Pracical biological chemistry Flashcards
1
Q
What percentage of the human genome encodes for protein-coding genes?
A
Less than 3%
This indicates that most of the human genome does not code for proteins.
2
Q
What is the C-value paradox?
A
The observation that there is no correlation between genome size and organismal complexity
‘C-value’ is a measure for DNA content, and this paradox highlights the presence of non-coding DNA.
3
Q
What are the two types of chromatin found in eukaryotic cells?
A
- Heterochromatin
- Euchromatin
Heterochromatin is densely packaged and mostly inactive, while euchromatin is less densely packaged and contains active genes.
4
Q
What is the basic unit of chromatin?
A
Nucleosome
A nucleosome contains about 150 bp of DNA wrapped around a core of eight histones.
5
Q
What is the size of the mitochondrial genome in tomato?
A
Approximately 400 kb
This is part of the evidence supporting the endosymbiotic theory.
6
Q
What is euchromatin’s role in gene expression?
A
Contains active genes that are accessible to regulatory proteins and transcription machinery
This accessibility allows for transcription into mRNA.
7
Q
What is the size of the chloroplast genome in tomato?
A
Approximately 150 kb
Like the mitochondrial genome, this size is indicative of its evolutionary history.
8
Q
What role do chromatin remodeling enzymes play in eukaryotic cells?
A
They control the distribution of heterochromatin and euchromatin areas
This affects gene regulation and expression in different cell types.
9
Q
True or False: More protein coding genes indicate more complexity in an organism.
A
False
Current understanding shows no correlation between genome size and organismal complexity.
10
Q
What is the nuclear genome size of tomato?
A
900 million base pairs (900 Mb)
This genome is divided over 12 chromosomes.
11
Q
What is agarose gel electrophoresis used for?
A
To separate and visualize DNA molecules based on their size
Agarose gel electrophoresis utilizes the migration of DNA through a gel matrix under an electric field to achieve separation.
12
Q
How does agarose gel form?
A
By boiling a suspension of agarose and then cooling it down Agarose is a polysaccharide polymer derived from seaweed.
13
Q
What determines how easily DNA fragments migrate through agarose gel?
A
The size of the DNA fragments
Smaller DNA fragments can migrate more easily than larger fragments.
14
Q
What is the typical range of DNA fragment sizes that can be separated using agarose gel?
A
Between 50 bp and 20 kb
Very small fragments (less than 50 bp) or very large fragments (more than 20 kb) cannot be effectively separated on a standard agarose gel.
15
Q
What effect does agarose concentration have on gel resolution?
A
Higher agarose concentration results in smaller pores, improving separation of small fragments
Conversely, lower agarose concentration creates larger pores suitable for larger DNA fragments.
16
Q
What is the purpose of a loading buffer in agarose gel electrophoresis?
A
To ensure DNA stays in the slot and to visualize sample loading
It contains 50% glycerol to increase density and a dye to indicate migration distance.
17
Q
Which fluorescent dye is commonly used to visualize DNA in gels?
A
Ethidium bromide
Ethidium bromide intercalates between DNA strands and fluoresces under UV light.
18
Q
What is the emission wavelength of ethidium bromide when excited by UV light?
A
590 nm (red-orange color)
This property allows visualization of DNA bands in the gel.
19
Q
What is a DNA size marker used for in gel electrophoresis?
A
To determine the size of DNA fragments in samples
DNA size markers contain known sizes of DNA to compare against.
20
Q
How is DNA or RNA concentration measured?
A
Using a spectrophotometer at wavelengths of 260 nm and 280 nm
DNA and RNA absorb light at 260 nm, while proteins absorb mostly at 280 nm.
21
Q
What is the Lambert-Beer law formula for calculating DNA concentration?
A
O.D. (A) = ε x c x L
In this formula, A = absorbance, L = light-path length, c = concentration, ε = molar extinction coefficient.
22
Q
What is the extinction coefficient for double-stranded DNA?
A
0.020 per μg/ml-cm
This coefficient is used to calculate DNA concentration from optical density measurements.
23
Q
What purity ratio is generally expected for DNA?
A
Above ~1.8 for DNA
A lower ratio indicates contamination by proteins.
24
Q
What are restriction enzymes used for?
A
To digest (cut) DNA at specific sequences
They are essential for molecular biology and genetic modification.
