Module 7: Caractérisation et classification des microorganismes Flashcards
Qu’est-ce que la taxonomie?
L’établissement des groups naturels d’organismes présentant des caractères communs.
Quel est le terme utilisé pour désigner un group taxonomique?
Taxon
Vrai ou faux: La hiérarchie est non chevauchante.
Vrai.
Un organisme fait partie d’un seul taxon à un niveau donné de la hiérarchie.
Quels sont les trois volets de la taxonomie?
- Identification (description et caractères)
- Nomenclature (noms)
- Classification (systématique, arrangements et relations inter-groupes)
Qu’est-ce qu’une culture pure?
Culture (population) de microorganismes où tous les individus ont les mêmes caractéristiques.
Qu’est-ce qu’une souche (isolat)?
Tous les descendants (sous-cultures) d’une culture pure.
Qu’est-ce qu’une espèce?
Groupes de souches dont les caractéristiques sont (presque) identiques. (Escherichia coli de différents individus). TAXON DE BASE.
C’est un groupe homogène différent des autres groupes.
Qu’est-ce qu’une souche-type?
Souche possédant toutes les caractéristiques représentatives de l’espèce. Elle est souvent la première isolée et sert de référence.
Quel est e préalable pour la description et la caractérisation?
Une culture pure.
Quels sont les différentes catégories de caractères qu’on peut observer?
- Morphologie
- Composition biochimique (membranes, parois cellulaires)
- Physiologie (exigences nutritionnelles, conditions d’incubation)
- Métabolisme (produits finaux de la fermentation, enzymes extracellulaires)
- Génétique (Composition G+C %, nb de chromosomes, plasmides)
- Interaction avec l’hôte (pathogénicité, symbiose)
- Écologie (habitat, niche écologique, rôle dans les cycles de la matière)
- Moléculaire (comparaison des séquences, hybridations ADN-ADN)
Comment pouvons-nous déterminer la composition en G+C? Qu’est-ce qu’elle signifie?
- Spectrophotomètre UV (260 nm)
- LA densité optique bicaténaire < monocaténaire
- G+C% ⇑ ⇒ Tm⇑
- Plantes et animaux: 30 à 50%
- Microorganismes: 25 à 80%
La valeur est typique de l’espèce mais elle n’est pas exclusive.
Lorsqu’on utilise une approche moléculaire, comment pouvons-nous déterminer une similarité entre deux espèces avec l’hybridation ADN-ADN?
La complémentation des séquences d’ADN chromosomiques.
Même espèce si > 80%
Qui a développé le système de nomenclature que nous utilisons aujourd’hui? Quel est son nom?
- Carl von Linné
- Nomenclature linnéenne
Quelles sont les caractéristiques de la nomenclature linnéenne?
- Binomiale
- Italique ou souligné (si écrit à la main)
- Genre et espèce
- Genre: 1ère lettre majuscule, latin ou grec, descriptif ou nommé pour le découvreur
- Espèce: 1ère lettre minuscule, latin ou grec, descriptif
Qu’est-ce que la classification?
L’Arrangement en groupes et les relations intergroupes. Déterminé selon les caractères communs et les liens évolutifs.
Quels sont les différents types de classification?
- Naturelle
- Phénétique
- Numérique
- Phylogénétique
Qu’est-ce que la classification naturelle?
- Nature biologique des organismes
- Anatomique
Qu’est-ce que la classification phénétique?
- Similarités des caractères phénotypiques
- Morphologique
- Métabolique
- Génétique
Qu’est-ce que la classification numérique?
- Comparaison de plusieurs organismes 2 par 2
- Nombre de caractères minimums = 50
- Pourcentage: %S
- Représentation avec dendrogrammes
Qu’est-ce que la classification phylogénétique?
- Race, genèse/origine
- Relations évolutives probables
- Ancêtres communs
- Comparaison d’espèces distantes
- Comparaison de séquences de gènes/protéines conservées (chronomètres moléculaires)
- Mutations au hasard (effet neutre ou positif)
- Gène ARN ribosomal (régions conservées sont essentielles à la fonction, régions variables ne le sont pas)
NB des outils informatiques sont utilisés et sont en développement constant.
Nommez la limite de la classification numérique.
- Pondération des caractères est uniforme.
- On ne voit pas la pertinence biologique. Certains caractères sont beaucoup plus importants que d’autres.
Nommez la limite de la classification phylogénétique.
Les fossiles procaryotes sont rares.
Qu’elle est la classification contemporaine? Quelles sont ses caractéristiques?
La classification polyphasique.
- Information phénétiques et phylogénétiques
- Plus complètes, remaniements continus
- Réévaluation de la notion d’espèce
Décrivez l’historique de la classification des microorganismes selon le scientifique suivant: Linnaeus.
- Anatomie
- 2 règnes: Animaux et Plantes
Décrivez l’historique de la classification des microorganismes selon le scientifique suivant: Haeckel.
- Ajout du troisième règne: Protistes
- Inclut les bactéries, les levures, les protozoaires, les algues
Décrivez l’historique de la classification des microorganismes selon le scientifique suivant: Whittaker.
- Description de la nutrition et l’organisation cellulaire
- Photosynthèse, absorption (soluble), ingestion (solide)
- Eucaryotes et procaryotes
- Unicellulaire ou pluricellulaires
- 5 règnes
Décrivez l’historique de la classification des microorganismes selon le scientifique suivant: Woese.
- Approche phylogénétique/ARNr
- 3 domaines: Bacteria, Eucarya, Archaea
- Archaea et Bacteria = procaryotes
- Voies évolutives
- LUCA
- Confirmation par études biochimiques
Qu’est-ce que l’origine des organites?
- Mitochondries et Chloroplastes
- Théorie de l’endosymbiose
Pourquoi croyions-nous que les mitochondries et les chloroplastes sont d’origine bactérienne?
- Autoréplicatives
- Chromosomes circulaires, uniques
- Gènes ARNr (apparentés aux eubactéries)
Quelle est l’origine des mitochondries? Chloroplastes?
Relation endosymbiose
- Mitochondrie: la bactérie Rickettsia
- Chloroplaste: Cyanobactérie Prochloron
