transcription de ADN Flashcards
la réplication consiste à transformer x en x
ADN en ADN
la transcription consiste à transformer x en x
ADN en ARN
la traduction consiste à transformer x en x
ARN en protéine
la transcription génère quoi?
un polymère de ribonucléotides qui est synthétisé par une ARN polymérase
ARN polymérase synthétise dans quel sens?
5’ vers 3’
ARN est synthétisé sur quoi?
brin matrice (brin complémentaire)
le brin matrice est lu dans quel sens?
3’ à 5’
ARN possède quoi de l’ADN?
séquence du brin d’ADN codant
différence ARN et ADN
ribonucléotides au lieu désoxyribonucléotides
U au lieu de T
pourquoi l’ARN a une structure secondaire et tertiaire?
en raison de l’interaction entre ses bases
qu’est ce qu’un pseudo knot?
appariement de bases entre deux régions simple-brin de boucles
au carbone 2’, l’ARN possède un groupement…
OH
au carbone 2’, l’ADN possède un groupement …
H
la transcription se fait grâce à quoi?
ARN polymérase
expliquer le principe de transcription avec ADN polymérase
déroulement de ADN au fur et à mesure de la synthèse d’ARN par ARN polymérase
réformation de la double hélice en arrière par l’ARN polymérase
qu’est ce qu’un hétéroduplex?
courte région d’hélice hybride ADN/ARN formée transitoirement/environ 9 nucléotides
comment ARN polymérase synthétise l’ARN?
en copiant un brin matrice d’ADN
V ou F, ARN polymérase nécessite une amorce?
FAUX, ne nécessite pas d’amorce/peut commencer n’importe ou
estce que la transcription de ARN doit être aussi précise que celle de l’ADN?
NON, puisque les erreurs ont une durée de vie limitée (correspondent à la durée de vie du transcrit)/ pas vraiment de réparation nécessaire
ARN polymérase crée quel type de lien entre les nucléotides et son site actif?
lien phosphodiester
transcription commence et se termine ou sur l’ADN?
a des endroits précis sur l’ADN
qu’est ce qu’un promoteur?
site d’initiation de la transcription
qu’est-ce qu’un terminateur?
site de terminaison de la transcription
ARN polymérase a besoin de quoi pour initier et terminer la transcription?
facteurs protéiques et des signaux dans l’ADN
rôle du facteur sigma
- s’associent à la polymérase pour former le complexe d’initiation de la transcription
- aide polymérase à s’associer à un promoteur
ARN polymérase est recruté à quel niveau/ relâché ou?
recruté: au niveau du promotteur
relâché de l’ADN: niveau du signal STOP
qu’est ce qu’une séquence consensus ou séquence canonique?
ordre calculé des nucléotidiques (acides nucléiques) o acides aminés (protéines), trouvés à chaque position dans un alignement de séquences
*représente les résultats d’alignements de séquences multiple dans lesquels des séquences apparentées sont comparées les unes aux autres et des pourcentages des motifs de séquences similaires sont calculés
V ou F, il y a plusieurs facteur sigma chez les procaryotes
VRAI
le facteur sigma s’associe à X pour former X avant de se lier au X
polymérase
complexe d’initiant de la transcription
promoteur
les facteurs sigma bactériens reconnaissent quoi?
une paire de courts motifs (séquences) conservés
comment s’appelle les courts motifs (séquences) conservés?
boites -35 et -10 (à cause de leur distance du site d’initiation de la transcription)
**position de cette séquences consensus dicte lr bin à utiliser ainsi que le sens de la transcription (donc de -35 à -10)
comment faire pour qu’un promoteur soit plus fort?
plus la séquence d’un promoteur est similaire à la séquences consensus (idéale), plus grande sera l’Affinité du facteur sigma et plus grande sera l’efficacité d’initiation de la transcription (promoteur plus fort!!!)
