Studii de asociere genetica

Question 1

Dupa ce criterii pot fi clasificate variatiile genice?

Answer 1

1. Frecventa in populatie
2. Loc
3. Efect
4. Lungime

Question 2

Clasificare variatii genice dupa frecventa

Answer 2

• Mutatii <1% din pop,
• Polimorfisme >= 1% din pop.
  diferenta nu are conotatii functionale

Question 3

Clasificare variatii genice dupa loc

Answer 3

secvente codificatoare - schimbari in structura proteinei

secvente intergenice - niveluri diferite de expresie

Question 4

Clasificare variatii genice dupa efect

Answer 4

functionale - nu blocheaza transcrierea genei
non-functionale - blocheaza transcrierea genei
Ne concentram doar pe cele functionale

Question 5

Clasificare variatii genice dupa lungime

Answer 5

1. polimorfisme de o singura nucleotida/ SNP; o singura nucleotida difera
2. insertii, deletii sau inversiuni
   - insertii sau deletii (indel) mici: o secventa mice 1-50 pb este in plus sau lipseste
   - secvente repetitive scurte/ microsateliti: secvente de 1-5 pb se repeta
   - VNTR / minisateliti: 5-64 pb se repeta
   - variatii structurale / CNV: insertii, deletii sau inversiuni >1000 pb
   - variatii microscopice

Question 6

Cat din genom reprezinta variatiile genice?

Answer 6

1.6% - 1.2% indeluri si CNV; 0.3% inversiuni; 0.1% SNP

Question 7

Pe ce ipoteza se bazeaza scopul studiilor de asociere genetica?

Answer 7

Boala comuna / varianta comuna - cea mai mare parte din varianta genetica a fenotipurilor cantitative ar fi explicata prin polimorfisme; cu cat un fenotip cantitativ e mai comun in populatie, asta inseamna ca este determiant de polimorfisme la fel de comune

Question 8

Cate polimorfisme pot explica heritabilitatea unui fenotip cantitativ?

Answer 8

Daca au efect aditiv, in jur de 1000

Question 9

Ce cerceteaza studiile pe gene candidate?

Answer 9

Relatia dintre una sau mai multe variatii genice si un fenotip
Identificarea variatiilor genice care stau la baza heritabilitatii unui fenotip

Question 10

In ce consta PCR?

Answer 10

1. Prealarea de celule cu nucleu
2. Extragerea ADN-ului
3. Crearea unui numar mare de copii ale genei
4. Vizualizarea produsului de amplificare - electroforeza cu gel

Question 11

Exemple de polimorfisme in promotor?

Answer 11

5-HTTPLR

D4DR

Question 12

Exemplu de polimorfism in exoni

Answer 12

BDNF Val66Met

Question 13

Ce este 5HTT

Answer 13

Gena transportorului de serotonina; 17q11.2

Question 14

Ce este 5-HTTPLR

Answer 14

Polimorfism de tip indel al genei transportorului de serotonina

• repetarea a 20-23 pb
  - x14 alela s - alela hipofunctionala
  - x16 alela l - alela functionala

Question 15

Ce este D4DR

Answer 15

Gena receptorului dopaminergic de tip 4 asociat cu fenotipul cautarea noutatii, impulsivitate, control redus al violentei

Question 16

Care e polimorfismul genei D4DR

Answer 16

E de tip VNTR/ minisatelit in exonul 3 al genei

• element de 48 PB care se repeta de 2 pana la 11 ori , creand 11 alele (2R-11R)
• cele mai comune alele au fost 4R si 7R
• cele mai comune genotipuri sunt 4R/4R; 4R/7R => alela 7R asociata cu niveluri mai crescute ale acestei trasaturi

Question 17

Ce este BDNF

Answer 17

Gena a factorului de crestere derivat din creier

11p13, codifica precursorul BDNF (proBDNF)

Question 18

Care este polimorfismul BDNF

Answer 18

BDNF Val66Met

• SNP care inlocuieste A cu G in exonul 2 cu 2 alele
  
  • Val
  • Met

Question 19

Studiu BDNF Val66Met

Answer 19

3 grupuri: sanatosi, schizofrenie, rude sanatoase ale celor cu schizofrenie - performanta de memorie declarativa, activitatea hipocampica in timpul unei sarcini de memorie de lucru

• heterozigoti/ homozigoti Met - performanta mai redusa de memorie declarativa
• heterozigoti/ homozigoti Val - activitate hipocampica mai mare in timpuul sarcinii de memorie de lucru

Question 20

Care sunt teoriile interactiunii G x E?

