P1 Flashcards

1
Q

Explique por que a dupla-hélice de DNA é antiparalela.

A

A fita é dupla pois assim fica menos acessível às enzimas que atuam
como nucleases e degradam ácidos nucleicos. Por isso,
a ele cabe a função de manter a hereditariedade. Ela é antiparalela pois, no DNA, onde uma tem 3’ (OH livre ligado ao C3), a outra 5’ (Grupo Fosfato livre ligado ao C5) e onde uma tem 5’, a outra tem 3’.

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2
Q

O que é um nucleossomo?

A

Na fase interfásica, a dupla hélice de DNA dá duas
voltas nos octâmeros (“bolinhas”) de histonas. A
esse conjunto damos o nome de nucleossomos, que
serão aproximados por uma outra histona a um outro
nucleossomo. Então, essas estruturas começam a
torcer sobre si mesmas, formando a cromatina.

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3
Q

O que é cromatina?

A

A cromatina é um filamento de DNA muito longo e muito fino, localizado no núcleo da célula interfásica (não em divisão). Na célula humana, contam-se 46 desses filamentos.

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4
Q

Quais são todas as partes (tipos de sequência de DNA) que compõem um gene?

A

Região promotora, região enhancer (se houver) e parte transcrita: Região 5´ UTR, exons e íntrons, região 3´UTR.

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5
Q

O que significa um polimorfismo de nucleotídeo único (SNP)? Qual a relação que podemos fazer entre SNP e alelo?

A

É uma variação na sequência de DNA que afeta somente uma base na sequência do genoma entre indivíduos de uma espécie ou entre pares de cromossomos de um individuo, e diz-se então que existem dois alelos.

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6
Q

Fita codificadora ou senso terá a ____ do RNAm, já a fita molde ou antisenso terá ____.

A

Fita codificadora ou senso terá a mesma sequência do RNAm, já a fita molde ou antisenso terá sequência inversa.

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7
Q

Éxons

A

Éxons: segmentos de genes que determinam a
sequência de aminoácidos da proteína, codificantes

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8
Q

Introns

A

Introns: segmentos de genes não codificantes, serão
retirados durante o splicing

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9
Q

CÓDON DE INCIAÇÃO (no RNA)

A

CÓDON DE INCIAÇÃO (no RNA): AUG (metionina)

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10
Q

CÓDON DE TÉRMINO (no RNA)

A

CÓDON DE TÉRMINO (no RNA): UAA/UAG/UGA

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11
Q

5’ UTR E 3’UTR

A

5’ UTR E 3’UTR
A região antes do códon de início é a 5’ UTR é a
depois do códon de terminação é a 3’ UTR. Por isso
essas regiões são transcritas, mas não traduzidas
São sequências flanquadoras
localizadas no início e no final dasequência codificadora
- Funções pós transcricionais. como estabilidade do
mRNA, auxílio na estrutura secundária e na tradução

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12
Q

Região promotora ou sequência regulatória

A

Região promotora ou sequência regulatória
É tudo que vem anteriormente ao início da transcrição (NÃO É TRANSCRITA). Após o reconhecimento das regiões promotoras, a
dupla hélice de DNA se desenrola próximo ao gene
que está sendo transcrito. A RNA polimerase rompe
as pontes de H das duplas fitas de DNA, criando uma
região aberta (bolha de transcrição)
- Seus nucleotídeos são numerados em n°s negativos
- Tamanho variável, característica própria do gene.
- TATA box: sequência que todo gene humano tem
na região promotora, próxima ao sítio de transcrição
- Octâmeros, CAAT, GC são regiões variáveis, alguns
genes humanos as possuem
- As regiões podem ser reconhecidas por proteínas
silenciadoras, que, caso se liguem a elas, vão impedir
que a transcrição do gene ocorra.

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13
Q

Fatores de Transcrição

A

Fatores de Transcrição: proteínas que reconhecem
as regiões promotoras dos genes, e se ligam nelas,
intermediando a ligação da enzima RNA polimerase a
apenas uma das fitas de DNA Dessa maneira, é
sinalizado qual o gene e o que deverá ser transcrito
- Ex: proteína de ligação TATA se liga ao TATA box
- Em procariontes, a RNA polimerase se liga direto aos
promotores, ou seja, não há fatores de transcrição

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14
Q

Por que a replicação é semidescontínua e semiconservativa?

