MolBio 2.Termin 2021 Flashcards

1
Q

Kreuzen Sie die richtigen Antworten zur Gentherapie “kymriah” an:

Wird zur Behandlung von Leberkrebs eingesetzt

Nutzt stabile T-Zelllinien

Nutzt T-Zellen des patienten

nutzt tumorspezifischen, chimären CAR rezeptor

Wird zur Behandlung von Taubheit eingesetzt

Wird zur Bahandlung von B zell leukämie eingesetzt

A

falsch

falsch

richtig

rictig

falsch

richtig

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2
Q

Kreuze die richtigen Aussagen zum einbringen vom CRISPR/Cas9 System in Zielzelltypen:

Das Genom der entstehenden rekombinanten Lentiviralen und AAV Partikel trägt die genetische Information für guide RNA und Cas9

Die Verpackung der rekombinanten LV und AAV CRISPR Vektoren erfolgt in Verpackungszelllinien (z.B HEK 293T)

Für die Herstellung der rekombinanten LV und AAV Partikel müssen der CRISPR Vektor plus “packaging Plasmide” in die Verpackungs-Zelllinie eingebracht werden.

Bei der Verpackung der rekombinanten AAV und LV CRISPR Vektoren wird das LTR(long terminal repeat) erkannt und in beiden Fällen die Vektor dna von LTR zu LTR verpackt.

Die entstehenden viralen LV und AAV Partikel müssen repliaktionskompetent sein, da das CRISPR-CAS9 System ansonsten keine Wirkung entfalten kann.

Das Genom der entstehenden der entstehenden rekombinanten LV und AAV Partikel ist immer eine einzelsträngige RNA, die auhc den Bauplan für das Virus-envelope enthält.

A

Richtig

richtig

richtig

falsch

falsch

falsch

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3
Q

In humanen Zellen gibt es zwei SMN Gene. Mutationen in diesen Genen haben direkte Auswirkungen auf die Muskeldystrophie SMA:
was stimmt ?

SMA Patienten weisen häufig einen homozygoten Verlust des SMN1 Genes auf.

Die Schwere von SMA wird durch die Menge an SMN Proteinen bestimmt, welche von der SMN2 mRNA produziert werden können.

Die C zu T Mutation im SMN2 Gen führ t zur generierung eines exonischen Speleiß-Enhancers (ESE) bei gleichzeitiger Generierung eines exonischen spleiß-silencers (ESS), der das Exon Skipping von Exon 7 während des Spleißend der SMN2-prä-mrna induziert.

Die C zu T Mutation im SMN1 Gen führt zur generierung eines exonischen speliß enhancers (ESE), der das Exon Skipping induziert.

SMA wird hauptsächlich durch Mutationen in den sequenzelementen für die 3´ prozessierung der SMN prä mrna verursacht.

SMA wird durch den homozygoten Verlust des SMN2 Gens verursacht.

A

richtig

richtig

richtig

falsch

falsch

falsch

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4
Q

Welche Aussagen zur oxygenen Photosynthese der Pflanzen sind richtig ?

Calvin-Zyklus findet im Stroma der Chloroplasten statt.

Lichternergie wird durch Zellulosemoleküle absorbiert

Photosynthese findet in Chloroplasten statt.

Bei Calvin-Zyklus wird CO2 fixiert.

Am Photosystem 1 wird ATP synthetisiert.

Chrophyll absorbiert Licht im blauen und roten Bereich

Bei Kohlenstoffreaktionen entstehen initial aus 3 Molekülen CO2 und 3 Molekülen 3-Phosphoglycerat 6 Moleküle Ribulose-1,5-bisphosphat.

Es entsteht ein Protonengradient über die Thylakoid-Membran, der genutzt wird, um NADPH zu synthetisieren.

A

richtig

falsch

richtig

richtig

falsch

richtig

falsch

falsch

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5
Q

3´ Endprozessierung von prä-mrnas spielt eine wichtige Rolle bei B-zelldifferenzierung.
Was stimmt ?