Answer 20

1. Teoria diateza - stres

2. Susceptibilitatea diferentiala

Question 21

Ce permite interactiunea G x E?

Answer 21

Investingarea genotipului ca moderator al relatiei dintre un factor de mediu si fenotip.

Question 22

Ce inseamna teoria diateza - stres?

Answer 22

diateza - predisozitiile genetice sau alelele de risc

stres - factori de mediu nocivi

Question 23

De cate feluri poate fi moderarea G x E?

Answer 23

sens slab - relatia dintre factorul de mediu si fenotipul este semnificativa la toate genotipurile, dar este mai mare la un genotip
sens putenic - relatia dintre factorii de mediu si fenotip este semnificativa doar la un anumit genotip, nu si la celelalte

Question 24

Care e relatia dintre MAOA, maltratarea in copilarie si comportamentul antisocial?

Answer 24

Polimorfism de tip VNTR in promotorul genei MAOA; gena e pe cromozomul X ( a fost studiat pe barbati) => poate fi hipofunctionala sau functionala
Rezultatele arata ca:
- genotipul MAOA nu a fost asociat cu comportamentul antisocial
- maltratarea in copilarie a fost asociata cu comportamentul antisocial
- relatia pozitiva dintre maltrarea in copilarie si comportamentul antisocial a fost mai puternica in indivizii cu alela MAOA hipofunctionala

Question 25

Care e relatia dintre 5-HTTPLR, evenimentele stresante si simptomele depresive?

Answer 25

Numarul de evenimente stresante a fost asociat pozitiv cu fenotiul depresiv mai ales la purtatorii alelei hipofunctionale s a 5-HTTPLR. Purtatorii alelei s a 5-HTTPLR au cele mai mari costuri dupa evenimentele stresante in termeni de simptome depresive mai crescute, dar si cele mai beneficii in medii propice

Question 26

Ce este teoria susceptibilitatii diferentiale?

Answer 26

Variatiile genice trebuie vazute ca alele de plasticitate, care se asociaza cu diferente de sensibilitate la mediu. Acelasi genotip asociat cu sensibilitate crescuta la mediu prezice costuri mai mari in medii adverse dar si beneficii mai mari in medii benefice.

Question 27

Susceptibilitate si 5-HTTPLR

Answer 27

homozigotii pentru alela s au cel mai mare nivel de simptome depresive daca mediul a fost advers, dar si cel mai mic nivel de simptome depresive daca mediul a fost benefic

Question 28

Ce este endofenotipul?

Answer 28

(fenotip intermediar) - mecanismele care stau la baza bolilor si care nu sunt observabile - pot fi biologice sau psihologice - comportamentul este o reflectare indirecta a efectului genelor

Question 29

Care sunt caracteristicile endofenotipurilor?

Answer 29

1. asociate cu boala in populatie 2. heritabilitatea este semnificativa 3. e prezent si inainte sa se manifeste boala 4. in cadrul famiilor, endofenotipul si boala se asociaza 5. endofenotipul identificat la membrii afectati ai unei familii este prezent si la o parte din membrii neafectati, intr-o proportie mai mare decat la populatia generala

Question 30

Endofenotip intre 5=HTTPLR si activitatea amigdaliana

Answer 30

- sarcina de recunoastere a expresiilor faciale de frica si furie Activitatea amigdaliana era mai crescuta la purtatorii alelei s a 5-HTTPLR in comparatie cu homozigotii pentru l

Question 31

Care sunt meritele studiilor pe gene candidate?

Answer 31

- primii pasi in asocierea gentica - au deschis drumul pentru investigarea G x E - au stimulat dezvoltarea cadrului teoretic: susceptibilitate diferentiala, endofenotip

Question 32

Care sunt limitele studiilor pe gene candidate?

Answer 32

1. nu investigheaza corelatiile gene -mediu 2. nu controleaza stratificarea entica a aleleor si genotipurilor 3. polimorfismele functionale au efect mic 4. nu au putere statistica 5. replicabilitate mica 6. fenotipurile comportamentale sun poligenice