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Genómica Funcional > Quiz 3 > Flashcards

Quiz 3 Flashcards

1
Q

¿Qué son Tiling Arrays?

A

Subtipo de microarreglos realizados mediante hibridación sobre soporte. Examinan secuencias que se encuentran contiguas en el genoma

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Q

Plataformas de Tiling Arrays

A

Affymetrix, 35 bp (7 arrays)
NimbleGen, 100 bp (38 arrays)
Agilent, 195 bp (31 arrays)

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3
Q

¿Cómo hacer Transcriptome Mapping?

A
  1. Isolate total RNA
  2. Convert to dsDNA
  3. Hibridize to tilling array
  4. Analyze gene expression
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4
Q

¿Cómo hacer DNase Chip?

A
  1. Digerir cromatina con DNAsaI
  2. Aislar fragmentos digeridos
  3. Hibridar a tilling array
  4. Identificar elementos regulatorios
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5
Q

¿Cómo hacer MeDIP-chip?

A
  1. Genomic DNA with 5-methyl-cytosine
  2. Sonication
  3. Immunoprecipitation with anti-5-methyl-cytosine-antibody
  4. Hybridize to tilling array
  5. Identify methylated cytosine across genome
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6
Q

¿Cómo hacer ChIP-chip?

A
  1. Protein-bound chromatin
  2. Sonication
  3. Immunoprecipitation
  4. Removal of antibodies and end-labelling DNA fragments
  5. Hybridization to tilling arrays
  6. Identify protein-binding sites genome wide
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7
Q

¿Qué es el proteómica?

A

Ciencia de la separación e identificación de proteínas

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8
Q

¿Qué es SDS-PAGE?

A

Separa proteínas de acuerdo a tamaño, las proteínas son desnaturalizadas parar eliminar estructuras, se utiliza beta-mercaptoetanol

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9
Q

¿Cómo funciona SDS-PAGE?

A

Al tener carga negativa por SDS y someter a un campo electrico, las proteínas migran hacia el polo positivo.

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10
Q

Tinciones de SDS-PAGE

A

Azul de Coomassie, Plata, fluorescentes para identificar PTMs

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11
Q

Ciclo de las proteínas

A
  1. Peptide fragments
  2. Polypeptide
  3. folding
  4. Damage / PTM
  5. Ubiquitination
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12
Q

¿Qué es la electroforesis bidimensional?

A

Técnica para separar proteinas complejas, separación por pH y MW

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13
Q

¿Qué es el pI?

A

Valor de pH donde la carga neta de una sustancia anfotérica es cero

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14
Q

¿qué es IPG strip?

A

Son tiras que contienen un gel con gradiente de pH.

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15
Q

Marcas de IPG strip

A

PROTEAN, Criterion

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16
Q

analisis de electroforesis bidimensional

A

Analisis de datos mediante software que detecta spots correspondientes a proteínas con altos o bajos niveles de expresión

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17
Q

Aplicaciones de DIGE

A

Nuevos marcadores y farmacos. Mecanismos moleculares en patología de enfermedades.

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18
Q

¿Qué es mass finger-printing?

A

Técnica para identificar proteínas que se han reducido a peptidos pequeños con base en la espectrometría de masas

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19
Q

¿Para qué sirve el sistema de doble hibrido?

A

Para conocer interacciones entre proteínas

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20
Q

¿Qué proteína utiliza el sistema de doble híbrido?

A

Gal4 que es un factor de transcripción

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21
Q

¿Cómo funciona el sistema de doble híbrido?

A

Se tienen dos plásmidos, uno que lleva el gen de la proteína de interés y el segundo que es una biblioteca con el dominio de activación; cuando ocurre interacción, se expresa un gen reportero

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22
Q

¿Cómo se corrobora interacción en el sistema de doble híbrido?

A

Inmunoprecipitación
Far Western
Inmunofluorescencia

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23
Q

¿Para qué sirve un microarreglo de proteínas?

A

Analisis masivo de proteinas

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24
Q

¿Qué clases de microarreglos de proteínas existen?

A

Arreglos funcionales de proteínas, arreglos analíticos de captura de proteínas, arreglos de proteínas de fase reversa

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25
Q

¿Qué es PISA?

A

Protein in situ array

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26
Q

¿Qué es NAPPA?

A

Nucleic acid programmable protein array

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27
Q

¿Qué es DAPA?

A

DNA array to protein array

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28
Q

¿Qué hace PISA?

A

Mantiene el DNA codificante en una superficie para que quede atrapado cuando sea sintetizado

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29
Q

¿Qué hace NAPPA?

A

El plásmido es inmovilizado en la superficie junto con un anticuerpo, para expresar se utiliza lisado de reticulocitos de conejo

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30
Q

¿Qué es DAPA?

