Réplication ADN Flashcards
l’ADN est il de pas-gauche ou pas-droit
Pas droit
quels sont les trois modes de réplication de l’ADN hypothétisé avant 1957
Conservatif, dispersif et semi-conservatif
décrire le mode de réplication semi-conservatif
chaque brin mère de l’ADN sert de matrice pour créer un brin fille. le brin mère est toujours collé au brin fille pour donner une nouvelle hélice fait à 50% de la vieille copie
Décrire le mode de réplication conservatif
L’adn mère sert de brin matrice pour former 2 brins filles. Les brins mères reviennent ensemble et les brins filles reviennent ensemble pour former un vieux brin et un nouveau brin
Décrire le mode de réplication Dispersif
La réplication se fait en mosaïque, les brins sont toujours mélangé et rien n’est conservé sur un brin. Donne des hélices qui contiennent une proportion aléatoire de vieux et nouvel ADN.
décrire l’experience de Meselson et Stalh
Croissance de bactéries sur du N15, lavage puis croissance des même bactéries avec du N14. Les bactéries sont séparées sur un gradient de chllorure de césium pour voir leur densité
Décrire les résultats de l’expérience de Meselson et Stalh
Les bactéries initiales étaient seulement au point du N15 sur le gradient, puis la génération après croissance sur N14 étaient au point N14+15. Les bactéries des générations subséquentes étaient au point N14 seulement mais il restait des bactéries à N14+15
Quelle est la différence entre l’étude d’une caractéristique par voies biochimiques et génétiques?
La voie biochimique détruit les cellules, purifie leur composantes puis les réassemblent individuellement pour voir le résultat tandis que les études génétiques utilisent des mutants (souvent knock-out) pour voir l’effet du gène en question
Comment peut on observer une mutation létale chez un individu à maturité avec la voie génétique?
En utilisant des mutants thermosensibles, chez qui la mutation ne se manifeste qu’à une certaine température
Quelle enzyme créer l’amorce, de quoi cette amorce est-elle composée et pourquoi est-elle nécessaire?
La primase créer une amorce d’ARN pour permettre à l’ADN polymérase d’amorcer la réplication de l’ADN
Comment l’ADNpol retire-t-elle l’hydrogène du groupement OH à l’extrémité 3’ du sucre sur le brin nouvellement synthétisé
Des ions magnésiums 2+ éloignent le h+ du groupement 3’ OH, cela facilite l’attaque du groupement phosphate.
Quel est le résultat de la polymération d’un nucléotide sur un brin d’ADN
il y a un nucléotide de plus et un pyrophosphate (P-P) est libéré
Quel est le nom de l’origine de réplication du chromosome de E.coli
oriC
qu’est ce que la gyrase et pourquoi est-elle nécessaire dans la réplication du chromosome de E.coli
La gyrase est une topoisomérase 2 qui décatene les deux brins d’ADN qui restent coincés ensemble à la fin de la réplication du chromosome
L’ouverture de l’ADN lors de la réplication et la transcription peuvent causer une tension et un superenroulement de l’ADN dans les régions près de la bulle de réplication. Quelle enzyme résout ce problème et comment?
Les topoisomérases et l’ADN gyrases peuvent décaténer l’ADN superenroulé pour relâcher la tension
décrire comment se font les fragments d’okazaki
La réplication du brin dans le sens 3’ vers 5’ est impossible. il faut dont ouvrir une certaine distance de nucléotides, répliquer dans le sens de 5’ vers 3’ puis repartir plus loin
Quelle est la longeur des fragments d’okazaki chez lles procaryotes
1000-2000 nucléotides
Quelle la longueur des fragments d’okazaki chez les eucaryotes
100 à 400 nucléotides
expliquer comment une amorce sur le brin retardé devient un ADN complet
L’ADNpol s’intalle sur l’amorce puis synthétise jusqu’au dernier fragment d’okazaki. Plusieurs polymérases fabriquent une multitude de fragments d’okazaki puis lorsque la synthèse est terminée, les amorces sont retirées. Une ligase vient ensuite relier ensemble les fragments d’okazaki du brin retardé pour faire un brin complet
La ligase agit-elle sur les deux brins? pourquoi
Non, elle agit seulement sur le brin retardé puisqu’il n’y a pas de fragments d’okazaki à relier ensemble sur le brin avancé
comment appelle-t-on le complexe de l’hélicase et de la primase associés ensemble chez E.coli
Le primosome
comment appelle-t-on les protéines qui lient l’ADN simple brin et empêche celui-ci de se refermer lors de la réplication/transcription
Single strand binding proteins
SSB protein
combien d’hélicase différentes sont utilisées par E.coli
12
Quelle est la principale hélicase de E.coli et de quoi est-elle composée
La DnaB est composée de 6 sous-unités qui forment un anneau autour d’un brin.