25
What defines the recognition site for restriction enzymes?
Specific palindromic sequences in DNA
Different enzymes recognize different sequences.
26
What happens when EcoRI cleaves DNA?
It generates sticky ends
Sticky ends can hybridize with complementary overhangs.
27
What is the open reading frame (ORF) in mRNA?
The part of mRNA that is translated into amino acids
The ORF consists of a continuous stretch of codons.
28
What is the 5'-UTR in mRNA?
5'-UnTranslated Region located before the start codon
This region is not translated into protein.
29
What is the 3'-UTR in mRNA?
The region after the stop codon
It includes sequences that are not translated into protein and can influence mRNA stability.
30
What role do the 5'-UTR and 3'-UTR play in mRNA?
They contribute to mRNA stability and can influence transcription and translation efficiency
Most eukaryotic genes have both regions.
31
What are the three methods to detect a specific DNA fragment?
1. PCR (polymerase chain reaction)
2. Southern blotting
3. BLAST searches
32
What is the main purpose of PCR?
To amplify a specific piece of DNA from a complex mixture.
33
What is required for a PCR reaction to work?
Knowledge of the sequence of the ends of the DNA fragment.
34
What are primers in PCR?
Single stranded DNA molecules of 20-30 bp complementary to the ends of the DNA fragment.
35
How many primers are needed for a PCR reaction?
Two primers: a forward primer and a reverse primer.
36
What is the role of Taq polymerase in PCR?
It is a heat-stable DNA polymerase crucial for DNA strand separation, primer annealing, and primer elongation.
37
What does Southern blotting detect?
Specific DNA fragments based on hybridization between complementary single stranded DNA molecules.
38
What is a key advantage of Southern blotting over PCR?
You do not necessarily need to know the sequence of the DNA fragment you want to detect.
39
What is the first step in performing a Southern blot?
Create a filter-replicate of DNA fragments after agarose gel electrophoresis.
40
What is used to denature DNA in Southern blotting?
A very basic solution (0.4 M NaOH).
41
What type of probe is commonly used in Southern blotting?
A labeled single stranded DNA probe, often radioactive.
42
What is a Northern blot used for?
To detect specific RNA molecules among a mixture of RNA
43
What is the purpose of a Western blot?
Detecting specific proteins
44
What is FISH?
Fluorescent In Situ Hybridisation, where a fluorescently labeled DNA probe hybridizes to chromosomes.
45
What does BLAST stand for?
Basic Local Alignment Search Tool.
46
Fill in the blank: Southern blotting is used to transfer and analyze _______.
[DNA]
47
True or False: PCR can create millions of copies from one specific DNA molecule.
True
48
What is the significance of the orientation (5'-to-3') in PCR?
DNA and RNA molecules can only be extended at their 3'-ends.
49
What is the role of stringency in hybridization during Southern blotting?
It affects the specificity of the hybridization between the probe and the DNA.
50
What can researchers use Genbank for?
To gather information on DNA, cDNA, and protein sequences.
51
What are homologs?
Related genes present in different organisms.
52
Where does transcription take place in plant cells?
In the nucleus, in chloroplasts and in mitochondria
53
How do you calculate the amount of restriction fragments you get from digesting a genome with a specific restriction enzyme?
A restriction enzyme has a regocnition site with a specific sequence. Calculate the chance of each nucleotide in the sequence being present and then multiply that with the total length of the genome
54
Welke van de onderstaande beweringen over agarose gel-electroforese is niet
waar:
- Een hoog percentage agarose gel is meest geschikt voor het scheiden van kleine DNA fragmenten.
- Met behulp van ethidium-bromide kun je (totaal) RNA geïsoleerd uit planten zichtbaar maken in een agarose gel.
- Met behulp van een standaard (1 %) agarose gel-electroforese kun je de 12 individuele chromosomen van tomaat onderscheiden.
- DNA migreert in een agarose gel naar de plus-pool (kathode).
- Een ongeknipt plasmide loopt meestal sneller door een agarose gel dan een plasmide dat op één plek geknipt is (ie. een lineair plasmide).
Met behulp van een standaard (1 %) agarose gel-electroforese kun je de 12 individuele chromosomen van tomaat onderscheiden.
