NÜKLEİK ASİTLER Flashcards
DNA’ya dayanıklılık sağlayan madde?
Deoksiriboz şeker
Nükleotidden şekeri ayıran enzim?
Nükleozid Fosforilaz
Nükleotidden fosfatı ayıran enzim?
5’nükleotidaz
DNA ve RNA’ya asit özelliği veren madde?
Fosfat
Pürin nükleotitlerinde şeker ile baz arasındaki bağ?
N-Glikozid Bağı
(Pürin 9.pozisyondaki atom -N9- ile)
Primidin nükleotitlerinde şeker ile baz arasındaki bağ?
N-Glikozid Bağı
(Primidin 1.pozisyondaki atom -N1- ile)
Pürin Halkası?
(5 C ve 4 N)
Glutamin
Aspartat
N10-formil THF ve N5N10-metenil THF
CO2
Glisin
De nova pürin sentezinde hem C hem de N kaynağı?
Glisin
Pürin döngüsü ve TCA’yı birleştiren?
Anaplöretik Reak. nedir?
Fumarat
Pürin nükleotid döngüsünde oluşan fumarat egzersiz anında enerji üretmek için TCA’yı besler=Anaplöretik Reax.
IMP oluşumu reak. tipi? ve enzimi?
Dehidrasyon
IMP siklohidrolaz
IMP——-AMP oluşumu için gerekli maddeler?
Aspartat
GTP
IMP——–GMP oluşumu için gerekli maddeler?
Glutamin
ATP
NAD
Oluşan ilk pürin nükletoidi?
IMP=İnosinmonofosfat
Denova pürin sentezi nereden gelen hangi madde ile başlar?
HeksozMonoFosfat yolundan gelen;
Riboz-5-Fosfat ile başlar
Riboz-5-Fosfat————->PRPP
reak.nunda görevli enzim ve harcanan enerji?
Enzim:PRPP sentetaz
1 ATP /2 Fosfatbağı harcanır (ATP—AMP)
Riboz 5 Fosfattan IMP’ye gelene kadar harcanan enerji miktarı?
5 ATP
Bir molekül IMP sent. için kaç yüksek enerjili fosfat bağı maaliyeti vardır?
6
Pürin sentezi inhibitörleri?
Diazanorlösin
Azaserin
PABA
Metotreksat
Mikofenolik Asit (İMP dehidrog. inhbt.)
Merkaptopürin
Pürin sent.de yan yol=kurtarma yolu=salvaj’da görevli enzimler?
APRT (adenin fosforibozil transferaz)
HGPRT (hipoksantin-guanin fosforibozil transferaz)
Pürin/salvage=kurtarma yolu reak.ları?
Hipoksantin—–HGPRT—–>IMP
Guanin————HGPRT—–>GMP
Adenin————APRT——–>AMP
Kurtarma yolunda kullanılan aktif şeker?
PRPP
Pürin salvage yoldaki HGPRT enzim eks. ile karakterize sendrom? ve belirtileri?
Lesch-Nyhan Sendromu
Hiperürisemi
Zeka geriliği
Nörolojik belirtiler
Kendine zarar verme potansiyeli
Pürin salvage yoldaki APRT enzim eksikliğinde idrarda artan madde?
2.8-dihidrooksiadenin
böbrek taşları oluşur bu madde rutin analizde üratla karışabilir
Pürin katabolizması ortak ara ürünü?
Ksantin
Pürin katabolizması sonucu oluşan son ürün?
Ürik Asit
Ksantin;ksantin oksizdaz için önce bir ürün sonra da bir substrattır. Reak.lar?
Hipoksantin—->Ksantin—->Ürik Asit
Hipoksantşn—>ksantin reak.da H2O2 açığa çıkar.
bütün bu reak.ları ksantin oksidaz gerçekleştirir
Ksantin oksidaz yapısı?
Kofaktörü?
Flavoprotein yapılı bir enzim
Molibden
Fe-S içerenler?
K1 (sistein)
K2 (sistein)
K3 (sistein)
Ksantin oksidaz (sistein+histidin) =rieske
Akonitaz (sistein)
H2O2= Hidrojen Peroksit açığa çıkaran enzimler?
SOD=Süperoksit Dismutaz
Ksantin Oksidaz
Protoporfirojen Oksidaz
Primer renal GUT’TA problem?
Ürik asit atılımı azalmıştır
Primer metabolik GUT’ta problem?
Ürik asit üretimi artmıştır
Primer metabolik GUT mekanizması?Kalıtım şekli?