In Plasmazellen kommt es zur Expression der membrangebundenen IgM Form, da die Konzentration an Cstf64 gering ist und die hnRNP-F Konzentration stark erhöht ist. Es erfolgt die 3´endprozessierung an der M2 Stelle.

In B Zellen kommt es zur Expression der membrangebundenen IgM Form, da die Konzentration an CstF-64 gering ist und die Konz. an hnRNP-F erhöht ist. Es kommt zur 3´ endprozessierung an M2 Stelle.

In Plasmazellen kommt es zur Expression der sekretierten IgM Form, da die Konzetration an CstF-64 hoch ist und die hnRNP-F Konz. erniedrigt. Es erfolgt die 3´ Endprozessierung an S-Stelle.

In B zellen kommt es zur Expression der IgM Form, da das Fehlen eines zellulären Faktors (PABP) zur Selektion der 3´ endprozessierung an der S-Stelle führt.

A

falsch

richtig

richtig

falsch

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6
Q

asRNAs
Welche Aussagen zu cis-kodierten antisense RNAs (asRNAs) sind richtig?

  • Eine asRNA reguliert in der Regel mehrere Target-mRNAs

-Regulation der asRNA erfolgt auf Ebene der Transkription und translation und MRNA Stabilität

  • Die asRNA SprA1as (Antitoxin) basenpaart partiell mit dem 3’-Ende der zu regulierenden Target- mRNA (SprA1, Toxin) und führt, wie eine trans-acting sRNA, zur Spaltung der mRNA
  • Der Begriff „one-step binding pathway” bedeutet die bidirektionale Verlängerung eines durch Basenpaarung erhaltenen doppelsträngigen Bereiches zwischen der Target-mRNA und einer asRNA (z.B. RNA- OUT)

-asRNA Gene können im 5‘ UTR protein kodierender mRNAs liegen

-cis kodierte asRNA liegen in plasmid und plagen Dna, als auch in bakteriellen genomen vor.

A

Falsch

Richtig

Falsch

Falsch

Richtig

Richtig

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7
Q

Der Daf-2/daf-16 Signalweg reguliert bei Elegans die Bildung einer Dauerform. Mutationen in DaF-2 und AGE-1 beeinflussen die Lebensdauer von elegans. Was stimmt ?

FOXO transkriptionsfaktoren gelangen bei oxidativem Stress in den Zellkern

DAF-16 ist ein FOXO Transkriptionsfaktor

DAF-2/DAF-16 Signalweg entspricht dem TGFBeta Signalweg bei Säugern.

DAF-2/DAF-16 Signalweg entspricht dem IGF1/Insulin Signalweg der Säuger

AGE-1 ist ein FOXO Transkriptionsfaktor

DAF-2 ist ein Rezeptor.

DAF-2 ist ein FOXO Transkriptionsfaktor.

DAF-2 ist eine Kinase.

A

richtig

richtig

falsch

richtig

falsch

richtig

falsch

falsch

(DAF-16 ist ein FOXO Transkr.faktor)

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8
Q

Welche Aussagen treffen allgemein zu auf die genannten komponenten Komponenten der dna schadenskontrollpunkte ?

Chk1/Chk2 phosphorylieren den Trabskriptionsfaktor p21

p53 aktiviert die expression des kinase inhibitors p21

p21 inhibiert Cdk/cyclin Komplexe

Transkriptionsfaktor p21 aktiviert Expression der Kinase Chk1

A

falsch

richtig

richtig

falsch

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9
Q

Welche Aussagen der Infektion einer Pflanzenzelle mit Agrobakterium sind richtig ?

Die vir gene des Ti-Plasmids kodieren für proteine, die beim Transfer in die Pflanzenzelle eine wichtige rolle spielen

Komplettes Ti Plasmid wird in Pflanzenzelle transferiert.

Opin-katabolismus gene werden in Pflanzenzelle transferiert.

Ein Teil des Ti-Plasmids wird transferiert in die Pflanzenzelle.

Die Vir-gene werden transferiert.