55
Welke nucleotide wordt gebruikt voor sanger sequencing?
dideoxynucleotide
56
Beschrijf stap voor stap hoe je het, met de in (B) ontworpen primers,
geamplificeerde PCR fragment kloneert met behulp van pUC18. Geef ook aan hoe je controleert of je het juiste fragment gecloneerd hebt.
Knippen van pUC18 en PCR fragment met HindIII en EcoRI
Geknipt plasmide en insert samenvoegen en ligeren met behulp van DNA ligase
Ligatie mix transformeren naar competente E. coli bacterien
Uitplaten op selectief medium dat Ampicilline (antibioticum) bevat
Optioneel: Blauw-wit screening; de witte kolonies bevatten de inserts
Plasmide isoleren uit individuele (witte) kolonies.
Geisoleerde plasmides knippen met HindIII en EcoRI en analyseren op een agarose gel
57
Om te selecteren op kolonies die een recombinant plasmide bevatten voer je bij
je klonering een blauw-wit screening uit. Als resultaat zie je alleen maar
blauwe kolonies op je platen.
Geef aan wat er mis gegaan kan zijn in je experiment en waarom?
Alleen blauw geeft aan dat er alleen maar “lege”/ non-recombinant
plasmides zijn opgenomen. Als er een fragment in de polylinker
gekloneerd dan is het leesraam van LacZ verstoort, waardoor er geen
functioneel beta-galactosidase enzyme gemaakt wordt om X-gal/substraat om te zetten in een blauw precipitaat.
Alleen blauwe kolonies betekent meest waarschijnlijk dat de digestie van de pUC18 niet goed was..ie. veel terugsluiters of veel plasmide dat helemaal niet geknipt was.
58
Beschrijf de procedure hoe je met behulp van PCR zou kunnen bepalen of een
bepaald gen van tomaat in de wortels, in de bladeren of in de bloemen tot
expressie komt. Leg uit hoe je dit uiteindelijk concludeert.
Isoleer RNA uit wortels, bladeren en bloemen
Zet het RNA om in cDNA met behulp van reverse transcriptase
Doe een PCR met specifieke primers voor dit gen op het cDNA
Analyseer je PCR product op een agarose gel
Als er een band van de verwachte grootte verschijnt dan geeft dit aan dat er cDNA (en dus oorspronkelijk mRNA) aanwezig was in dat sample, dus dat het gen in dat weefsel tot expressie kwam.
59
Wat gebeurt er als er een SNP (single nucleotide polymophism) mutatie plaatsvindt resulterend in een verandering van de laatste
base van een intron?
De splice acceptor site is gemuteerd. Hierdoor wordt het intron niet normaal gespliced. Hierdoor wordt het mRNA waarschijnlijk langer; het intron komt in het mRNA terecht. Doordat er intron sequenties in het mRNA terecht komen verandert daar ook de aminozuursequentie. Als er een vroeg stopcodon voorkomt dan zal het eiwit korter worden.
60
Wat gebeurt er als er een deletie plaatsvindt in een exon?
Hierdoor treedt er een frameshift op waardoor vanaf die positie de
aminozuurvolgorde van het eiwit verandert. Als er een vroeg stopcodon voorkomt dan zal het eiwit korter worden.
61
Wat gebeurt er als er een insertie plaatsvindt in een gedeelte van een exon dat zich in de 5' UTR bevindt?
Niks, het wordt niet getransleerd en zal dus geen effect hebben op de grootte of sequentie van het eiwit.
62
Leg aan de hand van het mechanisme van transpositie (“springen”) uit waarom retrotransposons zo dominant zijn in eukaryote genomen.
Een retrotransposon maakt een RNA copy van zichzelf, welke codeert voor het enzym reverse transcriptase. Dit enzyme maakt een DNA copy van het RNA.
Deze DNA copy inserteert vervolgens op een random plek in het genoom. Elke keer dat een retrotransposon springt verdubbeld het dus en komen er steeds meer copien in het DNA.
63
Waarom zie je bij een southern blot van tomaten DNA geknipt met drie verschillende restrictie enzymen (HindIII, EcoRI en BamHI) waar is gehybridiseerd met een enkelstrengs gelabelde probe van een bepaald retrotransposon redelijk veel lanen?
