SDS-PAGE

Question 1

Hvad er formålet med SDS-page

Answer 1

proteinerne er adskilt i en polyacrylamide gel baseret på deres MW

Question 2

Hvad sker der i sample prep, hvor man laver loadning buffer

Answer 2

Loading buffer:
SDS
Glycerol
Bromophenol blå
DTT

Question 3

Hvad sker der efter sample buffer er blevet tilføjet?

Answer 3

prøverne bliver varmet, ved 95 grader i 5 minutter

Question 4

Hvad for nogle bindinger og interaktioner er der i peptiderne

Answer 4

svovlbroer (S-S), hydrofobiske interaktioner, hydrogenbindinger (H og OH), og ioniske bindinger (NH3+ og O-)

Question 5

hvordan ser SDS ud
er den aniosk eller ionisk?

Answer 5

polært hoved med en negativ ladning, og ikke polær hale. SDS denaturere ved at forstyrre hydrogenbindinger, hydrofobiske og ioniske interaktioner.

Question 6

Hvad gør DTT?

Answer 6

kløver disulfid bindingerne ved at tilføje et par elektroner til disulfid bindingen.

Question 7

hvad sker der når sds binder til aminosyren?

Answer 7

det bliver negativt, hvilket gør det lineært, og derfor kan proteinerne adskilles i en gel.

Question 8

separerende gel, pH

Answer 8

8.8

Question 9

stacking gel, pH
den bruges til ?

Answer 9

6.8
sørger for at de ankommer til den seperende gel på samme tid, ellers vil der komme meget smeared bånd fordi de vil ankomme forskelligt

Question 10

hvad består running buffer af og hvilken pH har den?

Answer 10

8.3 - tris, glycine, chloride

Question 11

Glycerol tilsættes for at ?

Answer 11

Glycerol bruges til at øge densiteten af prøven, således prøverne kan tynges ned i brøndene. Glycerol tilsættes for at øge densiteten af de loadede prøver, så de forbliver i bunden af brønden og ikke blandes med running bufferen.

Question 12

bromophenol blå
hvordan migrerer den hurtigere bromophenol blå ?

Answer 12

Bromfenol blå er løbemarkøren for elektroforesen og har således indflydelse på sluttidspunktet for forsøget. In addition, they include a dye such as Bromophenol Blue to help visualize migration.

fordi den er et mindre molekyle end protein.

Question 13

Små proteiner migrere x, mens større proteiner

Answer 13

små proteiner nemt gennem gelen, større proteiner løber langsommmere, pga af polyacrylmide concentrationen.

Question 14

Glycine kan have forskellige ladninger afhængig af pH

Answer 14

pH 5,97 neutral
under 5.97 er den positiv
over 5.97 er den negativ

Question 15

hvordan binder coomassie

Answer 15

CBB er negativt og binder til de positive dele af proteinet.

Question 16

hvordan og med hvad destainer man

Answer 16

Eddikesyre skaber et surt miljø i gelen, som hjælper med at fjerne pletten fra proteinerne og gelmatrixen. Den lave pH forstyrrer interaktionerne mellem farvestofmolekylerne og gelen

Question 17

Acrylamidkoncentrationen i gelen

Answer 17

I gradientgelen vil koncentrationen være stigende ned gennem gelen. Acrylamidkoncentrationen i gelen har indflydelse på porestørrelsen og vælges ud fra de ønskede proteiners molekylvægt. Jo højere acrylamidkoncentrationen er, jo mindre vil porestørrelsen i gelen være. Proteinerne under elektroforesen vil migrere, indtil den faldende porestørrelse ikke tillader videre passage