Structure des macromolécules (cours 3) Flashcards
Qu’est ce qui différencie les purines des pyrimidines?
Les purines ont un double cycle
Quelles sont les purines?
dAdénosine et dGuanosine
Quelles sont les pyrimidines?
dCytosine et dThymidine
Qu’elle est la règle de Chargaff?
%A = %T et %C = %G
Explique la diffraction par rayons X…
Les rayons X sont diffractés par la présence de quelque chose. Le pâle c’est la molécule
Question
A et T font combien de lien? Et quel type de lien? (Et pour G et C?)
A et T ont 2 ponts H
G et C en font 3
Facts à savoir sur structure ADN…
- 2 chaines de nucléotides
- Enroulée en double hélice
- Squelette alternance de sucres et de phosphate
- Bases orientées vers l’intérieur
- Chaine antiparallèle
- Les bases sont complémentaires
- La complémentarité des bases maintient les 2 chaines ensembles
Explique la différence entre le sillons mineur et majeur…
Voir dessin tutorat
Grand sillon = 240° lui qui permet de différentier laquelle est de quel coté
Petit sillon = 120° permet de juste différencier si cest CG et AT
Nomme les deux types de lien que le Désoxyribose peut faire?
Lien phosphomonoester (avec l’acide phosphorique) (OH de 5’)
Lien glycosidique (avec la base) (OH de 1’)
Comment nomme-t-on l’association de 2 liens phosphoester?
1 phosphodiester
Relie le OH en 3’ de un avec le P attaché en 5’ de l’autre
Comment nomme-t-on l’association de 2 liens phosphoester?
1 phosphodiester
Relie le OH en 3’ de un avec le P attaché en 5’ de l’autre
Pourquoi les acides nucléiques croissent de 5’ vers 3’?
À cause de la structure du nucléotide qui fait en sorte qu’il y a un hydroxyle libre en 3’
Explique l’empilement des bases…
Les bases appariées forment une surface hydrophobe et les interactions de van der Waals entre les bases adjacentes stabilisent la molécule
Chaque base forme un angle de ____ avec sa voisine.
30°
L’hélice d’ADN tourne le plus souvent vers la…
Droite
Il faut environ combien de paires de bases pour parcourir un tour complet de l’hélice?
11pb
Par rapport au grand et petit sillon…
Nomme les groupes chimiques spécifiques…
A: Accepteur de lien H
D: Donneur de lien H
M: Méthyle (hydrophobe) -> juste la thymine)
*La succession de ces groupe dans la molécule permet de reconnaitre des séquences spécifiques dans l’ADN
Dans quelles régions que la double hélice est plus facilement brisée et pourquoi?
Dans des régions où il y a une série de AT.
À cause de l’empilement des bases et la force moins grande que CG, ça engendre que certaine bases sont tordues et change localement la largeur des sillons.
Dans quelles régions que la double hélice est plus facilement brisée et pourquoi?
Dans des régions où il y a une série de AT.
À cause de l’empilement des bases et la force moins grande que CG, ça engendre que certaine bases sont tordues et change localement la largeur des sillons.
Qu’est ce que l’ADN Z?
c’est une hélice de pas gauche… Le lien qui attache le sucre à la base de chaque nucléotide peut avoir la conformation syn ou anti. Dans l’hélice de pas droit, le lien est anti. Dans hélice de pas gauche, les pyrimidines sont anti, mais les purines sont trans
Question
Vrai ou faux?
ADN double brin absorbe moins de lumière UV.
Vrai
Qu’est ce que le Tm?
le melting temperature
T° de dénaturation
Correspond au point d’augmentation de l’absorbance sur le graphique
Le Tm dépend de quoi?
Le nombre relatif de CG et de la salinité (force ionique)
Qu’est ce qui arrive avec l’hybridation à basse température?
Engendre hybridation entre des séquences pas pareilles -> mutation
Facts sur hybridation… Quand aug T° puis rediminue, qu’est ce qui arrive?
Il y a ré-appariement des nucléotides lorsque les conditions redeviennent favorables.