Tumor-produzierende gene werden transferiert.

A

richtig

falsch

falsch

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falsch

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10
Q

Welche Aussagen zu RNA Thermometern sind richtig ?

Die erniedrigung der Umgebungstemperatur kann in Bakterien unter anderem zu erniedrigter membranfluidität und verringerter Enzymaktivität führen.

Das cold shock rna strukturelement der cspA kodierenden mrna wird bei niedrigen Temperaturen durch einen kissing loop stabilisiert.

RNA Thermometer regulieren die Transkription auf der ebene der transkription und translation.

Bei erhöhter Umgebungstemperatur führt eine kurze Abfolge des Watson Crick basenpaares A im ROSE Element (negative Regulation der heat shock gene(werden bei Hitze aktiviert)) von heat shock rna thermometern zum graduellen Aufschmelzen der RNA-haarnadel.

Virulenz RNA thermometer führen bei 37 Grad zur Expression von Virulenzfaktoren wie Adhäsions-vermittelnde Proteine und Toxine.

RNA-Thermometer kontrollieren die Expression diverser Stressgene.

A

Richtig

falsch

falsch (nur Translation)

falsch (nicht-watson crick basenpaare)

richtig

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11
Q

Welche Aussagen zur Pflanzenzellwand stimmen ?

Polymere Rückgrat der XYGS besteht aus Glucose Einheiten

XYGS tragen zur Kreuzvernetzung von zellulosemolekülen bei

GAX kommen in Zellwand typ 1 vor

Polymeres Rückgrat der GAX besteht aus Glucose molekülen

Rhamnogalakturonane tragen zur Kreuzvernetzung von Glukose Molekülen bei

Rhamnogalakturonane gehören zu den Pektinen (Nahrungsfasern/löslicher Ballaststoff)

A

richtig

richtig

falsch

falsch

falsch

richtig

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12
Q

HPV Virus:

Eine HPV infektion kann chronisch persistieren

HPV Vakzine ist eine lebend-Vakzine

HPV Genom kann ins Wirtszellgenom integrieren

HPV vakzine schützt vor der Entstehung von Krebsvorstufen

Durch HPV induzierte Kondylome bilden sich grundsätzlich spontan zurück.

A

Richtig

falsch

richtig

richtig

falsch

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13
Q

Transkription im kontext des Chromatins. Die Proteine Hp1, Cohesin, HDAC, MeCP2, TAFII 250 und BPTF (Protein mit PhD Finger) haben wichtige Rollen in der regulierten Transkription. Was stimmt ?

Cohesin und MeCP2 erkennen die modifizierte Base 5-methyl Cytosin in CoG Inseln der DNA

Acetylierte Lysylreste der Kernhistone werden durch die Bromo-Domöne von TAFII250 erkannt und gebunden.

HP1 ist mit dem Heterochromatin assoziiert und erkennt methylierte Lysylreste in Kernhistonen.

HDAC und BPTF katalysieren die De-Acetylierung von Kern-Histonen im Chromatin.

A

falsch

richtig

richtig

falsch

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14
Q

Nukleäre rezeptoren als Regulatoren der Transkription, wie ER(Östrogen-Rezeptor) und RAR (Retinsäure-Rezeptor) sind wichtige regulatoren der Transkription. Was stimmt ?

Ein typischer Co-Aktivator ist das Protein CREB, ein typischer Co-Repressor ist das Protein Mad

Durch die Bindung des passenden Agonisten kommt es in der RAR Ligandenbinde-Domäne zu Konformationsänderungen. Diese verändern die Proteinoberfläche und erlauben die Interaktion des RAR/Retinsäure rezeptors mit Co-Aktivatoren.

Nach Bindung von östrogen gelangt der ER in den zellkern, wo er als ER/HSP Heterodimer an die ER Antwortelemente Östrogen-regulierter Gene bindet.

