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Biomol > Réplication ADN > Flashcards

Réplication ADN Flashcards

1
Q

l’ADN est il de pas-gauche ou pas-droit

A

Pas droit

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2
Q

quels sont les trois modes de réplication de l’ADN hypothétisé avant 1957

A

Conservatif, dispersif et semi-conservatif

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3
Q

décrire le mode de réplication semi-conservatif

A

chaque brin mère de l’ADN sert de matrice pour créer un brin fille. le brin mère est toujours collé au brin fille pour donner une nouvelle hélice fait à 50% de la vieille copie

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4
Q

Décrire le mode de réplication conservatif

A

L’adn mère sert de brin matrice pour former 2 brins filles. Les brins mères reviennent ensemble et les brins filles reviennent ensemble pour former un vieux brin et un nouveau brin

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5
Q

Décrire le mode de réplication Dispersif

A

La réplication se fait en mosaïque, les brins sont toujours mélangé et rien n’est conservé sur un brin. Donne des hélices qui contiennent une proportion aléatoire de vieux et nouvel ADN.

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6
Q

décrire l’experience de Meselson et Stalh

A

Croissance de bactéries sur du N15, lavage puis croissance des même bactéries avec du N14. Les bactéries sont séparées sur un gradient de chllorure de césium pour voir leur densité

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7
Q

Décrire les résultats de l’expérience de Meselson et Stalh

A

Les bactéries initiales étaient seulement au point du N15 sur le gradient, puis la génération après croissance sur N14 étaient au point N14+15. Les bactéries des générations subséquentes étaient au point N14 seulement mais il restait des bactéries à N14+15

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8
Q

Quelle est la différence entre l’étude d’une caractéristique par voies biochimiques et génétiques?

A

La voie biochimique détruit les cellules, purifie leur composantes puis les réassemblent individuellement pour voir le résultat tandis que les études génétiques utilisent des mutants (souvent knock-out) pour voir l’effet du gène en question

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9
Q

Comment peut on observer une mutation létale chez un individu à maturité avec la voie génétique?

A

En utilisant des mutants thermosensibles, chez qui la mutation ne se manifeste qu’à une certaine température

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10
Q

Quelle enzyme créer l’amorce, de quoi cette amorce est-elle composée et pourquoi est-elle nécessaire?

A

La primase créer une amorce d’ARN pour permettre à l’ADN polymérase d’amorcer la réplication de l’ADN

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11
Q

Comment l’ADNpol retire-t-elle l’hydrogène du groupement OH à l’extrémité 3’ du sucre sur le brin nouvellement synthétisé

A

Des ions magnésiums 2+ éloignent le h+ du groupement 3’ OH, cela facilite l’attaque du groupement phosphate.

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12
Q

Quel est le résultat de la polymération d’un nucléotide sur un brin d’ADN

A

il y a un nucléotide de plus et un pyrophosphate (P-P) est libéré

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13
Q

Quel est le nom de l’origine de réplication du chromosome de E.coli

A

oriC

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14
Q

qu’est ce que la gyrase et pourquoi est-elle nécessaire dans la réplication du chromosome de E.coli

A

La gyrase est une topoisomérase 2 qui décatene les deux brins d’ADN qui restent coincés ensemble à la fin de la réplication du chromosome

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15
Q

L’ouverture de l’ADN lors de la réplication et la transcription peuvent causer une tension et un superenroulement de l’ADN dans les régions près de la bulle de réplication. Quelle enzyme résout ce problème et comment?