position de la séquence TATAAT
-10, située environ 10 paires de bases en amont du site d’initiation de la transcription
rôle de la séquence TATAAT
repère pour l’assemblage du complexe d’initiation de la transcription
comment se fait cette reconnaissance moléculaire (entre sigma, ARN polymèrase etc…)?
via des liaisons chimiques faibles (non covalente);
1) forces de van der whall
2) pont hydorgène
3) liens ioniques
4) interactions hydrophobes
étapes de la transcription
1)facteur sigma s’associe à ARN polymérase avant la transcription/ ce complexe ira se fixer sur le promoteur
2) contact de ARN polymérase avec le promoteur entraine l’ouverture locale de la double hélice d’ADN (bulle de transcription)
3)initiation de la synthèse d’ARN à 50 ribonucléotides par seconde
4)Relâchement du facteur sigma après la synthèse d’une chaine de +/- 10 ribonucléotides ET élongation (2 étapes en 1)
5) Rencontre du signal de terminaison (forme que prend ARN grâce aux appariements locaux (intramoléculaires)/ quand ARN est sous cette forme= ARN polymérase doit se relâcher
6) ARN polymérase se détache, libérant ARN
(ARN polymérase peut ensuite aller retrouver un facteur sigma pour enclencher une nouvelle transcription)
ou se trouve le signal de terminaison de la transcription encodée par ADN
à l’extrémité de 3’ de l’ARN néo-synthétisée
la séquence d’ARN transcrite du signal de terminaison permet la formation de quoi?
tige boucle créant une contrainte au niveau du complexe de l’ARN polymérase (favorise le détachement de l’ARN polymérase)
les cellules eucarytoes utilisent combien d’ARN polymérase?
3 (et produisent plusieurs type d’ARN
rôle ARN m
codent pour les protéines (ARN polymérase II)
ARNnc (non codant), miRNA, incRNA
rôle ARNr
composent les ribosomes (ARN polymérase I)
rôle ARNt
adaptateur lors de la synthèse protéique (ARN polymérase III)
rôle petits ARN
utilisés dans différents processus cellulaires (ARN polymérase III)
*snRNA, snoRNA
position boite TATA
-25
donc 25 paires de nucléotidesde bases en amont du site d’initiation de la transcription
rôle boite TATA
sert de point de repère pour l’assemblage du complexe d’initiation de la transcription
position de GC box
-100
position de CAAT box
-80
la transcription commence ou?
+1
exemples de séquences d’ADN conservées qui sont impliquées dans la régulation des gènes
-80, -100, enhancers
le promoteur est caractérisé par quoi?
la boite TATA
nombre de sous unités et fonction du facteur TBP subunit
1/reconnait la boite TATA
2 sous unité du facteur TFIID
TBP et TAF
nombre de sous unités et fonction du facteur TAF
11/reconnait autres séquences ADN proche du début de la transcription, régularise l’association de l’ADN par le TBP
nombre de sous unités et fonction du facteur TFIIB
1/reconnait élément BRE du promoteur, positionne bien les ARN polymérase au début de la transcription
nombre de sous unités et fonction du facteur TFIIF
3/stabilise interactions de ARN polymérase avec TBP et TFIIB
nombre de sous unités et fonction du facteur TFIIE
2/attire et régularise TFIIH
nombre de sous unités et fonction du facteur TFIIH
9/dézipe ADN au point de départ de transcription, phosphorylyse Ser5 de ARN polymérase CTD, libère ARN polymérase à partir du promoteur
l’initiation de la transcription implique quoi?
multiple facteurs généraux de transcription= GTFs; général transcription factors ou TFII soit transcription factor 2
ARN polymérase se fixe a la boite TATA via quoi?
via les transcriptions factors (ne reconnait pas le promoteur directement)
quels facteurs de transcription s’associent à ADN du promoteur en premier?
