Proteinkemi Flashcards
Att bryta en binding -är det en endoterm eller exoterm reaktion?
Att bryta en binding är en endoterm reaktion - kostar energi
Att skapa en binding är det en endoterm eller exoterm rektion?
Exoterm - ger energi
Vad är det för skillnad på jonbindning och kovalent binding?
Jonbindning - ger bort/tar upp elektroner
Kovalent binding - delar elektroner (starkare binding)
Vad avgör om det blir en kovalent- eller jonbinding?
Skillnaden mellan atomernas elektronegativitet
Vad är en Van der Waals-binding?
En svag binding pga av en temporär dipol - elektrostatisk interaktion
Vad är Pauli exclusion principle?
Repellerande kraft som förklarara varför atomer inte passerar igenom varandra trots att de mest betsår av luft
Vad betyder entropi?
Oordning - Universums strävan efter ökad oordning
Hur ser en peptidbinding ut?
Kvävet från den ena AA N-terminal kopplas samman med karboxylkolet på den andra AAs C-terminal
Hur många AA går det på ett varv i en alfa-helix?
3,6 st
Vad stabiliserar alfa-helix?
Vätebindningar som bildas vertikalt mellan H på kvävet och O i karboxylgruppen
Vad håller samman beta-sheets?
Vätebindningar mellan H på kvävet och O på karboxylkolet.
Vad kallas regionerna mellan sekundärstrukturerna? De ”strukturlösa” regionerna?
Loopar och random coil
Åt vilket håll vänds sidokedjorna på AA i en alfa-helix?
Sidogrupperna på AA pekar utåt.
Vad är pKa?
Det pH där 50% av syran är protonerat
Vad är isoelektrisk punkt (PI)
Det pH där proteinet är neutralt
Vad händer för ett protein som befinner sig i pH lägre än IP, respektive högre än IP?
IP = pI = isoelektrisk punkt
Om pH är lägre än pI = proteinet får en sammanlagt positiv laddning
Högre = negativ
Hur pekar sidokedjorna på AA i ett beta-sheet?
Varannat utåt och varannat inåt
Detta gör att beta-sheets ofta har en hydrofob och en hydrofil sida - som skyddas av annan struktur som t.ex. annan beta-sheet
Hur förhåller sig sidokedjorna på AA i ett protein, med tanke på polaritet?
Hydrofoba/opolära AA
- vänds inåt, bort från cytosol/vattenlösning
Hydrofil/polär
- vänds utåt, mot cytosol/vattenlösning
Vad är en tertiärstruktur?
När flera sekundärstrukturer sätts samman - proteinets fold
vad är ett motif?
Vanligt strukturelement i protein. Ett vanligt ihopvikningssätt
Vad definierar ett domän?
En separat enhet av ett protein som oberoende av övrig struktur kan anta sin form
Proteinet uppnår ett lägre energitillstånd när det är veckat. Trots det är energiskillanden mellan ett oveckat och ett veckat protein väldigt liten, varför?
Proteinfolding är en jämnvikt.
Om energiskillanden var stor, dvs att den veckade formen var MYCKET lägre skulle den formen blir för stabil. Många av proteiners funktioner är beroende av att de är någorlunda dynamiska (som t.ex. induced fit)
Vad är induced fit?
Strukturförändring som sker när proteinet binder in sitt substrat
Hur kan proteiner få rätt vikning/fold?
Vikningen startar på lokal nivå och detta begränsar rörelsefriheten ”nedströms” energimässigt
Vad är ett chaperon?
En typ av protein som hjälper till i veckningen av andra proteiner
-foldingassistenter
Vad är alloster reglering?
När förmågan att binda en ligand regleras av en annan ligand
Den allostera regulatorn kan vara en inhibitor eller en aktivator
Vad menas med cooperativitet?
Bindningen av ett substrat påverkar affiniteten för ett substrat i en annan subenhet
Vad påverkar uttryck av gener som kodar för chaperoner?
Om cellen utsätts för stress som värme, kemisk stress - kommer behovet att producera nya proteiner öka och genuttrycket för chaperoner öka
Vad menas med kvartinärstruktur?
Beskriver hur de olika subenheterna förhåller sig till varandra i ett proteinkomplex
Sammansättning av flera olika polypeptidkedjor
T.ex. subenheterna i hemoglobin
Vilka typer av bindningar finns inom kvartinärstrukturer?
Vätebindingar Jonbindingar Jon-dipol Hydrofob interaktion VdW Disulfid M.fl
(De flesta sorters bindningar)
Vilka typer av bindningar finns i en tertiärstruktur?
Vätebindingar Jonbindingar Jon-dipol Hydrofob interaktion VdW Disulfid M.fl
(De flesta sorters alltså)
Vilken typ av bindningar finns i en primärstruktur?
Amidbinding/peptidbinding
Vilken typ av bindning finns i sekundärstrukturer?
Peptidbindingar mellan backbone och Vätebindingar vertikalt mellan O och H för att stabilisera
Vad är en prostetisk grupp?
Ett hårt bundet/semipermanent coenzym/cofaktor
Ge några exempel på fibrillära makrostrukturer
Actin
Myosin
Kollagen
Amyloid
Hur är AA sekvensen i en kollagen alfa-kedja uppbyggd?
Trippletter av Glycin- X -Y
Där X ofta är prolin
Och Y ofta är hydroxyprolin
Hur är tropokollagen uppbyggt?
Av 3 st kollagen alfa-kedjor som är lindande runt varandra och hålls samman mha horisontella vätebindingar.
Var tredje AA i alfa-kedjorna vänds inåt mot mitten, det är endas glycin som får plats där (pga H som sidokedja) - tropokollagen är därför inte ihåligt som en alfa-helix
Vad är en amyloid?
Ett felveckat protein som aggregerat till en stabil och patologisk struktur - bildar som ett slags plack
Namn en sjukdom som kan orsakas av amyloid formation
Alzheimers, parkinson
