Proteómica Flashcards

1
Q

Estudios proteómicos posibles (5)

A
  • Expresión
  • Actividad / función
  • PTM (post translational modifications)
  • Localización
  • Formación de complejos
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2
Q

Similitudes Proteómica y genómica

A
  • análisis estático de un proceso dinámico
  • análisis de alto rendimiento
  • conducido por la tecnología
  • intenso en ciencias computacionales
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3
Q

Diferencias Proteómica vs genómica

A
  • Proteómica es más cercano a la actividad

- no siempre hay correlato entre lo que concluyen ambos estudios

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4
Q

aplicaciones de la Proteómica

A
  • mining (catastro e identificación de proteinas)
  • perfil de expresion proteica (identificación y cdad en un momento particular)
  • mapeo de redes proteicas (cómo interactúan entre si en organismo vivo)
  • mapeo de modificaciones proteicas (cómo y dónde son modificadas)
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5
Q

Tecnologías proteómicas: separación y perfil

A
  • 2D SDS PAGE
  • 2D LC/LC
  • 2D LC/MS
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6
Q

2D SDS PAGE

A

2 dimensional sodium dodecylsulphate polyacrylamide gel electrophoresis

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7
Q

Tecnologías Proteómica : identificación

A
  • peptide mass fingerprint

- tandem mass spectrometry

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8
Q

Tecnología Proteómica : cuantitativa

A
  • ICAT (isotope-coded affinity tag)
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9
Q

V o F: en 2D SDS PAGE ambas dimensiones se hacen con SDS

A

F. La primera no pude tener SDS porque eso implica una carga adicional que las dejaría negativas a todas

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10
Q

¿Por qué dos proteinas del mismo tipo podrían migrar distinto en la primera dimension del 2D SDS PAGE?

A

Porque tal vez algunas tienen alguna modificación que las diferencia e implica carga, como fosforilación o glicosilación

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11
Q

¿Qué hace el SDS en las proteínas?

A

Denatura y lineariza la proteina, para hacer el movimiento únicamente dependiente de la masa, no la forma

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12
Q

¿Como funcion la MS?

A

Un imán separa los iones según su carga y el detector mide el tiempo de vuelo del ión, que es proporcional a su masa, por ende determina relacion m/z

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13
Q

Ventjas flujo general análisis Proteómico

A
  • buena resolución

- detección de modificación post traduccionales

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14
Q

Desventajas flujo análisis proteómico (4)

A
  • no sirve con prots hidrofóbicas
  • limitación de rango pH
  • no es fácil con prots de baja cantidad
  • análisis y cuantificación es compleja
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15
Q

Ventajas identificación de proteínas

A

Determinación de PM y secuencia aá

Detección de PTM

Capacidad de alto rendimiento

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16
Q

Espectrometría de masas

A

herramienta analítica que se utiliza para determinar las masas de diferentes compuestos de una muestra
la técnica es útil para identificar y cuantificar los compuestos de una mezcla de proteínas en una muestra celular
funciona midiendo la relación masa/carga de todos los iones

17
Q

¿cómo estudiar proteomas complejos sin necesidad de separar las proteínas por electroforesis?

A
  • Todos los péptidos se unen al catión de la columna de afinidad
  • Sucesivas elusiones con un gradiente de sal separa los péptidos por carga
  • Los péptidos son separados por hidrofobicidad en una columna de fase reversa.
18
Q

ICAT componentes

A
  • grupo qca% reactivo: forma enlace covalente con péptido
  • linker isótopo: liviano o pesado
  • affinity tag: permite que el péptido estudiado con ICAT sea aislado por cromatografía de afinidad en un solo paso
19
Q

Ventajas ICAT

A
  • Estimates relative protein levels between samples with a reasonable level of accuracy (within 10%)
  • Can be used on complex mixtures of proteins
  • Cys-specific label reduces sample complexity
  • Peptides can be sequenced directly if tandem MS-MS is used
20
Q

desventajas ICAT

A
  • Yield and non specificity
    • Slight chromatography differences
    • Expensive
    • Tag fragmentation
    • Meaning of relative quantification information
    • No presence of cysteine residues or not accessible by ICAT reagent
21
Q

MSI

A

Imagen por espectrometría de masas
Es el MALDI-TOF tal cual pero (de hecho se hace en una matriz de maldi) adems del bombardeo de electrones y la detección de velocidad de los iones y reconocimiento de masa-carga, permite ubicarlos en el espacio y pueden representar la molecula de tal peso como imagen

22
Q

Culturomics

A

Básicamente es el cultivo a gran escala de microorganismos para su identificación a partir de una muestra
Nos permite aislar mas microorganismos que tradicional%

23
Q

Inmunoprecipitación

A

precipitación mediante un ac, un complejo se selecciona porque incubas un tiempo y como el complejo es muy grade, precipita cundo centrifugas te quedas con lo de abajo, eliminas la proteina y te quedas solo con el DNA entonces, que es lo que quiero secuenciar

24
Q

epigenómica con RNAseq y Proteómica

A

El RNA-seq permite identificar los diferentes mRNA transcritos de una determinada muestra y la proteómica nos permite ver la cromatina asociada a los factores transcripcionales. Así, podemos identificar las modificaciones de las histonas que tienen las proteínas, porque cada una de las modificaciones se pueden identificar por MS.