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MMD 1042 Examen 3 (2023) > Technologies de l'ADN > Flashcards

Technologies de l'ADN Flashcards

Rédigé par Séverine Lemieux Révisé par: Diana

1
Q

Enzyme clivant les liaisons phosphodiesters entre deux nucléotides

A

Nucléase

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2
Q

Types de nucléase (2)

A

Exonucléase

Endonucléase

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3
Q

Nucléase coupant à partir d’une extrémité (5’ vers 3’ ou 3’ vers 5’)

A

Exonucléase

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4
Q

Nucléase coupant au milieu de la chaîne

A

Endonucléase

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5
Q

Rôle des enzymes/endonucléases de restriction chez les bactéries

A

Défense contre les virus en coupant l’ADN étranger

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6
Q

Selon quoi sont nommées les enzymes de restriction?

A

Selon l’espèce de bactérie de laquelle elles ont été isolées

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7
Q

Séquence reconnue par la majorité des enzymes de restriction

A

Séquence palindromique

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8
Q

Définir séquence palindromique

A

Séquence qui se lit de la même façon dans les deux directions

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9
Q

Méthode de séparation des fragments d’ADN

A

Électrophorèse sur Gel d’Agarose

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10
Q

L’échantillon d’ADN est déposé plus près de la cathode (pôle négatif) ou de l’anode (pôle positif)?

A

De la cathode (-)

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11
Q

Vrai ou faux.

Les fragments d’ADN plus longs se déplacent plus rapidement vers l’anode (pôle positif)

A

Faux.

Les plus petits fragments se déplacent plus rapidement.

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12
Q

Pourquoi l’ADN est il attiré par le pôle positif?

A

Il est chargé négativement.

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13
Q

Molécule de fluorescence s’intercalant à l’intérieur de la double hélice facilicitant l’analyse

A

Bromure d’Ethidium

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14
Q

Enzyme catalysant la formation d’un nouveau lien phosphodiester

A

Ligase

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15
Q

Type de fragments d’ADN obtenus suite au clivage par enzymes de restriction (2)

A

Bouts francs

Bouts collants

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16
Q

L’appariement de quel type de bouts est le plus efficace? Pourquoi?

A

Bouts collants.

Car les contacts entre deux bouts francs dépendent de collisions aléatoires.

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17
Q

Vrai ou faux.

Il est possible de faire une ligation d’extrémités franches coupés par des enzymes différentes.

A

Vrai

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18
Q

Définir “cloning”

A

Insertion d’ADN dans un vecteur d’ADN qui peut se répliquer de façon autonome et illimitée

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19
Q

Cercle d’ADN bicaténaire qui peut se répliquer de façon autonome dans organisme hôte

A

Plasmide

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20
Q

Composantes du plasmide nécessaires à sa réplication autonome (2)

A

Origine de réplication

Gène codant pour des protéines de réplication

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21
Q

Séquences d’ADN du plasmide pertinentes au clonage (3)

A

Origine de réplication
Gène de résistance à un antibiotique
Sites de restriction (de multicolonage)

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22
Q

Rôle du gène de résistance à un antibiotique

A

Éliminer les bactéries ne contenant pas le vecteur/plasmide

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23
Q

Définir “insert”

A

Nouveau fragment d’ADN à être cloné

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24
Q

Exemples de protéines recombinantes produites par le clonage d’un fragment d’ADN (5)

A 
Insuline
Hormone de croissance (HGH)
Facteurs de coagulation
Immunogènes (vaccin)
Lactase
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25
Q

Processus d’introduction d’un plasmide dans une souche de bactérie ou levure

A

Transformation

26
Q

Taux d’efficacité de transformation

A

1/2000 au mieux

27
Q

Composantes étudiées grâce à Green Fluorescent Protein (GFP) (4)

A

Niveaux de transcription d’un gène
Niveaux de traduction
Localisation cellulaire de protéine
Co-localisation cellulaire

28
Q

Origine GFP

A

Méduse Aequorea victoria

29
Q

Amorce pour réplication d’ADN in vitro

A

Oligonucléotide complémentaire au brin d’ADN matrice synthétisée dans laboratoire

30
Q

Brin matrice pour réplication d’ADN in vitro

A

Simple brin synthétique suite à dénaturation thermique d’un brin double

31
Q

Température à laquelle l’ADN se dénature (devient simple brin)

A

Entre 85 et 90 degrés

32
Q

La température de dénaturation est-elle plus élevée ou plus basse pour l’ADN poly A-T? Pour ADN poly G-C?

A

A-T: plus basse (2 ponts hydrogène)

G-C: plus élevée (3 ponts hydrogène)

33
Q

Vrai ou faux.

La dénaturation de l’ADN double-brin est irréversible.

A

Faux. L’ADN se ré-hybride lorsqu’il revient aux bonnes conditions.