A

Semidescontínua porque uma fita é formada por trechos que foram sintetizados de forma contínua e outros de forma descontínua. Semiconservativa porque a nova dupla-hélice gerada é formada por uma fita antiga (parental) e uma fita nova (fita filha).

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15
Q

Durante a replicação do DNA, a fita atrasada é formada em uma série de seções curtas independentes
por quê?

A

Porque o seu molde está no sentido contrário ao de síntese pela forquilha da replicação, então o DNA da fita parental faz uma alça que inverte o sentido da fita mas que fornece apenas pedaços do DNA molde.

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16
Q

Quando um filamento de DNA com a sequência 3’GACTAACGATGC5’ é usado como molde sobre o qual
é formada uma sequência-filha durante a replicação, o filamento-filho tem a sequência:
A. 3’CTGATTGCTACG5’
B. 5’GCATCGTTAGTC3’
C. 5’CTGATTGCTACG3’
D. 3’CGTAGCAATCAG5’
E. 3’CGUAGCAAUCAG5’

A

Quando um filamento de DNA com a sequência 3’GACTAACGATGC5’ é usado como molde sobre o qual
é formada uma sequência-filha durante a replicação, o filamento-filho tem a sequência:
A. 3’CTGATTGCTACG5’
B. 5’GCATCGTTAGTC3’
C. 5’CTGATTGCTACG3’
D. 3’CGTAGCAATCAG5’
E. 3’CGUAGCAAUCAG5’

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17
Q

4) O seguinte fragmento de DNA 5’ATGGCTAAGCTTTAAGGC3’ será replicado. Qual das sequências abaixo
corresponderá ao molde da fita líder? (Não esqueça que o DNA é uma dupla-fita!)
A. 3’ATGGCTAAGCTTTAAGGC5’
B. 5’TACCGATTCGAAATTCCG3’
C. 5’ATGGCTAAGCTTTAAGGC3’
D. 3’TACCGATTCGAAATTCCG5’
E. 3’UACCGAUUCGAAAUUCCG5’

A

4) O seguinte fragmento de DNA 5’ATGGCTAAGCTTTAAGGC3’ será replicado. Qual das sequências abaixo
corresponderá ao molde da fita líder? (Não esqueça que o DNA é uma dupla-fita!)
A. 3’ATGGCTAAGCTTTAAGGC5’
B. 5’TACCGATTCGAAATTCCG3’
C. 5’ATGGCTAAGCTTTAAGGC3’
D. 3’TACCGATTCGAAATTCCG5’
E. 3’UACCGAUUCGAAAUUCCG5’

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18
Q

5) Coloque em ordem de acontecimentos a replicação da fita líder do DNA.
( ) Remoção do primer RNA
( ) Síntese de nova fita a partir do primer
( ) Ligação pela ligase
( ) Adição de um primer RNA
( ) Desnaturação parcial da dupla-fita na origem de replicação
( ) Adição de nucleotídeos pela DNA polimerase I

A

5) Coloque em ordem de acontecimentos a replicação da fita líder do DNA.
( 4) Remoção do primer RNA
(3 ) Síntese de nova fita a partir do primer
(6 ) Ligação pela ligase
(2 ) Adição de um primer RNA
(1 ) Desnaturação parcial da dupla-fita na origem de replicação
(5 ) Adição de nucleotídeos pela DNA polimerase I

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19
Q

6) A enzima que cria um oligonucleotídeo de RNA nos locais onde a replicação terá início é chamada:
a. Exonuclease
b. Primase
c. DNA Ligase
d. DNA Girase

A

6) A enzima que cria um oligonucleotídeo de RNA nos locais onde a replicação terá início é chamada:
a. Exonuclease
b. Primase
c. DNA Ligase
d. DNA Girase

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20
Q

8) Ao longo do ciclo celular, quantas moléculas de DNA existem em uma célula humana, respectivamente,
na fase G1, na fase G2, ao final da mitose, ao final da meiose?
a) 46, 92, 46, 23
b) 23, 46, 46, 23
c) 92, 46, 23, 46
d) 46, 46, 46, 23
e) 46, 46, 92, 23