Het retrotransposon komt op heel veel verschillende plekken in het
DNA voor. Afhankelijk van waar de restrictie sites zich bevinden ten
opzichte van het retrotransposon zullen er dus veel verschillende DNA
fragmenten zijn die de retrotransposon sequentie bevatten. Al deze
fragmenten worden gedetecteerd door de gelabelde probe. Doordat de
drie restrictie-enzymen verschillen in herkenningssite, zullen de DNA
fragmenten in lengte verschillen tussen de drie enzymen.
64
kun je, om grote eiwitten van elkaar te scheiden, het beste
gebruik maken van een laag percentage acrylamide in de eiwit
gel (PAGE)?
Ja
65
Moet je, om een RT-PCR te kunnen doen specifiek alleen
mRNA’s met een poly-A staart isoleren?
Nee
66
Kunnen de verschillende exonen van één gen 6 mogelijke
leesramen liggen?
Nee
67
Zijn Bacteriële mRNAs minder stabiel dan eukaryote mRNAs?
Ja
68
Bestaat totaal RNA geisoleerd uit een organisme voor het
grootste deel uit mRNA?
Nee
69
Komen restrictie enzymen van nature voor in bacteriën?
Ja
70
Is reverse transcriptase onmisbaar voor het maken van een
cDNA bank van een bepaald weefsel of organisme?
Ja
71
Kan cDNA alleen gesynthetiseerd worden met behulp van een oligo-dT primer?
Nee
72
Is er een 1-op-1 correlatie tussen de hoeveelheid mRNA in een cel en de hoeveelheid eiwit dat gecodeerd wordt door dat mRNA?
Nee
73
Kun je als template (uitgangsmateriaal) voor een PCR reactie alleen
dubbelstrengs DNA gebruiken?
Nee
74
Kunnen de promoter (transcriptie-regulatie) sequenties van een
eukaryoot gen geisoleerd worden uit een cDNA kloon
van het gen?
Nee
75
Als een microsatelliet zich in een intron van een eiwit-coderend gen
bevindt, inactiveert ze het gen, zodat er geen functioneel eiwit meer
wordt gevormd?
Onwaar
76
Als je geen SDS toevoegt tijdens een eiwit gel-electroforese migreren
de eiwitten naar de min-pool (anode)?
Onwaar
77
Wordt de specificiteit van een PCR reactie mede bepaald door
de annealing temperatuur van de primers?
Ja
78
Bepaal je de concentratie van een DNA oplossing door de absorptie
bij 600 nm te meten?
Nee
79
Waar of onwaar?
cDNA kan alleen gesynthetiseerd worden met behulp van een oligo-dT primer.
Onwaar
80
Waar of onwaar?
Poly-adenylering vindt plaats in het cytoplasma.
Onwaar
81
Waar of onwaar?
Ieder stuk genomisch DNA heeft 6 mogelijke leesramen.
waar
82
Waar of onwaar?
Met behulp van een agarose gel kun je onderscheid maken tussen totaal RNA geïsoleerd uit bacteriën en planten.
Waar
83
Waar of onwaar?
De concentratie van een DNA oplossing bepaal je door de absorptie
bij 600 nm te meten
Onwaar
84
Waar of onwaar?
De specificiteit van een PCR reactie wordt mede bepaald door de
annealing temperatuur van de primers
waar
85
Waar of onwaar?
Reverse transcriptase is onmisbaar voor het maken van een cDNA
bank van een bepaald weefsel of organisme.
Waar
86
Waar of onwaar?
Een mutatie in een intron van een gen kan leiden tot een veranderde
aminozuurvolgorde van het door het gen gecodeerde eiwit.
waar
87
Waar of onwaar?
Tijdens de transcriptie groeit de nieuw gevormde RNA-keten in de
3’→5’-richting
onwaar
88
Waar of onwaar?
Restrictie enzymen komen van nature voor in bacteriën.
waar
89
Waar of onwaar?
De promoter (transcriptie-regulatie) sequenties van een eukaryoot gen kunnen geïsoleerd worden uit een cDNA kloon van het gen.
Onwaar
90
Waar of onwaar?
Repetitief DNA in eukaryote genomen bestaat uitsluitend uit niet-coderende, niet-functionele sequenties
Onwaar
91
Waar of onwaar?
Genen die onderdeel zijn van een genfamilie hebben dezelfde functie.
Onwaar
92
Waar of onwaar?
Bacteriële mRNAs zijn net zo stabiel als eukaryote mRNAs
Onwaar
93
Waar of onwaar?