A

Les topoisomérases et l’ADN gyrases peuvent décaténer l’ADN superenroulé pour relâcher la tension

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16
Q

décrire comment se font les fragments d’okazaki

A

La réplication du brin dans le sens 3’ vers 5’ est impossible. il faut dont ouvrir une certaine distance de nucléotides, répliquer dans le sens de 5’ vers 3’ puis repartir plus loin

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17
Q

Quelle est la longeur des fragments d’okazaki chez lles procaryotes

A

1000-2000 nucléotides

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18
Q

Quelle la longueur des fragments d’okazaki chez les eucaryotes

A

100 à 400 nucléotides

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19
Q

expliquer comment une amorce sur le brin retardé devient un ADN complet

A

L’ADNpol s’intalle sur l’amorce puis synthétise jusqu’au dernier fragment d’okazaki. Plusieurs polymérases fabriquent une multitude de fragments d’okazaki puis lorsque la synthèse est terminée, les amorces sont retirées. Une ligase vient ensuite relier ensemble les fragments d’okazaki du brin retardé pour faire un brin complet

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20
Q

La ligase agit-elle sur les deux brins? pourquoi

A

Non, elle agit seulement sur le brin retardé puisqu’il n’y a pas de fragments d’okazaki à relier ensemble sur le brin avancé

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21
Q

comment appelle-t-on le complexe de l’hélicase et de la primase associés ensemble chez E.coli

A

Le primosome

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22
Q

comment appelle-t-on les protéines qui lient l’ADN simple brin et empêche celui-ci de se refermer lors de la réplication/transcription

A

Single strand binding proteins

SSB protein

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23
Q

combien d’hélicase différentes sont utilisées par E.coli

A

12

24
Q

Quelle est la principale hélicase de E.coli et de quoi est-elle composée

A

La DnaB est composée de 6 sous-unités qui forment un anneau autour d’un brin.
Cet anneau avance sur le brin en déroulant l’ADN

25
Q

Comment font les deux polymérases pour aller dans le même sens même si elles cont chacune dans une direction 5’vers 3’

A

L’ADN sur le brin retardé forme une boucle

26
Q

quels sont les sous-unités du réplisome

A

la sous unité tau, le chargeur (pince gamma), la polymérase et sa pince beta

27
Q

Quelle est l’utilité du chargeur

A

Il ajoute une pince beta à chaque fois que la polymérase du brin retardé change de fragment

28
Q

quelle est la forme de la pince Beta

A

La pince beta ressemble à un beigne autour de l’ADN. elle glisse librement sur l’ADN et maintient la polymerase sur le brin

29
Q

Expliquer l’activité exonucléases 3’ vers 5’ de certaines ADNpol

A

La pol recule sur le brin qu’elle vient de synthétiser et digère le nucléotide fraichement ajouté en vue de le corriger

30
Q

expliquer l’activité exonucléase 5’ vers 3’ de certaines ADNpol

A

La polymerase digère ce qui se trouve devant elle avant de rajouter des nucléotides un peu comme un camion à neige.

31
Q

quelle est l’action de l’ADNpol 1

A

elle digère les amorces d’ARN sur les fragments d’okazaki et les remplace par de l’ADN

32
Q

qu’est ce qu’un fragment de Klenow

A

Une ADNpol 1 coupé en deux par la protéase subtilisine. Ce fragment n’a pas l’activité exonucléase 5’vers3’ mais a encore sa capacité de synthèse

33
Q

quelle est l’ADNpol principalement en charge de la réplication chez E.coli

A

L’ADN polymérase III

34
Q

pourquoi les polymérases ont elles besoin d’une activité exonucléase 3’vers5’

A

Afin de réparer les erreurs qui peuvent être commis lors de l’appariment des nucléotides

35
Q

Chez E.coli, quel est l’impact de l’activité exonucléase 3’-5’ de l’ADNpol

A

Il y a 1000 à 10 000 fois moins d’erreurs (moins de 1 erreur par 10^9 nucléotide avec exonucléase vs 1 erreur par 10^5-10^6 nucléotides)

36
Q

comment une polymérase peut-elle détecter un mauvais appariement dans l’ADN synthétisé

A

L’angle d’alignement des nucléotides change pour compenser le pont hydrogène manquant. La polymérase sent cette anormalité

