Polymorphismes - Sinett Flashcards
À compléter: La méthode de l’_________ est plus appropriée pour les maladies mendéliennes, alors que la méthode de l’________ est plus appropriée pour les maladies complexes.
1) Analyse de liaison
2) Étude d’association
En quoi consiste une étude d’association?
À la détection d’une association entre les variantes génétiques et la maladie à travers les familles
En quoi consiste une analyse de liaison?
À l’utilisation de familles pour suivre la co-ségrégation de la maladie et des variantes génétiques particulières
Vrai ou faux. L’étude d’association est la méthode la plus appropriée pour une maladie simple.
Faux.
Quelles sont les caractéristiques des études d’association pangénomique et gène candidat? *** À MODIFIER ***
Pangénomique:
- Libre d’hypothèse (mode découverte)
- Coût plus élevé, car les besoins en génotypage sont plus élevés
Gène candidat:
- Basée sur une hypothèse
- Coût plus faible, car les besoins en génotypage sont plus faibles
Quelles sont les étapes d’une étude d’association pangénomique?
- Établir un échantillon où n = 100-1000
- Effectuer le génotypage de ces échantillons via des ‘‘chips’’ commerciales
- Effectuer l’analyse statistique et le calcul du ‘‘p’’ de chaque SNP identifié pour déterminer lesquels sont statistiquement significatifs
Nommez 3 caractéristiques/différences entre les maladies mendéliennes et complexes.
Maladies mendéliennes:
- Plus rares
- Impliquent UN seul gène qui cause directement la maladie (ex. FK qui est causé par une mutation au gène CFTR et dystrophie musculaire de Duchenne qui est causé par une mutation au gène DMD)
- Mode de transmission = identifiable
Maladies complexes:
- Plus communes dans la population (ex. asthme, cancer, troubles cardiovasculaires, diabète, etc.)
- Impliquent PLUSIEURS gènes qui ne causent pas directement la maladie, mais en modifient le risque, ET l’environnement
- Mode de transmission n’est pas clairement identifiable
Qu’est-ce que l’effet du goulot d’étranglement? Donnez-lui un synonyme.
Phénomène où la taille de la population initiale est radicalement réduite, souvent à la suite de catastrophes naturelles, ce qui modifie la composition génétique de la population survivante.
Synonyme: effet ‘‘bottleneck’’
Quelles sont les étapes du cycle de vie d’un SNP?
- Apparition de la variation génétique par mutation (SNP)
- Survie de cet allèle rare par effet ‘‘bottleneck’’
- Augmentation de la fréquence de cet allèle suite à l’expansion de la population
- Ce nouvel allèle est désormais fixé comme un nouveau SNP dans la population
Contre quelles infections sommes-nous plus protégées si nous sommes homozygotes pour l’allèle mutant CCR5-delta32?
Peste, variole et VIH
Vrai ou faux. Une population doit obligatoirement être polymorphe OU monomorphe pour l’ensemble de ses caractères.
Faux, elle peut être polymorphe pour un caractère donné, et monomorphe pour un autre caractère.
Quels sont les récepteurs cellulaires que nécessitent le VIH?
CCR5 et CXCR4
Quand s’est étendu l’allèle mutant CCR5-delta32 en Europe? Quel en a été l’effet, chez les Européens, sur l’infection du VIH de nos jours?
- L’allèle mutant CCR5-delta 32 s’est étendu auprès de la population européenne lorsqu’elle était touchée, il y a 700 ans, par la peste et la variole pour leur permettre d’y résister
- De nos jours, 10% des Européens sont hétérozygotes pour l’allèle mutant CCR5-delta32, ce qui leur offre une protection naturelle contre le VIH en ralentissant son évolution, tandis que 1% des Européens sont homozygotes pour cet allèle, ce qui leur permet de résister complètement au VIH.
Expliquez cette figure suivante.
Les maladies mendéliennes sont souvent plus rares dans la population et entraînent un impact plus sévère sur la santé, tandis que les maladies complexes sont souvent plus fréquentes dans la population et entraînent un impact moins sévère sur la santé.
Quel est le but du projet génome? Qui y a participer et quel a été son coût total?
Séquencer et annoter le génome humain
Secteur public = Universités et secteur privé= Celera
Coût = 3G$, soit 1$ par paire de bases
Vrai ou faux. Le génome humain est composé à 50% de séquences répétées.
Vrai
Vrai ou faux. 20% du génome humain code pour des protéines.
Faux, seuls 3% du génome humain code pour des protéines.
Nommez 4 événements majeurs, en ordre chronologique, concernant le projet génome humain.
1985: début du projet génome humain
1996: carte génétique
1998: carte physique
1999: fin du séquençage du 22e chromosome
Qu’est-ce qu’un haplotype?
Groupes de SNPs liés sur le même segment chromosomique
Quel est le problème dans cette image?
Un SNP est généralement une variable binaire, c’est-à-dire qu’un des deux nucléotides d’un SNP correspond à l’allèle majeur, et l’autre correspond à l’allèle mineur. Dans ce cas-ci, il y 3 allèles pour une position donnée: les cas ‘‘allèle triple’’ sont généralement considérés comme des erreurs de génotypage.
Nommez 4 types de SNP et où ils se situent.
- cSNP (SNP codant): se situe au niveau des exons
- rSNP (SNP régulateur): se situe au niveau des séquences régulatrices (ex. promoteur)
- iSNP (SNP intronique): se situe au niveau des introns
- gSNP (SNP génomique): se situe au niveau des régions intergéniques
Vrai ou faux. Seuls les SNPc (SNP codant) ont un effet sur l’expression génique.
Faux, les SNP non codants peuvent influencer l’expression génique.
Qu’est-ce qui détermine si un allèle est majeur ou mineur?
Un allèle est majeur si sa fréquence dans la population est supérieure à 50%, alors qu’un allèle est mineur si sa fréquence dans la population est inférieure à 50%
Que stipule la 1ère loi de Mendel?
Lors de la formation des gamètes (méiose), il y a ségrégation des paires d’allèles qui codent pour un trait héréditaire.
Combien y a-t-il de SNPs connus chez l’humain? À quelle fréquence les trouve-t-on?
- 1 million de SNPs connus chez l’humain
- On les retrouve à chaque 300 pb environ
Quel est le % du génome humain qui est identique entre 2 individus? Combien y a-t-il de pb qui diffèrent entre 2 individus et à quel ratio cela correspond-t-il?
- 99,8% du génome humain est identique entre 2 individus, ce qui laisse 0,2% de différence
- 6 millions de pb diffèrent, ce qui signifie qu’une paire de base est différente à chaque 1000 pb entre 2 individus
Que signifie ‘‘annoter’’ le génome?
Identifier les régions codantes (exons) et les régions non codantes (introns, séquences de régulation, etc.)
Qu’est-ce qu’un SNP?
Single Nucleotide Polymorphism
= Substitution d’une paire de nucléotides pour une autre
