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Biología Molecular > DNA > Flashcards

DNA Flashcards

1
Q

¿qué estructura de DNA tiene giro contrario al normal y qué dirección es esa?

A

DNA Z, levógiro

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Q

Purinas

A

Adenina
Guanina
dos anillos

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3
Q

efecto hipocrómico DNA

A

disminución en la absorbancia de la molécula cuando las bases están apiladas en doble hebra

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4
Q

¿por qué en PCR es importante identificar la Tm del primer con la hebra parental también?

A

porque es necesario saber los rangos de T en los que se puede trabajar, pues si no se baja lo suficiente la T, es posible que no hibride el partidor con la hebra parental ¿?

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5
Q

¿cómo afecta la fuerza iónica a la Tm?

A

a medida que aumenta la fuerza iónica -la concentración salina-, incrementa el valor de Tm pues se necesita más energía para desestabilizar los puentes de hidrógeno pues la estructura se hallaba estabilizada por las sales¿?

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6
Q

hibridación selectiva

A

es el fenómeno de apareamiento entre hebras individuales de DNA con cierta identidad mínima tolerada, esto último implica la selectividad
se controla a través de la astringencia

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7
Q

fórmula cálculo Tm en solución sin sal

A

T°m = 69,3°C + 0,41 (% G + C)°C

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8
Q

¿por qué los viruses tienen más CG%?

A

porque tienen el genoma más compactado y la secuencia de los genes tiende a ser alta en CG, mientras que AT es más de codones de término

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9
Q

sal más usada en hibridación

A

SSC

standard sodium citrate

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10
Q

Fórmula para obtener el % de identidad tolerable de acuerdo a los grados bajo Tm

A

100% - (°C bajo Tm/(1.4°/%)) = % identidad suficiente

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11
Q

¿Cómo es el sobreenrrollamiento del DNA in vivo?

A

1 s.e negativo (en contra de la helicidad) cada 200 bp

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12
Q

Orden de DNA (arriba hacia abajo) en gel de acuerdo al sobre enrollamiento

A 
Migra menos
- DNA circular relajado
- DNA lineal
- DNA sobre enrollado neg%
Migra más
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13
Q

DNA linker

A

Sección de DNA eucariótico accesible porque se halla entre dos núcleosomas

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14
Q

Histona H1

A

Histona de DNA linker que permite cambiar el ángulo de salida del DNA desde el nucleosoma, de tal manera que permite formar una hélice en sí mismo

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15
Q

DNa de 10 nm vs 30 nm

A

10 nm es más laxo, collar de perlas

30 nm es más condensada, hélice de nucleosomas (H1)

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16
Q

¿Cuál es el menor tamaño de DNA que corta una nucleasa y why?

A

200 nts, porque la nucleasa solo corta el DNA linker, y cada nucleosoma tiene 200 nts de largo en las dos vueltas que da a las core histonas
Ahora, si la digestión es ctte, podemos llegar hasta 140 nts (nucleosome core) porque la nucleasa eventualmente consigue llegar a la parte más externa del nucleosoma

17
Q

¿Cómo se sobre enrolla el DNA que no es circular?

A

Con proteínas fijas en los extremos del DNA, y con histonas ¿?

18
Q
  1. Enzima que forma primers
  2. Enzima que los quita
  3. Enzima que los reemplaza
A
  1. Primasa (RNApol)
  2. RNAsa + 5’ exonucleasa
  3. DNApol + DNA ligasa
19
Q

¿Cómo se crea y mantiene la burbuja de replicación?

A

Se crea a partir de la apertura del nucleosoma, que deja laxa un area sin twists, pero además la helicasa la mantiene abierta separando los pdH entre bases (tiene polaridad de 5’ a 3’ tb, por ende se enrolla al rededor de la hebra retrasada)

20
Q

¿Cómo se separan los dos anillos enlazados después de replicación bidireccional de DNA circular?

A

Mediante un corte doble hebra con Topoisomerasa II

21
Q

¿Why es necesario hacer PCR y amplificar DNA?

A

Porque así no aseguramos de que estamos manipulando el DNA correcto, ya que la amplificación nos permite ver (gel electroforesis) las moleculas

22
Q

¿Qué puedo hacer con el DNA amplificado?

A

Clonación, análisis electroforesis, secuenciación, usados como sonda

23
Q

Fingerprint DNA

A

Utilización del DNA como marcador identificatorio en forénsica, a través de la amplificación del DNA de la muestra y su posterior digestión con enzimas de restricción que dejan bandas de DNA en electroforesis características para esa secuencia

24
Q

RNAsa H en PCR de Covid-19

A

Control positivo que permite concluir que se ha extraído suficiente cantidad de RNA como para identificar el virus

25
Q

¿Cuál es la limitación de tamaño de DNA que se puede replicar x PCR y de qué depende?

A

Hasta 20k nts

Por la procesividad de la polimerasa y la cantidad de nts que puedo poner en la sln

26
Q

¿Por qué es importante usar primers convergentes en PCR?

A

Porque esto me permite aumentar progresiva y exponencialmente la cantidad de DNA templado a la cual se podrán unir los partidores, además de que así no existe hebra retrasada y permite amplificar sólo la sección de DNA que flanquean los partidores creados

27
Q

Componentes reacción PCR

A
  • buffer pH 8.2 con Mg++
  • dNTPs
  • Taq DNApol
  • DNAtemplado
  • 2 primers que flanquean
28
Q

T óptima, velocidad promedio y tasa de error Taq DNA pol

A

72°C
1 Kb/min
1-2 / 10^4 pb

29
Q

¿A qué T se debe hacer el melting y el annealing de primers during PCR?

A

Melting por sobre la Tm del templado (94°C)

Annealing bajo la Tm de primers con templado (50°C)

30
Q

¿Why 30 ciclos de PCR?

A

Es lo que permite llegar a máximo del producto antes de que se sature porque se acaban los primers y la cantidad de NTPs que podía añadir

31
Q

¿Qué tengo que hacer post PCR si quiero usar el DNA amplificado para clonar?

A

Secuenciarlo y clonarla en bacterias a través de plasmidios, para obtener más copias sin mutaciones

32
Q

¿Cómo hacer un cálculo del error del PCR que realicé?

A

Mediante un test in vivo amplificando lacZ como marcador

33
Q

¿Qué factores aumentan la tasa de errores en PCR?

A

Mayor [] de Mg y de dNTPs

34
Q

¿Cómo evitar problemas de sensibilidad con el PCR?

A
  • siempre tener control positivo y neg
  • usar reactivos y condiciones optimas
  • sector dedicado, puntas con filtro, etc (prolijidad de manipulación)
35
Q

Condiciones que haya que considerar al hacer primers (8)

A
  • convergentes
  • secuencia única
  • de 17 a 25 nt
  • no inter ni intracomplementariedad de + de 3 bp
  • el extremo 3’ debe ser C o G
  • %C/G al rededor de 50% (min eso)
  • Tm de ambos primers debe ser sobre 50°C pero hasta 65°C no más (o 5°C bajo melting)
  • Dif de Tm de no menor de 5°C
36
Q

Cantidad de nts accesibles x surco mayor

A

4-5

37
Q

distancia entre pares de nts y por giro

A

3.4 A entre nts Por lo tanto 34 por giro ya que son 10 nts c/u

38
Q

proteoma definición

A

Es la totalidad de proteìnas expresadas en una célula particular bajo condiciones de medioambiente y etapa de desarrollo (o ciclo celular) específicas, como puede ser la exposición a un estímulo. Es aproximadamente, el equivalente proteico del genoma.

Biología Molecular (3 decks)

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