PROTEİNLER - 1 Flashcards
AMİNO ASİTLERİN OPTİK ÖZELLİKLERİ
alfa grubuna 4 farklı grup bağlıysa - optikçe aktif veya şiral karbon adı verilir.
protein yapısındaki amino asitler L formundadır.
bir proteinin D ve L formu birbirinin ayna görüntüsünü meydana getirir. bu iki forma stereoizomer, optik izomer veya enantiyomer denir.
glisin iki hidrojen atomundan dolayı optikçe inaktiftir. yani polarize ışık düzlemini çevirmez.
AMİNO ASİTLERİN AMFOTERİK ÖZELLİKLERİ
mono amino - mono karboksilik asit içeren amino asitler sulu çözeltilerde dipolar - yani zwitterion - olarak bulunurlar.
GLİSİN
asimetrik karbon atomu taşımaz. optik rotasyonu yoktur.
en küçük amino asittir.
serin amino asitinden sentezlenir.
kollajen yapısındaki her 3 amino asitten biridir.
protein zincirlerin kıvrılmasına yol açar.
kreatin fosfat sentezine katılır.
glutatyonun yapısına katılır. - glutamat - sistein - glisin.
benzoik asitin hippürik asite dönüştürülmesinde detoksifikasyon olaylarında görev alır.
safra asitlerinin konjugasyonunda rol oynar.
porfirin sentezine katılan tek aminoasittir.
pürin halka yapısının karbon ve azot kaynağıdır.
ALANİN
en önemli glukoneogenik amino asittir.
keto asidi pirüvattır.
VALİN
dallı zincirli amino asittir. karaciğerde yıkılamazlar.
süksinil koaya yıkılan amino asitlerdendir. (VİM - treonin)
İZOLÖSİN
dallı zincirli amino asittir. karaciğerde yıkılamazlar.
iki asimetrik karbon atomu vardır. (diğeri de treonindir.)
ketojenik ve glukojenik bir aminoasittir. (izolösin - fenilalanin - tirozin - triptofan).
karbon iskeleti süksinil koa ve asetil koa üzerinden TCA döngüsüne girer.
LÖSİN
dallı zincirli amino asittir. karaciğerde yıkılamazlar.
saf ketojeniktir.
GLUTAMAT
keto asidi alfa ketoglutarattır.
prolin ve arjinin sentezinde öncüdür.
eksitatör etkili nörotransmitterdir.
dekarboksilasyonu ile inhibitör etkili nörotransmitter olan gaba oluşur.
glutatyonun yapısına katılır. (glutamat - sistein - glisin).
glutamat dehidrojenazın kataliziyle oksidatif deaminasyona uğrar.
ASPARTAT
keto asidi okzaloasetattır.
üre döngüsüne azot verir. karbon iskeleti fumarat olarak açığa çıkar.
pürin ve pirimidin sentezinde azot kaynağıdır.
GLUTAMİN
kanda ve beyinde konsantrasyonu en yüksek olan amino asittir.
pürin ve pirimidin sentezinde azot kaynağıdır.
ASPARAJİN
N glikozit bağ yapısına katılır.
HİSTİDİN
bir proteinin yapısına girdiğinde iyonik çevreye göre pozitif veya negatif yüklü olabilir. dolayısıyla tamponlama gücü en belirgin amino asittir.
yapısında imidazol halkası taşır.
tek basamakta dekarboksilasyonu ile histamin sentezlenir.
ARJİNİN
besinsel olarak yarı esansiyeldir. çocuklarda büyüme döneminde sentezlenir.
glutamattan ve üre döngüsünde sentezlenebilir.
kreatin sentezine katılır.
histon proteinlerinin yapısında bulunur.
arjininden nitrik oksit sentaz enzimi ile nitrik oksit ve sitrülin sentezlenir.
karaciğerde üreye direkt olarak çevrilen tek amino asittir.
guanido grubu içerir.
LİZİN
saf ketojeniktir.
biyotin, karboksilaz enzimlerinin lizin amino asidine prostetik olarak bağlanır.
kollajen ve elastin yapısına katılır.
karnitinin yapısına katılır. (lizin - metiyonin).
transaminasyona uğramayan amino asitlerdendir. (lizin - treonin - prolin )
FENİLALANİN
hidroksilasyonu ile tirozin sentezlenir.
ketojenik ve glikojenik bir amino asittir. (izolösin - fenilalanin - tirozin - triptofan).
benzen halkası içerir.