A

8) Ao longo do ciclo celular, quantas moléculas de DNA existem em uma célula humana, respectivamente,
na fase G1, na fase G2, ao final da mitose, ao final da meiose?
a) 46, 92, 46, 23
b) 23, 46, 46, 23
c) 92, 46, 23, 46
d) 46, 46, 46, 23
e) 46, 46, 92, 23

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21
Q

9) Em qual fase da mitose os cromossomos atingem a condensação máxima?
a) telófase
b) prófase
c) anáfase
d) metáfase

A

9) Em qual fase da mitose os cromossomos atingem a condensação máxima?
a) telófase
b) prófase
c) anáfase
d) metáfase

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22
Q

10) Relacione as colunas
a) Mitose ( ) Crescimento do embrião
b) Meiose ( ) Produção de gametas
( ) Regeneração de tecidos
( ) Crescimento de órgãos e diferenciação de células
( ) Produção de células haploides
( ) Produção de células diploides

A

10) Relacione as colunas
a) Mitose
b) Meiose

(a ) Crescimento do embrião
(b ) Produção de gametas
(a ) Regeneração de tecidos
(a ) Crescimento de órgãos e diferenciação de células
(b ) Produção de células haploides
(a ) Produção de células diploides

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23
Q

11) O crossing-over ocorre na:
a) metáfase I
b) prófase I
c) anáfase II
d) metáfase II
e) prófase II

A

11) O crossing-over ocorre na:
a) metáfase I
b) prófase I
c) anáfase II
d) metáfase II
e) prófase II

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24
Q

Com relação à prófase I da meiose, relacione as colunas.
1. Leptóteno
2. Zigóteno
3. Paquíteno
4. Diplóteno
5. Diacinese

( ) Cromossomos espessos. Etapa em que ocorre crossing-over ou permuta, resultando na troca de segmentos de cromátides homólogas.

( ) Remoção do complexo sinaptonêmico, com início da separação dos cromossomos homólogos, que se mantém unidos em alguns pontos (quiasmas).

( ) Início da condensação dos cromossomos e aproximação dos cromossomos homólogos.

( ) Pareamento dos cromossomos homólogos e formação do complexo sinaptonêmico.

( ) Etapa final da prófase I meiótica.

A

Com relação à prófase I da meiose, relacione as colunas.
1. Leptóteno
2. Zigóteno
3. Paquíteno
4. Diplóteno
5. Diacinese

( 3) Cromossomos espessos. Etapa em que ocorre crossing-over ou permuta, resultando na troca de segmentos de cromátides homólogas.

( 4) Remoção do complexo sinaptonêmico, com início da separação dos cromossomos homólogos, que se mantém unidos em alguns pontos (quiasmas).

(1 ) Início da condensação dos cromossomos e aproximação dos cromossomos homólogos.

(2 ) Pareamento dos cromossomos homólogos e formação do complexo sinaptonêmico.

(5 ) Etapa final da prófase I meiótica.

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25
Q

A maioria das reações químicas da célula, incluindo a duplicação de DNA, a síntese de RNA e a produção
de proteínas celulares, ocorre, principalmente, durante a:
(a) prófase.
(b) metáfase.
(c) anáfase.
(d) telófase.
(e) interfase.

A

13) A maioria das reações químicas da célula, incluindo a duplicação de DNA, a síntese de RNA e a produção
de proteínas celulares, ocorre, principalmente, durante a:
(a) prófase.
(b) metáfase.
(c) anáfase.
(d) telófase.
(e) interfase.

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26
Q

O que compõe o genoma humano?

A

Nosso genoma é composto pelo genoma nuclear e mitocondrial; ele contém cerca de 20000 genes codificadores de proteínas. Entretanto, a maior parte do genoma humano é composto por DNA não-codificante.

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27
Q

Todo o DNA é codificante? Quais outros tipos de DNA?

A

Não! Nem todo DNA é codificante. Entre os tipos de DNA que não são codificantes, podemos citar: íntrons, pseudogenes, transposons, retrotransposons, telômeros.

