P3 vigtigste husketing

Question 1

Triton x bruges til

Answer 1

1. Gøre lipider og membranproteiner opløselige.
2. Triton X-100 bidrager også til lysering ved at inkorporere sig i cellemembranen
3. Detergenten Triton X-100 forstyrre cellemembranen

Question 2

Formic acid virker ved at:

Answer 2

denaturere deres stabile konformation
destabiliserer hydrogenbindingerne

Question 3

Extracellular DNA

Answer 3

Extracellular DNA (eDNA) is a critical component of the extracellular matrix of bacterial biofilms that protects the resident bacteria from environmental hazards, which includes imparting significantly greater resistance to antibiotics

Question 4

Hvorfor laver man en SDS opkogning

Answer 4

For at gøre proteiner opløselige koges prøven i Sodium Dodecyl Sulfate (SDS). Dette er en anionisk surfaktant, der denaturerer proteiner og gør dem opløselige. SDS medvirker til lysering af celler, da den ligsom Triton X-100 virker som detergent, og gør phospholipider opløselige.

Amyloider forbliver uopløselige.

Question 5

Forklar hvordan SDS gør proteiner opløselige

Answer 5

SDS er en anionisk surfaktant, der binder til proteiner og forstyrrer ikke-kovalente bindinger i den sekundære og tertiære konfiguration. Dette sammen med selve kogningen resulterer således i, at proteiner vil denaturere og opløseliggøres grundet SDS’ negative ladning

Question 6

Hvorfor vil amyloider ikke denaturer i SDS kogning.

Answer 6

Amyloider er meget modstandsdygtige over for surfaktanter, vil de ikke denatureres eller depolymeriseres ved kogning i SDS og forbliver dermed uopløselige

Question 7

Hvordan virker lysozym

Answer 7

Lysosym hydrolyserer β-1,4-Glykosidbindinger i bakteriers peptidoglycan

Question 8

Hvorfor anvender man fryse/tø metoden ?

Answer 8

For nedbrydning af Gram-negative bakteriers cellevæg skal den ydre membran først nedbrydes eller ødelægges.
Fryse-tø cykler påfører mekanisk skade til cellerne ved dannelse af intracellulære iskrystaller, der øger cellens størrelse inden den optøs og størrelsen igen reduceres. Gentagne cykler resulterer i at cellerne opløses

Question 9

hvad gør pathogen Pseudomonas aeruginosa

Answer 9

biofilm-forming microorganism is the opportunistic pathogen Pseudomonas aeruginosa that forms persistent infections in the lungs of cystic fibrosis patients

Question 10

Forklar den positive kontrol og den negative kontrol

Answer 10

Positiv: har en mutation i ompR-genet, som opregulerer biofilm formation ved at binde sig til promotor regionen af csgD genet
Negativ: Har en knockout mutation i csgA genet.

Question 11

Hvad gør ompR

Answer 11

OmpR response regulator, which modulates positive gene expression of csgD

Question 12

EnzV

Answer 12

EnzV is a kinase that senses signals from a change in osmolarity and transmits it to the OmpR response regulator

Question 13

CpxA

Answer 13

CpxA phosphorylates the response regulator CpxR which then negatively regulates csgD

Question 14

The Rcs pathway

Answer 14

The Rcs pathway responds to OM stress and negatively regulates csgD expression

Question 15

Hvorfor fjerner man SDS

Answer 15

Eddikesyre, ethanol og ddH2O har bl.a. til formål at fjerne SDS, da dens negative ladning mistænkes for at konkurrere med CBB om interaktion med proteinet under farvningsprocessen.

Question 16

Polysaccharides in biofilm contribute to

Answer 16

Polysaccharides contribute to structural stability and protection in addition to helping bind and retain water and nutrients

Question 17

Hvad bruger man Urea til ?

Answer 17

Urea: I den forbindelse tilsættes også urea, idet denne forstyrrer den sekundære struktur i proteiner, og bevarer dem på deres monomeriske form

Question 18

Hvad bruger man DTT til ?

Answer 18

DTT fungerer som reducerende agent, der bryder disulfidbindinger og dermed forstyrrer den tertiære struktur. DTT is a reducing agent used to linearise the proteins for SDS-PAGE

Question 19

N-terminus eller N-terminal

Answer 19

N-terminus eller N-terminal er betegnelsen for den ende af et protein eller peptid som afsluttes med en aminogruppe. Den modsatte ende kaldes C-terminus eller C-terminal..

Question 20

Hvorfor bruger man en Acrylamidkoncentrationen?

Answer 20

Acrylamidkoncentrationen i gelen har indflydelse på porestørrelsen og vælges ud fra de ønskede proteiners molekylvægt. Jo højere acrylamidkoncentrationen er, jo mindre vil porestørrelsen i gelen være.

Question 21

CsgF funktion

Answer 21

CsgF is an extracellular protein that interacts with CsgG and is needed to localise and attach CsgB to the cell surface

Question 22

Loading buffer:

Answer 22

SDS (denaturer, laver negativt), bromophenol (løbemarkør), DTT (bryder disulfidbindinger), Urea (A forbliver på monomerform), glycerol (densitet)

Question 23

Running buffer

Answer 23

tris, Glycin, chloride ioner, sds (det forbliver denatureret),

Question 24

CsgA MW er ?

Answer 24

17.5 kDa, which corresponds to a CsgA monomer.

Question 25

FapC MW er?

Answer 25

22,2 til 31,3 kDa

Question 26

Hvad gør acylated homoserine lactones for biofilm

Answer 26

intercellular small messenger molecules (acylated homoserine lactones) that are used for bacterial communication

Question 27

Hvorfor passer det med at en dimer er dobbelt så meget i MW som en monomer?