34
Q

Molécule entraînant la terminaison de chaîne

A

Didéoxyribonucléoside triphosphate (ddNTP)

35
Q

Pourquoi le ddNTP cause la terminaison de la chaîne

A

Absence de -OH en 3’

36
Q

Étapes de la méthode de terminaison de chaîne ou de Sanger (4)

A

(1) Séparation des brins
(2) Ajout des amorces, des désoxynucléotides (dG, dA, dT, dC), d’un type de didéoxynucléotide (ddNTP) par tube et de l’ADN polymérase
(3) Séparation sur gel et détection des brins synthétisés par extension de l’amorce
(4) Lecture de la séquence sur gel

37
Q

Types de ddNTP (4)

A

ddATP
ddTTP
ddCTP
ddGTP

38
Q

Étapes de la “polymerase-chain reaction” (PCR) (3)

A

(1) Séparation des brins (95 degrés)
(2) Hybridation des amorces (55 degrés)
(3) Synthèse par l’ADN polymérase

39
Q

Quelles sont les options d’ADN polymérase pour PCR? (2)

A

ADN polymérase d’E. coli (37 degrés)

Taql ADN polymérase (72 degrés)

40
Q

Quel ADN polymérase est privilégié dans la PCR et pourquoi?

A

Taql ADN Polyérase, car il n’est pas dénaturé par la chaleur (72 degrés)

41
Q

Nombre de nucléotides dans un short tandem repeat (STR)

A

2 à 6 nucléotides

42
Q

Sur quelle particularité des STR et des VNTR se base le DNA fingerprinting?

A

Le nombre de STR et de VNTR varie dans un même locus pour chaque individu.

43
Q

Nombre de nucléotides dans un variable number of tandem repeats (VNTR)

A

10 à 100 nucléotides

44
Q

Exemples d’utilités des STR et VNRT en médecine légale (3)

A

Détermination de la paternité
Identification de cadavres
Identification de suspects

45
Q

Rôle PCR

A

Amplification d’ADN à partir de très petits échantillons

46
Q

Qu’est-ce qui représente 90% des variations génétiques humaines?

A

Polymorphisme de nucléotides simples (SNPs)

47
Q

Quel pourcentage de l’ADN représente des variations caractérisant chaque individu génétiquement?

A

0,1%

48
Q

Nombre approximatif de SNPs dans chaque individu

A

10 millions (1/300 nucléotide)

49
Q

Différence entre SNP et mutation

A

SNP : variation de base d’ADN simple trouvée > 1% de la population
Mutation : variation de base d’ADN simple trouvée <1% de la population

50
Q

Exemples de traits génétiques associés aux SNPs (5)

A

La taille et la couleur des yeux et des cheveux
Performance musculaire
Comportement social
Hérédité et susceptibilité à des maladies
Réponse individuelle aux médicaments

51
Q

SNPs causant un trait génétique, une maladie, une susceptibilité ou une différence de réponse à un traitement

A

Causatifs (incluent des régions codantes et des régions non-codantes)

52
Q

SNPs ne causant pas de traits, mais servant de marqueurs de trait

A

Liés

53
Q

SNPs pouvant affecter la séquence et la fonction des protéines

A

Des régions codantes

54
Q

SNPs pouvant affecter l’épissage de pré- ARNm, la régulation d’un gène, niveau d‘expression

A

Des régions non-codantes

55
Q

Bloc caractéristique de plusieurs SNPs pouvant être hérités ensemble

A

Haplotype

56
Q

But du projet HapMap

A

Une carte d’haplotypes identifiés par des SNPs étiquettes :

Réduire le nombre de SNPs requis pour examiner l’ensemble du génome pour l’association avec un phénotype (maladie, sensibilité, etc)

57
Q

Conséquences bénéfiques du HapMap (3)

A

Prédire la susceptibilité à des maladies dans une population
Prédire la prédisposition d’un individu à souffrir d’une maladie
Offrir un traitement individualisé/unique à chaque individu

58
Q

Nombre de personnes mourant de réactions adverses à des médicaments prescrits correctement chaque année aux USA

A

106 000

59
Q

Nombre de personnes souffrant d’effets secondaires non mortels de médicaments prescrits correctement chaque année aux USA

A

2,2 millions

60
Q

Médecine basée sur le contexte du profile génétique et environnemental du patient dans l’établissement d’un diagnostic

A

Médecine personnalisée

61
Q

Sur quel concept est basée la médecine traditionnelle ?

A

“Educated guess” sur lequel est le meilleur traitement à prescrire (non personnalisé)

62
Q

Quelles sont les étapes pour la production de protéines recombinantes thérapeutiques en grande quantité, par l’utilisation d’un vecteur d’expression ?

A

(1) Présence d’un puissant promoteur
(2) Clonage du gène (restriction, ligation)
(3) Transformation du plasmide d’expression dans des bactéries adéquates
(4) Surexpression et purification de la protéine produite en grandes quantités

MMD 1042 Examen 3 (2023) (13 decks)

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