In Abwesenheit von Östrogen befindet sich der ER im Cytoplasma. Dort interagiert er mit dem Co-repressor CBP/p300

Co-Aktivatoren sind Komponenten der Co-Aktivatorkomplexe. Die Komplexe enzhalten Enzyme mit verschiedenen Aktivitäten. Darunter sind Histonacetyltransferasen und ATP-abhängige Remodeller.

Der RAR befindet sich in An-und Abwesenheit des Liganden im zellkern. Durch das binden der retinsäure wird RAR von einem Repressor der Transkription zu einem Aktivator.

A

falsch

richtig

falsch

falsch

richtig

richtig

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15
Q

siRNA vermittelte RNAi- was ist richtig ?

Das Einbringen von langen dsRNA Molekülen in Säugetierzellen löst eine unspezifische Immunantwort aus.

das 2´3´ cyclische phosphat am 3´ ende von siRNA schützt diese vor Exoribonucleasen.

siRNAs werden für Funktionsanalysen spezifischer Gene eingesetzt.

Die doppelsträngige siRNA besteht aus guide und passender Strang und wird in den RISC geladen. Der verbleibende sense Strang bindet über Basenbaarung an die target mrna.

Dicer ist ein Multidomänenprotein, das durch seine Rnase H domäne lange dsRNA in kurze dsRNA von 20-25 nt länge spaltet.

RISC wird durch Assoziation von siRNA mit AGO-Protein gebildet.

A

richtig

falsch(keine cyklisches phosphat)

richtig

falsch (antisense strang)

falsch(RNase 3 und nicht H)

richtig

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16
Q

Welche Enzyme spielen bei vielen DNA-Reperaturmechanismen eine wichtige Rolle ?

Nukleasen
DNA-Ligasen
DNA-Polymerasen
RNAsen
Proteinasen
Katalasen

A

richtig
richtig
richtig
falsch
falsch
falsch

17
Q

Welche Aussagen zu Riboswitches sind richtig ?

Sind cis-agierende Elemente, die komplexe rna-strukturen ausbilden können.

Liganden-freie und gebundene Konformationen sind sich ausschließende RNA-strukturelemente.

Off-riboswitches können in ihrer Liganden-freien Konformation eine Terminator-haarnadel ausbilden.

TPP- bindende Riboswitches kommen in Bakterien, Pflanzen bis hin zu Säugetieren vor.

Der Ligand bindet an die Aptamer domäne.

In Arabidopsis thaliana führt die Liganden bindung an TPP-bindendem Riboswitch zur Ausbildung eines Ribozyms, wodurch die mRNA gespalten wird.

A

richtig

richtig

falsch (mit Ligand)

falsch (nicht in Säugern)

richtig

falsch

18
Q

CRISPR/CAS 9: Was ist richtig ?

Durch die Nuklease aktivität von Cas9 entstehen Doppelstrangbrüche mit Sticky ends.

In eukaryoten führt das durch Crispr/cas9 vermittelte Genome editing in der Target dna zu sogenannten Indels.

Bei der industriellen Anwendung von Bakterien sind CRISPR Rnas nicht von bedeutung

Während der Interferenzphase führt die Basenpaarung der crRNA mit der Target-DNA zur Ausbioldung eines R-Loops.

Während der Akqusition wird fremd-dna als spacer in den crispr lokus eingebaut.

Der abwehrkomplex des crispr/cas systems typ 2 besteht aus einem cas protein und erRNA

A

falsch

falsch

falsch

richtig

richtig

falsch

19
Q

Reaktive Sauerstoffspezies und Radikale:

Sauerstoff ist ein Radikal

Freie radikale können miteinander reagieren und dabei eine kovalente Bindung ausbilden.

Wasserstoffperoxid ist ein radikal

Freie Radikale wandeln zielmoleküle in radikale um.

Radikale werden nicht durch Oxidations/reduktionsvorgänge produziert

Das Superoxidanion ist ein radikal

A

falsch

richtig

falsch

richtig

falsch

richtig

20
Q

Spleißen:

Durch das Spleißen werden die Exons entfernt und die angrenzenden Introns verknüpft.

