Service #2 Augmenter la biodiversité terrestre Flashcards
Quelles sont les considération importantes pour le plan d’échantillonnage
- type d’échantillon
-taille de l’échantillon (quelles sont les analyse à faire) - nombre d’échantillon
-paramètre spatial (profondeur, surface)
-paramètre temporel
quel sont les type d’échantillonnage
-transect
-systémique
- aléatoire
Quels sont les défi de l’échantillonnage du sol
- contamination (outils de prélèvement ou contenant d’entreposage)
- conservation (température 4°C, délai de l’analyse : plus rapidement possible)
Qu’est-ce que la technique de fumigation-incubation au chloroforme
On fumige un échantillon de sol via des vapeurs de chloroforme = mort des microorganisme et libération de nutriment.
On réinocule le sol et un témoins avec du sol non fumigé et on incube les sols
On mesure le CO2 produit (témoin pour enlevé le CO2 produit par le sol car il a moins de nutriments que sol fumigé)
biomasse = ΔCO2 - C /Kc (Kc = 0,45) =convertir le CO2 en unité de carbone
qu’est-ce que la technique fumigation-extraction au chloroforme
On fumige un sol et non l’autre
On évacue le chloroforme du sol fumigé
On extrait le sol fumigé et un sol témoins dans une solution de K2SO4
On analyse la composition chimique des deux solution (nitrogène dissous, carbone organique dissous, phosphate organique dissous)
on regarde la différence entre fumigé et non-fumigé et on regarde la concentration de carbone pour trouver la biomasse
Qu’est-ce que la méthode de respiration induite par le substrat
On ajoute du glucose
on incuber 1-2h puis on quantifie la concentration de CO2
Lorsqu’il y a une augmentation de la respiration, il y a une deuxième génération de cellule produite et on veut donc prendre l’échantillon avant cette reproduction
Qu’est-ce que la méthode de respiration induite suppose
-tous les microorganismes sont hétérotrophes
- tous les microorganismes sont capables de croissance aérobie
- SIR est proportionnel à la biomasse microbienne
Qu’est-ce que la masse d’inhibition de la respiration induite par le substrat
Incubation préalable avec un inhibiteur sélectif
on utilise la différence entre le contrôle et le traitement avec inhibiteur pour inférer la biomasse microbienne du groupe ciblé par l’inhibiteur
Qu’est-ce que le quotient métabolique
quotient métabolique = respiration basale/ biomasse microbienne
-bioindicateur de stress environnemental
-stress bas = haute biomasse = faible qCO2
comment le calcule-t-on la diversité génétique du sol
-on utilise le pourcentage d’homologie du gène universel
-ARNr 16S pour bactérie et archée
-ITS (internal transcribed spacer) pour champignon
À quoi sert l’ADN vs ARN pour la diversité génétique du sol, qu’est-ce que ça informe
ADN: représente l’ensemble de m.o. de l’échantillons et informe la diversité génétique
ARN: représente les gène transcrit activement, informe de l’activité métabolique du microbiote
Quelles sont les étapes pour analyser la diversité microbienne
1 extraction ADN ou ARN
2. amplification PCR, RT-PCR, qPCR, qRT-PCR
Quels sont les gènes d’intérêt pour l’amplification par PCR
- ARN 16S
-ITS - gène fonctionnels
Quels sont les types d’analyse qui sont faites pour étudié la diversité du sol
-séquençage de masse (identifie les membres de la communauté microbienne)
- par empreinte (gels avec gradient de température ou d’agent dénaturant ; but: identifier le nombre d’espèce présentes)
Comment utiliser les résultats du séquençage d’ADN des communauté microbiennes
-identifier/quantifier les unités taxinomiques opérationnelles ou variants de séquence d’amplicon
-construire et interpréter les arbres phylogénétiques pour répondre à diverses questions écologiques
-analyser la structure des réseaux symbiotiques
qu’est-ce que les réseau symbiotiques
regarde les espèces de plante qui s’associent avec les mycorhize
Comment utilise-t-on les acides gras pour caractériser la communauté
- les phospholipides ne persistent pas après la mortalité des cellules et ont des caractéristique identifiables. On peut donc connaître les m.o. présent dans l’échantillon qui sont vivants
Quels sont les indices caractérisant la stabilité
indice de tolérance
indice de résistance: capacité à résister à une perturbation du milieu sans changement fonctionnels
Indice de résilience: capacité à un sol de revenir
Qu’est-ce que Do et Dx dans l’indice de résistance
Do: différence entre la concentration de l’échantillon de base et la concentration la plus basse de l’échantillon perturbé
Dx = différence en la concentration de l’échantillon de base et la concentration à temps x
qu’est-ce qu’un indice de résistance de 1, de -1, de 0
1: Do = 0 = résistance parfaite (le sol perturbé se comporte de la même façon que le sol
contrôle)
-1: Co est négligeable face à Do : changement de > 100% dans la réponse entre le sol
perturbé et le sol contrôle
0: C0 = D0 100% dans la réponse entre le sol perturbé et le sol contrôle
Quel est l’équation de l’indice de résistance
1- (2|Do|)/(Co + |Do|)
Quelle est l’équation de l’indice de résilience
((2|Do|)/(|Dx|+|Do|)) -1
qu’est-ce qui caractérise un indice de résilience de 1, de 0, de -1
- indice de résilience de 1= retour rapide à l’état initial (très résilient), Dx est négligeable par rapport à Do
-indice de résilience de 0?
aucun retour vers l’« état d’équilibre » : Dx =D0 - indice de résilience de -1?
le sol perturbé continue de s’éloigner de l’« état
d’équilibre : Dx»>D0
Qu’est-ce que le CLPP
Community-level physiological profiling
-informe sur les fonctions menées par les communautés microbiennes
1. extraction des cellules du sol avec Na-pyrophosphate
2. inoculation de plaques avec des substrat uniques +teinture de tetrazolium dans chaque puits
3. lecture de la plaque dans spectrométries
4. comparution des patrons d’utilisations
