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biochimie > nucléotides > Flashcards

nucléotides Flashcards

1
Q

Quelles sont les extrémités 5’ et 3’ de chaque brin de l’ADN?

A

L’extrémité 5’ est le O de l’acide phosphorique et l’extrémité 3’ est le O à gauche du sucre

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Q

Quelle est la différence entre la structure du ribose et la structure du désoxyribose?

A

Ribose (ARN): deux OH
Désoxyribose (ADN): 1 OH

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3
Q

Un nucléoside contient…

A

Une base azotée et un sucre

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4
Q

Un nucléotide contient…

A

Une base azotée, un sucre et un acide phosphorique

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5
Q

Le désoxyribose de l’ADN est un…

A

sucre

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6
Q

La chaîne principale d’ARN est faite de…

A

Un sucre et un acide phosphorique

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7
Q

Comment génère-t-on de l’ADN/ARN?

A

En polymérisant des nucléotides

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8
Q

Combien y-a-til de bases azotées différentes pour l’ADN?

A

quatre: adénine, cytosine, guanine, thymine

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9
Q

En quoi les nucléotides diffèrent-ils?

A

Par leur base azotée

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10
Q

En quoi diffèrent les purines et les pyrimidines?

A

Purine: deux cycles
Pyrimidine: un cycle

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11
Q

Quelles sont les purines?

A

Adénine (A)
Guanine (G)

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12
Q

Quelles sont les pyrimidines?

A

Cytosine (C)
Thymine (T)
Uracile (U) pour ARN

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13
Q

V/F: l’ADN est une hélice de pas droit

A

Vrai (sens des doigts de la main droite)

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14
Q

Que veut-on dire par la complémentarité des deux brins de l’ADN?

A

Pour chaque A sur un brin, il y a un T en face
Pour chaque T sur un brin, il y a un A en face
Pour chaque C sur un brin, il y a un G en face
Pour chaque G sur un brin, il y a un C en face

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15
Q

Qu’est-ce que la complémentarité des deux brins de l’ADN explique?

A

La régularité de la structure

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16
Q

Comment devraient se comparer les proportions des nucléotides A, C, G, T dans l’ADN d’un organisme?

A

Autant de A que de T
Autant de C que de G

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17
Q

V/F: les deux hélices d’ADN sont parallèles

A

Faux, elles sont antiparallèles

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18
Q

Dans quelle direction se fait la polymérisation d’un brin d’ADN?

A

5’ vers 3’

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19
Q

Que vont-on dire, moléculairement parlant, que la polymérisation d’un brin d’ADN se fait de l’extrémité 5’ vers l’extrémité 3’?

A

Le phosphate alpha sur le carbone 5’ du nucléotide se colle au -OH sur le carbone 3’ du nucléotide précédent

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20
Q

Quel lien se forme pendant la polymérisation d’un brin d’ADN?

A

Lien phosphodiester

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21
Q

Qu’est-ce qu’une paire de base?

A

ex:
5’ AAAGCT … 3’
3’ TTTCGA … 5’

5’ A
3’ T
sont une paire de bases

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22
Q

Quelle est la masse de l’ADN en moyenne par paire de base?

A

660 g/mol

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23
Q

Comment mesure-t-on l’ADN?

A

En longueur

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24
Q

Quelles sont les unités pour mesurer l’ADN?

A

pb: paire de bases
kb: millier de paires de bases

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25
Q

V/F: l’ADN absorbe les rayons UV

A

Vrai

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26
Q

Que permet l’absorbance des rayons UV de l’ADN?

A

Évaluer la concentration d’ADN dans une solution

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27
Q

Lequel absorbe plus les rayons UV: Un brin simple d’ADN ou un brin double d’ADN?

A

Simple-bin d’ADN absorbe plus

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28
Q

Une densité optique (d.o.) égale à 1, dans une cuvette de quartz de 1cm à une longueur d’onde de 260nm correspond à quelle concentration d’ADN double-brin?

A

50 ng/uL

Si une solution d’ADN dans une telle cuvette donne une d.o. de 1,5, on saura que la solution d’ADN a une concentration de 75ng/uL

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29
Q

Quelle est la seule chose qui tient les deux brins d’ADN ensemble?

A

Les ponts H entre les bases azotées

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30
Q

Comment peut-on dénaturer l’ADN?

A

On peut séparer les deux brins en brisant les ponts H par chauffage

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31
Q

Quelle paire de base contient deux ponts H?

A

A et T (ou U)

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32
Q

quelle paire de base contient trois ponts H?

A

G et C

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33
Q

Quelle paire de base est la plus forte?

A

G et C (3 ponts H)

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34
Q

Quelle paire de base est la plus faible?

A

A et T (ou U) (deux ponts H seulement)

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35
Q

Considérant le mécanisme de synthèse des pyrimidines, quel argument permet d’appuyer la théorie selon laquelle l’ARN serait apparu avant l’ADN?

