P3 vigtigste husketing Flashcards
Triton x bruges til
- Gøre lipider og membranproteiner opløselige.
- Triton X-100 bidrager også til lysering ved at inkorporere sig i cellemembranen
- Detergenten Triton X-100 forstyrre cellemembranen
Formic acid virker ved at:
denaturere deres stabile konformation
destabiliserer hydrogenbindingerne
Extracellular DNA
Extracellular DNA (eDNA) is a critical component of the extracellular matrix of bacterial biofilms that protects the resident bacteria from environmental hazards, which includes imparting significantly greater resistance to antibiotics
Hvorfor laver man en SDS opkogning
For at gøre proteiner opløselige koges prøven i Sodium Dodecyl Sulfate (SDS). Dette er en anionisk surfaktant, der denaturerer proteiner og gør dem opløselige. SDS medvirker til lysering af celler, da den ligsom Triton X-100 virker som detergent, og gør phospholipider opløselige.
Amyloider forbliver uopløselige.
Forklar hvordan SDS gør proteiner opløselige
SDS er en anionisk surfaktant, der binder til proteiner og forstyrrer ikke-kovalente bindinger i den sekundære og tertiære konfiguration. Dette sammen med selve kogningen resulterer således i, at proteiner vil denaturere og opløseliggøres grundet SDS’ negative ladning
Hvorfor vil amyloider ikke denaturer i SDS kogning.
Amyloider er meget modstandsdygtige over for surfaktanter, vil de ikke denatureres eller depolymeriseres ved kogning i SDS og forbliver dermed uopløselige
Hvordan virker lysozym
Lysosym hydrolyserer β-1,4-Glykosidbindinger i bakteriers peptidoglycan
Hvorfor anvender man fryse/tø metoden ?
For nedbrydning af Gram-negative bakteriers cellevæg skal den ydre membran først nedbrydes eller ødelægges.
Fryse-tø cykler påfører mekanisk skade til cellerne ved dannelse af intracellulære iskrystaller, der øger cellens størrelse inden den optøs og størrelsen igen reduceres. Gentagne cykler resulterer i at cellerne opløses
hvad gør pathogen Pseudomonas aeruginosa
biofilm-forming microorganism is the opportunistic pathogen Pseudomonas aeruginosa that forms persistent infections in the lungs of cystic fibrosis patients
Forklar den positive kontrol og den negative kontrol
Positiv: har en mutation i ompR-genet, som opregulerer biofilm formation ved at binde sig til promotor regionen af csgD genet
Negativ: Har en knockout mutation i csgA genet.
Hvad gør ompR
OmpR response regulator, which modulates positive gene expression of csgD
EnzV
EnzV is a kinase that senses signals from a change in osmolarity and transmits it to the OmpR response regulator
CpxA
CpxA phosphorylates the response regulator CpxR which then negatively regulates csgD
The Rcs pathway
The Rcs pathway responds to OM stress and negatively regulates csgD expression
Hvorfor fjerner man SDS
Eddikesyre, ethanol og ddH2O har bl.a. til formål at fjerne SDS, da dens negative ladning mistænkes for at konkurrere med CBB om interaktion med proteinet under farvningsprocessen.
Polysaccharides in biofilm contribute to
Polysaccharides contribute to structural stability and protection in addition to helping bind and retain water and nutrients
Hvad bruger man Urea til ?
Urea: I den forbindelse tilsættes også urea, idet denne forstyrrer den sekundære struktur i proteiner, og bevarer dem på deres monomeriske form
Hvad bruger man DTT til ?
DTT fungerer som reducerende agent, der bryder disulfidbindinger og dermed forstyrrer den tertiære struktur. DTT is a reducing agent used to linearise the proteins for SDS-PAGE
N-terminus eller N-terminal
N-terminus eller N-terminal er betegnelsen for den ende af et protein eller peptid som afsluttes med en aminogruppe. Den modsatte ende kaldes C-terminus eller C-terminal..
Hvorfor bruger man en Acrylamidkoncentrationen?
Acrylamidkoncentrationen i gelen har indflydelse på porestørrelsen og vælges ud fra de ønskede proteiners molekylvægt. Jo højere acrylamidkoncentrationen er, jo mindre vil porestørrelsen i gelen være.
CsgF funktion
CsgF is an extracellular protein that interacts with CsgG and is needed to localise and attach CsgB to the cell surface
Loading buffer:
SDS (denaturer, laver negativt), bromophenol (løbemarkør), DTT (bryder disulfidbindinger), Urea (A forbliver på monomerform), glycerol (densitet)
Running buffer
tris, Glycin, chloride ioner, sds (det forbliver denatureret),
CsgA MW er ?
17.5 kDa, which corresponds to a CsgA monomer.
FapC MW er?
22,2 til 31,3 kDa
Hvad gør acylated homoserine lactones for biofilm
intercellular small messenger molecules (acylated homoserine lactones) that are used for bacterial communication
Hvorfor passer det med at en dimer er dobbelt så meget i MW som en monomer?
dimers two monomers joined by bonds that can be either strong or weak, covalent or intermolecular.