Cet anneau avance sur le brin en déroulant l’ADN
Comment font les deux polymérases pour aller dans le même sens même si elles cont chacune dans une direction 5’vers 3’
L’ADN sur le brin retardé forme une boucle
quels sont les sous-unités du réplisome
la sous unité tau, le chargeur (pince gamma), la polymérase et sa pince beta
Quelle est l’utilité du chargeur
Il ajoute une pince beta à chaque fois que la polymérase du brin retardé change de fragment
quelle est la forme de la pince Beta
La pince beta ressemble à un beigne autour de l’ADN. elle glisse librement sur l’ADN et maintient la polymerase sur le brin
Expliquer l’activité exonucléases 3’ vers 5’ de certaines ADNpol
La pol recule sur le brin qu’elle vient de synthétiser et digère le nucléotide fraichement ajouté en vue de le corriger
expliquer l’activité exonucléase 5’ vers 3’ de certaines ADNpol
La polymerase digère ce qui se trouve devant elle avant de rajouter des nucléotides un peu comme un camion à neige.
quelle est l’action de l’ADNpol 1
elle digère les amorces d’ARN sur les fragments d’okazaki et les remplace par de l’ADN
qu’est ce qu’un fragment de Klenow
Une ADNpol 1 coupé en deux par la protéase subtilisine. Ce fragment n’a pas l’activité exonucléase 5’vers3’ mais a encore sa capacité de synthèse
quelle est l’ADNpol principalement en charge de la réplication chez E.coli
L’ADN polymérase III
pourquoi les polymérases ont elles besoin d’une activité exonucléase 3’vers5’
Afin de réparer les erreurs qui peuvent être commis lors de l’appariment des nucléotides
Chez E.coli, quel est l’impact de l’activité exonucléase 3’-5’ de l’ADNpol
Il y a 1000 à 10 000 fois moins d’erreurs (moins de 1 erreur par 10^9 nucléotide avec exonucléase vs 1 erreur par 10^5-10^6 nucléotides)
comment une polymérase peut-elle détecter un mauvais appariement dans l’ADN synthétisé
L’angle d’alignement des nucléotides change pour compenser le pont hydrogène manquant. La polymérase sent cette anormalité
Quel est le role de l’ADN polymerase alpha
Associée à la primase, elle synthétise une amorce d’ADN de 20 nt sur laquelle la pol delta va s’installer
quel est le nom de la structure similaire à la pince beta chez les eucaryote
Proliferating cell nuclear antigen (PCNA)
Quel est l’équivalent eucaryote des SSB
Replication Protein A (RPA)
Quelle polymérases font la synthèse d’ADN durant la réparation mais ne sont pas des polymérases principales
Beta, lambda, sigma et mu
Quelle est la fonction des polymérases Gamma et theta
synthèse de l’ADN mitochondrial
Quelle est la principale polymérase pour la répliquation de l’ADN
l’ADNpol delta
Quelle est la fonction de la polymérase epsilon
Role inconnu mais essentiel
Quelle est la fonction des polymérases êta et iota
Mécanismes de réparation de l’ADN
comment les eucaryotes peuvent-ils copier un génome largement plus grand que les procaryote en moins de temps et avec des polymérases plus lentes que celles des eucaryotes?
Les eucaryotes ont de multiples origines de réplications tandis que les procaryotes n’en n’on qu’une seule.
quels sont les roles d’un origine de réplication
déclencher la réplication et éviter de répliquer celui-ci plus d’une fois par cycle cellulaire
comment sont activés les CDK
une clycline s’attache au CDK (cycline dependant kinases)
Quelles fonctions peut accomplir une CDK
- Déclencher des origines de réplications (phase G1- S)
- Débuter la mitose (phase G2-M)
- libération des chromatides soeurs (métaphase)
comment l’activité d’une CDK est-elle décidée
l’activité de CDK dépend de la cycline qui s’y associe
Pourquoi L’ORC ne peut-il pas répliquer deux fois la même séquence génomique dans un cycle cellulaire
Les facteurs d’initiations qui le permettent de débuter la réplication ne sont pas présents après la fin de celle-ci
à quel moment la cellule remet-elle les histones sur son ADN
Le plus rapidement possible après la réplication
combien de nucléotides ne sont pas enroulés à leur histones après la réplication
200bp sur le brin avancé
300bp sur le brin retardé
Les fragments d’okazaji non ligués restent nus
comment sont partagé les histones sur les nouveaux brin après la réplication de l’ADN
Le tétramère de H3 et H4 ( 2xH3-H4) parental reste intact et se distribue entre les chromatides filles
Les dimères H2A et H2B quittent le tétramère H3-H4 et se répartissent entre les chromatides filles
résumé: 2 dimères H3H4 restent ensemble en tétramère, 2 dimères H2AH2B partent chacun leur bord et se rajoutent à un autre nucléosome
Qu’est ce qui arrive aux nouvelles histones ajoutées à l’ADN qui n’ont pas les bonnes marques épigénétiques
Les HDAC (histones déacétylases) enlève l’acétylation incorrecte sur les histones, Si les acétyles restent présent sur les histones, la cellule percoit un problème de réplication.
comment les marques épigénétiques sont-elles transférées du brin mère au brin fille
L’hétérochromatine s’étale, H3K9Me3 recrute HP1 qui recrute des méthyltransférases
Quelle protéine aide à transférer les vieilles histones aux brins à la suite de la réplication
Asf1 (anti-silencing factor 1), le complexe MCM
En général, les chaperonnes d’histones jouent un rôle dans l’assemblage de la chromatine
Quelle protéine assemble de nouvelles histones après la réplication
CAF-1 (chromatin assembly factor-1) et son interaction avec PCNA
