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Microbiologie > PROSIT 3 > Flashcards

PROSIT 3 Flashcards

1
Q

Donne la définition de …

  1. Taxon
  2. taxonomie
  3. systématique
  4. phylogénie
A
  1. Taxon : les organismes y sont classés afin de faire ressortir les degrés de similitude.
  2. taxonomie : La science qui s’intéresse à la description et à la définition des taxons.
  3. systématique : l’étude de la diversité biologique qui a pour but de dénombrer et de classer les taxons dans un certain ordre.
  4. phylogénie : l’étude de l’histoire évolutive d’un groupe d’organismes.
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2
Q

Quels sont les 3 domaines des êtres vivants ?

Quelles sont les relations phylogénétiques entre ces 3 domaines ?

A
  • Les eucaryotes
  • Les bactéries
  • Les archées.

Les relations phylogénétiques sont aujourd’hui encore un sujet de recherche.

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3
Q

Explique l’hypothèse de l’origine endosymbiotique. (2)

A

Des cellules eucaryotes se seraient développés à partir de cellules procaryotes qui vivaient les unes à l’intérieur des autres.

Membrane plasmique d’eucaryote aurait formé une enveloppe autour du chromosome –> création d’un noyau rudimentaire (nucléoplasme).

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4
Q

Sur quoi est basé un arbre phylogénétique afin de regrouper les organismes ensemble ? (2)

A

Il y a regroupement d’organismes en fonction de propriétés communes.

On perçoit des ancêtres communs dont on garde ou non certaines caractéristiques.

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5
Q

Quel acide nucléique subis très peu de mutation à travers le temps ?

En quoi est-il important pour la classification phylogénétique ?

A

Certains gênes qui codent pour l’ARNr subissent peu de mutations.

Ils permettent de percevoir le moment approximatif où les organismes ont divergés de leur ancêtre commun.

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6
Q

Hiérarchie les taxons. (8)

A
  1. DOMAINE : regroupe les règnes apparentés
  2. RÈGNE : Composé d’embranchements apparentés.
  3. EMBRANCHEMENT / PHYLUM : regroupement des classes apparentées.
  4. CLASSE : Ensemble d’ordres semblables.
  5. ORDRE : Composé de familles apparentées
  6. FAMILLE : regroupement de genres apparentés.
  7. GENRE : Composé d’espèces génétiquement apparentées, mais qui présentent des différences.
  8. ESPÈCES
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7
Q

Qu’est-ce qu’une espèce …

  1. procaryote ?
  2. eucaryote ?
  3. virale ?
A
  1. procaryote : population bactérienne ayant des caractéristiques semblables.
  2. eucaryote : Ensemble d’organismes étroitement apprentées et interféconds.
  3. virale : population de virus présentant des caractéristiques similaires et ayant une niche écologique spécifique.
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8
Q

Donne 3 hypothèses sur l’apparition des virus.

A
  • ils sont issus de brins d’acides nucléiques à réplication indépendante.
  • Ils se sont développés à partir de cellules dégénérescentes qui ont graduellement perdu la capacité de survivre de façon indépendante, mais pouvant encore vivre en association avec une autre cellule.
  • Ils ont évolués de concert avec les cellules hôtes.
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9
Q

Qu’est-ce qu’un clone ?

Qu’est-ce qu’une souche bactérienne ?

A

clone : population de cellules dérivant toutes de la division d’une cellule parentale unique (culture pure en est souvent une).

Souche bactérienne : Toutes les cellules d’une clone sont en principe identiques, mais parfois, des cultures pures d’une même espèce ne sont pas toutes pareilles. On utilise le terme souche pour désigner chaque groupe distinct.

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10
Q

Nommez 3 façons de faire la culture de virus animaux en laboratoire.

