Proteómica Flashcards
Estudios proteómicos posibles (5)
- Expresión
- Actividad / función
- PTM (post translational modifications)
- Localización
- Formación de complejos
Similitudes Proteómica y genómica
- análisis estático de un proceso dinámico
- análisis de alto rendimiento
- conducido por la tecnología
- intenso en ciencias computacionales
Diferencias Proteómica vs genómica
- Proteómica es más cercano a la actividad
- no siempre hay correlato entre lo que concluyen ambos estudios
aplicaciones de la Proteómica
- mining (catastro e identificación de proteinas)
- perfil de expresion proteica (identificación y cdad en un momento particular)
- mapeo de redes proteicas (cómo interactúan entre si en organismo vivo)
- mapeo de modificaciones proteicas (cómo y dónde son modificadas)
Tecnologías proteómicas: separación y perfil
- 2D SDS PAGE
- 2D LC/LC
- 2D LC/MS
2D SDS PAGE
2 dimensional sodium dodecylsulphate polyacrylamide gel electrophoresis
Tecnologías Proteómica : identificación
- peptide mass fingerprint
- tandem mass spectrometry
Tecnología Proteómica : cuantitativa
- ICAT (isotope-coded affinity tag)
V o F: en 2D SDS PAGE ambas dimensiones se hacen con SDS
F. La primera no pude tener SDS porque eso implica una carga adicional que las dejaría negativas a todas
¿Por qué dos proteinas del mismo tipo podrían migrar distinto en la primera dimension del 2D SDS PAGE?
Porque tal vez algunas tienen alguna modificación que las diferencia e implica carga, como fosforilación o glicosilación
¿Qué hace el SDS en las proteínas?
Denatura y lineariza la proteina, para hacer el movimiento únicamente dependiente de la masa, no la forma
¿Como funcion la MS?
Un imán separa los iones según su carga y el detector mide el tiempo de vuelo del ión, que es proporcional a su masa, por ende determina relacion m/z
Ventjas flujo general análisis Proteómico
- buena resolución
- detección de modificación post traduccionales
Desventajas flujo análisis proteómico (4)
- no sirve con prots hidrofóbicas
- limitación de rango pH
- no es fácil con prots de baja cantidad
- análisis y cuantificación es compleja
Ventajas identificación de proteínas
Determinación de PM y secuencia aá
Detección de PTM
Capacidad de alto rendimiento