Structure des macromolécules (cours 3) Flashcards

1
Q

Qu’est ce qui différencie les purines des pyrimidines?

A

Les purines ont un double cycle

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Q

Quelles sont les purines?

A

dAdénosine et dGuanosine

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3
Q

Quelles sont les pyrimidines?

A

dCytosine et dThymidine

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4
Q

Qu’elle est la règle de Chargaff?

A

%A = %T et %C = %G

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5
Q

Explique la diffraction par rayons X…

A

Les rayons X sont diffractés par la présence de quelque chose. Le pâle c’est la molécule
Question

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6
Q

A et T font combien de lien? Et quel type de lien? (Et pour G et C?)

A

A et T ont 2 ponts H

G et C en font 3

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7
Q

Facts à savoir sur structure ADN…

A
  • 2 chaines de nucléotides
  • Enroulée en double hélice
  • Squelette alternance de sucres et de phosphate
  • Bases orientées vers l’intérieur
  • Chaine antiparallèle
  • Les bases sont complémentaires
  • La complémentarité des bases maintient les 2 chaines ensembles
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8
Q

Explique la différence entre le sillons mineur et majeur…

A

Voir dessin tutorat
Grand sillon = 240° lui qui permet de différentier laquelle est de quel coté
Petit sillon = 120° permet de juste différencier si cest CG et AT

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9
Q

Nomme les deux types de lien que le Désoxyribose peut faire?

A

Lien phosphomonoester (avec l’acide phosphorique) (OH de 5’)

Lien glycosidique (avec la base) (OH de 1’)

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10
Q

Comment nomme-t-on l’association de 2 liens phosphoester?

A

1 phosphodiester

Relie le OH en 3’ de un avec le P attaché en 5’ de l’autre

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11
Q

Comment nomme-t-on l’association de 2 liens phosphoester?

A

1 phosphodiester

Relie le OH en 3’ de un avec le P attaché en 5’ de l’autre

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12
Q

Pourquoi les acides nucléiques croissent de 5’ vers 3’?

A

À cause de la structure du nucléotide qui fait en sorte qu’il y a un hydroxyle libre en 3’

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13
Q

Explique l’empilement des bases…

A

Les bases appariées forment une surface hydrophobe et les interactions de van der Waals entre les bases adjacentes stabilisent la molécule

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14
Q

Chaque base forme un angle de ____ avec sa voisine.

A

30°

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15
Q

L’hélice d’ADN tourne le plus souvent vers la…

A

Droite

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16
Q

Il faut environ combien de paires de bases pour parcourir un tour complet de l’hélice?

A

11pb

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17
Q

Par rapport au grand et petit sillon…

Nomme les groupes chimiques spécifiques…

A

A: Accepteur de lien H
D: Donneur de lien H
M: Méthyle (hydrophobe) -> juste la thymine)
*La succession de ces groupe dans la molécule permet de reconnaitre des séquences spécifiques dans l’ADN

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18
Q

Dans quelles régions que la double hélice est plus facilement brisée et pourquoi?

A

Dans des régions où il y a une série de AT.
À cause de l’empilement des bases et la force moins grande que CG, ça engendre que certaine bases sont tordues et change localement la largeur des sillons.

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19
Q

Dans quelles régions que la double hélice est plus facilement brisée et pourquoi?

A

Dans des régions où il y a une série de AT.
À cause de l’empilement des bases et la force moins grande que CG, ça engendre que certaine bases sont tordues et change localement la largeur des sillons.

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20
Q

Qu’est ce que l’ADN Z?

A

c’est une hélice de pas gauche… Le lien qui attache le sucre à la base de chaque nucléotide peut avoir la conformation syn ou anti. Dans l’hélice de pas droit, le lien est anti. Dans hélice de pas gauche, les pyrimidines sont anti, mais les purines sont trans
Question

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21
Q

Vrai ou faux?

ADN double brin absorbe moins de lumière UV.

A

Vrai

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22
Q

Qu’est ce que le Tm?

A

le melting temperature
T° de dénaturation
Correspond au point d’augmentation de l’absorbance sur le graphique

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23
Q

Le Tm dépend de quoi?

A

Le nombre relatif de CG et de la salinité (force ionique)

24
Q

Qu’est ce qui arrive avec l’hybridation à basse température?

A

Engendre hybridation entre des séquences pas pareilles -> mutation

25
Q

Facts sur hybridation… Quand aug T° puis rediminue, qu’est ce qui arrive?

A

Il y a ré-appariement des nucléotides lorsque les conditions redeviennent favorables.

