nucléotides Flashcards
Quelles sont les extrémités 5’ et 3’ de chaque brin de l’ADN?
L’extrémité 5’ est le O de l’acide phosphorique et l’extrémité 3’ est le O à gauche du sucre
Quelle est la différence entre la structure du ribose et la structure du désoxyribose?
Ribose (ARN): deux OH
Désoxyribose (ADN): 1 OH
Un nucléoside contient…
Une base azotée et un sucre
Un nucléotide contient…
Une base azotée, un sucre et un acide phosphorique
Le désoxyribose de l’ADN est un…
sucre
La chaîne principale d’ARN est faite de…
Un sucre et un acide phosphorique
Comment génère-t-on de l’ADN/ARN?
En polymérisant des nucléotides
Combien y-a-til de bases azotées différentes pour l’ADN?
quatre: adénine, cytosine, guanine, thymine
En quoi les nucléotides diffèrent-ils?
Par leur base azotée
En quoi diffèrent les purines et les pyrimidines?
Purine: deux cycles
Pyrimidine: un cycle
Quelles sont les purines?
Adénine (A)
Guanine (G)
Quelles sont les pyrimidines?
Cytosine (C)
Thymine (T)
Uracile (U) pour ARN
V/F: l’ADN est une hélice de pas droit
Vrai (sens des doigts de la main droite)
Que veut-on dire par la complémentarité des deux brins de l’ADN?
Pour chaque A sur un brin, il y a un T en face
Pour chaque T sur un brin, il y a un A en face
Pour chaque C sur un brin, il y a un G en face
Pour chaque G sur un brin, il y a un C en face
Qu’est-ce que la complémentarité des deux brins de l’ADN explique?
La régularité de la structure
Comment devraient se comparer les proportions des nucléotides A, C, G, T dans l’ADN d’un organisme?
Autant de A que de T
Autant de C que de G
V/F: les deux hélices d’ADN sont parallèles
Faux, elles sont antiparallèles
Dans quelle direction se fait la polymérisation d’un brin d’ADN?
5’ vers 3’
Que vont-on dire, moléculairement parlant, que la polymérisation d’un brin d’ADN se fait de l’extrémité 5’ vers l’extrémité 3’?
Le phosphate alpha sur le carbone 5’ du nucléotide se colle au -OH sur le carbone 3’ du nucléotide précédent
Quel lien se forme pendant la polymérisation d’un brin d’ADN?
Lien phosphodiester
Qu’est-ce qu’une paire de base?
ex:
5’ AAAGCT … 3’
3’ TTTCGA … 5’
5’ A
3’ T
sont une paire de bases
Quelle est la masse de l’ADN en moyenne par paire de base?
660 g/mol
Comment mesure-t-on l’ADN?
En longueur
Quelles sont les unités pour mesurer l’ADN?
pb: paire de bases
kb: millier de paires de bases
V/F: l’ADN absorbe les rayons UV
Vrai
Que permet l’absorbance des rayons UV de l’ADN?
Évaluer la concentration d’ADN dans une solution
Lequel absorbe plus les rayons UV: Un brin simple d’ADN ou un brin double d’ADN?
Simple-bin d’ADN absorbe plus
Une densité optique (d.o.) égale à 1, dans une cuvette de quartz de 1cm à une longueur d’onde de 260nm correspond à quelle concentration d’ADN double-brin?
50 ng/uL
Si une solution d’ADN dans une telle cuvette donne une d.o. de 1,5, on saura que la solution d’ADN a une concentration de 75ng/uL
Quelle est la seule chose qui tient les deux brins d’ADN ensemble?
Les ponts H entre les bases azotées
Comment peut-on dénaturer l’ADN?
On peut séparer les deux brins en brisant les ponts H par chauffage
Quelle paire de base contient deux ponts H?
A et T (ou U)
quelle paire de base contient trois ponts H?
G et C
Quelle paire de base est la plus forte?
G et C (3 ponts H)
Quelle paire de base est la plus faible?
A et T (ou U) (deux ponts H seulement)
Considérant le mécanisme de synthèse des pyrimidines, quel argument permet d’appuyer la théorie selon laquelle l’ARN serait apparu avant l’ADN?
