Structure Des Protéines

Question 1

A quoi sert la centrifugation différentielle ? En quoi consiste-t-elle ?

Answer 1

Isoler un organite
A partir d’un homogénat, on effectue ≠ centrifugations successives de vitesses et durées croissantes
On distinguera le culot et le surnageant

Question 2

Quelles sont les différents types de chromatographies ? Comment fonctionnent-elles ?

Answer 2

1) Echangeuse d’ions : billes chargées +/- et donc les protéines de charges opposées vont être retenues sur la colonne. Séparation donc selon le PI (charge)

2) Filtration sur gel : les billes les plus petites sont retardées et sortent donc en dernier. Séparation suivant le poids moléculaire décroissant

3) D’affinité : fixation spécifique de la protéine pouvant interagir avec le ligand

Question 3

Comment fonctionne une éloctrophorèse SDS-Page ?

Answer 3

C’est une technique de séparation où + la bille est petite, + elle migre vite.

Question 4

Qu’est-ce que le SDS ?

Answer 4

C’est un agent dénaturant qui coupe les liaisons non covalentes et ajoute des charges négatives aux protéines.

Question 5

Qu’est-ce que le bêta-mercaptoéthanol ?

Answer 5

C’est un agent réducteur qui coupe les ponts disulfures.

Question 6

Quel est le principe d’une électrophorèse bidimensionnelle ?

Answer 6

Première dimension : électro focalisation, c’est une séparation selon le point isoélectrique (la charge).
Deuxième dimension : électrophorèse SDS page c’est une séparation selon la taille.

Question 7

Quelles sont les constituants d’un acide aminé ?

Answer 7

Un acide aminé possède un carbone alpha qui possède une fonction acide carboxylique et une fonction amine primaire, un atome d’hydrogène et une chaîne latérale variable.
(Carbone alpha est donc asymétrique)

Question 8

Quels sont les AA apolaires ?

Answer 8

Glycine, Alanine, Valine, Leucine, Isoleucine, Méthionine, Proline, Phénylalanine, Tryptophane

Question 9

Quels sont les AA polaires non ionisables ?

Answer 9

Sérine, Thréonine, Tyrosine, Cystéine, Glutamine, Asparagine

Question 10

Quels sont les AA polaires ionisables ?

Answer 10

Acide glutamique, Acide aspartique, Histidine, Lysine, Arginine

Question 11

Qu’est ce qu’une liaison peptidique ?
4 adjectifs pour décrire une liaison peptidique ?

Answer 11

Liaison reliant les acides aminés entre eux.
Rigide, plane, polaire, amide.

Question 12

Qu’est ce que l’angle oméga et sa caractéristique ?

Answer 12

C’est l’angle de torsion autour de la liaison C-N.
Il ne peut prendre que deux valeurs : TRANS = 180° ou CIS = 0°

Question 13

Qu’est ce que les angles phi et psi ? Leurs caractéristiques ?

Answer 13

Ce sont les angles de rotation : Phi entre C alpha et NH et Psi entre C alpha et CO.

Permettent de modifier la conformation spatiale de la chaîne polypeptidique et ils sont fixes pour une structure secondaire donnée.

Question 14

Grâce à quoi la liaison peptidique peut-être rompue ? (Agent, type de clivage, spécificité)

Answer 14

-Trypsine, Enzymatique, coupe après Lysine ou arginine
-Chymotrypsine, Enzymatique, coupe après phénylalaline, tyrosine, tryptophane, leucine, méthionine
-Bromure de cyanogène, Chimique, méthionine

Question 15

Quelles sont les structures secondaires répétitives et régulières ?

Answer 15

-Les hélices alpha (stabilisées par LH entre C=O et N-H / hélice alpha droite + fréquente / chaînes latérales vers l’extérieur pour interagir avec l’extérieur)

-Les feuillets bêta parallèles ou antiparallèles (stabilisés par LH / chaînes latérales au-dessus et en-dessous du plan)

Question 16

Quelles sont les structures secondaires non répétitives et non régulières ?

Answer 16

-Coudes (quelques résidus d’AA / stabilisés par une LH)

-Boucles (vingtaine de résidus d’AA / situées vers l’extérieur des protéines)

Question 17

En quels AA sont riches/pauvres les hélices alpha, les feuillets bêta, les coudes ?

Answer 17

-Hélices alpha : riche en alanine et pauvre en glycine, proline, valine

-Feuillets bêta : riche en valine et pauvre en glycine, proline, alanine

-Coude : riche en glycine, proline et pauvre en alanine, valine

Question 18

Qu’est-ce que la structure tertiaire ?

Answer 18

Organisation interne d’une chaîne peptidique (ex : 1 protéine monomérique ou 1 sous-unité d’une protéine multimérique). Structure tridimensionnelle maintenues grâce à des liaisons non-covalentes.

Question 19

Exemples de liaisons non-covalentes ?

Answer 19

-Liaison hydrogène (molécules polaires)
-Liaison éléctrostatique (molécules chargées)
-Liaison hydrophobe (molécules apolaires)
-Liaison de Van der Waals

Question 20

Qu’est ce que la structure quaternaire ?

Answer 20

C’est l’organisation complexe d’une protéine multimérique (maintenues par des liaisons non-covalentes et des ponts S-S inter-caténaires)