26
Q

Southern blot…

A

Détection ADN

  • isolé et fragmenté ADN
  • Séparer ADN selon la taille avec gel agarose
  • transfert sur membrane
  • Dénaturation de ADN pour que bases soient accessibles
  • Hybridation avec sondes
  • Lavage
  • Détection de la sonde
27
Q

Électrophorèse…

A

ADN chargée négativement va migrer vers le pôle positif

28
Q

Nothern blot..

A

ARNm

29
Q

Hybridation in situ…

A

Isole ARNm, mais dans les tissus et non sur un gel

30
Q

Biopuce…

A

Séquence ADN synthétisée et déposée sur lame
Chaque puit contient une séquence spécifique
Dépose ARN sur puits
Permet de déterminer rapidement l’expression du gène

31
Q

Différences de ARN (3)

A
  • Simple brin
  • Présence groupement OH en 2’ du ribose
  • Thymine -> Uracile
32
Q

Pourquoi il n’y a pas de Uracile dans l’ADN?

A

Il est facile de perdre une amine au profit de l’O2. Les radicaux libres qui s’accumulent dans la cellule désamine la cytosine. Elle devient alors uracile. L’uracile fait les même liens que la thymine donc reste dans la séquence. Toutefois, ça provoque une mutation. Si il y avait déjà des U dans ADN, ne pourrait pas reconnaitre où sont les erreurs.

33
Q

Vrai ou faux? Ça prend plus d’énergie faire une Thymine qu’un Uracile.

A

Vrai

Parce qu’il y a un méthyle de +

34
Q

ARN peut former des structures 3D?

A

Oui, des structures en tige-boucle en raison des séquences avoisinantes complémentaires

35
Q

Dans cette structure 3D de ARN, il peut y avoir des protubérances. Qu’est ce qu’elles permettent?

A

Peuvent être reconnues par les protéines. Permet de couper les introns

36
Q

Quels sont les appariements particuliers de ARN? (Des structures particulières qui stabilisent les tiges-boucles)

A

Tétraboucle: 4 nucléorides appariées

Pseudonoeud: Ressemble plus a ADN A qu’à ADN B à cause de OH

Appariement G-U : reliés par 2 liens H

37
Q

La structure simple brin de ARN permet une structure plus flexible et permet des appariement non usuels telque…

A

Complexe tertiaire et des interaction bases/ossature

38
Q

Les Ribozymes sont?

A

des ARN qui sont des enzymes

39
Q

ARN peut être catalytique grâce…

A

au OH en 2’

40
Q

Quels sont les différents ARN?

A
ARN messager 
ARN de transfert
ARN ribosomal
ARN nucléaires (snARN)
ARN non codant
41
Q

Vrai ou faux?

Plusieurs triplet de nucléotides codent pour le même acide aminé?

A

Vrai

42
Q

Qu’est ce que la colinéarité?

A

Les triplets de nucléotides qui suivent le même ordre que les acides aminés

43
Q

Vrai ou faux?

Le lien peptide est rigide.

A

Vrai

44
Q

Nomme les acides aminés spéciaux. (3)

A

Glycine (Pas de chaine latérale, Permet des repliement serrée des peptides)

Proline (structure rigide, chaine latérale reliée à groupe amine)

Cystéine (Formation de pont disulfure, peut attacher 2 peptide par un lien covalent)

45
Q

Vrai ou faux?

Les ponts disulfures ne peuvent pas se faire dans la cellule.

A

Vrai

Seulement dans la matrice extracellulaire

46
Q

5’ et 3’ correspond a quelle extrémité respectivement?

A
5' = NH2-terminale
3' = COOH-terminal
47
Q

Vrai ou faux?

La structure primaire détermine la structure 3D de la protéine.

A

Vrai

48
Q

Quelles sont les structures secondaires des protéines?

A

Hélice alpha et feuillet beta

49
Q

Vrai ou faux?

L’hélice alpha est l’arrangement le plus stable.

A

Vrai

50
Q

Dans l’hélice alpha, les chaines latérales sont orientées vers?

A

l’extérieur, ce qui les positionne pour réagir avec d’autres molécules

51
Q

Qu’est ce qui permet les feuillet beta?

A

Les liens H possible entre les atomes de l’ossature des deux brins adjacents

52
Q

Un feuillet beta est formé de combien de brin (et a.a)?

A

4 à brins de 8-10 aa chacun

53
Q

Les as forment un angle de combien dans le feuillet beta?

A

180° de sorte que les chaines latérales émergent de chaque côté. Alterne en haut/ en bas

54
Q

Vrai ou faux?

Les feuillets beta peuvent être parallèle ou antiparallèle.

A

Vrai

Possible aussi que contienne les deux

55
Q

Les feuillets beta tournent légèrement vers quel côté?

A

la droite

Un peu incurvé, ça permet aux protéine de former un baril pour cacher des groupements spécifiques à l’intérieur