L’UMP est à la base de la synthèse de toutes les pyrimidines, incluant le dTTP
Comment peut-on renaturer de l’ADN?
En abaissant la température
comment les bases cherchent-elles à s’apparier lors de renaturation?
Selon leur préférence (A+T et C+G)
Qu’est-ce que l’annélisation?
ADN rejoint son partenaire lors de renaturation
Qu’est-ce que l’hybridation?
ADN rejoint un autre brin de séquence convenable lors de renaturation
Qu’est-ce que la Tm (température de fusion)?
Température à laquelle 50% d’un bout d’ADN est séparé (50% des molécules d’ADN présentes sont dénaturées)
Quels sont les facteurs qui font augmenter la Tm?
- Plus ADN est long
- Plus ADN est riche en GC
À 100 degrés, tout l’ADN est quoi?
Simple-brin
En quoi l’acide folique est essentiel?
Pour la synthèse du dTMP à partir du dUMP
Comment calcul-t-on la Tm pour les courtes séquences d’ADN?
Tm = (nbr GouC x 4) + (nbr AouT x 2)
L’ADN a environ combien de paire de base par tour?
10 pb
Qu’arrive-t-il si une base azotée de l’ARN est coupée de son ribose?
Rien, il manque juste une base azotée à une position
qu’est-ce que le 5-flurouracile?
Le 5-flurouracile est un inhibiteur de l’enzyme thymidine synthetase, qui permet la conversion du dUMP en dTMP, lequel sera converti en dTTP
Quel est le mécanisme par lequel le 5-flurouracile peut agir comme drogue anti-cancéreuse?
Si l’enzyme thymidine sytnthétase ne peut plus permettre la formation de dTMP, il y aura vite une carence en dTTP et la synthèse de l’ADN ne sera plus possible. Cela empêche les cellules de se diviser.
Les cellules cancéreuses ne sont pas les seules affectés et les cellules normales ne pourront pas non plus proliférer
Quel effet secondaire s’attend-on à rencontrer avec le 5-flurouracile?
Les cellules cancéreuses ne sont pas les seules affectés et les cellules normales ne pourront pas non plus proliférer; problèmes là où nous avons besoin d’un haut taux de remplacement cellulaire = diarrhées ou anémie
Qu’est-ce qu’une position dégénérée/ambigue dans une brin d’ADN?
Certaines positions peuvent correspondre à plus d’une base
Que veut dire R?
A ou G (purine)
Que veut dire Y?
C ou T (pyrimidine)
Que veut dire M?
A ou C (MAC)
Que veut dire W?
A ou T (weak)
Que veut dire S?
C ou G (strong)
Que veut dire K?
G ou T (KGT)
Que veut dire B?
CGT
Que veut dire D?
AGT
Que veut dire H?
ACT
Que veut dire V?
ACG
Que veut dire N?
ACGT (n’importe quoi)
La réplication de l’ADN doit s’appuyer sur quel bout?
Sur l’extrémité 3’
Dans quelles direction procède la réplication de l’ADN?
5’ vers 3’
Que fait l’ADN polymérase?
Synthétise un brin d’ADN en lisant des nucléotides en direction 5’ vers 3’ en utilisant un brin complémentaire comme modèle (matrice)
Que veut-on dire par le fait que la réplication soit semi-conservatrice?
Puisque chaque nouveau brin a besoin d’un vieux brin comme modèle, chaque nouvelle molécule d’aADN double-brin contient un vieux brin et un brin neuf
Qu’est-ce que l’ARNm?
Message codé pour la structure primaire des proétines
Qu’est-ce que l’ARNt?
Transporteur d’a.a. vers le ribosome, où les polypeptides sont synthétisés
Qu’est-ce que l’ARNribosomique?
Infrastructure du ribosome, en coopération avec plus de 80 proétines
Qu’est-ce qu’un anticodon?
Séquence de trois nucléotides dans l’ARNt qui lui permet de reconnaître le codon correspondant de l’ARNm et de s’y fixer (antiparallèlement)
Quels sont les trois codons stop?
TAA (ochre)
TAG (amber)
TGA (opal)
Quels sont les trois sites du ribosome?
