Leur complexe dirige les mRNP dans le canal central du NPC
Comment le complexe NXF1/NXT1 fait pour faire passer les mRNP dans le pore?
Il interagit de manière transitoire avec les NUP à répétition FG
Qu’est-ce que Dbp5?
Une ARN hélicase qui est localisé du côté cytosolique du NPC. Elle permet d’allonger l’ARNM pour dissocier NXF1/NXT1 en utilisant de l’ATP
Comment sont retourné au noyau NXF1/NXT1 une fois que leur travail est terminé?
Par le système Ran-GTP
Par quoi sont recruté NXF1/NXT1?
Par des protéines SR
Donne un exemple de protéine SR?
Npl3
Comment fonctionne Npl3?
1) Npl3 se lie à l’ARNm
2) Glc7 le déphosphoryle se qui lui permet de lier le complexe
3) Traverse au cytoplasme
4) Sky1 phosphoryle Npl3 ce qui libère le complexe
Quels sont les 3 mécanisme distincts qui régulent la stabilité des ARNm au cytoplasme?
- Dégradation dépendante de la dé-adénylation
- Dégradation indépendante de la dé-adénylation
- Dégradation causée par les endonucléases
Qu’est-ce que les P-bodies?
Corps denses et riches en protéines nécessaires à la dégradation des ARNm
Qu’est-ce que la déadénylation?
Il s’agit du raccourcissement de la queue poly-a par le complexe déadénylase
Que cause le raccourcissement de la queue poly-a?
Le PABPC ne peut plus se lier ce qui rend l’ARN disponible pour la dégradation
Qu’arrive-t-il après la déacétylation?
Il y a un decapping par les DCP1/DCP2 et il y a ensuite dégradation par l’exonucléase XRN1 en 5’-)3’ et par l’exosome en 3’-)5’
Est-ce qu’il peut y avoir de l’autorégulation des ARNm?
Oui, il ont une séquence qui permet le recrutement de DCP1/DCP2 comme la protéine Rps28B
L’autorégulation corresppond à quel mécanisme?
Dégradation indépendante de la déadénylation
En quoi consiste la dégradation par endonucléase?
Peut être par exemple à cause de siARN ou de miARN
Il va y avoir une coupe au centre de l’ARN
Les deux bouts peuvent ensuite être dégradé par XRN1 et exosome
Comment sont généré les microARN?
Par le clivage successif de longs ARNs en tige boucle par les endonucléases Drosha et Dicer
Que permet le dicer?
Découpe l’ARN en forme de boucle pour retirer celle-ci et ne garder qu’une section complémentaire
Par quoi sont exporté les précurseurs de microRNA?
Par la caryophérine exportine 5
Par quoi est initié la dégradation dû à un mauvais épissage?
Par la présence d’un codon stop prématuré avant la fin de la protéine
Quel est le rôles des EJC?
Le exon junction complexe se situé en aval des jonction exon-exon. Il est normalement éliminé par le ribosome lors de la traduction. Si un codon stop prématuré est rencontré, il n’y a pas d’élimination des EJC
Sa détection permet donc d’enclencher la dégradation de l’ARNm défectueux
Comment se déroule la dégradation initiée par un mauvais épissage?
1) le PTC (codon stop prématuré) et le EJC sont détecté
2) il y a interaction entre le UPF1 du complexe SURF sur le ribosome lié au PTC et le EJC
3) Relargage de facteur et ajout de SMG7
4) Stimulation de la dégradation de l’ARNm dans les P-bodies
Qu’est-ce que le complexe SURF ?
Complexe qui permet la dégradation de l’ARNm initiée par un mauvais épissage
Quelle est la cause de la Thalassémie?
Délétion dans la chaîne B de l’hémoglobine qui change le cadre de lecture et insère un codon stop prématuré
Qu’arrive-t-il au ARN de l’hémoglobine des patients souffrant de thalassémie?
Elles subissent la dégradation initiée par mauvais épissage
Qu’est-ce qui cause une dégradation par manque de codon stop?
La traduction va au-delà`de la queue poly-a
QU’est-ce qui arrête le ribosome dans le cas d’une dégradation par manque de codon?
La protéine PABC1
Que se passe-t-il lorsque PABP1 freine le ribosome?
Il y a recrutement de Ski7 qui recrute le complexe exosome
La perte de PABC1 déstabilise l’ARN et stimule décapage et dégradation par XRN1
Qu’est-ce qui cause la dégradation suite à l’arrêt des ribosomes?
Un ARNm qui possède une structure tertiaire qui empêche la traduction
Par quoi est reconnu la structure tertiaire?
Par le complexe Dom34-Hbs1
Qu’a de spécial le complexe Dom34-Hbs1?
Il a une activité endonucléase qui permet le clivage de l’ARN pour sa dégradation par l’exosome et XRN1
Que fait le complexe mTORC1?
Régule l’activation et l’inhibition de plusieurs processus cellulaires en réponse à la disponibilité des nutriments et du stress
Qu’est-ce qui permet de réguler l’état d’activité de mTORC1?
La GTPase Rheb
Par quoi est régulé Rheb et que font ses protéines?
régulé par TSC2 et TSC1 qui stimule l’hydrolyse du GTP
Rheb-GTP = active
Dans quelles conditions mTORC1 est activé?
En condition où les nutriments sont disponibles
QUe permet de stimuler l’activation de mTORC1?
La croissance cellulaire via la synthèse de ribosome et la traduction de protéines et l’inhibition de l’autophagie
Que permet la famille des récepteurs RIG-I?
De stimuler l’interféron en présence d’ARN viral et d’ARN cellulaire
Qu’est-ce que les interférons?Protéines de communication qui permettent la mise en place d’une réponse antivirale
Qu’est-ce qui arrive en présence chronique d’interférons?
Ils inhibent la prolifération , stimulent la mort cellulaire et modulent la différenciation -) réponse inflammatoire constante
