Semaine 12 Flashcards by Éthienne Tremblay

V ou F

La vitesse de migration en électrophorèse est inversement propo à F et proportionnel à E et Q

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Formule de vitesse de migration en électrophorèse

V = E*Q/ F

V = vitesse de déplacement de l’ion
E = potentiel du champ électrique (Volts)
q = charge portée par l’ion
f = coefficient de friction : variable dépendante de
la masse (taille), de la forme de la molécule, et de
la viscosité du milieu.

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V ou F

l’électrophorèse permet une séparation en fonction de la masse moléculaire des protéines

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De quoi est fait un gel de polyacrylamide

mélange d’acrylamide ET de bis-acrylamide

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À quoi sert gel de polyacrylamide

pour acides nucléiques de petites tailles et les protéines

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V ou F

gel de polyacrymalide sont chargés

NON chargé et INERTE

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V ou F

gel de polyacrylamide possible dans des conditions dénaturantes OU non dénaturantes

car résultats différents selon conditions

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Que ce passe t il quand on mélange gel acrylamide polymérisé AVEC agent réticulant

Formation d’un gel poreux

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En ce qui concerne la séparation des molécules, la taille des pores dépend de ……

du % total d’acrylamide et de bix-acrylamide

de la proportion (ratio) acrylamide/bis-acrylamide

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V ou F

sur bande SDS-page, si augment % on va avoir des Da plus bas

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V ou F

des radicaux libres sont nécessaires à la polmérisation

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Les radicaux libres (lors de la polymérisation du gel de polyacrylamide) sont fournis au mélange d’acrylamide par le PERSULFATE D’AMMONIUM, qui sert ……… de la rx

d’initiateur

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À quoi sert le TEMED lors de la polymérisation du gel de polyacrylamide

aussitôt rajouté au mélange afin d’accélérer la rx de polymérisation

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V ou F

Lors de la polymérisation du gel de polyacrylamide, il faut couler le gel immédiatement

car la polymérisation est très rapide

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Quels sont les principaux type d’électrophorèse pour l’analyse des protéines

en condition non dénaturantes = condition natives
en condition dénaturantes (SDS-PAGE)

-à 2 dimensions (2D) :
a) par isofocalisation (1iere dimension)
b) SDS-PAGE 2ieme dimension

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Électrophorèse en conditions natives/ non dénaturantes dépend de 3 structures, lequelles

charge nette
structure
taille des protéines

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Quand est utilisé Électrophorèse en conditions natives/ non dénaturantes

ce type de séparation est utilisée lorsque la structure de la protéines doit être convervée

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Lors de Électrophorèse en conditions natives/ non dénaturantes, l’étude structurale et fonctionnelles consiste à …….

détection de l’interaction protéine-protéine (complexe protéique)

Lors de Électrophorèse en conditions natives/ non dénaturantes, étude enzymatique consiste à ……………

activité enzymatique peut souvent être démontrée après l’électrophorèse

Un des paramètres les plus importants est le PI (point isoélectrique), expliquez ce que c’est

correspond au pH pour lequel LA SOMME DES CHARGES + ET - D’UNE PROTÉINE S’ANNULE : la charge nette est nulle (autant de charges + et -)

Quand le pH est plus petit que PI, la protéine est chargée ……..
Quand le pH est plus grand que PI, la protéine est chargée …….

+ positif
- négatif

V ou F

À un pH donné, les protéines n’ont pas toutes la même charge ni la même intensité de charge

Lors de la migration d,une protéine en conditions non dénaturantes (natives) et dans le cas d,une protéines neutre, décrivez les différents scénarios (+ neutre -)

chargé + = migre vers cathode
charge nulle / neutre (pI) = aucune migration
chargé - = migre vers l’anode

Qu’est ce qu’est l’électrophorèse dénaturantes (SDS-PAGE)

uniformisation de la forme et de la densité de charge avec un détergent anionique (SDS)

V ou F Lors de l'électrophorèse dénaturantes (SDS-PAGE), séparation selon la msse moléculaire UNIQUEMENT

Lors de l'électrophorèse dénaturantes (SDS-PAGE), que permet le fait que la séparation selon la masse moléculaire UNIQUEMENT?

- la détermination de la masse moléculaire apparente des protéines - de déterminer le nombre de sous-unités d’une protéine - de déterminer la pureté d’un échantillon

Quelles sont les étapes impliquées aux protéines lors de la dénaturation, renaturation, dégradation

Énumérez différents agents dénaturants pour protéines

- Chaleur, pH = déplie et linéarise les molécules - Sodium Dodécyl-Sulfate - recouvre les molécules de charges - - B-mercaptoéthanol + chaleur = rupture des ponts disulfures formé entre les résidus Cys

What does SDS stand for

sodium dodecyl sulfate

V ou F Dans le SDS, il y a formation d'un complexe avec les protéines (tête chargée -)

Que se passe t il après la combinaison d'une protéine avec le SDS

les batonnets deviennent chargés négativement

Quel est l'interaction SDS-protéine

perte des structures secondaires, tertiaires et quaternaires 1,4mg de SDS/mg de protéines (1 SDS pour 2 résidus environ) densité de charge uniforme

Que fait B-mercaptoéthanol

rupture des ponts disulfures lorsqu'il y a aussi de la chaleur

Quelles sont les 2 façons d'utiliser le SDS-PAGE, expliquez

système continu = seul gel de polyacrylamide et un seul système de tampon système discontinu : a) superposition de 2 gels de polyacrylamide : i) gel concentration / empilement (2-4%) ii) gel résolution / de séparation (7-15%) 2 tampons de pH différent Permet de concentrer les échantillon en une fine bande, pour une meilleure résolution

Principe de l'électrophorèse en système discontinu

Le gel d’empilement permet donc aux protéines d’arriver en même temps au niveau du gel de séparation. Au contact du ≪ gel de séparation ≫ (pH 8.8), les ions glycines redeviennent chargées négativement. Étant plus petites que les protéines elles migrent alors plus rapidement

Énumérez et expliquez différentes étapes de SDS-PAGE (dénaturant)

Gel empilement = En absence du gel d’empilement, les protéines n’entreraient pas en même temps dans le « gel de séparation » et formeraient des bandes larges et diffuses. Gel de séparation = Les protéines poursuivent leur migration vers l’anode mais le % d’acrylamide du gel étant plus élevé cette fois par rapport au gel d’empilement, elles se séparent selon leurs tailles (les petites protéines migrent plus vite).

Distance de migration est .................... au Log PM

inversement proportionnelle

Quelles sont les étapes de purification d'une protéine (dénaturant)

Expliquez ce qu'est Tris-Tricine-SDS-PAGE

La tricine est souvent utilisée comme tampon en électrophorèse. Cette molécule est plus polarisée (plus négative) que la glycine et donc migre plus rapidement.

V ou F Modification post-traductionnelle peut affecter le poids moléculaire apparent sur SDS-PAGE (dénaturant)

V Les protéines avec des modifications post-traductionnelles telles que la phosphorylation et la glycosylation peuvent se lier moins au SDS. Ces effets sont généralement négligeables, mais pas toujours, et doivent être pris en compte si votre protéine fonctionne à un poids moléculaire différent de celui attendu.

Qu'est ce qu'est l'isofocalisation

séparation selon le PI des protéines

Qu,est ce qui est utilisé pour former le gradient de pH

une série d'ampholytes NB : Gradient de pH (immobilines)

Paramètre de l'isofocalisation

Chaque protéine arrête de migrer lorsque pH = PI Ainsi, on peut connaitre le PI de la protéine selon le pH