RNA Flashcards
¿Qué enzima se encarga de mantener la burbuja de transcripción y cuanto mide esta?
RNApol con su sitio en enrollamiento y desenrollamiento
18 nts
Subunidades de holoenzima RNApol y funciones
2 alpha > ensamblaje enzima, reconocimiento promotor y unión a activadores
Beta y beta’ > centro catalitico
Omega (chaperona) > sensible a efectores
Sigma > especificidad de promotor
V o F: la core RNApol no puede unirse al DNA ni iniciar la transcripción sin factor sigma
F. Core RNA polimerasa se une al DNA pero indiscriminadamente, el factor sigma le da especificidad de promotor y sin él no comienza la transcripción
Regiones factor sigma (dominio.subdominio) y zona de unión
N- term 1.2 Zona discriminadora (entre -10 y +1) 2.3-2.4 Zona -10 3.0 zona extendida (cuando -35 y -10 no es fuerte enough) 4.2 zona -35 C- term
¿Qué hacen particularmente las regiones -35 y -10?
- 35 permite reconocimiento inicial y unión
- 10 permite melting y por ende isomerizar a complejo abierto
Kb y Kf de RNApol
Kb es ctte de binding del complejo cerrado binario (holoenzima + DNA), de 10^6-9
Kf es ctte de velocidad de isomerización de la enzima hacia complejo abierto, de 10^3-1
V o F: la union a DNA e inicio de adición de nts implica que la transcripción se llevará a cabo
F. Puede aún existir una iniciación abortiva
Footprinting definición y mecanismo
Definición: Técnica de identificación de sitios de unión al DNA para proteínas mediante su protección contra nucleasas
Mecanismo: electroforesis de DNA marcado (fluorescente o radiactivo) en una sola hebra y tratado con nucleasas a baja concentración para que haya aprox 1 corte por molécula de DNA
¿Dónde se encuentran la mayoría de los puntos de contacto entre la RNApol y el promotor?
En una misma cara del DNA de la hebra no templado o codificante
Factores sigma y condiciones de uso
70: general
54: nitrógeno
32: heat shock
S: estrés
e: heat shock
F: flagelar
Factor anti-sigma
Molécula capaz de impedir la unión del factor sigma al núcleo de la RNApol, secuestra al factor
Zona intercistrónica
Espacio entre genes policistrónicos que va de 1 a 40 nts
Regiones needed to iniciar traducción
Sec Shine Dalgarno (unión a 16S, rio arriba)
Codón de inicio (AUG, rio abajo)
Separadas x idealmente 7 nts (5-13)
¿Cómo funciona la represión del operón Lac?
La molécula represó a LacI se expresa constitutivamente y cuando forma un homotetrámero se puede unir al operador y así reprimir la transcripción. El inductor en este caso cambia la conformación del represor y por eso su afinidad con el operador.
¿Dónde se une la proteína CAP para ejercer su acción?
Reconoce una región pentámera conservada sin embargo se puede unir a diferentes sitios relativo a la RNA pol
¿Cómo hace CAP para activar transcripción?
Produce una torsión del DNA de tal manera que las zonas -10 y -35 puedan interactuar mejor con la RNApol
Crecimiento diáuxico entre lactosa y glucosa
La presencia de glucosa reprime la expresion de B-galactosidasa al disminuir la cdad de cAMP, por ende CAP no funciona. Recién cuando se agota la glucosa puede comenzar la inducción de galactosidasa para metabolizar lactosa
¿Por qué en el lab se ponen más terminadores en un gen?
Porque un terminador solo implica la terminación parcial de la transcripción, algunas de las RNApol podrán superarlos y continuar transcribiendo
Terminadores intrínsecos
El terminador de la transcripción es una región palindromica que formará hairpins de tal manera que obstaculice el complejo de transcripción
¿Qué pasa si al terminador intrínseco le falta la zona poliU?
Solo se pausará la transcripción por el reconocimiento del hairpin, pero no terminará ni desestabilizara lo suficiente al complejo
¿Donde debe ubicarse el sitio de union al factor Rho cuando la terminación es Rho dependiente?
En una zona UTR porque sino pueden haber ribosoma tapándolo
Terminador Rho dependiente críptico
Un terminador dependiente de Rho que no se usa porque la zona de unión a Rho siempre se halla cubierta de ribosoma pues es codificante, cuando ocurre mutación nonsense junto a él, se termina la traducción y por ende termina consecuentemente la transcripción al descubrir el sitio Rho
V o F: sin NusA la célula se vuelve inviable
V. Bus es el factor de terminación general
¿Por qué cuando se une pN y prots Nus se evita la terminación?
Porque acelera la RNApol y Rho no puede alcanzarla, el hairpin tampoco podrá anclarse a la enzima
¿Qué es y que hace el sitio nut?
Es una región río arriba del terminador cuyas regiones (BoxA y BoxB) permiten la unión de Nus y pN de tal manera que se antitermine la transcripción
Estudios proteómicos posibles (5)
- Expresión
- Actividad / función
- PTM (post translational modifications)
- Localización
- Formación de complejos
Similitudes