Das Spleißen findet zusammen mit der Polyadenylierung des 3´ endes nach der Transkription statt, ist also ein posttranskriptionaler vorgang.

Modifizierung des 5´ endes (Capping) der mRNA ist ein posttranskriptionaler vorgang.

Zum schutz vor abbau durch exonukleasen und als erkennungssequenz für die Translation erhält das 5´ ende der prä-mrna einen methylierten GMP Rest, zusützlich können eine bis drei ribosen des transkripts methyliert sein.

In eukaryoten sind transkription und translation gekoppelt.

Die zunächst in der transkriptioin gebildete Prä-mrna enthält noch introns und exons.

A

falsch

richtig

falsch

richtig

falsch

richtig

21
Q

myotone dystrophie typ 1 (DM) kann durch CUG expansionen (Mikrosatellitenexpansionen) verursacht werden. was stimmt ?

Die Ausbildung eines Sekundärstrukturelements (stem loop) durch die CUG Einschübe führt zur Aktivierung der Proteinkinase C und zur PKC-abhängigen Phosphorylierung von CUGBP1, was zur degradation des CUFGPD1 proteins führt.

Die CUG Einschübe in der DPMK mRNA führen zur verstärkten Bindung von MBNL1 Protein an die mutierte DMPK-mRNA

Die CUG Einschübe in der DPMK mRNA führen zur verstärkten Bindung von MBNL 1 Protein an die mutierte DMPK-mRNA.

Die CUG Einschübe in der DMPK mRNA führen zur verstärlten Bindung vom CUGPD1 Protein an die mutierte DMPK-mRNA.

Die Ausbildung eines Sekundärstrukturelements (stem-loop) durch die CUG einschübe führt zur aktivierung der proteinkinase C und zur PKC abhängigen Phosphorylierung von CUGBP1, was zur Stabilisierung des CUGBP1 Proteins beiträgt.

Die DM-relevanten CUG trinukleotideinschübe liegen in der kodierenden Region der DMPK mRNA und führen zur Translation eines verlängerten DMPK Proteins, welches defekte im spelißprozess muskelspezifischer prä-mrnas verursacht.

A

falsch

richtig

falsch

rihtig

richtig

falsch

22
Q

CTD der RNAP2:

Während der Initiation wird zuerst Ser5 phosphoryliert. das passiert durch TfIIH, CDK7.

Nachdem Seryl5 und seryl 2 phosphoryliert wurden, bleibt der CTD phosphorylierungsgrad im verlauf der transkription unveerändert.

Das CTD der RNAP2 umfasst Aminosäuresequenz mit 7 definierten Aminosäureresten. Darunter befinden sich 3 Serylreste und ein Theronylrest

Phosphorylierung von Ser2 erfolgt durch NELF/DSIF

Phosphorylierungen im Theronylrest des CTDs sind für prozesse relevant, die mit dem co-transkriptionellen Spleißen des Transkripts assoziiert sind.

Die partielle de-phosphorylierung des CTDs führt zwangläufig zum dissoziieren des rna p2 Komplexes und zum abbruch der Transkription.

A

richtig

falsch

richtig

falsch

richtig

falsch

23
Q

welche Aussagen zu trans-kodierten small RNAs (sRNAs) stimmen ?

Rna-chaperon Hfq bindet über distale Bindungsfläche Haarnadel-Strukturelemente von sRNAs

Die endonuklease rnase III spaltet doppelsträngige RNA-Elemente und bildet Produkte mit 5´ hydroxyl enden und zwei nukleotide langen 3´ überhängen

Hfq vermittelt Rekrutierung des RNA-degradosoms über rnase E

Rnase E ist eine Endonuklease, die doppelsträngige RNA spaltet.

sRNAs werden an einer anderen Stelle im bakteriengenom kodiert als ihre ziel-mrna (trans!!)

Die Interaktion zwischen sRNA und Target-mRNA kann über kissing-hairpins und koaxialer basenpaarung stabilisiert werden.

A

falsch

falsch

richtig

falsch

richtig

richtig