Proteómica Flashcards
Estudios proteómicos posibles (5)
- Expresión
- Actividad / función
- PTM (post translational modifications)
- Localización
- Formación de complejos
Similitudes Proteómica y genómica
- análisis estático de un proceso dinámico
- análisis de alto rendimiento
- conducido por la tecnología
- intenso en ciencias computacionales
Diferencias Proteómica vs genómica
- Proteómica es más cercano a la actividad
- no siempre hay correlato entre lo que concluyen ambos estudios
aplicaciones de la Proteómica
- mining (catastro e identificación de proteinas)
- perfil de expresion proteica (identificación y cdad en un momento particular)
- mapeo de redes proteicas (cómo interactúan entre si en organismo vivo)
- mapeo de modificaciones proteicas (cómo y dónde son modificadas)
Tecnologías proteómicas: separación y perfil
- 2D SDS PAGE
- 2D LC/LC
- 2D LC/MS
2D SDS PAGE
2 dimensional sodium dodecylsulphate polyacrylamide gel electrophoresis
Tecnologías Proteómica : identificación
- peptide mass fingerprint
- tandem mass spectrometry
Tecnología Proteómica : cuantitativa
- ICAT (isotope-coded affinity tag)
V o F: en 2D SDS PAGE ambas dimensiones se hacen con SDS
F. La primera no pude tener SDS porque eso implica una carga adicional que las dejaría negativas a todas
¿Por qué dos proteinas del mismo tipo podrían migrar distinto en la primera dimension del 2D SDS PAGE?
Porque tal vez algunas tienen alguna modificación que las diferencia e implica carga, como fosforilación o glicosilación
¿Qué hace el SDS en las proteínas?
Denatura y lineariza la proteina, para hacer el movimiento únicamente dependiente de la masa, no la forma
¿Como funcion la MS?
Un imán separa los iones según su carga y el detector mide el tiempo de vuelo del ión, que es proporcional a su masa, por ende determina relacion m/z
Ventjas flujo general análisis Proteómico
- buena resolución
- detección de modificación post traduccionales
Desventajas flujo análisis proteómico (4)
- no sirve con prots hidrofóbicas
- limitación de rango pH
- no es fácil con prots de baja cantidad
- análisis y cuantificación es compleja
Ventajas identificación de proteínas
Determinación de PM y secuencia aá
Detección de PTM
Capacidad de alto rendimiento
Espectrometría de masas
herramienta analítica que se utiliza para determinar las masas de diferentes compuestos de una muestra
la técnica es útil para identificar y cuantificar los compuestos de una mezcla de proteínas en una muestra celular
funciona midiendo la relación masa/carga de todos los iones
¿cómo estudiar proteomas complejos sin necesidad de separar las proteínas por electroforesis?
- Todos los péptidos se unen al catión de la columna de afinidad
- Sucesivas elusiones con un gradiente de sal separa los péptidos por carga
- Los péptidos son separados por hidrofobicidad en una columna de fase reversa.
ICAT componentes
- grupo qca% reactivo: forma enlace covalente con péptido
- linker isótopo: liviano o pesado
- affinity tag: permite que el péptido estudiado con ICAT sea aislado por cromatografía de afinidad en un solo paso
Ventajas ICAT
- Estimates relative protein levels between samples with a reasonable level of accuracy (within 10%)
- Can be used on complex mixtures of proteins
- Cys-specific label reduces sample complexity
- Peptides can be sequenced directly if tandem MS-MS is used
desventajas ICAT
- Yield and non specificity
• Slight chromatography differences
• Expensive
• Tag fragmentation
• Meaning of relative quantification information
• No presence of cysteine residues or not accessible by ICAT reagent
MSI
Imagen por espectrometría de masas
Es el MALDI-TOF tal cual pero (de hecho se hace en una matriz de maldi) adems del bombardeo de electrones y la detección de velocidad de los iones y reconocimiento de masa-carga, permite ubicarlos en el espacio y pueden representar la molecula de tal peso como imagen
Culturomics
Básicamente es el cultivo a gran escala de microorganismos para su identificación a partir de una muestra
Nos permite aislar mas microorganismos que tradicional%
Inmunoprecipitación
precipitación mediante un ac, un complejo se selecciona porque incubas un tiempo y como el complejo es muy grade, precipita cundo centrifugas te quedas con lo de abajo, eliminas la proteina y te quedas solo con el DNA entonces, que es lo que quiero secuenciar
epigenómica con RNAseq y Proteómica
El RNA-seq permite identificar los diferentes mRNA transcritos de una determinada muestra y la proteómica nos permite ver la cromatina asociada a los factores transcripcionales. Así, podemos identificar las modificaciones de las histonas que tienen las proteínas, porque cada una de las modificaciones se pueden identificar por MS.