X’e bağlı kalıtılır
PRPP sentetaz enzimi mutasyona bağlı hiperaktiftir , aşırı kontrolsüz çalışır ve hiperürisemi=GUT görülür.
Von Gierke’de görülen enzim eksikliği? Klinik?
Glukoz-6-fosfataz eksikliği
Hiperürisemi görülür
Hiperürisemi nedenleri?
1.PRPP artışı
(Lesch nyhan send. ve PRPP Sentaz hiperaktivitesi)
2.Von Gierki Hastalığı
3.Fruktoz alımının artması
Hiperürisemi ve GUT tedavisinde kullanılan ilaçlar?
Rasbürikaz
Allopurinol
Kolşisin
Sülfinpirazon ve Probenesid
İnsanda tdv amaçlı kullanılarak ürik asidi suda çözünür hale getiren rekombinant ürat oksidaz enzimi?
Rasbürikaz
Tümör lizis send. tedavisinde de kullanılır
Ürik asit ölçümünde kullanılan asit?
Fosfotungustik asit
Ürik asit atılımını arttıran ilaçlar?
Sülfinpirazon
Probenesid
Aynı zamanda tofüs oluşumunu engeller
Ürik asit oluşumunu azaltan hipoksantin analogu ilaç?
Allopurinol
İskemi-reperfüzyon hasarında hasara neden olan enzim?
Ksantin oksidaz
(H2O2 ve süperoksit üretir)
ADA (adenozin deaminaz) ve
PNP (pürin nükleozit fosforilaz)
eksikliği mekanizması?
ADA: dATP artar
PNP: dGTP artar
bu artan maddeler RİBONÜKLEOTİT REDÜKTAZI inhibe eder.
DNA sentezi ve hüc. bölünmesi engellenir
ADA (adenozin deaminaz) enzimini inhb. ederek etki gösteren kemoterapötik ajan?
Pentostatin
Ksantin oksidaz eks.de neler görülür?
Hipoksantin—>ksantin—>ürik asit
Ksantin artar (yan yoldan geldiği için)
Hipoksantin artar
Ürik asit azalır
İdrarla ksantin (ksantin taşı oluşur) ve hipoksantin atılır
hipoürisemi görülür.
Primidin halkasını oluşturan C ve N kaynakları? (4 C ve 2 N)
Glutamin
Aspartat
CO2
Su kullanarak fosfatları yapıdan ayıran, nükleotidi nükleozit haline çeviren enzim?
Nükleotidaz
Nükleozit (şeker+baz) yapısından şekeri ayıran enzim?
PNP= Pürin nükleotid fosforilaz
ADA enziminin gerçekleştirdiği reak? ve eksikliğinde görülen klinik?
Adenozin—->İnozin
Eks.de B ve T lenfosit kombine bozuklukları ve immun yetmezlik görülür.
PNP enziminin yapıdan uzaklaştırdığı madde? ve eksikliğinde görülen klinik?
Şeker=riboz-1-fosfat
Nörolojik sempt.lar +
immun yetm. (T) + hemolitik anemi
Kofaktörü molibden olan enzimler? ve Molibden eks.de görülen klinik?
Ksantin Oksidaz
Sülfid Oksidaz (bilat. lens dislokasyonu)
Molibden eksde. HİPOÜRİSEMİ görülür.
Ksantin oksidaz inhbt.leri?
Allopurinol
Febuxostat
Primidin sentezinde hem C hem N kaynağı bileşik?
Aspartat
Primidin sentezi nasıl başlar?
2 ATP+Glutamin+2CO2—>Karbomoil Fosfat
Primidin sent.de hız kısıtlayıcı enzim?
Karbomoil Fosfat Sentetaz-2
Pürin sent. nerede gerçekleşir?
Sitoplazmada
Primidin sent. nerede gerçekleşir?
Sitoplazmada (1basamak hariç, o basamak mitokondride)
Mitokondride gerçekleşen primidin sentez basamağı?
Dihidrooratat————> Orotik asit
Mitokondriyal enzim:
DİHİDRO ORATAT DEHİDROGENAZ
Karbamoil Fosfat Sentetaz 1 nerede ve hangi metabolik yolda bulunur? Azot kaynağı nedir?
Mitokondri
Üre döngüsü
Amonyak
Karbamoil Fosfat Sentetaz 2 nerede ve hangi metabolik yolda bulunur?
Sitoplazma
Primidin sentezi
Karbamoil Fosfat-2’nin inhibit. ve aktivatörleri?
İnhbt: UTP
Aktvt: ATP ve PRPP
Primidin sentezindeki mitokondrial enzim ve inhibitörü?