TİROZİN
ketojenik ve glukojenik bir amino asittir.
fenol grubu içerir.
fenilalaninden sentezlenir.
melanin tiroid hormonları ve katekolaminlerin öncülüdür.
hem aromatik hem de hidroksilli amino asittir.
TRİPTOFAN
tek kodonludur.
seratonin - melatonin ve nikotinik asitin öncülüdür.
ketojenik ve glukojenik bir amino asittir.
hartnup hastalığında bağırsak ve böbrekte emilim bozukluğu görülür.
indol halkası içerir.
METİYONİN
protein sentezini başlatır.
tek kodonludur. (AUG)
metil grubu vericisidir.
kreatin sentezinde görev alır.
ATP nin adenozil kısmını almasıyla genel metil verici olan S adenozil metiyonin sentezlenir.
karnitinin yapısına katılır. (lizin - metiyonin)
SİSTEİN
yan zinciri birçok enzimin aktif bölgesinin önemli bir parçası olan sülfidril grubu taşır.
serin ve metiyonin amino asitlerinden sentezlenir.
iki sistein birleşerek sistin denilen keratin yapısında da bulunan molekülü oluşturur.
taurinin kaynağı.
glutatyonun yapısına katılır. (glutamat - sistein - glisin)
tioalkol grubu içerir.
SERİN
glikolitik yolda ara madde olan 3-fosfogliserattan sentezlenir.
glisin, sistein ve fosfolipitlerin sentezine katılır.
protein yapısında fosforlanan en önemli aminoasittir.
polar hidroksil yan zinciri birçok enzimin aktif bölgesini oluşturur.
treonin ile birlikte O glikozit bağ yapısına katılır.
fosforile olabilen 3 amino asitten birisidir. (serin - treonin - tirozin)
tek karbonlu birimlerin vericisi olarak önemlidir.
TREONİN
polar hidroksil grup taşır.
fosforlanır.
iki asimetrik karbon atomu taşır. diğeri izolösin.
transaminasyona uğramayan amino asitlerdendir. (lizin - treonin - prolin)
TİROZİN
polar hidroksil grup taşır.
fosforlanır.
glikojen sentezinde glikojenin proteinin yapısında ilk glukozun alıcısıdır.
PROLİN
protein zincirlerinin kıvrılmasına yol açar.
transaminasyona uğramayan amino asitlerdendir. (lizin - treonin - prolin)
POSTTRANSLASYONEL AMİNOASİTLER
protein yapısına girdikten sonra değişime uğrayan amino asitlerdir.
kendilerine ait DNA mRNA ve tRNA da karşılıkları yoktur. translasyon aşamasından sonra değişime uğrarlar.
3-metil histidin : aktin ve miyozinin yıkımı ile oluşur.
4-hidroksi prolin : kollajenin yapısında bulunur.
5-hidroksi lizin : kollajenin yapısında bulunur.
6-N-metil lizin : kas proteini miyozinde bulunur.
AMİNOASİTLERDE BULUNAN ÖZEL GRUPLAR
arjinin - guanido
fenil alanin - benzen
tirozin - fenol (benzen + hidroksil)
histidin - imidazol
triptofan - indol (benzen + pirol)
prolin - imino
sistein - tioalkol (SH)
SELENOSİSTEİN
serinden sentezlenir.
yapısında selenyum var.
stop kodonu olan UGA tarafından kodlanır.
posttranslasyonel oluşmaz. kendisine ait, tRNA sı , mRNA sı ve DNA da karşılığı vardır.
sentezi tRNA üzerinden gerçekleşir.
glutatyon peroksidaz - tioredoksin redüktaz - deiyonidaz gibi enzimlerin yapısında bulunur.
NOT : stop kodonu tarafından kodlanan aminoasitler : selenosistein ve pirolizin
KREATİN
glisin - arjinin - metiyonin
KARNİTİN
lizin - metiyonin
mitokondri iç zarından uzun zincirli yağ asitlerinin geçişini sağlar.
DESMOZİN
4 lizinin çarpraz bağ yapması ile meydana gelir.
elastine esnekliğini verir.
TAURİN
sisteinden dekarboksilasyonla oluşur.
safra asitleri ile konjugat oluşturur.
GAMA AMİNO BÜTİRİK ASİT (GABA)
beyin dokusunda glutamik asitten dekarboksilasyon reaksiyonu ile sentezlenir.