Southern blot…
Détection ADN
- isolé et fragmenté ADN
- Séparer ADN selon la taille avec gel agarose
- transfert sur membrane
- Dénaturation de ADN pour que bases soient accessibles
- Hybridation avec sondes
- Lavage
- Détection de la sonde
Électrophorèse…
ADN chargée négativement va migrer vers le pôle positif
Nothern blot..
ARNm
Hybridation in situ…
Isole ARNm, mais dans les tissus et non sur un gel
Biopuce…
Séquence ADN synthétisée et déposée sur lame
Chaque puit contient une séquence spécifique
Dépose ARN sur puits
Permet de déterminer rapidement l’expression du gène
Différences de ARN (3)
- Simple brin
- Présence groupement OH en 2’ du ribose
- Thymine -> Uracile
Pourquoi il n’y a pas de Uracile dans l’ADN?
Il est facile de perdre une amine au profit de l’O2. Les radicaux libres qui s’accumulent dans la cellule désamine la cytosine. Elle devient alors uracile. L’uracile fait les même liens que la thymine donc reste dans la séquence. Toutefois, ça provoque une mutation. Si il y avait déjà des U dans ADN, ne pourrait pas reconnaitre où sont les erreurs.
Vrai ou faux? Ça prend plus d’énergie faire une Thymine qu’un Uracile.
Vrai
Parce qu’il y a un méthyle de +
ARN peut former des structures 3D?
Oui, des structures en tige-boucle en raison des séquences avoisinantes complémentaires
Dans cette structure 3D de ARN, il peut y avoir des protubérances. Qu’est ce qu’elles permettent?
Peuvent être reconnues par les protéines. Permet de couper les introns
Quels sont les appariements particuliers de ARN? (Des structures particulières qui stabilisent les tiges-boucles)
Tétraboucle: 4 nucléorides appariées
Pseudonoeud: Ressemble plus a ADN A qu’à ADN B à cause de OH
Appariement G-U : reliés par 2 liens H
La structure simple brin de ARN permet une structure plus flexible et permet des appariement non usuels telque…
Complexe tertiaire et des interaction bases/ossature
Les Ribozymes sont?
des ARN qui sont des enzymes
ARN peut être catalytique grâce…
au OH en 2’
Quels sont les différents ARN?
ARN messager ARN de transfert ARN ribosomal ARN nucléaires (snARN) ARN non codant
Vrai ou faux?
Plusieurs triplet de nucléotides codent pour le même acide aminé?
Vrai
Qu’est ce que la colinéarité?
Les triplets de nucléotides qui suivent le même ordre que les acides aminés
Vrai ou faux?
Le lien peptide est rigide.
Vrai
Nomme les acides aminés spéciaux. (3)
Glycine (Pas de chaine latérale, Permet des repliement serrée des peptides)
Proline (structure rigide, chaine latérale reliée à groupe amine)
Cystéine (Formation de pont disulfure, peut attacher 2 peptide par un lien covalent)
Vrai ou faux?
Les ponts disulfures ne peuvent pas se faire dans la cellule.
Vrai
Seulement dans la matrice extracellulaire
5’ et 3’ correspond a quelle extrémité respectivement?
5' = NH2-terminale 3' = COOH-terminal
Vrai ou faux?
La structure primaire détermine la structure 3D de la protéine.
Vrai
Quelles sont les structures secondaires des protéines?
Hélice alpha et feuillet beta
Vrai ou faux?
L’hélice alpha est l’arrangement le plus stable.
Vrai
Dans l’hélice alpha, les chaines latérales sont orientées vers?
l’extérieur, ce qui les positionne pour réagir avec d’autres molécules
Qu’est ce qui permet les feuillet beta?
Les liens H possible entre les atomes de l’ossature des deux brins adjacents
Un feuillet beta est formé de combien de brin (et a.a)?
4 à brins de 8-10 aa chacun
Les as forment un angle de combien dans le feuillet beta?
180° de sorte que les chaines latérales émergent de chaque côté. Alterne en haut/ en bas
Vrai ou faux?
Les feuillets beta peuvent être parallèle ou antiparallèle.
Vrai
Possible aussi que contienne les deux
Les feuillets beta tournent légèrement vers quel côté?
la droite
Un peu incurvé, ça permet aux protéine de former un baril pour cacher des groupements spécifiques à l’intérieur