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28
Q

A quantidade de DNA e genes é igual entre os diferentes cromossomos?

A

Os cromossomos possuem quantidades diferentes de genes! E cada cromossomo é constituído por uma molécula de DNA longa que contém inúmeros genes.

29
Q

O que são ilhas CpG e por que são importantes no controle da expressão gênica?

A

São regiões do nosso genoma em que mais de 50% da região é composta pelos nucleotídeos C e G lado a lado – na mesma fita (NÃO pareados); Se estendem por centenas de nucleotídeos, costumam ser marcadores gênicos e são regiões muito suscetíveis à metilação (epigenética); configuram-se como uma região transcricionalmente ativa.

30
Q

O que é um pseudogene?

A

Os pseudogenes são sequências muito similares a genes conhecidos, porém NÃO são mais funcionais! São cópias duplicadas ou deficientes de genes codificantes originais; podemos dizer que são ́ ́resquícios da evolução ́ ́.

31
Q

Quais os mecanismos de geração de pseudogenes?

A

Os mecanismos de geração de pseudogenes são: a) duplicação genômica: quando háexcesso de funções entre as cópias, as mutações que aparecerem na duplicação não serão corrigidas; b) transcrição e processamento: a transcriptase reversa expressa pelas
células forma pseudogenes que tem apenas éxons - nunca será transcrito e facilmente acumula mutações.

32
Q

Descreva o mecanismo de transposição de um transposon.

A

Os elementos transponíveis (transposons e retrotransposons) são sequências de DNA móveis com a capacidade de transpor diferentes regiões do genoma - em humanos a maioria está inativo!
Nos transposons, a própria sequência de DNA é cortada e reinserida em outro local sem deixar cópias → o próprio transposon transcreve a enzima transposase.

33
Q

Descreva o mecanismo de transposição de um retrotransposon.

A

Utilizam RNAs intermediários para criar cópias deles mesmos. Uma cópia fica no local de origem e a outra vai para outro local. Utilizam-se de transcrição reversa para gerar novas cópias deles mesmos: LINES - sequências longas e SINES - sequências curtas (ex. Alu - essa família não carrega genes, apenas sequências e preenche mais de 10% do nosso genoma.

34
Q

Onde encontramos o DNA satélite?

A

Encontramos os DNAs satélites na região centromérica e na pericentromérica.

35
Q

Como os microssatélites estão envolvidos com doenças genéticas?

A

Os microssatélites estão envolvidos em doenças como Huntington pois sofrem expansão de repetições.

36
Q

O que são ncRNAs?

A

São RNAs funcionais, porém não codificantes → exercem sua função no formato de RNA (ex. rRNA, tRNA…)

37
Q

Como os miRNAs controlam a expressão gênica?

A

Os miRNAs atuam no citoplasma se prendendo no RNA mensageiro, impedindo sua tradução e induzindo sua degradação. Regulam a expressão de conjuntos selecionados de gene-alvo pelo pareamento de bases com os transcritos. Mutações associadas à geração de miRNA ou na sua sequência alvo estão envolvidos em doenças como:
câncer, problemas cardíacos e alterações neurológicas.

38
Q

Tipos de mutação

A

Inserção, deleção, SNP, duplicação

39
Q

MUTAÇÃO SILENCIOSA

A

Há uma troca de um nucleotídeo, mas que não
resulta em uma troca de aminoácidos

40
Q

MUTAÇÃO DE SENTIDO TROCADO

A

A troca de um nucleotídeo terá como consequência
a troca de um aminoácido.

41
Q

MUTAÇÃO SEM SENTIDO

A

A troca de um nucleotídeo vai criar códon de
parada, logo a tradução é prematura e ocorre antes
do códon original de parada.

42
Q

MUDANÇA NA FASE DE LEITURA

A

Quando no DNA for adicionado ou deletado um ou
mais nucleotídeos, mudando todos os códons
posteriores à mutação
- Se o n° de nucleotídeos inserido ou deletado for
múltiplo de três, não ocorrerão mudanças na matriz
de leitura (haverá uma simples inserção ou deleção
de aminoácidos correspondentes)

43
Q

Em células eucarióticas, qual o principal mecanismo de reparo de dímeros de timina?
(a) reparo por excisão de bases (BER);
(b) reparo por recombinação;
(c) reparo por excisão de nucleotídeos (NER);
(d) reparo direto.