HİSTAMİN
histidinden dekarboksilasyon reaksiyonu ile sentezlenir.
TRİPTOFANDAN SENTEZLENENLER
seratonin
melatonin
nikotinamid (NAD ve NADP öncülü)
TİROZİNDEN SENTEZLENENLER
katekolaminler
melanin
tiroksin
ARJİNİN …… DAN SENTEZLENİR.
nitrik oksit
PİRİMİDİN
glutamin - aspartat - karbondioksit
PÜRİN
glutamin - aspartat- karbondioksit - glisin - tetrahidrofolat.
AMİNO ASİTLERDEN SENTEZLENEN BAZI ÖNEMLİ YAPILAR
beta alanin : koA yı oluşturan pantotenik asitte ve bazı dipeptidlerin yapısında bulunur.
beta amino izo bütirik asit : pirimidinlerin yıkılışı sırasında oluşur.
spermin-spermidin : ornitin ve SAM den sentezlenir.
karnozin : histidin ve alaninden sentezlenir.
homokarnozin : histidin ve GABA dan sentezlenir.
homosistein : metiyonin metabolizmasında ara maddedir.
HÜCRELERDE FARKLI BİYOLOJİK FONKSİYONLARA SAHİP OLAN FAKAT PROTEİN YAPISINA GİRMEYEN AMİNO ASİT YAPISINDA MOLEKÜLLER DE VARDIR
ornitin : üre döngüsünde ve arjinin biyosentezinde ara madde.
sitrülin ve arjino süksinik asit : üre döngüsünde ara madde.
5 - hidroksi triptofan : serotonin ön maddesi.
PEPTİDLER VE POLİPEPTİDLER
peptid bağı : bir amino asidin alfa amino grubu ile diğer amino asidin karboksil grubu arasında bir molekül suyun ayrılması ile meydana gelir.
peptid bağında bulunan CN bağı , bağ ekseninde dönmeyi önleyen kısmi çift bağ özelliği taşır.
peptid bağları : trans şeklinde - yüksüz ancak polar - amit bağlarıdır (kovalent bağlar)
GLOBÜLER PROTEİNLER
küresel - suda çözünebilir. - hareketli - protein turnoverleri hızlı.
FİBRÖZ PROTEİNLER
düz polipeptid zincirleri - suda çözünmez - hareketsiz - yarı ömürleri uzun.
PROTEİNLERİN PRİMER YAPISI
karakteristik bağ peptid bağıdır.
bir polipeptidin aminoasit dizilişini belirlemek için değişik maddeler kullanılır. edman ayracı diye bilinen fenilizo tiyosiyanat, N terminal amino grubunu etkileyerek polipeptid zincirinden her seferinde bir amino asit ayrılmasını sağlar. bu yöntem ile 50-60 kadar amino asitten meydana gelen polipeptid dizisi belirlenebilir.
tripsin : bazik amino asitlerin karboksil uçlarının oluşturduğu peptid bağlarını parçalar.
kimotripsin : aromatik amino asitlerin karboksil uçlarının oluşturduğu peptid bağlarını parçalar.
primer yapının belirlenmesinde edlan yönteminin yerini, posttranslasyonel modifikasyonları da tespit edebilen mass (kütle) spektrometrisi almıştır.
PROTEİNLERİN SEKONDER YAPISI
temel karakteristiği : bir peptid bağının COOH grubu ile yakınındaki bir diğer peptidin NH2 arasındaki hidrojen bağları.
hidrojen bağları aynı zincirdeki peptid bağları ile oluşmuş ise alfa heliks sarmal yapı meydana gelir. globüler proteinlerin yapısında önemlidir.
hidrojen bağları ayrı zincirlerdeki peptid bağları ile oluşmuş ise beta kıvrımlı tabaka gibi uzanmış yapılar meydana gelir.
PROTEİNLERİN TERSİYER YAPISI
protein yapısındaki atomların üç boyutlu düzenlenmesi.
tersiyer yapıda bulunanlar : primer yapı - tuz köprüleri - hidrofobik etkileşimler - disülfit bağları.
tersiyer yapının belirlenmesi : X ray kristalografi - nükleer manyetik rezonans spektroskopi.
PROTEİNLERİN KUARTERNER YAPISI
iki veya daha fazla subünitin bir araya gelerek protein oluşturması.
örnek : miyoglobinin kuarterner yapısı yokken, iki alfa ve iki beta subünitinden oluşan hemoglobinin kuarterner yapısı vardır.