Hvad bidrager amyloider med for biofilm (6 ting)
Maintaining and strengthning the structural framework. Contribute to the survival of the bacteria.
Insufficient penetration of drugs supporting antibiotic resistance.
Increasing the intracelluar survival, cell adherence and invasion.
A : region
N: region
Amyloidfibre: 1615 cm-1 og 1630 cm-1.
Native proteiner viser et peak fra 1643-1630 cm1
Amide 1 region
Amide 2 region
1680-1620 cm-1
1560-1520 cm-1
x aksen i FTIR
X-aksen med det højeste wavenumber til venstre og laveste wavenumber til højre
Værdien af wavenumber for en prøve beregnes ved at tage den reciprokke af bølgelængden
Fingerprint benyttes til at
Fingerprint er mange forskellige peaks oveni hinanden og de kan benyttes til at sammenlig eller adskille bakterier. Men understrege at det er svært at understrege ud fra vores signal.
Hvad er en bakteriecelle?
encellede organismer, bakterier er derfor meget små, og kan ikke ses af det menneskelige øje.
findes de i store kolonier.
Cellens indre består af cytoplasma, hvori bakteriens DNA (kromosomet) og ribosomer findes.
hvorfor er nogle bakterier farlige?
bakterier har evnen til at producere giftstoffer (kaldet toksiner), som ødelægger menneskets celler og væv.
Hvorfor er bakterier vigtige for os?
De hjælper os f.eks. med at fordøje den mad, vi spiser, og er med til at holde sygdomme væk. kan også bruges.
Hvordan er amyloider knyttet til alsheimerz
Ophobet beta-amyloid er skadeligt for nervecellerne og medfører betændelsesagtige forandringer i hjernevævet.
Resolving gel
The resolving gel resolves proteins based on their MW
The resolving gel
The resolving gel resolves proteins based on their MW
The stacking gel ensures
The stacking gel ensures the proteins arrive at the resolving gel simultaneously, which could otherwise create smeared bands for the same MWs
Hvilken pH er der i de forskellige geler?
The stacking gel is cast at pH 6.8 and the resolving gel at pH 8.8
The chloride and glycine ions in the buffers act
Chlorid- og glycinionerne i bufferne fungerer som ledende og efterfølgende ioner
QS allows the bacteria to
QS allows the bacteria to collectively express specific genes in response to environmental cues
The negative chloride ions from the loading buffer have
The negative chloride ions from the loading buffer have high mobility at pH 6.8 and run fast in front of the glycine ions, creating a voltage gradient, which pulls the glycine ions through the stacking gel
Tris stabilises the pH at approximately 7-9
Tris stabilises the pH at approximately 7-9
Bond stretching, bending, and rotations create varying vibrational
Bond stretching, bending, and rotations create varying vibrational frequencies
Når IR-lys matcher disse frekvenser…
Når IR-lys matcher disse frekvenser, absorberer de molekylære bindinger energien og bliver exciterede
Hvorfor er der forskel på native og amyloid regionen?
This difference is because of the amyloids’ long and organised structure, which results in vibrations along large sections of the backbone
hvorfor bruger man T-streak metoden
så man har forskellige koncentrationer af vækst med mest vækst i starten, mindre på nr 2 og mindst i tredje strøj.
GPB
gram-positive cell typically contains a cytoplasmic membrane and a thick cell wall. thick peptidoglycan cell wall,
GNB
gram-negative cell has a cytoplasmic membrane, a thin cell wall, an outer membrane (Figure 2.7), and a periplasm, which is a compartment between the cytoplasmic and outer membranes
Hvorfor skal GNB bruge fryse/tø for at kunne lyseres
For nedbrydning af Gram-negative bakteriers cellevæg skal den ydre membran først nedbrydes eller ødelægges.
Hvad er qourum sensing
instrumental in bacterial intercellular communication and biofilm build-up. Communication that allows bacteria to share information about cell density and adjust gene expression accordingly. Response to extracellular signaling molecules called autoinducers
Tegn tris
se noter
Tegn sds
se noter
CBB, hvor binder den primært?
the dye binds to proteins primarily through basic amino acids (primarily arginine, lysine and histidine)
Hvorfor bruger man ikke bare en kuvette istedet for ATR krystallen?
Da vand absorberer kraftigt i det elektromagnetiske område, hvor amid-I-bindingen også absorberer, er det ikke hensigtsmæssigt at anvende en kuvette, hvori stråling sendes igennem.
Hvad betyder interferogram
The spectrometer outputs an interferogram which shows the total energy of light at every position of the mirror.
the Fourier Transform converts
Fourier Transform converts a spectrum of energy at different wavelengths, or rather, at the inverse of different wavelengths – a quantity known as a wavenumber, which is typically reported in reciprocal centimeters (cm-1).