A
  • Animaux : réponse immunitaire, animaux vivants que l’on infecte.
  • Oeufs embryonnaires : Dépose le virus sur la membrane de l’œuf qui favorise la croissance. La multiplication du virus est annoncée par la mort de l’embryon, par des lésions cellulaires ou par la formation de vésicules typiques.
  • des cellules en culture : procédé qui permet de multiplier des cellules eucaryotes dans un milieu de culture. Plus pratique que les deux autres à cause de son homogénéité et qu’on peut multiplier les cellules et les manipuler comme les cultures bactériennes.

.

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11
Q

Quand est-ce que les virus sont considérés comme vivants ?

Quand est-ce qu’il ne sont plus considérés comme vivants ?

A

vivants : lorsqu’ils se multiplient dans la cellule hôte

non-vivants : à l’extérieur, car ils sont inertes à l’extérieur.

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12
Q

Qu’est-ce que les virus font à leur hôte pour être considérés comme vivants ?

A

Ils causent des infections et des maladies à l’instar des bactéries, des mycètes et des protozoaires pathogènes.

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13
Q

Qu’est-ce que le spectre d’hôtes d’un virus ?

A

L’Éventail de cellules hôtes qu’il peut infecter.

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14
Q

Comment appelle-t-on les virus qui infectent les bactéries ?

A

Bactériopphages

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15
Q

Qu’est-ce que la phagothérapie ?

A

Faire appel à des bactériophages afin de traiter des infections bactériennes.

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16
Q

Quelle taille ont les virus ?

A

Elles virent beaucoup (entre 20 et 1 000nm de longueur).

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17
Q

Qu’est-ce qu’un virion ?

A

Une particule virale infectieuse complète et entièrement développée. . Il se compose d’un acide nucléique enfermé dans une capside qui le protège de l’environnement et lui sert de véhicule pour passer d’une cellule hôte à une autre

Composé d’un acide nucléique enfermé dans une capside.

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18
Q

Le matériel génétique d’un virus peut-il être un arn à double brin ?

Décrivez la forme de l’acide nucléique des virus.

Peut-il être fragmenté?

A

Oui, le matériel génétique d’un virus peut se trouver sous la forme d’un simple brin (monocaténaire) ou d’un double brun (bicaténaire). Virus à ADN et ARN simple brin ou double brin.

L’acide nucléaire peut être linéaire ou circulaire, selon le type de virus.

Il peut être fragmenté, comme pour le virus de la grippe.

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19
Q

Quelles sont les structures principales des virus ?

A
  • Acide nucléaire : Renferme 1 seul type d’acide nucléique, 1 ADN ou 1 ARN qui contient les gênes viraux.
  • Capside : formée de capsomères. Contient et protège le matériel génétique.
  • Enveloppe : (parfois) permet le mode de pénétration comme fusion. Constitué d’un mélange de lipides, de protéines et de glucides. Le virus dont la capsule n’est pas entourée d’une enveloppe se nomme virus nus.
  • Spicules : (parfois) structures composées de protéines de glucides formant des projections proéminentes à la surface. C’est par ces spicules que certains virus se fixent à la cellule hôte et peuvent ensuite y pénétrer.
20
Q

Quel est l’origine de l’enveloppe ?

A

Elle dérive des membranes lipidiques d’une cellule hôte,

21
Q

Nomme 4 types de virus.

A
  • virus hélicoïdaux : forme fuselée. capside ressemble à cylindre creux dans lequel se trouve l’acide nucléique enroulé en hélice.
  • virus polyédriques : possèdent capside à plusieurs face, habituellement un capside à 20 faces (icosaèdre)
  • virus enveloppés : capside recouverte d’une enveloppe. Ils sont souvent plus ou moins sphérique.
  • virus complexes : structures complexes. Certains ont des capsides sur lesquelles d’autres structures sont attachées (comme une queue hélicoïdale).
22
Q

Donne 2 types de virus enveloppés.

A
  • virus hélicoïdal enveloppé

- virus polyédrique enveloppé

23
Q

Comment classe-t-on un virus ?