facteurs de transcription généraux TFIID et TFIIB (ce qui permet à ARN polymérase II de se lier)
séquence du signal de polyadénliation
AAUAAA
Pourquoi ARN est constamment synthétisé et dégradé?
assurer une régulation stricte de son abondance
Comment est régulé l’abondance (quantité totale) d’ARN?
régulée au niveau de l’initiation de la synthèse (transcription) et aussi régulation au niveau de sa dégradation
dans le cytoplasme des eucaryotes, la demi-vie des ARNm est de…
quelques minutes à quelques heures (4,8 minutes en moyenne)
qu’est ce qu’une demi-vie?
temps que ça prend pour arriver à 50% d’abondance
qu’est ce qu’implique l’adaptation de l’organisme/cellules aux conditions changeantes de leur environnement?
changement des patrons d’expression des gènes, certains sont induits et d’autres sont réprimés
qu’est-ce que la régulation de la transcription permet?
permet l’expression d’un gène au bon moment selon les besoins de la cellule
qu’est ce que l’efficacité de la transcription détermine?
détermine la quantité d’ARN produit et a donc un impact sur la quantité de protéine traduite
V ou F: tous les gènes sont transcrits (exprimés) avec la même efficacité?
FAUX ne sont PAS transcrits avec la même efficacité.
taux de transcription détermine quoi?
le niveau d’ARNm et don aussi combien de protéine sera synthétisé
le taux de transcription d’un gène est régulé au niveau de …
l’initiation par la séquence du promoteur et les facteurs de transcription spécifiques qui s’y attahcenet
V OU F: la vitesse d’élongation peut varier?
FAUX: la vitesse d’élongation de la transcription reste toujours la même
l’initiation de la transcription est contrôlée par quoi?
facteurs protéiques
rôle des activateurs de la transcription
facilitent l’assemblage des facteurs généraux de transcription et de la polymérase sur le promoteur
rôle des répresseurs
empêchent l’assemblage des facteurs généraux de transcription et de la polymérase sur le promoteur
ces facteurs protéiques spécifiques stimulant ou inhibant la transcription se lient ou?
à des régions de contrôle spécifique de la transcription sur l’ADN en amont du promoteur (et même en aval)
nom séquences activent transcription
enhancers
nom séquences qui inhibent transcritption
silencers
liaison des protéiques spécifiques sur ADN entraine quoi?
changement de conformation de ces complexes et de l’ADN (résultant en activation ou inhibition de la transcription)
les facteurs spécifiques de transcription comprennent (2 éléments)
1) domaine de liaison à ADN
2) domaine d’activation (protéine d’activation) ou domaine de répression (protéine de répression)
nom du domaine spécifique de liaison
DBD
nom d’une porcine d’activation
TAD
lors d’un effort physique, il a production de x/favorise la transformation de x en x
glucocorticoides
glycogène (réserve E) en glucose
transformation de glycogène en glucose est possible grâce à
enzyme convertissant le glycogène
*enzyme pas constamment présente dans la cellule, synthétisée seulement au besoin (synthèse modulée par la présence de glucocorticoides)
facteurs de transcription TF se liant à ADN et complexes protéiques qui se lient à ces facteurs déterminent quoi?
la vitesse d’initiation de la transcription qui varie d’un gène à l’autre et d’une condition à l’autre
V OU F: le complexe d’initiation de la transcription (ARN polymère.rase et facteurs généraux de la transcription) est identique pour la transcription de tous les gènes?
VRAI
exemples de facteurs pouvant remodeler la structure de la chromatine
acétyles d’histone et déacétylase
complexe de remodelage de la protéine
modification de la chromatine: rôle activateur
recrutement acétyles d’histone par facteur de transcription activateur (queues d’histones acétyles, meilleure accessibilité à l’ADN)
*pour faire glisser les nucléosomes masquant le promoteur
modification de la chromatine: rôle répresseur
recrutent des déacétylases d’histones (effet inverse activateur)