A

Arreglos de DNA reusables, síntesis se hace en sandwich

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31
Q

¿Qué sistemas de deteccion en microarreglos existen?

A

Basado en etiquetado: Etiquetado directo a las proteínas, colorantes reaccionan

Libre de etiquetado: Espectrometría de masas, biosensores ópticos, sensores de conductancia

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32
Q

¿Qué es Quantum Dots?

A

Nanocristal que absorbe fotones de luz y re-emite a diferente longitud de onda.

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33
Q

¿Qué es el RNA de silenciamiento?

A

Cuando se inyectan moléculas de dsRNA se induce una respuesta que puede resultar en la muerte de la célula

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34
Q

Características de miRNA

A

Se genera a partir de genes y dsRNA
Se une al final del mRNA
No tiene apareamiento completo
Inhibe traducción

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35
Q

Características de siRNA

A

Se produce de un dsRNA exógeno.
Se une a región codificante del mRNA.
Evita traducción físicamente.
Su secuencia blanco es única.

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36
Q

Características de shRNA

A

Mayor efecto de silenciamiento, procesado por DICER, tambien utilizado por RISC para degradación

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37
Q

Métodos para generar siRNAs

A 
Síntesis química.
Transcripción in vitro.
digestión de dsDNA con RNAsa III (DICER).
Vector de expresión.
Cassette de expresión de PCR.
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38
Q

¿En qué consiste la síntesis química para generar siRNAs?

A

Secuencia sin errores, alta pureza, utilización de morfolinos.

39
Q

¿En qué consiste la digestión con RNAsa III para generar siRNAs?

A

Se preparan dsRNA por transcripción in vitro, se usa un templado del mRNA blanco
El dsRNA es digerido por DICER y se garantiza un buen silenciamiento

40
Q

¿En qué consiste los vectores de expresión para generar siRNAs?

A

Es un sistema in vivo, hay vectores con resistencias,se utilizan vectores virales para favorecer al cassette.

41
Q

¿Cómo utilizar verificar efectividad del silenciamiento?

A

Con el vector se hace una fusión con la secuencia de luciferasa. psiCHECK.

42
Q

¿En qué consiste los cassettes de PCR para generar siRNAs?

A

Se introducen directamente en las células. Se sintetizan rápido. Se usan para probar antes de clonar.

43
Q

¿Cómo verificar el silenciamiento?

A

A nivel de mRNA:
qRT-PCR, Northern blot, Microarreglos.

A nivel de proteína: Western Blot, ELISA

44
Q

¿Qué son los áptameros?

A

Son pequeños oligos de cadena sencilla, obtenidos por SELEX que pueden reconocer y unirse de manera específica.

45
Q

¿Qué es la recombinación?

A

Intercambio de información genética,, reparar DBS.

46
Q

¿Qué es Zinc Finger Protein?

A

Sirve para regular o modificar genes.

47
Q

Ventajas de ZFP

A

Las modificaciones son permanentes y heredables, no requiere expresión controlada, no requiere inserciones.

48
Q

Desventajas de ZFP

A

Inespecifidad de unión, reacción alérgica, reportes de citotoxicidad.

49
Q

¿Qué es TALENs?

A

Modificación de los elementos TALE

50
Q

¿Qué es el sistema CRISPR/Cas?

A

Mecanismo de respuesta adaptativa, confiere resistencia a DNAs exógenos.

51
Q

¿Qué es un transposon?

A

Segmento de ADN que se inserta por sí mismo en otro lugar del genoma

52
Q

¿Quién descubrió los transposones?

A

Barbara McClintock, observó rupturas espontáneas en los cromosomas del maíz, los llamó Jumping Genes

53
Q

¿Para qué sirven los transposones?

A

Algunos genomas generan nuevas partes funcionales o regulatorias y ayudan a plantas a sobrevivir en condiciones adversas

54
Q

¿Qué métodos de transposición existen?

A

Cut and paste

Copy and paste

55
Q

¿Qué es Rolling Circle?

A

Los transposones se enrollan hacia un nuevo blanco, hacen copia de ellos mismos

56
Q

¿Qué son los Helitrons?

A

Contienen secuencia codificante y no codificante que son escondidos después del splicing

57
Q

¿Qué son MITEs?

A

Transposones cortos, no autónomos, carecen de ORFs, su movilidad depende de la actividad en trans de transposasas.

58
Q

Tipos de MITEs

A

Tourist

Stowaway

59
Q

Características de MITES

A

Se insertan en eucromatina, algunos miRNAs se deriven de MITEs, tienden a insertarse de secuencias de genes

60
Q

¿Qué son los LTRs?

A

Secuencias que se repiten en extremos del ADN, flanquean genes funcionales, controlan secuencias del hospedero

61
Q

¿Qué son LINEs?