A

Grâce au séquençage rapide de l’acide nucléique (ADN ou ARN), on peut maintenant regrouper les virus en familles sur la base de la génomique et de la morphologie.

24
Q

Les virus peuvent proliférer dans 3 lignées de cellules, lesquelles ?

A
  • cellule primaire/normale : dérive de spécimens tissulaires et tendent à mourir au bout de quelques génération seulement
  • cellule diploïde : elles sont obtenues à partir d’embryons humains. Sert à cultiver les virus qui requièrent un hôte humain
  • Cellules de lignées continues/transformées: Lorsque l’on met régulièrement des cellules en culture. Il s’agit de cellules transformées (cancéreuses) que l’on peut maintenir vivant durant un nombre de génération indéfini.
25
Q

Quelles sont les 3 étapes de la culture de cellules in vitro (culture de virus) ?

A
  1. Un tissu animale est traité avec des enzymes qui séparent les cellules
  2. cellules sont mises en suspension dans un milieu de culture approprié.
  3. les cellules normales/primaires adhèrent au contenant de verre/plastique et se reproduisent en formant une seule couche. Les cellules transformées/de lignée continue se multiplies en produisant des amas de cellules qui peuvent rester vivants indéfiniment.
26
Q

Quels sont les 3 critères de classification des microorganismes ?

A
  • Caractères morphologiques
  • Caractères tinctoriaux (coloration différentielle)
  • Caractères enzymatiques (épreuves biochimiques)
27
Q

Quelles sont les méthodes 6 de classification ?

A
  • Épreuve sérologiques
  • Lysotypie
  • profil des acides gras (FAME)
  • cytométrie en flux
  • composition de base d’ADN
  • empreinte génétique
28
Q

Quelles sont les 2 méthodes de classification basées sur les acides nucléiques ?

A
  • Classification par test d’amplification des acides nucléiques (TAAN)
  • classification par hybridation des acides nucléiques.
29
Q

CRITÈRE DE CLASSIFICATION DES MICROORGANISMES : Les caractères morphologiques (2)

A
  • Ils fournissent peu d’informations sur les relations phylogénétiques, car énormément de microorganismes se ressemblent morphologiquement.
  • permettent d’orienter l’identification des bactéries d’après la forme, le groupement, la taille et les structures comme les capsules ou les flagelles.
30
Q

CRITÈRE DE CLASSIFICATION DES MICROORGANISMES : Les caractères tintctoriaux : la coloration différentielle. (5)

A
  • l’une des premières étapes du processus d’identification d’une bactérie.
  • elles servent à observer la composition chimique de la paroi cellulaire grâce à des colorations,
  • elles ne permettent pas d’identifier les bactéries sans paroi ou les archées ayant une paroi ayant des caractéristiques inhabituelle.
  • arrivent surtout à différencier les bactéries à Gram + et à Gram -.
  • on se sert aussi de la coloration Acido-alcoolo-résistante afin d’identifier d’autres microorganismes.
31
Q

CRITÈRE DE CLASSIFICATION DES MICROORGANISMES : Les épreuves biochimiques (caractère enzymatique).

  • rôles (2)
  • tests (3)
A
  • servent à identifier des bactéries chez les humains et chez les mammifères marins.
  • servent à fournir des informations sur la niche écologique d’une espèce à l’intérieur d’un écosystème.

TESTS :

  • Test de fermentation
  • Test de détection d’oxydase
  • Tes de Becton Dickinson
32
Q

Explique le test de fermentation (épreuve biochimique). (4)

A
  • Une éprouvette contient des protéine, un glucide, un indicateur de pH et une petite cloche renversée, la cloche de Durham.
  • les bactéries peuvent utiliser les protéines ou le glucide comme source de carbone/d’énergie.
  • l’indicateur de pH changera de couleur selon ce qu’elle utilise.
  • certains organismes vont produire du gaz qui se percevra dans la cloche de Durham.
33
Q

Explique le test de détection d’oxydase (épreuve biochimique) (4)

