Microbio 2 - Relation hôte-microbe / Identification des microorganismes Flashcards
Quelles sont les étapes générales du processus infectieux (6) ?
[0. Être en CONTACT avec un pathogène]
1. ENVAHIR l’hôte
2. ADHÉRER aux cellules de l’hôte
3. COMPÉTITION avec la flore
4. RÉSISTER à la RÉPONSE IMMUNITAIRE de l’hôte
5. Envahir les TISSUS
6. Induire des dysfonctions physiologiques
Résultat : Permet à un pathogène d’induire une maladie
[0. Être en contact avec un pathogène]
Définition - Vrai ou faux? Un “réservoir” peut être humain, animal, ou environnemental (eau, terre)
Vrai
[0. Être en contact avec un pathogène]
Définition - Vrai ou faux? Les réservoirs humains et animaux sont les individus malades porteurs de la maladie au sein d’une population
Faux. Ils peuvent être des porteurs sains ; être des réservoirs sans être malades
[0. Être en contact avec un pathogène]
Définition - Réservoir : Comment l’infection peut-elle se transmettre d’un réservoir vers un hôte?
(1) Transmission directe ou (2) vecteur
Définition “vecteur” : Organisme vivant, le plus souvent un arthropode (moustique, tique) qui acquiert l’agent infectieux dans un réservoir et le transmet à l’hôte
[0. Être en contact avec un pathogène]
Définition - Vrai ou faux? Réservoir = Milieu ou organisme où l’agent pathogène peut survivre ou se multiplier
Vrai
[0. Être en contact avec un pathogène]
Définition de “source” ?
Matière biologique ou environnementale qui contient l’agent infectieux et qui peut être à l’origine d’une infection (eau, terre, goutellettes respiratoires, etc.)
[0. Être en contact avec un pathogène]
Vrai ou faux? Si on mets de la bouette dans notre bouche contenant des pathogènes, ou si on respire des gouttelettes respiratoires qui flottent dans l’air, on dit que cette bouette et ces goutelettes respiratoires sont des “vecteurs” de pathogènes.
Faux. Ce sont des “sources” de pathogènes.
Définition “source” : Matière biologique ou environnementale qui contient l’agent infectieux et qui peut être à l’origine d’une infection (eau, terre, goutellettes respiratoires, etc.)
Définition “vecteur” : Organisme vivant, le plus souvent un arthropode (moustique, tique) qui acquiert l’agent infectieux dans un réservoir et le transmet à l’hôte
Fun fact : les “arthropodes” sont un embranchement. Les “insectes” sont une classe de cet embranchement.
[0. Être en contact avec un pathogène]
Comment appelle-t-on un organisme vivant (ex. moustique) qui acquiert un agent infectieu dans un RÉSERVOIR et le transmet à un hôte?
Un vecteur
[0. Être en contact avec un pathogène]
Vrai ou faux? Il existe 4 groupes de risques pour classifier les pathogènes
Vrai. Groupes de risque 1 à 4 [voir Tableau p. 5]
[0. Être en contact avec un pathogène]
Comment se classifie les pathogènes en fonction de leur risque (4 groupes de risque) ?
Groupe 1 ) Non pahogène pour l’humain / PAS de risque pour la communauté
Groupe 2 ) Pathogène pour l’humain / risque FAIBLE pour la communauté
Groupe 3 ) Pathogène pour l’humain / risque POSSIBLE pour la communauté - ex. Mycobacterium tuberculosis
Groupe 4 ) Pathogène pour l’humain / risque ÉLEVÉ pour la communauté - ex. Fièvre hémorrhagique
[0. Être en contact avec un pathogène]
En quoi la révolution du néolitique (première révolution agricole) a-t-elle joué un rôle déterminant dans les maladies infectieuses?
Environ 10 000 ans av. JC.