Dihidrooratat dehidrogenaz
Leflunomid
CAD gen ürünleri?
Carbamoil Fosfat Sentetaz-2
Aspartat Transkarbomoilaz
Dihidroorotataz
Carbamoil Fosfat Sentetaz-2 ve
Aspartat Transkarbomoilaz ‘ın inhibtörleri?
KPS-2 inhb: UTP
ATK inhb: CTP
Primidin sentezinde yapılan ilk primidin türevi?
Orotik Asit
Primidin sentezinde yapılan ilk primidin nükleotidi?
OMP
Tip 1 Orotik asidüride görülen enzim eksiklikleri?
Orotat fosforibozil transferaz
OMP dekarboksilaz=orotidilat dekarboksilaz
Tip 2 Orotik asidüride görülen enzim eksiklikleri?
OMP dekarboksilaz = orotidilat dekarboksilaz
Primidin nükleotidleri yıkım ürünleri?
Beta-Alanin
Beta-Aminoizobütirat
Karbondioksit
Amonyak
Süksinil-KoA
Asetil-KoA
Urasil/sitozin yıkımında son ürün?
B-alanin
Timin yıkımında son ürün?
B-Aminoizobütirat
pH ve ısı değişikliklerine karşı dayanıklı olan DNA bağı?
Fosfodiesteraz
DNA heliks yapısının yarısını açıldığı ısı?
DNA’nın erime derecesi
DNA denatürasyonu; DNA çözeltisinin kaç nm’deki absorbansı ölçülerek izlenir?
260 nm
Mitokondriyal DNA sentezinden sorumlu olan enzim?
DNA polimeraz gama
Mitokondriyal DNA tarafından kodlanmayıp tamamen nükleer DNA tarafından kodlanan ETZ birimi?
Kompleks 2
DNA sentezinde yeni sentezlenen sarmallar kalıp sarmala uygun olarak sentezlenir. Böylece yeni oluşan çift sarmallarda bir yeni bir de eski zincir bulunur. Bu olaya ne denir?
Semikonservatif replikasyon
DNA Replik başlangıç bölgesi hangi bazdan zengindir?
Adenin ve Timin
Replikasyon başlangıç bölgesi ne ile işaretlenir?
dna A
dna A ile işaretlenen DNA bölgesindeki H bağları ne ile kesilir?
Helikaz (dna B)
Açılan çift sarmal yapının kapanmamasını açık kalmasını sağlayan prot?
Çift sarmal yapının tekrar oluşmasını önleyen prot?
Tek sarmallı DNA bağlayan prot.ler (SSBPs/TSB)
DNA sentezinde okuma yönü?
3’ 5’
DNA sentezinde sentez yönü?
5’3’
DNA Polimeraz 3 nereye bağlanır?
3’ uca bağlanır
Lider zincir?
Kesiksiz zincir
Tek bir primeri vardır
Kesikli zincir?
Birçok primer vardır
Okazaki fragmanları bulunur (okazaki fragmanı başına birer primer vardır)
Ökaryotlarda primer zincir sentezi?
DNA Polimeraz Alfa (DNA Primazın alt sınıfı)
Prokaryotlarda kısa RNA parçaları sentezleyen özgün RNA polimeraz?
DNA primaz=DNA G
DNA replikasyonu sırasında DNA çift sarmalının açılması ve primerlerin yerleşmesini sağlayan protein kompleksi?
Primozom
Primozomun yapısı?
DNA helikaz + DNA primaz
DNA replikasyonunda bir nükleotit eklemek için kaç yüksek enerjili fosfat bağı hidrolize olur?
2
dATP—————>dAMP (zincirde bulunan)
DNA replikasyonunun doğruluğunu sağlayan enzim? (Lipincott)
DNA polimeraz 3
DNA replikasyonun esnasındaki kontrolü sağlayan enzim? (Harpers)
DNA polimeraz2
DNA polimeraz 3 ve 1’in yaptıkları zinciri FOSFODİESTER bağı ile birleştiren enzim?
DNA Ligaz
DNA’nın üç boyutlu yapısını sağlayan enzim?
DNA Topoizomeraz
Tip 1 Topoizomeraz inhbt.leri?
Topotekan
İrinotekan
Tip 2 Topoizomeraz inhibt.leri?
Etoposit
Teniposit
DNA zincirinin uzamasından esas sorumlu enzim?
Lider (kesintisiz) zincir uzamasını sağlayan enzim?
Okazaki fragmanlarının uzamasını sağlayan enzim?