A

L’UMP est à la base de la synthèse de toutes les pyrimidines, incluant le dTTP

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36
Q

Comment peut-on renaturer de l’ADN?

A

En abaissant la température

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37
Q

comment les bases cherchent-elles à s’apparier lors de renaturation?

A

Selon leur préférence (A+T et C+G)

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38
Q

Qu’est-ce que l’annélisation?

A

ADN rejoint son partenaire lors de renaturation

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39
Q

Qu’est-ce que l’hybridation?

A

ADN rejoint un autre brin de séquence convenable lors de renaturation

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40
Q

Qu’est-ce que la Tm (température de fusion)?

A

Température à laquelle 50% d’un bout d’ADN est séparé (50% des molécules d’ADN présentes sont dénaturées)

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41
Q

Quels sont les facteurs qui font augmenter la Tm?

A
  1. Plus ADN est long
  2. Plus ADN est riche en GC
42
Q

À 100 degrés, tout l’ADN est quoi?

A

Simple-brin

43
Q

En quoi l’acide folique est essentiel?

A

Pour la synthèse du dTMP à partir du dUMP

44
Q

Comment calcul-t-on la Tm pour les courtes séquences d’ADN?

A

Tm = (nbr GouC x 4) + (nbr AouT x 2)

45
Q

L’ADN a environ combien de paire de base par tour?

A

10 pb

46
Q

Qu’arrive-t-il si une base azotée de l’ARN est coupée de son ribose?

A

Rien, il manque juste une base azotée à une position

47
Q

qu’est-ce que le 5-flurouracile?

A

Le 5-flurouracile est un inhibiteur de l’enzyme thymidine synthetase, qui permet la conversion du dUMP en dTMP, lequel sera converti en dTTP

48
Q

Quel est le mécanisme par lequel le 5-flurouracile peut agir comme drogue anti-cancéreuse?

A

Si l’enzyme thymidine sytnthétase ne peut plus permettre la formation de dTMP, il y aura vite une carence en dTTP et la synthèse de l’ADN ne sera plus possible. Cela empêche les cellules de se diviser.
Les cellules cancéreuses ne sont pas les seules affectés et les cellules normales ne pourront pas non plus proliférer

49
Q

Quel effet secondaire s’attend-on à rencontrer avec le 5-flurouracile?

A

Les cellules cancéreuses ne sont pas les seules affectés et les cellules normales ne pourront pas non plus proliférer; problèmes là où nous avons besoin d’un haut taux de remplacement cellulaire = diarrhées ou anémie

50
Q

Qu’est-ce qu’une position dégénérée/ambigue dans une brin d’ADN?

A

Certaines positions peuvent correspondre à plus d’une base

51
Q

Que veut dire R?

A

A ou G (purine)

52
Q

Que veut dire Y?

A

C ou T (pyrimidine)

53
Q

Que veut dire M?

A

A ou C (MAC)

54
Q

Que veut dire W?

A

A ou T (weak)

55
Q

Que veut dire S?

A

C ou G (strong)

56
Q

Que veut dire K?

A

G ou T (KGT)

57
Q

Que veut dire B?

A

CGT

58
Q

Que veut dire D?

A

AGT

59
Q

Que veut dire H?

A

ACT

60
Q

Que veut dire V?

A

ACG

61
Q

Que veut dire N?

A

ACGT (n’importe quoi)

62
Q

La réplication de l’ADN doit s’appuyer sur quel bout?

A

Sur l’extrémité 3’

63
Q

Dans quelles direction procède la réplication de l’ADN?

A

5’ vers 3’

64
Q

Que fait l’ADN polymérase?

A

Synthétise un brin d’ADN en lisant des nucléotides en direction 5’ vers 3’ en utilisant un brin complémentaire comme modèle (matrice)

65
Q

Que veut-on dire par le fait que la réplication soit semi-conservatrice?

A

Puisque chaque nouveau brin a besoin d’un vieux brin comme modèle, chaque nouvelle molécule d’aADN double-brin contient un vieux brin et un brin neuf

66
Q

Qu’est-ce que l’ARNm?

A

Message codé pour la structure primaire des proétines

67
Q

Qu’est-ce que l’ARNt?

A

Transporteur d’a.a. vers le ribosome, où les polypeptides sont synthétisés

68
Q

Qu’est-ce que l’ARNribosomique?

A

Infrastructure du ribosome, en coopération avec plus de 80 proétines

69
Q

Qu’est-ce qu’un anticodon?

A

Séquence de trois nucléotides dans l’ARNt qui lui permet de reconnaître le codon correspondant de l’ARNm et de s’y fixer (antiparallèlement)

70
Q

Quels sont les trois codons stop?

