Omicas em microbiologia Flashcards
Objetivo: passar a FGM
A cascata de ómicas permite avaliar …
organismos
É mais vantajoso usar dados apenas de uma ómica?
Não! É mais vantajoso interligar dados de várias ómicas!
Como se chama à interligação e interação de várias ómicas?
Trans-omicas
Qual é o objetico das ómicas na biologia e que exemplos existem?
Caracterizar e quantificar moléculas e a sua função.
* Genómica
* Transcriptómica
* Proteómica
* Metabolómica
Um projeto de sequenciação total do genoma tem duas fazes principais:
- pré-experimental (escolha da estirpe, escolha dos métodos)
- experimental (obtenção do DNA, fragmentação DNA, montagem e anotação…)
As plataforma de sequenciação combinam várias gerações de sequenciação?
Sim
Quais são as características principais do genoma procarionte?
- pequeno
- denso (a maior parte é codificante)
- sequencias codificantes curtas
- maior parte tem 1 cromossoma circulas
- plasmídeos
O maior probelma no estudo de um genoma é a sua sequenciação?
Não!
É o “gene assembly” (intrepertação da sequenciação)
Quando não existe um genoma de … o gene assembly é mais … e tem de ser feito … …
- referência
- difícil
- de novo
O que são:
* Contig’s
* Scaffolds
* Gaps?
Contigs: sequencias contiguas; quando as extermidades dos fragmentos se sobrepõem formam uma única sequencia
Scaffolds: contigs na ordem correta mas ainda com gaps
Gaps: região do genoma onde ainda não existe uma sequencia disponível
A anotação do genoma implica:
adição de informação à cerca das sequencias adquiridas
potenciais sequancias codificantes; previsão da funcionalidade por sequencias homólogas; rRNAs; tRNAs; promotores; etc
O RAST é usado para:
anotar genomas de bactérias e archaea
A base de dados antiSMASH permite:
- Identificação rápida
- anotação
- análise de metabolitos secundários
Em sequencias bacterianas e fungicas
N genómica comparativa, o que são:
* Pangenomas
* Genoma Core
* Genoma acessorio
PPT 24
- Pangenomas: todos os genes que pertencem a um filotípo
- genoma core: genes presentes em todos os membros de um dado filotípo
- Genoma acessório: genes unicos a um organismo ou grupo de organismos
Na taxonomia de bactérias, que método se tem tornado standard?
A sequenciação do genoma
A transcriptómica envolve todos/alguns sets de …
Todos os sets de rRNAs
num determinado tempo em determinadas condições
O método atualmente mais usado em transcriptómica é:
RNA-Seq
As principais diferenças entre os microarrays e o RNA-Seq:
- microarray: temos de saber a priori as sequencias que estamos à procura e desenhar sondas
- RNA-Seq: não é necessário conhecer à priori as seqencias alvo
Existe uma relação direta entre a transcriptómica e a proteómica?
Não: podemos ter RNAs pouco expressos e uma grande expressão proteíca
Modificações pós traducionais influenciam isso
A Dual RNA-Seq é uma ferramenta poderosa para investigar…
relação hospedeiro-patogénico
A proteómica é mais complexa em eucariótas devido a …
modificações pós traducionais
Diferentes condições ambientais podem alterar o perfil metabólico dos MOs?
Sim, por exemplo, a temperatura.
O metaboloma reflete a atividade do … e interage com eles.
genoma, transcriptoma e proteoma
O metaboloma é sensível ao … e é mais/menos dinâmico que o proteoma.
tempo, mais