A
  • toutes les bactéries aérobies ont recours à une chaine de transport des électrons, celle-ci diffère d’une bactérie à l’autre.
  • certaines chaines ont un oxydase, qui est le dernier enzyme de la chaine de transport des électrons et qui transfère les électrons au dioxygène.
  • dans ce test, il y a réaction positive lorsque l’Oxydase réagit en présence de dioxygène.
  • l’oxydase va alors oxyder le substrat incolore en un produit coloré.
34
Q

Comment peut-on diminuer le temps nécessaire pour identifier des bactéries ? (2)

A

en utilisant des milieux de culture sélectifs et différentiels

ou des méthodes d’identification rapide.

35
Q

Explique le test de Becton Dickinson. (3)

A
  • Permet d’effectuer 15 épreuves biochimiques différentes simultanément
  • Introduit un inoculum d’une entérobactérie inconnue dans un tube contenant un ensemble de 12 milieux de culture.
  • Après la fin de la période d’incubation, nous pouvons comparer les résultats à une base de données fournie, ce qui permet l’identification du microorganisme.
36
Q

MÉTHODE DE CLASSIFICATION : Épreuves sérologiques

  • caractétistiques (4)
  • tests (3)
A
  • la sérologie est la science qui étudie le sérum sanguin et les réponses immunitaires.
  • les microorganismes sont des antigènes, donc ils incitent la production d’anticorps lorsqu’il infecte un organisme, ces anticorps ayant pour but de détruire l’antigène.
  • Antisérum = solutions d’anticorps destinées à l’identification de microorganismes.
  • les épreuves sérologiques servent a identifier des espèces ou souches de microorganismes, mais aussi à comprendre les ressemblances entre elles.

TESTS :

  • Test d’agglutination sur lame
  • Méthode ELISA
  • technique de transfert de Western.
37
Q

MÉTHODE DE CLASSIFICATION : Lysotopie (3)

A
  • sert à identifier les bactériophages, qui sont très spécifiques, auxquelles une bactérie est sensible et qui causent sa lyse (destruction).
  • On étend des bactéries sur la gélose d’une boite de pétri, puis on ajoute des gouttes de différentes solutions contenant chacune un des bactériophages étudiés.
  • Les zones pâles qui apparaitront sont nommées plages de lyse, et elles démontrent que ce bactériophage a inhiber la croissance des bactéries.
38
Q

MÉTHODE DE CLASSIFICATION : profil des acides gras (FAME) (2)

A
  • En général, les mêmes acides gras sont présents chez tous les individus d’une espèce donnée.
  • Méthode FAME : isolation des acides gras d’une cellule afin de les comparer avec ceux d’organismes connus.
39
Q

MÉTHODE DE CLASSIFICATION : Cytométrie en flux

A
  • sert à identifier les bactéries présentes dans un échantillon sans avoir à faire une culture.
  • bactéries marquées avec des anticorps spécifiques fluorescents et mises en suspension dans un liquide que l’on fait passer dans un cytomètre en flux comportant une petite ouverture.
  • On éclaire le liquide qui passe par l’ouverture avec un laser qui va exciter les anticorps fluorescents fixés aux bactéries, ce qui va émettre un signal électrique
  • un détecteur mesure la différence de conductivité entre les cellules bactérienne et le milieu environnant et les données obtenues sont analysées avec un ordinateur.
40
Q

MÉTHODE DE CLASSIFICATION : la composition de base d’ADN

A
  • la composition des bases peut être exprimée sous la forme du % de guanine et cytosine (G+C)
  • On compare le % de G ET C afin de connaitre le possible degré d’apparenté
  • il faut faire d’autres tests par la suite, car deux organismes ayant le même % ne seront pas nécessairement étroitement apparentées.
41
Q