1) Sédentarisation (passage de chasseurs-cueilleurs nomades à agriculture sédentaire) = + contacts entre humains
2) Domestication des animaux = + proximité/contacts animaux = + risque de transmission
3) Augmentation exponentielle de la taille de la population humaine = +++ contacts entre humains
[0. Être en contact avec un pathogène]
Qu’est-ce qu’une zoonose (EXAM) ?
Une zoonose est une maladie infectieuse qui est passée de l’animal à l’homme
[0. Être en contact avec un pathogène]
Donnez des exemple d’espèces réservoir et d’espèces vecteurs
Réservoirs : Chauve-souris, rat, oiseaux
Vecteurs : tiques, puces, moustiques (arthropodes qui mordent)
La transmission se pathogène peut se faire directement des espèces réservoires aux humains, ou passer par des intermédiaires, comme les vecteurs (moustiques, tiques), ou les animaux sauvages ou domestiques (chevreuils, singes, cochons, chimkens)
[0. Être en contact avec un pathogène]
Nommer des types de transmissions humain à humain
1) Auto-infection (licher ses doigts et mettre dans ses yeux ; maladies opportunistes = auto-infection par notre flore normale)
2) Infection par une personne malade (Sexuel, contact direct, goutelletes voie aérienne, fécal-oral)
[0. Être en contact avec un pathogène]
Nommer des types d’infections par l’environnement
1) Fomites : vecteurs passif (a.k.a inanimé) de transmission, non défini. (Wiki : En épidémiologie, les fomites sont des surfaces, matières ou objets contaminées par un micro-organisme pathogène, et susceptibles de contaminer d’autres objets, des animaux ou des personnes, jouant ainsi un rôle dans la propagation d’une maladie contagieuse). Surtout les surfaces (poignées de porte, interrupteurs, ordinateurs, téléphones)
2) Environnement souillé (eau, sol, nosocomial) ex. spa dégueulasse - 9%
3) Nourriture contaminée (manger de la pâte à biscuit crue) - 21%
4) Vecteurs (insectes qui mordent) - 15%
5) Sapronose : maladie causée directement par un microorganisme qui vit et se reproduit dans un environnement abiotique, donc sans hôte.
5) ZOONOSE : Zoonoses are defined as infectious diseases that are naturally transmissible between human and non-human vertebrate hosts. Yet, zoonotic pathogens often infect both humans and other vertebrate animals through the same environmentally mediated pathways (eg, foodborne, waterborne, vector-borne, fomites) - 3 % par contact direct avec animaux
Complément - Sapronose : terme générique désignant une pathologie infectieuse humaine provoquée par un agent pathogène [champignons, bactérie aérobie ou anaérobie, parasite] contaminant une matière inerte, abiotique, végétale ou animale en décomposition ou en putréfaction dans l’environnement. Exemples : botulisme, légionellose, mélioïdose, tétanos.
*SIMPLE : SAPRONOSE = TRANSMISSION DIRECTE PAR PATHOGÈNES QUI EST CAPABLE DE VIVRE/ SE REPRODUIRE SUR DES MATIÈRES NON VIVANTES COMME LE SOL, DU MÉTAL OXYDÉ, ETC.
*Ex. Clostridium tetani.
*Ex. Legionella. (Wiki : The bacterium is found naturally in fresh water. It can contaminate hot water tanks, hot tubs, and cooling towers of large air conditioners)
*29% des pathogènes humains sont des sapronoses
*Je ne comprends pas la différence entre Sapronose et contact avec environnement souillé? Whatever. Sûrement que “souillé”, ça veut dire que le pathogène ne devrait pas se retrouvé là normalement, tandis que sapronose la bactérie vit juste là.