DNA transposons vermenigvuldigen zichzelf met behulp van reverse
transcriptase.
Onwaar
94
Waar of onwaar?
Om grote eiwitten van elkaar te scheiden kun je het beste
gebruik maken van een laag percentage acrylamide in de eiwit gel (PAGE)
Waar
95
Waar of onwaar?
Om een RT-PCR te kunnen doen moet je specifiek alleen
mRNA’s met een poly-A staart isoleren
Onwaar
96
Waar of onwaar?
De verschillende exonen van één gen kunnen in 6 mogelijke
leesramen liggen.
Onwaar
97
Waar of onwaar?
Bacteriële mRNAs zijn minder stabiel eukaryote mRNAs.
Waar
98
Waar of onwaar?
Totaal RNA geisoleerd uit een organisme bestaat voor het
grootste deel uit mRNA
onwaar
99
Waar of onwaar?
Restrictie enzymen komen van nature voor in bacteriën.
Waar
100
Waar of onwaar?
Reverse transcriptase is onmisbaar voor het maken van een
cDNA bank van een bepaald weefsel of organisme.
Waar
101
Waar of onwaar?
cDNA kan alleen gesynthetiseerd worden met behulp van een oligo-dT primer.
onwaar
102
Waar of onwaar?
Er is een 1-op-1 correlatie tussen de hoeveelheid mRNA in een cel en de hoeveelheid eiwit dat gecodeerd wordt door dat mRNA.
Onwaar
103
Waar of onwaar?
Als template (uitgangsmateriaal) voor een PCR reactie kun je alleen dubbelstrengs DNA gebruiken.
Onwaar
104
Waar of onwaar?
De promoter (transcriptie-regulatie) sequenties van een
eukaryoot gen kunnen geisoleerd worden uit een cDNA kloon van het gen.
Onwaar
105
Waar of onwaar?
Als een microsatelliet zich in een intron van een eiwit-coderend gen bevindt, inactiveert ze het gen, zodat er geen functioneel eiwit meer wordt gevormd.
Onwaar
106
Waar of onwaar?
Als je geen SDS toevoegt tijdens een eiwit gel-electroforese migreren de eiwitten naar de min-pool (anode).
Onwaar
107
Waar of onwaar?
De specificiteit van een PCR reactie wordt mede bepaald door de annealing temperatuur van de primers
Waar
108
Waar of onwaar?
De concentratie van een DNA oplossing bepaal je door de absorptie bij 600 nm te meten.
Onwaar
109
Wat zijn waarheden over alternative splicing?
- Genen die alternatief gespliced worden bevatten meerdere poly-adenylerings
sites.
- Door middel van alternatieve splicing kunnen meerdere mRNA’s gemaakt
worden van één gen.
- Door middel van alternatieve splicing kan één gen coderen voor eiwitten met
verschillende functies.
- Alternatieve splicing is vaak cel/weefsel-specifiek.
110
Wat is een operon?
functioneel DNA met ene cluster aan genen die gereguleerd worden door dezelfde promotor, 1 mRNA zal gevormd worden voor deze verschillende eiwitten. De eiwitten waar deze genen voor coderen zullen meestal onderdeel zijn van hetzelfde proces.
111
Wat is Oligo-dt?
Primer die bindt aan poly-A-tail vaak gebruikt voor het maken van cDNA (NIET DE ENIGE OPTIE VOOR cDNA-vorming!!)
112
Wat is qPCR of RT-PCR?
PCR met reverse transcriptase om de sterkte van genexpressie te bepalen. Je volgt de hoeveelheid dubbelstrengs DNA dat wordt gevormd in real time.
113
In een populair wetenschappelijk tijdschrift wordt een BLAST search beschreven als het in silico equivalent van een Southern blot. Leg aan de hand van een voorbeeld uit wat hiermee bedoeld kan worden en of je het met deze vergelijking eens bent.
Eens
Met beide methodes kun je zien of in een genoom bepaalde (homologe) sequenties voorkomen. Of je een signaal krijgt mbv. een southern blot hangt af van de mate van homologie tussen je enkelstrengs gelabelde probe en het genomische DNA. Ook probes die niet 100% complementair/homoloog, maar bijv. 80-90% homoloog zijn zullen kunnen hybridiseren. Dit is oa. afhankelijk van de stringentie van de
hybridisatie. Blast zal echter nog meer gedetailleerde informatie geven, zoals welke nucleotiden precies verschillen...
