Proteómica

Question 1

Estudios proteómicos posibles (5)

Answer 1

• Expresión
• Actividad / función
• PTM (post translational modifications)
• Localización
• Formación de complejos

Question 2

Similitudes Proteómica y genómica

Answer 2

• análisis estático de un proceso dinámico
• análisis de alto rendimiento
• conducido por la tecnología
• intenso en ciencias computacionales

Question 3

Diferencias Proteómica vs genómica

Answer 3

• Proteómica es más cercano a la actividad

- no siempre hay correlato entre lo que concluyen ambos estudios

Question 4

aplicaciones de la Proteómica

Answer 4

• mining (catastro e identificación de proteinas)
• perfil de expresion proteica (identificación y cdad en un momento particular)
• mapeo de redes proteicas (cómo interactúan entre si en organismo vivo)
• mapeo de modificaciones proteicas (cómo y dónde son modificadas)

Question 5

Tecnologías proteómicas: separación y perfil

Answer 5

• 2D SDS PAGE
• 2D LC/LC
• 2D LC/MS

Question 6

2D SDS PAGE

Answer 6

2 dimensional sodium dodecylsulphate polyacrylamide gel electrophoresis

Question 7

Tecnologías Proteómica : identificación

Answer 7

• peptide mass fingerprint

- tandem mass spectrometry

Question 8

Tecnología Proteómica : cuantitativa

Answer 8

• ICAT (isotope-coded affinity tag)

Question 9

V o F: en 2D SDS PAGE ambas dimensiones se hacen con SDS

Answer 9

F. La primera no pude tener SDS porque eso implica una carga adicional que las dejaría negativas a todas

Question 10

¿Por qué dos proteinas del mismo tipo podrían migrar distinto en la primera dimension del 2D SDS PAGE?

Answer 10

Porque tal vez algunas tienen alguna modificación que las diferencia e implica carga, como fosforilación o glicosilación

Question 11

¿Qué hace el SDS en las proteínas?

Answer 11

Denatura y lineariza la proteina, para hacer el movimiento únicamente dependiente de la masa, no la forma

Question 12

¿Como funcion la MS?

Answer 12

Un imán separa los iones según su carga y el detector mide el tiempo de vuelo del ión, que es proporcional a su masa, por ende determina relacion m/z

Question 13

Ventjas flujo general análisis Proteómico

Answer 13

• buena resolución

- detección de modificación post traduccionales

Question 14

Desventajas flujo análisis proteómico (4)

Answer 14

• no sirve con prots hidrofóbicas
• limitación de rango pH
• no es fácil con prots de baja cantidad
• análisis y cuantificación es compleja

Question 15

Ventajas identificación de proteínas

Answer 15

Determinación de PM y secuencia aá

Detección de PTM

Capacidad de alto rendimiento

Question 16

Espectrometría de masas

Answer 16

herramienta analítica que se utiliza para determinar las masas de diferentes compuestos de una muestra
la técnica es útil para identificar y cuantificar los compuestos de una mezcla de proteínas en una muestra celular
funciona midiendo la relación masa/carga de todos los iones

Question 17

¿cómo estudiar proteomas complejos sin necesidad de separar las proteínas por electroforesis?

Answer 17

• Todos los péptidos se unen al catión de la columna de afinidad
• Sucesivas elusiones con un gradiente de sal separa los péptidos por carga
• Los péptidos son separados por hidrofobicidad en una columna de fase reversa.

Question 18

ICAT componentes

Answer 18

• grupo qca% reactivo: forma enlace covalente con péptido
• linker isótopo: liviano o pesado
• affinity tag: permite que el péptido estudiado con ICAT sea aislado por cromatografía de afinidad en un solo paso

Question 19

Ventajas ICAT

Answer 19

• Estimates relative protein levels between samples with a reasonable level of accuracy (within 10%)
• Can be used on complex mixtures of proteins
• Cys-specific label reduces sample complexity
• Peptides can be sequenced directly if tandem MS-MS is used

Question 20

desventajas ICAT

Answer 20

• Yield and non specificity
  • Slight chromatography differences
  • Expensive
  • Tag fragmentation
  • Meaning of relative quantification information
  • No presence of cysteine residues or not accessible by ICAT reagent

Question 21

MSI

Answer 21

Imagen por espectrometría de masas
Es el MALDI-TOF tal cual pero (de hecho se hace en una matriz de maldi) adems del bombardeo de electrones y la detección de velocidad de los iones y reconocimiento de masa-carga, permite ubicarlos en el espacio y pueden representar la molecula de tal peso como imagen

Question 22

Culturomics

Answer 22

Básicamente es el cultivo a gran escala de microorganismos para su identificación a partir de una muestra
Nos permite aislar mas microorganismos que tradicional%

Question 23

Inmunoprecipitación

Answer 23

precipitación mediante un ac, un complejo se selecciona porque incubas un tiempo y como el complejo es muy grade, precipita cundo centrifugas te quedas con lo de abajo, eliminas la proteina y te quedas solo con el DNA entonces, que es lo que quiero secuenciar

Question 24

epigenómica con RNAseq y Proteómica

Answer 24

El RNA-seq permite identificar los diferentes mRNA transcritos de una determinada muestra y la proteómica nos permite ver la cromatina asociada a los factores transcripcionales. Así, podemos identificar las modificaciones de las histonas que tienen las proteínas, porque cada una de las modificaciones se pueden identificar por MS.