A

20% del genoma, codifica para RNA binding protein y endonucleasa retrotranscriptasa ubicada en ORF1 y ORF2

62
Q

Características de LINEs

A

Pueden inhibir transcripción

63
Q

¿Qué son SINEs?

A

Retrotransposones no autónomos, muchas copias, ampliamente distribuidos

64
Q

Estructura de los SINEs

A

Head
Body
Tail

65
Q

¿Qué es Sleeping Beauty?

A

Transposasa construida a partir de secuencias de transposones inactivados en peces salmónidos

66
Q

¿Qué es Piggy-Bac?

A

Elemento móvil que se transpasa entre vectores y cromosomas a traves de cut and paste.

67
Q

¿Para qué sirve Piggy Bac?

A

Edición genómica de células de humano, ratón. Integraciones reversibles, vector inducible.

68
Q

¿Qué es la genética directa?

A

Mutación/fenotipo –> Gen –> enfermedad

69
Q

¿Qué es la genética reversa?

A

Investigar el impacto de la modificación o ausencia de un gen. Puede ser específico o al azar.

70
Q

¿Qué es la clonación posicional?

A

Herramienta para identificación de mutaciones por herencia mendeliana

71
Q

Proceso de clonación posicional

A 
Reclutamiento de pacientes
Colección de ADN
Análisis genético
Definición de región de interés
Apoyo en estudios citogenéticos
Definición del gen de interés
Análisis en patogénesis
72
Q

Aberraciones cromosomales

A

Translocación, duplicación, deleción, aneuploidía, amplificación, inversión

73
Q

Evidencia citogénetica

A

CGH: usa dos genomas marcados con fluoroforos, se hibridan a cromosomas, la intensidad de la señal corresponde al número de copias.

74
Q

¿Qué es el análisis genético de ligamiento?

A

Análisis de transmisión de marcadores, analizar si ciertos padecimientos se heredan junto con los marcadores.

75
Q

Métodos para analizar mutaciones

A

SSCP
DHPLC
Southern Blot
FISH

76
Q

¿Qué es DHPLC?

A

Compara dos o más amplificados de PCR para detectar mutación. Se basa en retención diferencial

77
Q

¿Qué es CCM?

A

Chemical Cleavage of Mismatch- Se usa para escanear mutaciones en DNA para detectar esquizofrenia, desordenes mitocondriales, cáncer de mamá, alzheimer

78
Q

¿Cómo funciona CCM?

A

Detecta mutaciones puntuales, inserciones, deleciones heteroduplex.

79
Q

Ventajas de CCM

A

Localización precisa de identificación de la mutación.Costo bajo. No equipo complejo

80
Q

Desventajas de CCM

A

Muchos pasos, químicos tóxicos.

81
Q

¿Qué es high resolution DNA melting?

A

Sirve para escaneo de mutaciones y genotificación. analiza perfiles de desnaturalización.

82
Q

Marcadores más comunes

A 
AFLP
RAPD
DAF
AP-PCR
SSLP
RFLP
83
Q

¿Cómo funciona RFLP?

A

Aislamiento y purificación del ADN. Digestión con enzimas de restricción
Correr en gel y transferir a membrana. Southern Blot.

84
Q

¿Cómo funciona AFLP?

A

Aislamiento y purificación. Digestión. Ligación de adaptadores. Amplificación. Detección

85
Q

¿Qué es CAPS?

A

Se basa en secuencias polimorficas que crean o eliminan un sitio de restricción

86
Q

¿Cómo funciona CAPS?

A

PCR con primers que flanquean SNP. digestión de productos de PCR. Gel

87
Q

¿Cómo funciona SSLP?

A

Arreglo de repetidos con variaciones en longitud. Minisatélites, microsatélites

88
Q

¿Cómo funciona SNPs?

A

Variación en un solo nucleótido, es muy abundante, pueden predisponer

89
Q

¿Cómo funciona RAPD?

A

Basado en PCR, el DNAg tiene muchos sitios de hibridación. Si dos sitios están cercanos entonces se establece el locus.

90
Q

¿Qué es TILLING?

A

Evita la eliminación completa de genes o modificaciones específicas.

91
Q

Agentes mutagénicos para TILLING

A

EMS. Azida de sodio. Bombardeo de neutrones. MNU, MNH. Radiación gamma

92
Q

¿Qué es la biología de sistemas

A

Estudia procesos biológicos con información experimental y modelos matemáticos

93
Q

¿Qué es la biología sintética?

A

Combinación de métodos de síntesis química del ADN.

94
Q

Aplicaciones de la biología sintética

A

Bioenergía
Sustitutos petroquímicos
Vacunas
Cromosomas sintéticos

Genómica Funcional (4 decks)

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