114
Beschrijf stap voor stap hoe je, met behulp van PCR, kan bepalen of een bepaald gen uit tomaat geïnduceerd (transcriptioneel aangeschakeld) wordt in bladeren die aangevreten worden door een rups.
RNA isoleren uit bladeren met en zonder rups
cDNA maken mbv. Reverse transcriptase PCR op cDNA met behulp van specifieke primers Analyzeren op agarose gel.
Als het gen geinduceerd wordt (ie. meer mRNA en dus cDNA aanwezig) verwacht je meer product/ een sterkere band op de agarose gel te zien.
115
B) Hoe zou je vervolgens achterhalen in welke oriëntatie het 1 kb fragment in het pUC18 plasmide geïnserteerd is?
Knippen met bijvoorbeeld het restrictie enzyme EcoRI. Doordat dit enzym asymmetrisch knipt (1 keer in de vector en 1 keer in het fragment; maar niet in het midden!) kun je aan de hand van de groottes op een agarose gel concluderen wat de oriëntatie was.
116
Beschrijf stap voor stap hoe je een heel 1 kb DNA fragment kan kloneren met behulp van pUC18 (zie hieronder). Beschrijf in je antwoord je gebruikt restrictie enzym bamHI en leg uit hoe je verifieert dat je de juiste kloon hebt geselecteerd!
Digest het fragment en de plasmide met BamHI zodat er sticky ends vormen. Ligeer geknipte fragment en PUC18 dmv DNA ligase. Maak ligatie mix competent en transformeer deze door middel van een heatshock of electroporatie. Laat de cellen helen in een rijk medium. Voeg selectiedruk toe door het toevoegen van het antibioticum ampecilline. Doe blauw/wit screening met behulp van Xgal en IPTG om te kijken of het goed is gegaan. Isoleer een recombinant (wit), knip deze met BamHI en analyseer met een agarose gel.
117
wat zijn 4 feiten over agarose gel-electroforese?
- Een hoog percentage agarose gel is meest geschikt voor het scheiden van kleine DNA fragmenten.
- Met behulp van ethidium-bromide kun je (totaal) RNA geïsoleerd uit planten zichtbaar maken in een agarose gel.
- DNA migreert in een agarose gel naar de plus-pool (kathode).
- Een ongeknipt plasmide loopt meestal sneller door een agarose gel dan een plasmide
dat op één plek geknipt is (ie. een lineair plasmide).
118
Om te selecteren op kolonies die een recombinant plasmide bevatten voer je bij je klonering een blauw-wit screening uit. Als resultaat zie je alleen maar blauwe kolonies op je platen.
Geef aan wat er mis gegaan kan zijn in je experiment en waarom?
Alleen blauw geeft aan dat er alleen maar “lege”/ non-recombinant plasmides zijn opgenomen. Als er een fragment in de polylinker gekloneerd dan is het leesraam van LacZ verstoort, waardoor er geen functioneel beta-galactosidase enzyme gemaakt wordt om X-gal/substraat
om te zetten in een blauw precipitaat. Alleen blauwe kolonies betekent meest waarschijnlijk dat de digestie van
de pUC18 niet goed was..ie. veel terugsluiters of veel plasmide dat helemaal niet geknipt was.
119
Beschrijf de procedure hoe je met behulp van PCR zou kunnen bepalen of een bepaald gen van tomaat in de wortels, in de bladeren of in de bloemen tot expressie komt. Leg uit hoe je dit uiteindelijk concludeert.
Isoleer RNA uit wortels, bladeren en bloemen
Zet het RNA om in cDNA met behulp van reverse transcriptase Doe een PCR met specifieke primers voor dit gen op het cDNA Analyseer je PCR product op een agarose gel Als er een band van de verwachte grootte verschijnt dan geeft dit aan dat er cDNA (en dus oorspronkelijk mRNA) aanwezig was in dat sample, dus dat het gen in dat weefsel tot expressie kwam.