Answer 27

dimers two monomers joined by bonds that can be either strong or weak, covalent or intermolecular.

Question 28

Hvad bidrager amyloider med for biofilm (6 ting)

Answer 28

Maintaining and strengthning the structural framework. Contribute to the survival of the bacteria.
Insufficient penetration of drugs supporting antibiotic resistance.
Increasing the intracelluar survival, cell adherence and invasion.

Question 29

A : region
N: region

Answer 29

Amyloidfibre: 1615 cm-1 og 1630 cm-1.
Native proteiner viser et peak fra 1643-1630 cm1

Question 30

Amide 1 region
Amide 2 region

Answer 30

1680-1620 cm-1
1560-1520 cm-1

Question 31

x aksen i FTIR

Answer 31

X-aksen med det højeste wavenumber til venstre og laveste wavenumber til højre
Værdien af wavenumber for en prøve beregnes ved at tage den reciprokke af bølgelængden

Question 32

Fingerprint benyttes til at

Answer 32

Fingerprint er mange forskellige peaks oveni hinanden og de kan benyttes til at sammenlig eller adskille bakterier. Men understrege at det er svært at understrege ud fra vores signal.

Question 33

Hvad er en bakteriecelle?

Answer 33

encellede organismer, bakterier er derfor meget små, og kan ikke ses af det menneskelige øje.
findes de i store kolonier.
Cellens indre består af cytoplasma, hvori bakteriens DNA (kromosomet) og ribosomer findes.

Question 34

hvorfor er nogle bakterier farlige?

Answer 34

bakterier har evnen til at producere giftstoffer (kaldet toksiner), som ødelægger menneskets celler og væv.

Question 35

Hvorfor er bakterier vigtige for os?

Answer 35

De hjælper os f.eks. med at fordøje den mad, vi spiser, og er med til at holde sygdomme væk. kan også bruges.

Question 36

Hvordan er amyloider knyttet til alsheimerz

Answer 36

Ophobet beta-amyloid er skadeligt for nervecellerne og medfører betændelsesagtige forandringer i hjernevævet.

Question 37

Resolving gel

Answer 37

The resolving gel resolves proteins based on their MW

Question 38

The resolving gel

Answer 38

The resolving gel resolves proteins based on their MW

Question 39

The stacking gel ensures

Answer 39

The stacking gel ensures the proteins arrive at the resolving gel simultaneously, which could otherwise create smeared bands for the same MWs

Question 40

Hvilken pH er der i de forskellige geler?

Answer 40

The stacking gel is cast at pH 6.8 and the resolving gel at pH 8.8

Question 41

The chloride and glycine ions in the buffers act

Answer 41

Chlorid- og glycinionerne i bufferne fungerer som ledende og efterfølgende ioner

Question 42

QS allows the bacteria to

Answer 42

QS allows the bacteria to collectively express specific genes in response to environmental cues

Question 43

The negative chloride ions from the loading buffer have

Answer 43

The negative chloride ions from the loading buffer have high mobility at pH 6.8 and run fast in front of the glycine ions, creating a voltage gradient, which pulls the glycine ions through the stacking gel

Question 44

Tris stabilises the pH at approximately 7-9

Answer 44

Tris stabilises the pH at approximately 7-9

Question 45

Bond stretching, bending, and rotations create varying vibrational

Answer 45

Bond stretching, bending, and rotations create varying vibrational frequencies

Question 46

Når IR-lys matcher disse frekvenser…

Answer 46

Når IR-lys matcher disse frekvenser, absorberer de molekylære bindinger energien og bliver exciterede

Question 47

Hvorfor er der forskel på native og amyloid regionen?

Answer 47

This difference is because of the amyloids’ long and organised structure, which results in vibrations along large sections of the backbone

Question 48

hvorfor bruger man T-streak metoden

Answer 48

så man har forskellige koncentrationer af vækst med mest vækst i starten, mindre på nr 2 og mindst i tredje strøj.

Question 49

GPB

Answer 49

gram-positive cell typically contains a cytoplasmic membrane and a thick cell wall. thick peptidoglycan cell wall,

Question 50

GNB

Answer 50

gram-negative cell has a cytoplasmic membrane, a thin cell wall, an outer membrane (Figure 2.7), and a periplasm, which is a compartment between the cytoplasmic and outer membranes

Question 51

Hvorfor skal GNB bruge fryse/tø for at kunne lyseres

Answer 51

For nedbrydning af Gram-negative bakteriers cellevæg skal den ydre membran først nedbrydes eller ødelægges.

Question 52

Hvad er qourum sensing

Answer 52

instrumental in bacterial intercellular communication and biofilm build-up. Communication that allows bacteria to share information about cell density and adjust gene expression accordingly. Response to extracellular signaling molecules called autoinducers

Question 53

Tegn tris

Answer 53

se noter

Question 54

Tegn sds

Answer 54

se noter

Question 55

CBB, hvor binder den primært?

Answer 55

the dye binds to proteins primarily through basic amino acids (primarily arginine, lysine and histidine)

Question 56

Hvorfor bruger man ikke bare en kuvette istedet for ATR krystallen?

Answer 56

Da vand absorberer kraftigt i det elektromagnetiske område, hvor amid-I-bindingen også absorberer, er det ikke hensigtsmæssigt at anvende en kuvette, hvori stråling sendes igennem.

Question 57

Hvad betyder interferogram

Answer 57

The spectrometer outputs an interferogram which shows the total energy of light at every position of the mirror.

Question 58

the Fourier Transform converts

Answer 58

Fourier Transform converts a spectrum of energy at different wavelengths, or rather, at the inverse of different wavelengths – a quantity known as a wavenumber, which is typically reported in reciprocal centimeters (cm-1).