37
Q

Quel est le role de l’ADN polymerase alpha

A

Associée à la primase, elle synthétise une amorce d’ADN de 20 nt sur laquelle la pol delta va s’installer

38
Q

quel est le nom de la structure similaire à la pince beta chez les eucaryote

A

Proliferating cell nuclear antigen (PCNA)

39
Q

Quel est l’équivalent eucaryote des SSB

A

Replication Protein A (RPA)

40
Q

Quelle polymérases font la synthèse d’ADN durant la réparation mais ne sont pas des polymérases principales

A

Beta, lambda, sigma et mu

41
Q

Quelle est la fonction des polymérases Gamma et theta

A

synthèse de l’ADN mitochondrial

42
Q

Quelle est la principale polymérase pour la répliquation de l’ADN

A

l’ADNpol delta

43
Q

Quelle est la fonction de la polymérase epsilon

A

Role inconnu mais essentiel

44
Q

Quelle est la fonction des polymérases êta et iota

A

Mécanismes de réparation de l’ADN

45
Q

comment les eucaryotes peuvent-ils copier un génome largement plus grand que les procaryote en moins de temps et avec des polymérases plus lentes que celles des eucaryotes?

A

Les eucaryotes ont de multiples origines de réplications tandis que les procaryotes n’en n’on qu’une seule.

46
Q

quels sont les roles d’un origine de réplication

A

déclencher la réplication et éviter de répliquer celui-ci plus d’une fois par cycle cellulaire

47
Q

comment sont activés les CDK

A

une clycline s’attache au CDK (cycline dependant kinases)

48
Q

Quelles fonctions peut accomplir une CDK

A
  • Déclencher des origines de réplications (phase G1- S)
  • Débuter la mitose (phase G2-M)
  • libération des chromatides soeurs (métaphase)
49
Q

comment l’activité d’une CDK est-elle décidée

A

l’activité de CDK dépend de la cycline qui s’y associe

50
Q

Pourquoi L’ORC ne peut-il pas répliquer deux fois la même séquence génomique dans un cycle cellulaire

A

Les facteurs d’initiations qui le permettent de débuter la réplication ne sont pas présents après la fin de celle-ci

51
Q

à quel moment la cellule remet-elle les histones sur son ADN

A

Le plus rapidement possible après la réplication

52
Q

combien de nucléotides ne sont pas enroulés à leur histones après la réplication

A

200bp sur le brin avancé
300bp sur le brin retardé
Les fragments d’okazaji non ligués restent nus

53
Q

comment sont partagé les histones sur les nouveaux brin après la réplication de l’ADN

A

Le tétramère de H3 et H4 ( 2xH3-H4) parental reste intact et se distribue entre les chromatides filles
Les dimères H2A et H2B quittent le tétramère H3-H4 et se répartissent entre les chromatides filles
résumé: 2 dimères H3H4 restent ensemble en tétramère, 2 dimères H2AH2B partent chacun leur bord et se rajoutent à un autre nucléosome

54
Q

Qu’est ce qui arrive aux nouvelles histones ajoutées à l’ADN qui n’ont pas les bonnes marques épigénétiques

A

Les HDAC (histones déacétylases) enlève l’acétylation incorrecte sur les histones, Si les acétyles restent présent sur les histones, la cellule percoit un problème de réplication.

55
Q

comment les marques épigénétiques sont-elles transférées du brin mère au brin fille

A

L’hétérochromatine s’étale, H3K9Me3 recrute HP1 qui recrute des méthyltransférases

56
Q

Quelle protéine aide à transférer les vieilles histones aux brins à la suite de la réplication

A

Asf1 (anti-silencing factor 1), le complexe MCM

En général, les chaperonnes d’histones jouent un rôle dans l’assemblage de la chromatine

57
Q

Quelle protéine assemble de nouvelles histones après la réplication

A

CAF-1 (chromatin assembly factor-1) et son interaction avec PCNA

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