RNA

Question 1

¿Qué enzima se encarga de mantener la burbuja de transcripción y cuanto mide esta?

Answer 1

RNApol con su sitio en enrollamiento y desenrollamiento

18 nts

Question 2

Subunidades de holoenzima RNApol y funciones

Answer 2

2 alpha > ensamblaje enzima, reconocimiento promotor y unión a activadores
Beta y beta’ > centro catalitico
Omega (chaperona) > sensible a efectores
Sigma > especificidad de promotor

Question 3

V o F: la core RNApol no puede unirse al DNA ni iniciar la transcripción sin factor sigma

Answer 3

F. Core RNA polimerasa se une al DNA pero indiscriminadamente, el factor sigma le da especificidad de promotor y sin él no comienza la transcripción

Question 4

Regiones factor sigma (dominio.subdominio) y zona de unión

Answer 4

N- term
1.2 Zona discriminadora (entre -10 y +1)
2.3-2.4 Zona -10
3.0 zona extendida (cuando -35 y -10 no es fuerte enough)
4.2 zona -35
C- term

Question 5

¿Qué hacen particularmente las regiones -35 y -10?

Answer 5

• 35 permite reconocimiento inicial y unión

- 10 permite melting y por ende isomerizar a complejo abierto

Question 6

Kb y Kf de RNApol

Answer 6

Kb es ctte de binding del complejo cerrado binario (holoenzima + DNA), de 10^6-9
Kf es ctte de velocidad de isomerización de la enzima hacia complejo abierto, de 10^3-1

Question 7

V o F: la union a DNA e inicio de adición de nts implica que la transcripción se llevará a cabo

Answer 7

F. Puede aún existir una iniciación abortiva

Question 8

Footprinting definición y mecanismo

Answer 8

Definición: Técnica de identificación de sitios de unión al DNA para proteínas mediante su protección contra nucleasas
Mecanismo: electroforesis de DNA marcado (fluorescente o radiactivo) en una sola hebra y tratado con nucleasas a baja concentración para que haya aprox 1 corte por molécula de DNA

Question 9

¿Dónde se encuentran la mayoría de los puntos de contacto entre la RNApol y el promotor?

Answer 9

En una misma cara del DNA de la hebra no templado o codificante

Question 10

Factores sigma y condiciones de uso

Answer 10

70: general
54: nitrógeno
32: heat shock
S: estrés
e: heat shock
F: flagelar

Question 11

Factor anti-sigma

Answer 11

Molécula capaz de impedir la unión del factor sigma al núcleo de la RNApol, secuestra al factor

Question 12

Zona intercistrónica

Answer 12

Espacio entre genes policistrónicos que va de 1 a 40 nts

Question 13

Regiones needed to iniciar traducción

Answer 13

Sec Shine Dalgarno (unión a 16S, rio arriba)
Codón de inicio (AUG, rio abajo)
Separadas x idealmente 7 nts (5-13)

Question 14

¿Cómo funciona la represión del operón Lac?

Answer 14

La molécula represó a LacI se expresa constitutivamente y cuando forma un homotetrámero se puede unir al operador y así reprimir la transcripción. El inductor en este caso cambia la conformación del represor y por eso su afinidad con el operador.

Question 15

¿Dónde se une la proteína CAP para ejercer su acción?

Answer 15

Reconoce una región pentámera conservada sin embargo se puede unir a diferentes sitios relativo a la RNA pol

Question 16

¿Cómo hace CAP para activar transcripción?

Answer 16

Produce una torsión del DNA de tal manera que las zonas -10 y -35 puedan interactuar mejor con la RNApol

Question 17

Crecimiento diáuxico entre lactosa y glucosa

Answer 17

La presencia de glucosa reprime la expresion de B-galactosidasa al disminuir la cdad de cAMP, por ende CAP no funciona. Recién cuando se agota la glucosa puede comenzar la inducción de galactosidasa para metabolizar lactosa

Question 18

¿Por qué en el lab se ponen más terminadores en un gen?

Answer 18

Porque un terminador solo implica la terminación parcial de la transcripción, algunas de las RNApol podrán superarlos y continuar transcribiendo

Question 19

Terminadores intrínsecos

Answer 19

El terminador de la transcripción es una región palindromica que formará hairpins de tal manera que obstaculice el complejo de transcripción

Question 20

¿Qué pasa si al terminador intrínseco le falta la zona poliU?

Answer 20

Solo se pausará la transcripción por el reconocimiento del hairpin, pero no terminará ni desestabilizara lo suficiente al complejo

Question 21

¿Donde debe ubicarse el sitio de union al factor Rho cuando la terminación es Rho dependiente?

Answer 21

En una zona UTR porque sino pueden haber ribosoma tapándolo

Question 22

Terminador Rho dependiente críptico

Answer 22

Un terminador dependiente de Rho que no se usa porque la zona de unión a Rho siempre se halla cubierta de ribosoma pues es codificante, cuando ocurre mutación nonsense junto a él, se termina la traducción y por ende termina consecuentemente la transcripción al descubrir el sitio Rho

Question 23

V o F: sin NusA la célula se vuelve inviable

Answer 23

V. Bus es el factor de terminación general

Question 24

¿Por qué cuando se une pN y prots Nus se evita la terminación?

Answer 24

Porque acelera la RNApol y Rho no puede alcanzarla, el hairpin tampoco podrá anclarse a la enzima

Question 25

¿Qué es y que hace el sitio nut?

Answer 25

Es una región río arriba del terminador cuyas regiones (BoxA y BoxB) permiten la unión de Nus y pN de tal manera que se antitermine la transcripción

Question 26

Estudios proteómicos posibles (5)

Answer 26

• Expresión
• Actividad / función
• PTM (post translational modifications)
• Localización
• Formación de complejos

Question 27

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