A
P
E
Comment la puromycine agit comme un antibiotique (et comme poison)?
Elle inhibe la traduction de l’ARNm en s’installant sans le site A
Elle ressemble beaucoup à un ARNt
Vu qu’elle n’a pas d’a.a. accroché à elle, cela arrête la synthèse
Quelles sont les trois formes possibles d’hélices naturelles de l’ADN?
Forme A
Forme Z
Forme B
Quelle est la structure normale de l’ADN?
Forme B (10 pb (nucléotides) par tour)
Quelles sont les deux conformations possibles de nucléosides?
Syn et Anti
Où se forme le lien entre la base azotée et le sucre dans une purine?
Entre le carbone 1 du sucre et l’azote 9 de la base
Où se forme le lien entre la base azotée et le sucre dans une pyrimidine?
Entre le carbone 1 du sucre et l’azote 1 de la base
Où se forme le lien entre le sucre et l’acide phosphorique?
Sur le carbone 5’ du sucre
Qu’est-ce que l’ATP?
La molécule la plus utilisée pour le transfert d’énergie
L’ATP est un assemblage de quoi?
D’acides nucléiques
Qu’est-ce qui permet le stockage/libération d’énergie?
La formation/bris de liens
Qu’est-ce que des acides nucléiques?
Polymères de nucléotides (chaîne où alternent un acide phosphorique et un sucre)
Qu’est-ce qui fournit le code génétique?
L’ordre des bases azotées dans un acide nucléique
Il y a-t-il des liens covalence entre les deux brins d’ADN?
Non
Quelles sont les bases azotées possibles dans un ARN?
Adénine
Cytosine
Guanine
Uracile
Quelles sont les bases azotées possibles dans un ADN?
Adénine
Cytosine
Guanine
Thymine
Quelles sont les étapes de la polymérisation des nucléotides?
- L’ARN polymérase vient positionner le nucléotide à proximité de l’ADN
- On clive les deux phosphates, ce qui fournit de l’énergie
- Il y a réaction de condensation, ce qui forme une molécule d’eau
- Création du lien covalent entre le bout 3’ de l’ADN sur le bout 5’ du nucléotide (nouveau lien phosphodiester)
- Nouveau bout 3’ (sur le nucléotide qui vient d’être ajouté)
Que font les dérivés de la purine? (ex: caféine)
Inhibent la phosphodiesterase (enzyme qui coupe le signal), ce qui crée une réaction constante des cellules (accumulation, le signal n’arrête pas)
Que fait la metrotrexate?
Inhibe la DHFR, ce qui cause une accumulation de 7,8 - dihydrofolate
Qu’est-ce qu’une endonucléase?
Enzyme qui coupe l’ADN
Comment fonctionne l’endonucléase?
Elle reconnait et coupe la séquence d’ADN, soit dans la séquence de reconnaissance ou en dehors de celle-ci
La coupure de l’endonucléase est-elle symétrique ou asymétrique?
Toujours symétrique
Quels sont les bouts que l’endonucléase laisse?
Un bout 3’ -OH
Un bout 5’ -PO4
Quelles sont les catégories de bouts que l’endonucléase peut laisser?
- Bouts francs
- Bouts 3’ proéminents
- Bouts 5’ proéminents
Qu’est-ce qu’une ligase?
Enzyme qui recolle l’ADN coupé
Comment fonctionne la ligase?
Elle prend un bout 5’-PO4 et le lie au bout 3’-OH
Comment doivent être les bases azotées dans les séquences qui dépassent pour que la ligase puisse les recoller?
Les basez azotées doivent être complémentaires
V/F: la ligase peut effectuer son travail autant sur un brin que sur deux brins
Vrai
Quel est le principe général de la synthèse chimique de l’ADN?
- N’utilise pas d’enzyme
- Se fait de 3’ vers 5’
- Ne fait qu’un brin
- Le bout 5’ n’est pas phosphorylé
Comment l’ADN polymérase peut remplir deux brins entièrement?
- Chaque bout 3’ peut être allongé en autant qu’un brin modèle lui indique quels nucléotides doivent être ajoutés
- Les bouts 5’ ne peuvent pas être allongés