https://www.thelancet.com/journals/lanplh/article/PIIS2542-5196(22)00248-0/fulltext
[0. Être en contact avec un pathogène]
Vrai ou faux? La plupart des maladies ont une origine environnementale
Vrai. 80%
Nuance : La porportion d’origine environnementale des maladie varie beaucoup d’un pays à l’autre. Ex. Canada et USA : 0-5% vs 28-46 % Chine et Afrique de l’Ouest et RDC
[0. Être en contact avec un pathogène]
Vrai ou faux? Les zoonoses sont un problème de santé publique majeur
Vrai. L’OMS commence à surveiller de plus en plus
Complément - Statistiques :
- 60% des maladies infectieuses des humains sont des zoonoses
- 75% des maladies émergentes (incluant ebola, VIH, influenza) ont une origine animale
- 80% des agents ayant un potentiel pour le bioterrorisme sont des zoonoses (zoonotic pathogens)
- Plus de 200 zoonoses connues (ex. Rage, Fièvres hémorragiques, Zika, VIH)
5 new human diseases appear every year. 3/5 = animal origin
[0. Être en contact avec un pathogène]
EXAM - Qu’est-ce qu’une ZOONOSE ?
Zoonose : maladie ou une infection naturellement transmissible des animaux vertébrés à l’homme. L’agent pathogène peut être : virus, bactérie, parasite, champignon
[0. Être en contact avec un pathogène]
Vrai ou faux? Souvent, les maladies humains ont une origine zoonotique avant de devenir sécifique à l’humain
Vrai. Ex. VIH vient d’un virus similaire présent chez grands singes, Afrique subsaharienne
[0. Être en contact avec un pathogène]
Donner des exemple de zoonoses récentes (pas exam)
COVID-19 / SARS-Cov-2 (2019 - présent) - possiblement pangolin
Zika virus (1947 - présent) - Macaque
Influenza aviaire ou “grippe aviaire” H5N1 (2019 - présent) - poulet
Ebola (2013-2016) - possiblement chauve-souris/chimpanzé/gorille
Grippe porcine ou swine influenza virus A/H1N1 (2009-2010) - truies
Grippe espagnole Influenza H1N1 originale (1918-1919) - truies
[0. Être en contact avec un pathogène]
Quel virus a un réservoir dans le CANARD SAUVAGE, oiseau migrateur qui lui est naturellement résistant?
Virus de la grippe aviaire H5N1
(not so) Fun fact : 22 000 oiseaux de mer retrouvés morts au Pérou. Tous les oiseaux aquatiques ne sont pas résistants (ex. pélicans). 585 lions de mer morts de H5N1.
[0. Être en contact avec un pathogène]
Vrai ou faux? Le virus H5N2 de la grippe aviaire se transmet à l’humain, quoique rarement, parce qu’il est passé par d’autres animaux qui sont en contact plus étroit avec des humains (canard domestique -> volaille -> porc -> humain).
Vrai.
La grippe A (H5N1) est un sous-type du virus de la grippe aviaire qui infecte principalement les oiseaux, mais provoque des cas humains rares et sporadiques.
La transmission est rare entre oiseau et humain, mais possible. Transmission entre humains extrêmement rare
L’infection peut évoluer vers une maladie grave et peut être fatale.
[0. Être en contact avec un pathogène]
H5N1 c’est quel virus ? Est-ce un pathogène zooniste ou un saproniste?
Grippe aviaire. Zoonose
[1. Envahir l’hôte]
Qu’est-ce que que la “pathogénécité” ou “pouvoir pathogène” ?
Capacité d’un microorganisme à causer une maladie. Notion QUALITATIVE.
Note : Une fois que le micro-organisme entre, il doit être capable de nous infecter.
[1. Envahir l’hôte]
EXAM- Qu’est-ce qu’un pathogène PRIMAIRE ? Par opposition à un pathogène ____ ?
Les pathogènes PRIMAIRES sont ceux qui nduisent une maladie chez les sujets sains (ex. Mycobacterium tuberculosis). Par opposition avec un pathogène OPPORTUNISTE
[1. Envahir l’hôte]
EXAM - Qu’est-ce qu’un pathogène OPPORTUNISTE?
