RNA Polimerase e outras proteínas de ligação ao DNA

Question 1

Quantas RNA Polimerases existem nos procariontes para transcrever o RNA?

Answer 1

Uma

Question 2

Quantas RNA Polimerases existem nos eucariontes para transcrever o RNA?

Answer 2

RNA Pol I: transcreve os rRNAs grandes
RNA Pol II: transcreve os genes codificantes de proteinas (mRNA)
RNA Pol III: transcreve pequenos RNAs, como o tRNA

Question 3

Na Archae só há um tipo de RNA polimerase que é mais similar com a __________ da Eukarya

Answer 3

RNA polimerase II

Question 4

A ___________ dos eucariotas é a mais complexa a nivel de subunidades e funções

Answer 4

RNA polimerase II

Question 5

No caso da Archaea e Eucarya (ao contrario das bactérias) são necessários _______________ para iniciar a transcrição.

Answer 5

Fatores transcricionais, designados de fatores gerais de transcriçao (GTFs)
- 2 para as Archaea
- muitos para os Eucarya

Question 6

Promotor dos eucariotas:

Answer 6

TATA box (mais extenso que os procariotas, uma região rica em As e Ts) reconhecido pelo fator de transcrição TBP

Question 7

Os promotores das arque bactérias são semelhantes aos dos _______.

Answer 7

Eucariotas.

Question 8

Tipos de interaçao proteina-DNA:

Answer 8

• Especifica: proteinas ligam-se a uma sequencia de bases especificas
• Semi especifica: “Sequence bias”, ou seja, de certa forma a sequência é importante, mas não é a sequência em si que estes fatores reconhecem. Estes reconhecem certas deformações na estrutura do DNA e, como estas são causadas pela sequência, esta acaba por ser importante no reconhecimento do DNA por
  estes fatores.
• Não seletivas: interage com o citoesqueleto do DNA e não propriamente com as bases

Question 9

Há maior variedade de ligações para as proteínas ao DNA no:

Answer 9

Sulco maior, dado que tem um maior numero de bases e, consequentemente, grupos para possíveis ligações e, dessa forma, gera uma maior quantidade de combinações.

Question 10

Uma ligação DNA-proteína e fraca ou forte?

Answer 10

Fraca (mas cada proteína forma 20 ou mais ligações com o DNA, tornando a ligação, no geral, forte)

Question 11

Motifs mais comuns:

Answer 11

• Helix-Turn-Helix
• Classical zinc-finger
• Helix-loop-helix
• Leucine zipper

Question 12

As proteínas motifs reconhecem sequencias ____________ de DNA.

Answer 12

Invertidas

Question 13

O que e a ligação co-operativa de proteínas ao DNA?

Answer 13

Proteínas individuais reconhecem sequencias diferentes e ligam-se aos seus sítios com uma certa afinidade. Mas, quando ambas as proteínas estão presentes, a sua afinidade de ligação ao DNA aumenta → a ligação da primeira ao DNA aumenta a afinidade da segunda para o DNA, quer seja em locais adjacentes ou em locais distantes do mesmo.

Question 14

Ativadores da transcriçao ligam-se normalmente na regiao ______ e os repressores ligam-se na regiao ______.

Answer 14

-35 uspstream; downstream

Question 15

Os ativadores e repressores existem em dois estados diferentes. Quais?

Answer 15

Uma que favorece a ligação ao DNA e outra que a impede.

Question 16

Mecanismos que os repressores utilizam:

Answer 16

• Steric hidrance: repressor liga-se a um sitio que se sobrepõe aos sítios de ligação da polimerase que reconhecem e se ligam ao DNA
• Looping: interações entre dois repressores que foram a formação de um loop entre o DNA, onde estão incluídas as regiões de reconhecimento da RNA polimerase
• Modulação de um ativador (exceção): repressor liga-se upstream a -35 e previne que o ativador contacte com a RNA polimerase

Question 17

Mecanismo dos ativadores:

Answer 17

• Classe I: liga-se a um sitio upstream a -35 e recruta a RNA Polimerase ao promotor, ao contactar com o domínio C-terminal da sua subunidade α
• Classe II: liga-se a um sitio no promotor, adjacente a -35, onde recruta a RNA polimerase através de interações diretas com σ4.
• Ativação por mudança conformacional: indução de uma mudança conformacional no promotor (por exemplo quando -35 e -10 estão afastadas por mais de 19bps, os ativadores “torcem” o DNA de modo a aproximar essas regiões.

Question 18

Diferentes mecanismos de co-dependencia de dois ativadores:

Answer 18

• Classe I/ Classe II: classe I estabelece contacto com a região C-terminal da subunidade α da RNA polimerase e classe II com a subunidade σ4
• Classe I/ Classe I: uma liga-se ao C-terminal de uma subunidade α e outra liga-se ao outro C-terminal da outra subunidade α

Question 19

Qual a vantagem da co-dependencia de dois ativadores?

Answer 19

Duas proteínas diferentes em ambos os casos e cada uma pode responder a diferentes sinais. E assim, para um gene ser ativado tem de ter dois sinais diferentes presentes.