Proteinkemi

Question 1

Att bryta en binding -är det en endoterm eller exoterm reaktion?

Answer 1

Att bryta en binding är en endoterm reaktion - kostar energi

Question 2

Att skapa en binding är det en endoterm eller exoterm rektion?

Answer 2

Exoterm - ger energi

Question 3

Vad är det för skillnad på jonbindning och kovalent binding?

Answer 3

Jonbindning - ger bort/tar upp elektroner

Kovalent binding - delar elektroner (starkare binding)

Question 4

Vad avgör om det blir en kovalent- eller jonbinding?

Answer 4

Skillnaden mellan atomernas elektronegativitet

Question 5

Vad är en Van der Waals-binding?

Answer 5

En svag binding pga av en temporär dipol - elektrostatisk interaktion

Question 6

Vad är Pauli exclusion principle?

Answer 6

Repellerande kraft som förklarara varför atomer inte passerar igenom varandra trots att de mest betsår av luft

Question 7

Vad betyder entropi?

Answer 7

Oordning - Universums strävan efter ökad oordning

Question 8

Hur ser en peptidbinding ut?

Answer 8

Kvävet från den ena AA N-terminal kopplas samman med karboxylkolet på den andra AAs C-terminal

Question 9

Hur många AA går det på ett varv i en alfa-helix?

Answer 9

3,6 st

Question 10

Vad stabiliserar alfa-helix?

Answer 10

Vätebindningar som bildas vertikalt mellan H på kvävet och O i karboxylgruppen

Question 11

Vad håller samman beta-sheets?

Answer 11

Vätebindningar mellan H på kvävet och O på karboxylkolet.

Question 12

Vad kallas regionerna mellan sekundärstrukturerna? De ”strukturlösa” regionerna?

Answer 12

Loopar och random coil

Question 13

Åt vilket håll vänds sidokedjorna på AA i en alfa-helix?

Answer 13

Sidogrupperna på AA pekar utåt.

Question 14

Vad är pKa?

Answer 14

Det pH där 50% av syran är protonerat

Question 15

Vad är isoelektrisk punkt (PI)

Answer 15

Det pH där proteinet är neutralt

Question 16

Vad händer för ett protein som befinner sig i pH lägre än IP, respektive högre än IP?

IP = pI = isoelektrisk punkt

Answer 16

Om pH är lägre än pI = proteinet får en sammanlagt positiv laddning

Högre = negativ

Question 17

Hur pekar sidokedjorna på AA i ett beta-sheet?

Answer 17

Varannat utåt och varannat inåt

Detta gör att beta-sheets ofta har en hydrofob och en hydrofil sida - som skyddas av annan struktur som t.ex. annan beta-sheet

Question 18

Hur förhåller sig sidokedjorna på AA i ett protein, med tanke på polaritet?

Answer 18

Hydrofoba/opolära AA
- vänds inåt, bort från cytosol/vattenlösning

Hydrofil/polär
- vänds utåt, mot cytosol/vattenlösning

Question 19

Vad är en tertiärstruktur?

Answer 19

När flera sekundärstrukturer sätts samman - proteinets fold

Question 20

vad är ett motif?

Answer 20

Vanligt strukturelement i protein. Ett vanligt ihopvikningssätt

Question 21

Vad definierar ett domän?

Answer 21

En separat enhet av ett protein som oberoende av övrig struktur kan anta sin form

Question 22

Proteinet uppnår ett lägre energitillstånd när det är veckat. Trots det är energiskillanden mellan ett oveckat och ett veckat protein väldigt liten, varför?

Answer 22

Proteinfolding är en jämnvikt.

Om energiskillanden var stor, dvs att den veckade formen var MYCKET lägre skulle den formen blir för stabil. Många av proteiners funktioner är beroende av att de är någorlunda dynamiska (som t.ex. induced fit)

Question 23

Vad är induced fit?

Answer 23

Strukturförändring som sker när proteinet binder in sitt substrat

Question 24

Hur kan proteiner få rätt vikning/fold?

Answer 24

Vikningen startar på lokal nivå och detta begränsar rörelsefriheten ”nedströms” energimässigt

Question 25

Vad är ett chaperon?

Answer 25

En typ av protein som hjälper till i veckningen av andra proteiner

-foldingassistenter

Question 26

Vad är alloster reglering?

Answer 26

När förmågan att binda en ligand regleras av en annan ligand

Den allostera regulatorn kan vara en inhibitor eller en aktivator

Question 27

Vad menas med cooperativitet?

Answer 27

Bindningen av ett substrat påverkar affiniteten för ett substrat i en annan subenhet

Question 28

Vad påverkar uttryck av gener som kodar för chaperoner?

Answer 28

Om cellen utsätts för stress som värme, kemisk stress - kommer behovet att producera nya proteiner öka och genuttrycket för chaperoner öka

Question 29

Vad menas med kvartinärstruktur?

Answer 29

Beskriver hur de olika subenheterna förhåller sig till varandra i ett proteinkomplex

Sammansättning av flera olika polypeptidkedjor

T.ex. subenheterna i hemoglobin

Question 30

Vilka typer av bindningar finns inom kvartinärstrukturer?

Answer 30

Vätebindingar
Jonbindingar
Jon-dipol
Hydrofob interaktion
VdW
Disulfid
M.fl

(De flesta sorters bindningar)

Question 31

Vilka typer av bindningar finns i en tertiärstruktur?

Answer 31

Vätebindingar
Jonbindingar
Jon-dipol
Hydrofob interaktion
VdW
Disulfid
M.fl

(De flesta sorters alltså)

Question 32

Vilken typ av bindningar finns i en primärstruktur?

Answer 32

Amidbinding/peptidbinding

Question 33

Vilken typ av bindning finns i sekundärstrukturer?

Answer 33

Peptidbindingar mellan backbone och Vätebindingar vertikalt mellan O och H för att stabilisera

Question 34

Vad är en prostetisk grupp?

Answer 34

Ett hårt bundet/semipermanent coenzym/cofaktor

Question 35

Ge några exempel på fibrillära makrostrukturer

Answer 35

Actin
Myosin
Kollagen
Amyloid

Question 36

Hur är AA sekvensen i en kollagen alfa-kedja uppbyggd?

Answer 36

Trippletter av Glycin- X -Y

Där X ofta är prolin
Och Y ofta är hydroxyprolin

Question 37

Hur är tropokollagen uppbyggt?

Answer 37

Av 3 st kollagen alfa-kedjor som är lindande runt varandra och hålls samman mha horisontella vätebindingar.

Var tredje AA i alfa-kedjorna vänds inåt mot mitten, det är endas glycin som får plats där (pga H som sidokedja) - tropokollagen är därför inte ihåligt som en alfa-helix

Question 38

Vad är en amyloid?

Answer 38

Ett felveckat protein som aggregerat till en stabil och patologisk struktur - bildar som ett slags plack

Question 39

Namn en sjukdom som kan orsakas av amyloid formation

Answer 39

Alzheimers, parkinson