RNA Polimerase e outras proteínas de ligação ao DNA Flashcards
Quantas RNA Polimerases existem nos procariontes para transcrever o RNA?
Uma
Quantas RNA Polimerases existem nos eucariontes para transcrever o RNA?
RNA Pol I: transcreve os rRNAs grandes
RNA Pol II: transcreve os genes codificantes de proteinas (mRNA)
RNA Pol III: transcreve pequenos RNAs, como o tRNA
Na Archae só há um tipo de RNA polimerase que é mais similar com a __________ da Eukarya
RNA polimerase II
A ___________ dos eucariotas é a mais complexa a nivel de subunidades e funções
RNA polimerase II
No caso da Archaea e Eucarya (ao contrario das bactérias) são necessários _______________ para iniciar a transcrição.
Fatores transcricionais, designados de fatores gerais de transcriçao (GTFs)
- 2 para as Archaea
- muitos para os Eucarya
Promotor dos eucariotas:
TATA box (mais extenso que os procariotas, uma região rica em As e Ts) reconhecido pelo fator de transcrição TBP
Os promotores das arque bactérias são semelhantes aos dos _______.
Eucariotas.
Tipos de interaçao proteina-DNA:
- Especifica: proteinas ligam-se a uma sequencia de bases especificas
- Semi especifica: “Sequence bias”, ou seja, de certa forma a sequência é importante, mas não é a sequência em si que estes fatores reconhecem. Estes reconhecem certas deformações na estrutura do DNA e, como estas são causadas pela sequência, esta acaba por ser importante no reconhecimento do DNA por
estes fatores. - Não seletivas: interage com o citoesqueleto do DNA e não propriamente com as bases
Há maior variedade de ligações para as proteínas ao DNA no:
Sulco maior, dado que tem um maior numero de bases e, consequentemente, grupos para possíveis ligações e, dessa forma, gera uma maior quantidade de combinações.
Uma ligação DNA-proteína e fraca ou forte?
Fraca (mas cada proteína forma 20 ou mais ligações com o DNA, tornando a ligação, no geral, forte)
Motifs mais comuns:
- Helix-Turn-Helix
- Classical zinc-finger
- Helix-loop-helix
- Leucine zipper
As proteínas motifs reconhecem sequencias ____________ de DNA.
Invertidas
O que e a ligação co-operativa de proteínas ao DNA?
Proteínas individuais reconhecem sequencias diferentes e ligam-se aos seus sítios com uma certa afinidade. Mas, quando ambas as proteínas estão presentes, a sua afinidade de ligação ao DNA aumenta → a ligação da primeira ao DNA aumenta a afinidade da segunda para o DNA, quer seja em locais adjacentes ou em locais distantes do mesmo.
Ativadores da transcriçao ligam-se normalmente na regiao ______ e os repressores ligam-se na regiao ______.
-35 uspstream; downstream
Os ativadores e repressores existem em dois estados diferentes. Quais?
Uma que favorece a ligação ao DNA e outra que a impede.
Mecanismos que os repressores utilizam:
- Steric hidrance: repressor liga-se a um sitio que se sobrepõe aos sítios de ligação da polimerase que reconhecem e se ligam ao DNA
- Looping: interações entre dois repressores que foram a formação de um loop entre o DNA, onde estão incluídas as regiões de reconhecimento da RNA polimerase
- Modulação de um ativador (exceção): repressor liga-se upstream a -35 e previne que o ativador contacte com a RNA polimerase
Mecanismo dos ativadores:
- Classe I: liga-se a um sitio upstream a -35 e recruta a RNA Polimerase ao promotor, ao contactar com o domínio C-terminal da sua subunidade α
- Classe II: liga-se a um sitio no promotor, adjacente a -35, onde recruta a RNA polimerase através de interações diretas com σ4.
- Ativação por mudança conformacional: indução de uma mudança conformacional no promotor (por exemplo quando -35 e -10 estão afastadas por mais de 19bps, os ativadores “torcem” o DNA de modo a aproximar essas regiões.
Diferentes mecanismos de co-dependencia de dois ativadores:
- Classe I/ Classe II: classe I estabelece contacto com a região C-terminal da subunidade α da RNA polimerase e classe II com a subunidade σ4
- Classe I/ Classe I: uma liga-se ao C-terminal de uma subunidade α e outra liga-se ao outro C-terminal da outra subunidade α
Qual a vantagem da co-dependencia de dois ativadores?
Duas proteínas diferentes em ambos os casos e cada uma pode responder a diferentes sinais. E assim, para um gene ser ativado tem de ter dois sinais diferentes presentes.