Les pathogènes OPPORTUNISTES Induisent des infections chez les personnes immunodéficientes/immunosupprimées (ex. Pseudomonas aeruginosa)
[1. Envahir l’hôte]
Si la pathogénécité est la capacité de causer une maladie, quel terme emploie-t-on pour décrire le DEGRÉ de pathogénécité?
La VIRULENCE (aussi une notion qualitative)
[1. Envahir l’hôte]
Si la pathogénécité et la virulence sont des notions qualitatives, comment peut-on QUANTIFIER cette virulence (4 mesures)?
(1) Taux de morbidité : incidence dans une population donnée /dans une période donnée
(2) Taux de mortalité : nombre de décès / nombre de personnes infectées / dans une période donnée.
(3) DL50 (Dose Léthale 50) : dose qui entraîne la mort de 50% des individus d’une population donnée
(4) Dose infectieuse : quantité de microorganismes nécessaires pour causer une infection
*Très variable : L. monocytogenes 1 million de bactéries vs. M. tuberculosis 1 bactérie
[1. Envahir l’hôte]
Si la pathogénécité et la virulence sont des notions qualitatives, comment peut-on QUANTIFIER cette virulence (4 mesures)?
(1) Taux de morbidité : incidence dans une population donnée dans une période donnée
(2) Taux de mortalité : nombre de décès / nombre de personnes infectées / dans une période donnée.
(3) DL50 (Dose Léthale 50) : dose qui entraîne la mort de 50% des individus d’une population donnée
(4) Dose infectieuse : quantité de microorganismes nécessaires pour causer une infection
*Très variable : L. monocytogenes 1 million de bactéries vs. M. tuberculosis 1 bactérie
[1. Envahir l’hôte]
Vrai ou faux? La virulence d’un même microorganisme est toujours la même pour les hôtes d’une même espèce (ex. l’homme).
Faux. La virulence est variable selon différents facteurs de l’hôte (traits génétiques, âge, mode de vie, maladies chroniques, prise de médicaments, environnement).
[1. Envahir l’hôte]
Quels sont les FACTEURS DE RISQUE qui rendent un microorganisme plus ou moins VIRULENT?
- Traits génétiques (ex. mutation dans un récepteur antimicrobien)
- Âge
- Mode de vie (ex. alimentation)
- Maladies chroniques (ex. diabète, VIH, cancer, [fibrose kystique?])
- Prise de médicaments (ex. corticothérapie diminue la réponse immunitaire)
- Environnement (ex. contact avec animaux)
[1. Envahir l’hôte]
Nommée les 3 voies d’entrée des microbes dans l’hôte
- Muqueuses (ex. respiratoires, digestives, génitales, conjonctive de l’oeil)
- Peau (ex. plaies, scratch)
- Voie PARENTÉRALE (ex. piqûres, coupures, morsures par arthropodes, chirurgies)
[1. Envahir l’hôte]
Donner un exemple de bactérie pour chacune des voies d’entrée suivantes :
Ingestion :
Inhalation :
Trauma :
Aiguilles :
Morsure par arthropode (moustique, tique) :
Transmission sexuelle :
Ingestion : SALMONELLA spp, LISTERIA spp, ESCHERICIA COLI
Inhalation : MYCOBACTERIUM spp, LEGIONELLA spp, STREPTOCOCCUS spp, Mycoplasma pneumoniae,
Trauma : CLOSTRIDIUM TETANI, STAPHYLOCOCCUS AUREUS
Aiguilles : STAPHYLOCOSSUS AUREUS
Morsure par arthropode (moustique, tique) : Rickettsia (whatever)
Transmission sexuelle : NEISSERIA GONORRHOEAE, CHLAMYDIA TRACHOMATIS
spp = espèce
[1. Envahir l’hôte]
Vrai ou faux? Les espèces du genre mycobacterium entrent dans l’hôte par voie d’ingestion
Faux. Inhalation
[1. Envahir l’hôte]
Vrai ou faux? Les espèces du genre salmonella entrent dans l’hôte par voie d’ingestion
Vrai.
[1. