Omicas em microbiologia

Question 1

A cascata de ómicas permite avaliar …

Answer 1

organismos

Question 2

É mais vantajoso usar dados apenas de uma ómica?

Answer 2

Não! É mais vantajoso interligar dados de várias ómicas!

Question 3

Como se chama à interligação e interação de várias ómicas?

Answer 3

Trans-omicas

Question 4

Qual é o objetico das ómicas na biologia e que exemplos existem?

Answer 4

Caracterizar e quantificar moléculas e a sua função.
* Genómica
* Transcriptómica
* Proteómica
* Metabolómica

Question 5

Um projeto de sequenciação total do genoma tem duas fazes principais:

Answer 5

• pré-experimental (escolha da estirpe, escolha dos métodos)
• experimental (obtenção do DNA, fragmentação DNA, montagem e anotação…)

Question 6

As plataforma de sequenciação combinam várias gerações de sequenciação?

Answer 6

Sim

Question 7

Quais são as características principais do genoma procarionte?

Answer 7

• pequeno
• denso (a maior parte é codificante)
• sequencias codificantes curtas
• maior parte tem 1 cromossoma circulas
• plasmídeos

Question 8

O maior probelma no estudo de um genoma é a sua sequenciação?

Answer 8

Não!
É o “gene assembly” (intrepertação da sequenciação)

Question 9

Quando não existe um genoma de … o gene assembly é mais … e tem de ser feito … …

Answer 9

• referência
• difícil
• de novo

Question 10

O que são:
* Contig’s
* Scaffolds
* Gaps?

Answer 10

Contigs: sequencias contiguas; quando as extermidades dos fragmentos se sobrepõem formam uma única sequencia
Scaffolds: contigs na ordem correta mas ainda com gaps
Gaps: região do genoma onde ainda não existe uma sequencia disponível

Question 11

A anotação do genoma implica:

Answer 11

adição de informação à cerca das sequencias adquiridas

potenciais sequancias codificantes; previsão da funcionalidade por sequencias homólogas; rRNAs; tRNAs; promotores; etc

Question 12

O RAST é usado para:

Answer 12

anotar genomas de bactérias e archaea

Question 13

A base de dados antiSMASH permite:

Answer 13

• Identificação rápida
• anotação
• análise de metabolitos secundários
  Em sequencias bacterianas e fungicas

Question 14

N genómica comparativa, o que são:
* Pangenomas
* Genoma Core
* Genoma acessorio

PPT 24

Answer 14

• Pangenomas: todos os genes que pertencem a um filotípo
• genoma core: genes presentes em todos os membros de um dado filotípo
• Genoma acessório: genes unicos a um organismo ou grupo de organismos

Question 15

Na taxonomia de bactérias, que método se tem tornado standard?

Answer 15

A sequenciação do genoma

Question 16

A transcriptómica envolve todos/alguns sets de …

Answer 16

Todos os sets de rRNAs

num determinado tempo em determinadas condições

Question 17

O método atualmente mais usado em transcriptómica é:

Answer 17

RNA-Seq

Question 18

As principais diferenças entre os microarrays e o RNA-Seq:

Answer 18

• microarray: temos de saber a priori as sequencias que estamos à procura e desenhar sondas
• RNA-Seq: não é necessário conhecer à priori as seqencias alvo

Question 19

Existe uma relação direta entre a transcriptómica e a proteómica?

Answer 19

Não: podemos ter RNAs pouco expressos e uma grande expressão proteíca

Modificações pós traducionais influenciam isso

Question 20

A Dual RNA-Seq é uma ferramenta poderosa para investigar…

Answer 20

relação hospedeiro-patogénico

Question 21

A proteómica é mais complexa em eucariótas devido a …

Answer 21

modificações pós traducionais

Question 22

Diferentes condições ambientais podem alterar o perfil metabólico dos MOs?

Answer 22

Sim, por exemplo, a temperatura.

Question 23

O metaboloma reflete a atividade do … e interage com eles.

Answer 23

genoma, transcriptoma e proteoma

Question 24

O metaboloma é sensível ao … e é mais/menos dinâmico que o proteoma.

Answer 24

tempo, mais

Question 25

Existem … abordagens para o estudo da metabólica:

Answer 25

• Dirigida: analisa exatamente determinados metabolitos
• Não dirigida: identifica o máximo de metabolitos produzidos

Question 26

A multi ómica é essencial para determinar metabolitos …

Answer 26

secundários

Question 27

Tecnologia das ómicas, quando aplicadas em … têm a designação de meta-ómicas

Answer 27

comunidades microbianas

Question 28

Qual o problema das metaomicas?

Answer 28

Não conseguir identificar a proteómica/metabólica/ etc, a um determinado MO

Question 29

As ómicas a single cells têm a vantagem:

Answer 29

se analisar apenas uma célula, omitindo probelmas de heterogenidade associados a uma suposta cultura pura

Question 30

As ómicas espaciais estão relacionadas com:

Answer 30

A identificação de moléculas nos tecidos/organelos dos organismos