A

Em células eucarióticas, qual o principal mecanismo de reparo de dímeros de timina?
(a) reparo por excisão de bases (BER);
(b) reparo por recombinação;
(c) reparo por excisão de nucleotídeos (NER);
(d) reparo direto.

44
Q

Um reparo sujeito a erros é assim conhecido porque:
(a) mantém a sequência original do DNA após o reparo
(b) a sequência reparada poderá ser diferente da sequência original daquela região
(c) são gerados erros pelo mecanismo do reparo, mas que não são considerados mutações

A

Um reparo sujeito a erros é assim conhecido porque:
(a) mantém a sequência original do DNA após o reparo
(b) a sequência reparada poderá ser diferente da sequência original daquela região
(c) são gerados erros pelo mecanismo do reparo, mas que não são considerados mutações

45
Q

Cite dois mecanismos de reparo sujeitos a erros e para quais tipos de danos eles são utilizados:

A

Síntese translesão: ocorre durante a parada da replicação quando existe uma lesão como o dímero de timina. União de extremidades não-homólogas que repara quebras da dupla-fita

46
Q

Como é reparado o dano do tipo malpareamento durante a replicação? E se não for reparado durante a replicação, qual o mecanismo utilizado para reparar?

A

Durante a replicação ocorre a revisão do DNA pela própria DNA polimerase. Logo após a replicação pode ser reparado pelo Reparo de Malpareamento.

  • Malpareamento: ocorre logo após a replicação. Proteínas detectam e recrutam outras enzimas
  • A DNA helicase abre o DNA e enzimas nucleases quebram a ligação fosfodiéster para remover a fita na região. A DNA polimerase sintetiza o novo DNA a
    partir da extremidade 3’ livre no sentido 5’-3’. Por fim a DNA-ligase refaz a ligação do fosfodiéster
  • A identificação em eucarióticos se dá pela ausência da ligação fosfodiéster com o nucleotídeo errado
47
Q

Em qual o tipo de lesão que o reparo por recombinação homóloga atua? Após o reparo, mutações foram geradas ou a região voltou a ser o que era antes?

A

Quebra de dupla-fita. Volta a ser o que era antes porque utiliza a cromátide-irmã para o reparo.

48
Q

O reparo por excisão de bases é utilizado para reparar:
(a) bases danificadas
(b) dímeros de timina
(c) quebras de dupla-fita
(d) remoção de grupamentos químicos ligados aos nucleotídeos

A

O reparo por excisão de bases é utilizado para reparar:
(a) bases danificadas
(b) dímeros de timina
(c) quebras de dupla-fita
(d) remoção de grupamentos químicos ligados aos nucleotídeos

49
Q

Qual o problema de uma fita de DNA conter uma guanina metilada (O6-metilguanina) durante a replicação? Como ocorre o reparo desta O6-metilguanina?

A

O problema é que ela se pareia com timina. Pelo reparo direto através da enzima metilguanina-DNA metiltransferase que remove o grupamento metil.

50
Q

Cite os passos do reparo por excisão de nucleotídeos e quais os dois mecanismos de reconhecimento de lesão para iniciar esse reparo.

A

Primeiro deve ser reconhecida a lesão, que pode ser via GGR ou via TCR; depois uma helicase abre a dupla-fita; duas nucleases quebram a ligação fosfodiéster em posições antes e depois da lesão; o fragmento de fita simples é removido; a DNA sintetiza novo DNA utilizando o molde da fita sem a lesão e a DNA ligase faz a última ligação fosfodiéster da nova fita com a existente.

51
Q

A Síndrome de Cockayne tem como principal causa das manifestações apresentadas pelos pacientes a morte celular. Qual a deficiência que eles possuem que leva a essa consequência?

A

Principalmente, a ativação do NER via TCR.

