Struttura 2a DNA

Question 1

Quali sono i legami caratteristici della struttura 2a?

Answer 1

VdW, Idrofobici, Legami H

Question 2

A cosa è dovuta la forma della DNA B?

Answer 2

Cooperazione delle interazioni idrofobiche e legami VdW tra gruppi fosfato e accettori/donatori delle basi azotate appaiate che creano i solchi.

Question 3

Quali sono le caratteristiche delle basi azotate?

Answer 3

Idrofobiche, Planari e Aromatiche

Question 4

Cosa si intende per stacking?

Answer 4

Impilamento delle base dovuto alle forze di Van der Waals.

Question 5

Cosa si intende per twist elicale?

Answer 5

Giustifica le forze di stacking per massimizzare le interazioni e minimizzare le repulsioni e si intende la rotazione delle basi attorno all’asse centrale

Question 6

Perché sono molto maggiori rispetto alla scala obliqua?

Answer 6

Le basi sono perpendicolari all’asse e ciò permette una separazione tra le basi pari all’innalzamento assiale

Question 7

Perché sono molto maggiori rispetto alla scala obliqua?

Answer 7

Le basi sono perpendicolari all’asse e ciò permette una separazione tra le basi pari all’innalzamento assiale

Question 8

Cosa si intende per base flipping?

Answer 8

Si intende la rotazione delle basi all’esterno dell’elica

Question 9

Cosa si intende per base flipping attivo e passivo?

Answer 9

Attivo: Metiltransferasi
Passivo: Base danneggiata che ruota spontaneamente verso l’esterno

Question 10

Quando la stabilità dell’elica è favorita o sfavorita?

Answer 10

Favorita: interazioni idrofobiche per l’impacchettamento basi e legami H tra coppie di basi
Sfavorita: repulsione elettrostatica dei fosfati

Question 11

A cosa è dovuta la deviazione planarità?

Answer 11

Movimenti Traslazionali, Rotazionali e Propeller Twist

Question 12

Quali sono i movimenti traslazionali?

Answer 12

• Stagger, Stretch, Shear (singole basi lungo i tre assi)
• Rice (Z), Slide (Y), Shift (X), appaiamento rispetto all’appartamento contiguo

Question 13

Quali sono i movimenti rotazionali?

Answer 13

Twist, Roll, Tilt (già Conformazioni multiple)

Question 14

Cosa si intende per Propeller Twist?

Answer 14

Angolo di rotazione tra le singole basi all’interno di un appaiamento visto lungo l’asse Y.

Question 15

Come si riflette il Propeller Twist nelle strutture del DNA?

Answer 15

B: Alto
A: Pronunciato
Z: Nullo

Question 16

Quale tipo di proteine si lega al solco maggiore?

Answer 16

Le proteine alfa elica

Question 17

Quali sono i principali motivi strutturali stabili tra DNA e Proteine?

Answer 17

• Zinc Finger
• Helix-Turn-Helix
• Helix-Loop-Helix
• Leucine zipper

Question 18

Cosa si intende per denaturazione e rimaturazione del DNA?

Answer 18

Possibilità che la doppia elica possa essere srotolata o ricomposta sia in vivo tramite enzimi o in vitro tramite calore. Sono processi reversibili

Question 19

Cosa si intende per reazione di ibridazione?

Answer 19

Per la separazione reversibile, in vitro, si possono ibridare due molecole di DNA complementari da fonti diverse ma anche DNA-RNA e RNA-RNA

Question 20

Quali sono le caratteristiche fisiche della denaturazione del DNA?

Answer 20

• Maggior assorbanza
• Ipocromicità
• Temperatura di melting (contenuto di G e C)

Question 21

Cosa si intende per tautomeria delle basi azotate?

Answer 21

Adenina e Citosina (tautomeria ammino-imminica)
Guanina e Timina (tautomeria cheto-enolica)

Question 22

Perché la capacità di formare tautomeri è causa di errori nella sequenza del DNA?

Answer 22

• Causano nuovi appaiamenti, in particolare A-C e G-T
• Mutazioni Wild-type