MÉTHODE DE CLASSIFICATION : Empreinte génétique

A
  • permet de comparer les séquences de bases de l’ADN de différents organismes à l’aide d’enzymes de restriction qui coupent une molécule d’ADN en chaque point où il y a une séquence spécifique de base, ce qui produit des fragments de restriction.
  • Traitement de l’ADN de 2 ou plusieurs microorganismes avec les mêmes enzymes de restriction, puis on compare les fragments obtenus.
    • il y a de similarités, donc + iles empreintes génétiques se ressemblent, + les organismes devraient être apparentées.
42
Q

Explique le test d’agglutination sur lame (épreuve sérologique) (4)

A
  • Échantillon de bactérie inconnue dans une solution saline est placée (quelques goutes) sur une lame.
  • ajout d’un antisérum différent sur chaque échantillon (chaque lame)
  • Réaction positive = agglutination et formation d’agrégats visibles lorsque bactérie est mélangée à son anticorps spécifique.
  • réaction négative = reste homogène, pas d’agrégats
43
Q

Explique la méthode ELISA. (épreuve sérologique) (4)

A
  • Largement utilisée, car rapide.
  • changement de couleur de l’échantillon analysée ce qui donne la possibilité de lire les résultats avec un lecteur automatique.
  • méthode ELISA directe : détection d’antigène dans le sang avec des anticorps connue (salmonellose, choléra)
  • méthode ELISA indirecte : détection des anticorps dans le sang avec des antigènes connus (VIH)
44
Q

Explique la technique de transfert de Western. (épreuve sérologique) (3)

A
  • permet d’identifier des protéines spécifiques présentes dans le sérum comme des anticorps dirigés spécifiquement contre un agent pathogène.
    1. Les protéines se séparent en bandes par électrophorèse sur un gel pour être ensuite transférées (les bandes) sur une membrane qui repose dans une solution saline.
    1. Ajout du sérum du patient. Si ce dernier contient les anticorps spécifiques de la bactérie recherchée, il y a réaction qui permet de lire les résultats sur la membrane (bandes maintenant rouges pour celles qui ont réagit).
45
Q

MÉTHODE DE CLASSIFICATION BASÉE SUR LES ACIDES NUCLÉIQUES : Test d’amplification des acides nucléiques (TAAN) (3)

A
  • on l’utilise afin de contrer le fait qu’il est parfois impossible d’obtenir une culture d’un microorganisme par une méthode traditionnelle.
  • On peut identifier un agent pathogène en multipliant lMADN microbien de ce dernier afin d’obtenir des quantités suffisantes pour effectuer une électrophorèse sur gel.
  • les TAAN utilisent la PCR (amplification en chaine par polymérase) afin d’amplifier un gène spécifique.
46
Q

Explique l’amplification en chaine par polymérase (PCR) en 5 étapes.

A
  1. On incube (94oC) l’ADN cible et on la chauffe afin de séparer ses brins.
  2. on y ajoute l’ADN polymérase, les amorces d’ARN et les nucléotides
  3. ON INCUBE (60oC) afin que les amorces d’ARN se fixent à l’ADN minicaténaire
  4. incube (72oC) afin que les ADN polymérase synthétise 2 copies de l’ADN cible.
  5. On répète 1 à 4 pour produire de plus en plus de copies.
47
Q

MÉTHODE DE CLASSIFICATION BASÉE SUR LES ACIDES NUCLÉIQUES : l’hybridation des acides nucléiques.

Caractéristiques (2)
Techniques utilisées (4)

A
  • permet de mesurer la capacité des brins d’ADN d’un organisme à s’hybrider avec les brins d’ADN d’un autre organisme, puisque dans 2 espèces similaires/apparentées, une bonne partie des séquences des nucléotides seraient semblables.
  • le degré d’hybridation serait + élevé lorsque les 2 organismes sont apparentées.

4 TECHNIQUES UTILISÉES :

  • la technique de transfert de southern
  • La puce à ADN
  • le séquençage de ARN ribosomal
  • l’hybridation in situ en florescence.

Microbiologie (5 decks)

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