120
Er een Southern blot van tomaten DNA geknipt met drie verschillende restrictie enzymen (HindIII, EcoRI en BamHI) gemaakt, er is gehybridiseerd met een enkelstrengs gelabelde probe van een bepaald retrotransposon. Je ziet verschillende banden, leg uit waarom je zoveel banden ziet en waarom de banden in de drie verschillende lanen verschillen
Het retrotransposon komt op heel veel verschillende plekken in het DNA voor. Afhankelijk van waar de restrictie sites zich bevinden ten opzichte van het retrotransposon zullen er dus veel verschillende DNA fragmenten zijn die de retrotransposon sequentie bevatten. Al deze fragmenten worden gedetecteerd door de gelabelde probe. Doordat de
drie restrictie-enzymen verschillen in herkenningssite, zullen de DNA fragmenten in lengte verschillen tussen de drie enzymen.
121
waar of onwaar?
De kwantum efficiëntie van een stof is een constante waarde die niet beïnvloed wordt door temperatuur, pH, concentratie van ionen of polariteit van het oplosmiddel
onwaar
122
Waar of onwaar?
De specifieke activiteit neemt af als je een eiwitmonster zuivert.
Onwaar
123
Waar of onwaar?
Een actief molecuul Rubisco bestaat uit vier sub-units
onwaar
124
Waar of onwaar?
In het actieve centrum van een enzym wordt het substraat gebonden via niet covalente interactie met de aminozuren.
waar
125
Waar of onwaar?
Waterstofbruggen geven de meeste vrije energie in een polair milieu
onwaar
126
Waar of onwaar?
Aminozuren worden in het ribosoom gekoppeld aan elkaar door middel van peptide bindingen.
waar
127
Waar of onwaar?
Met een immuno precipitatie en proteomics experiment kan worden vastgesteld wat de driedimensionel structuur van een eiwit is.
Onwaar
128
waar of onwaar?
Een co-factor is een additionele groep in een enzym die extra functionaliteit geeft aan het enzym.
Waar
129
Waar of onwaar?
De 3D structuur van een eiwit wordt gedetermineerd door de primaire structuur, behalve als post-translationele modificaties de structuur na translatie nog aanpassen
Waar
130
Waar of onwaar?
De absorptie waarde die wordt gemeten voor een oplossing X door spectrofotometer A is identiek aan de absorptie waarde die wordt gemeten door spectrofotometer B.
waar
131
Hoeveel bindingsplaatsen heet immunoglobuline per molecuul?
2
132
Waarvoor gebruik je de wet van lambert beer?
Om uit absorptie metingen de concentratie van een stof te berekenen.
133
Wat is een ijking?
Je gebruikt een ijklijn waarvan concentraties van bijvoorbeeld eiwitten bekend zijn om te vergelijken met je onbekende sample. Zo kun je meetwaarden linken aan concentratie.
134
Bij welke techniek is een ijking noodzakelijk om absolute waarden te kunnen meten?
Fluorescentie spectrometrie
135
Kun je absorptie spectrometrie, fluorescentie spectrometrie, immuno-precipitatie en kristallografie ook zonder ijking gebruiken?
Ja, indien je relatieve waarden wilt meten om zo verschillende experimenten met elkaar te
vergelijken kan dat. Je kunt bv RFUs meten en kijken of er een toename of afname in RFU is.
Ook kan je zo kijken naar een toename zuurstof consumptie.
136
Welke methode gebruikt men om tijdens een fluorescentie meting te voorkomen dat er excitatie licht gemeten wordt?
- een afkap filter
- meten onder een hoek van 90 graden
137
Waarom incubeert men om de totale Rubisco activiteit te meten het plantenextract met magnesium en CO2?
B) Magnesium is de co-factor van Rubisco en incubatie activeert de enzymen die nog geen magnesium gebonden hadden.
138
Waarom dien je eiwit monsters meestal bij lage temperatuur te bewaren?
A) Over het algemeen is het belangrijk eiwitmonsters bij lage temperatuur te bewaren om denaturatie van de eiwitten te voorkomen
139
Hoe kunnen eiwitten zichtbaar gemaakt worden na afloop van een SDS-PAGE gel elektroforese?
- Western blot en antilichamen
- commassie briljant blue (CBB) kleuring
140
Wat is het doel van een immuno-precipitatie (IP) experiment?
B. Eiwitcomplexen isoleren
141
Wat is de formule van lambert beer? Wat zijn de verschillende termen van deze wet?
ΔE = ε * Δc* l of E = ε * c* l
ΔE = de verandering in absorptie/extinctie
ε = de extinctie coefficient
Δc = de verandering in concentratie
l = de weglengte door het meetvaatje