DNA Polimeraz III
DNA polimeraz epsilon
DNA polimeraz delt
RNA primeri hangi enzimle uzaklaştırılarak yerine aynı enzimle uygun nükleotidler yerleştirilir?
DNA Polimeraz I
DNA Polimeraz III’ün fonksiyonları?
5’3’ polimeraz (DNA parçası koydu)
3’5’ ekzonükleaz (hatalı DNA parçası çıkardı)
DNA Polimeraz 1’in
DNA’nın nükleusta paketlenmesi ve uygun şekilde katlanmasını sağlayan proteinler?
Histon proteinleri
Histon proteinlerinin özellikleri?
Çok miktarda lizin ve arjinin içerir
Pozitif yüklü
Bazik
(+) yüklü / bazik histon proteinler DNA ile nasıl bağ kurar?
Negatif yüklü fosfat grubu ile İYONİK bağ kurar
Histon+kromatin ne oluşturur ve kromozoma nasıl dönüşür?
Nükleozom>nükleoflaman>kromozom
Nükleozom merkezinde bulunmayan ve DNA’dan en kolay ayrılan histon proteini?
H1
Histon proteinlerinin yapısında hangi aa sayesinde asetil grubu eklenir?
Lizin
Histon proteinlerine asetil grubu ekleyen ve asetil grubunu ayıran enzim?
Histon Asetiltransferaz (asetil ekler)
Histon Deasetilaz (asetil koparır)
Histon deasetilaz inhibitörleri?
Vorinostat
Valproik Asit
DNA metilasyonu ne üzerinden olur? Ve katalizleyen enzim?
CpG bölgesindeki sitozin kalıntıları ile
Metil transferaz
DNA metiltransferaz inhibisyonu?
5-azadeoksisitidin
Desitabin
Histon metilasyonu etkileri?
DNA’yı susturur
(gen ekspresyonunu azaltır)
Kor (53,H4) Histon proteinlerinin asetilasyonunun etkileri?
Geni aktive eder
(gen ekspresyonunu arttırır)
Histonların ADP-ribozilasyonun etkileri?
DNA tamiri
Çekirdek histon proteinlerinin asetilasyonunun etkileri?
Replikasyon sırasında kromozom oluşması
DNA Onarım mekanizmaları?
1.Direkt onarım ya da hasarın geri döndürülmesi
2.Eksizyon (kesip-çıkarma) onarımı
3.DNA çift zincir kırıklarının onarımı
4.SOS onarımı
Acil cevap sistemi olduğu için hataya meyilli DNA onarım mekanizması olarak bilinen mekanizma?
SOS Onarım
DNA’nın yapısında en fazla bulunan prot?
Histon proteinleri
Kromozom 3’ucunda bulunan telomerde en çok bulunan bazlar? ve tekrar dizesi?
T ve G’den zengin
TTAGGG
Yapısında protein ile birlikte RNA molekülü de bulunan enzim?
Telomeraz (ribonükleoprotein)
DNA Tamir mekanizmalarının etkisiz kaldığı durum?
Kromozom translokasyonu
Missmatch nükleotidlerin tamirinde görevli enzim?
DAM metilaz
İnsanda missmatch tamir sisteminde bozukluk sonucu ortaya çıkan sendrom?
Lynch sendromu
RNA bağımlı DNA polimeraz aktivitesi olan ve insanda bilinen tek revers transkriptaz?
Telomeraz
DNA Baz eksizyon tamirinde hasarlı bazı çıkaran enzim? ve uygun nükleotidi ekleyen enzim?
DNA glikozilaz (hasarlı bazı çıkarır)
DNA polimeraz 1 (uygun nükleotid ekler)
DNA direkt onarım mekanızmasında onarımda kullanılan maddeler?
Fotoliyaz ile onarım
O-6-metilguanin’in onarımı
(O-6-metilguanin alkilleyici ajanlar varlığında oluşur, çok mutajeniktir. DNA metil transferaz enzimi ile tamir edilir)
UV ışınları etkisi ile oluşan siklobütan pirimidin dimerlerinin tamirinde görev alan DNA onarım mekanizması?
Nükleotit eksizyon tamiri
Sigara dumanı etkisi ile oluşan benzopiren-guanin gibi hasarların tamirinde görev alan DNA onarım mekanizması?
Nükleotit eksizyon tamiri
Nükleotit eksizyon tamirinde kullanılan enzimler?
1.UV’ye özgün ABC ekzinükleaz (nükleotidi çıkarır)
2.DNA polimeraz 1
(uygun nükleotidi takar)
3.DNA helikaz
4.DNA ligaz