A

TAA (ochre)
TAG (amber)
TGA (opal)

71
Q

Quels sont les trois sites du ribosome?

A

A
P
E

72
Q

Comment la puromycine agit comme un antibiotique (et comme poison)?

A

Elle inhibe la traduction de l’ARNm en s’installant sans le site A
Elle ressemble beaucoup à un ARNt
Vu qu’elle n’a pas d’a.a. accroché à elle, cela arrête la synthèse

73
Q

Quelles sont les trois formes possibles d’hélices naturelles de l’ADN?

A

Forme A
Forme Z
Forme B

74
Q

Quelle est la structure normale de l’ADN?

A

Forme B (10 pb (nucléotides) par tour)

75
Q

Quelles sont les deux conformations possibles de nucléosides?

A

Syn et Anti

76
Q

Où se forme le lien entre la base azotée et le sucre dans une purine?

A

Entre le carbone 1 du sucre et l’azote 9 de la base

77
Q

Où se forme le lien entre la base azotée et le sucre dans une pyrimidine?

A

Entre le carbone 1 du sucre et l’azote 1 de la base

78
Q

Où se forme le lien entre le sucre et l’acide phosphorique?

A

Sur le carbone 5’ du sucre

79
Q

Qu’est-ce que l’ATP?

A

La molécule la plus utilisée pour le transfert d’énergie

80
Q

L’ATP est un assemblage de quoi?

A

D’acides nucléiques

81
Q

Qu’est-ce qui permet le stockage/libération d’énergie?

A

La formation/bris de liens

82
Q

Qu’est-ce que des acides nucléiques?

A

Polymères de nucléotides (chaîne où alternent un acide phosphorique et un sucre)

83
Q

Qu’est-ce qui fournit le code génétique?

A

L’ordre des bases azotées dans un acide nucléique

84
Q

Il y a-t-il des liens covalence entre les deux brins d’ADN?

A

Non

85
Q

Quelles sont les bases azotées possibles dans un ARN?

A

Adénine
Cytosine
Guanine
Uracile

86
Q

Quelles sont les bases azotées possibles dans un ADN?

A

Adénine
Cytosine
Guanine
Thymine

87
Q

Quelles sont les étapes de la polymérisation des nucléotides?

A
  1. L’ARN polymérase vient positionner le nucléotide à proximité de l’ADN
  2. On clive les deux phosphates, ce qui fournit de l’énergie
  3. Il y a réaction de condensation, ce qui forme une molécule d’eau
  4. Création du lien covalent entre le bout 3’ de l’ADN sur le bout 5’ du nucléotide (nouveau lien phosphodiester)
  5. Nouveau bout 3’ (sur le nucléotide qui vient d’être ajouté)
88
Q

Que font les dérivés de la purine? (ex: caféine)

A

Inhibent la phosphodiesterase (enzyme qui coupe le signal), ce qui crée une réaction constante des cellules (accumulation, le signal n’arrête pas)

89
Q

Que fait la metrotrexate?

A

Inhibe la DHFR, ce qui cause une accumulation de 7,8 - dihydrofolate

90
Q

Qu’est-ce qu’une endonucléase?

A

Enzyme qui coupe l’ADN

91
Q

Comment fonctionne l’endonucléase?

A

Elle reconnait et coupe la séquence d’ADN, soit dans la séquence de reconnaissance ou en dehors de celle-ci

92
Q

La coupure de l’endonucléase est-elle symétrique ou asymétrique?

A

Toujours symétrique

93
Q

Quels sont les bouts que l’endonucléase laisse?

A

Un bout 3’ -OH
Un bout 5’ -PO4

94
Q

Quelles sont les catégories de bouts que l’endonucléase peut laisser?

A
  1. Bouts francs
  2. Bouts 3’ proéminents
  3. Bouts 5’ proéminents
95
Q

Qu’est-ce qu’une ligase?

A

Enzyme qui recolle l’ADN coupé

96
Q

Comment fonctionne la ligase?

A

Elle prend un bout 5’-PO4 et le lie au bout 3’-OH

97
Q

Comment doivent être les bases azotées dans les séquences qui dépassent pour que la ligase puisse les recoller?

A

Les basez azotées doivent être complémentaires

98
Q

V/F: la ligase peut effectuer son travail autant sur un brin que sur deux brins

A

Vrai

99
Q

Quel est le principe général de la synthèse chimique de l’ADN?

A
  1. N’utilise pas d’enzyme
  2. Se fait de 3’ vers 5’
  3. Ne fait qu’un brin
  4. Le bout 5’ n’est pas phosphorylé
100
Q

Comment l’ADN polymérase peut remplir deux brins entièrement?

A
  • Chaque bout 3’ peut être allongé en autant qu’un brin modèle lui indique quels nucléotides doivent être ajoutés
  • Les bouts 5’ ne peuvent pas être allongés

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