52
Q

A doença Xeroderma pigmentoso é caracterizada principalmente por uma maior susceptibilidade ao câncer. Pacientes com esta doença possuem deficiências em:
(a) enzimas do reparo por excisão de bases (BER);
(b) enzimas do reparo por recombinação;
(c) enzimas do reparo por excisão de nucleotídeos (NER);
(d) reparo por excisão de nucleotídeos acoplado a transcrição.

A

A doença Xeroderma pigmentoso é caracterizada principalmente por uma maior susceptibilidade ao câncer. Pacientes com esta doença possuem deficiências em:
(a) enzimas do reparo por excisão de bases (BER);
(b) enzimas do reparo por recombinação;
(c) enzimas do reparo por excisão de nucleotídeos (NER);
(d) reparo por excisão de nucleotídeos acoplado a transcrição.

53
Q

G1

A

G1: célula recebeu sinalização do meio externo que
ele deve se dividir. Aumenta volume, multiplica suas
proteínas e componentes citoplasmáticos. Começa multiplicação do centrossomo.

54
Q

S

A

S: replicação. Os 46 cromossomos vão ser
duplicados e teremos 92 duplas hélices de DNA

55
Q

G2

A

G2: checagem do material genético para garantir
que todo DNA foi duplicado e que não existe nenhum
problema (se houver dano, será reparado). Fim da multiplicação do centrossomo, que agora são 2.

56
Q

PRÓFASE

A

Condensação dos cromossomos
- Não há mais nucléolo
- Formação do Fuso Mitótico: entre os dois
centrossomos replicados que iniciam sua separação;
Rompimento do envelope nuclear
- Ligação dos cromossomos aos microtúbulos do fuso
mitótico por meio dos cinetócoros

57
Q

METÁFASE

A
  • DNA atinge o grau máximo de condensação
  • Alinhamento dos cromossomos no equador do fuso.
58
Q

ANÁFASE

A

Anáfase A: separação das cromátides pela força de
encurtamento dos microtúbulos do cinetócoro
- Anáfase B: microtúbulos não ligados aos
cromossomos se alongam e se empurram separando
os pólos da célula, tornando-a mais longa

59
Q

TELÓFASE

A
  • Envelope nuclear é formado ao redor de cada novo
    conjunto cromossômico
  • Fibras do fuso são desfeitas, microtúbulos se
    desfazem
  • Nucléolos são reconstituídos
  • Cromossomos começam a se descondensar
  • Na região equatorial da célula, surge sulco de divisão
    do citoplasma para a citocinese
60
Q

CITOCINESE

A

CITOCINESE
- Formação de um anel contrátil
- Separação do citoplasma por meio de contração
desse anel contrátil
- Cromossomos descondensados

61
Q

Helicase

A

Abre o DNA na forquilha de replicação

62
Q

Proteínas ligadoras de fita simples (SSP - single strain binding protein)

A

Recobrem o DNA ao redor da forquilha de replicação para evitar que o DNA se enrole

63
Q

Primase

A

Sintetiza primers (oligonucletídeos iniciadores) de RNA complementares à fita de DNA

64
Q

DNA polimerase III

A

Realiza uma cópia da fita molde a partir dos primers adicionando nucleotídeos na extremidade 3’, para fazer a maior parte do novo DNA. Necessita de uma extremidade 3’ (onde tem OH) para promover a ligação fosfodiéster (o primeiro OH é dado pela extremidade do primer)

65
Q

DNA polimerase I

A

Primers de RNA são removidos e substituídos com DNA

66
Q

DNA ligase

A

Fecha lacunas entre fragmentos de Okazaki do DNA

67
Q

Ordem de replicação

A

1 - Início da replicação: nas zonas de origem de replicação (zonas com mais adenosina e timina)

2 - Abertura pela helicase de 2 forquilhas de replicação: BIDIRECIONAL (uma contínua e outra descontínua)

3 - Proteínas SSP se grudam ao DNA e evitam que DNA volte a se unir em dupla-hélice

4 - Primase: adiciona um primer para providenciar para a DNA polimerase III uma extremidade 3’ com OH e promover as ligações fosfodiéster

68
Q

A detecção de um sítio apurínico é sinal para ocorrer que tipo de reparo?

A

Reparo por excisão de base

69
Q

Síndromes de microdeleção

A

Willians e Prader-Will