Quiz

Question 1

En qué se basa DACS?

Answer 1

Se basa en que las secuencias activas de cromatina son sensibles al corte de DNAsaI y otras nucleasas?

Question 2

Qué elementos se identifican con DACS?

Answer 2

Enhancers, promotores, regiones de control

Question 3

Qué se obtiene en DACS?

Answer 3

Tags de secuencia codificante y no codificante. Muchos genes continúan expresándose y mantienen estructura de cromatina relajada

Question 4

Cuál es el proceso para DACS?

Answer 4

1. Melt at 65ºC
2. Repair with T4 DNA Polymerase
3. A-Tail Taq Polymerase
4. Ligate using biotinylated MmeI linker
   digest with MmeI
5. Capture Montag on Dynal beads
6. Ligate with adaptor
7. Amplify and recapture
8. Digest and wash
9. Digest with MiuI
10. Retain supernatant
11. Concatemerize
12. Size-select
13. Amplify and clone
14. DACS library

Question 5

¿Cuál es la utilidad de DACS?

Answer 5

Comparar secuencias regulatorias

Question 6

¿Para qué sirve TEC-RED?

Answer 6

Localizar mensajeros que hacen trans-splicing?

Question 7

¿Qué es el trans-splicing?

Answer 7

Ligación de dos exones de diferentes transcripts primarios de RNA

Question 8

¿En qué se basa TEC-RED?

Answer 8

Obtención de mRNA con posterior síntesis de cDNA

Question 9

¿Cómo se aventaja TEC-RED?

Answer 9

Se toma ventaja de la secuencia líder de los mRNAS como C. elegans que su SL1 está en el 50% de sus mensajeros

Question 10

¿Cómo se hace TEC-RED?

Answer 10

1. Purificación
2. cDNA sintesis
3. PCR con primer de biotina
4. Digestión y purificación de fragmentos de Biotina-DNA
5. Ligación con adaptador y amplificación
6. Concatenación
7. Clonación y secuenciación

Question 11

¿En qué se basa STAGE?

Answer 11

Inmunoprecipitación de la cromatina

Question 12

¿Cómo se hace STAGE?

Answer 12

1. Cross-linking and IP
2. Random amplification with biotinylated primer
3. NlaIII digestion and binding to streptavidin beads
4. Division and ligation
5. Digestion with MmeI
6. Ligation and amplification with nested primers
7. Digestion with NlaIII and purification of ditags
8. Ligation to make concatemers
9. Sequencing and analysis

Question 13

¿Qué es STACE?

Answer 13

Sequence tag based amplification of cDNA ends

Question 14

¿Cuáles son los posibles resultados de STACE?

Answer 14

Novel gene

Annotation extension

Non protein coding gene

Question 15

¿Qué es The Chromosome Walking?

Answer 15

Fragmentación parcial e inserción en vector para obtención de clones con elementos que se traslapan

Question 16

¿Cómo funciona Sanger?

Answer 16

Fragmento de ADN de una sola cadena con primers marcados radioactivamente

Question 17

Roche

Answer 17

454. amplificación por emPCR. Pirosecuenciación

Question 18

Illumina

Answer 18

Illumina. Bridge PCR. Sintesis

Question 19

Life

Answer 19

SOLID. emPCR. Ligación.

Question 20

Ion Torrent

Answer 20

PGM. emPCR. Sintesis

Question 21

Pacific Biosciences

Answer 21

RS. Sintesis.

Question 22

Second Generation Sequencing Platforms. PROCESS

Answer 22

Template preparation -> Massively parallel clonal amplification –> Sequencing and alignment of short reads

Question 23

Second Generation Sequencing Platforms

Answer 23

454/SOLID/ILLUMINA

Question 24

Third Generation Sequencing Platforms. PROCESS

Answer 24

Template preparation –> Fluorescent labeling –> single molecule realtime sequencing

Question 25

Third Generation Sequencing Platforms

Answer 25

Pacific Biosciences SMRT/OXFORD NANOPORE/ION TORRENT/Visigen FRET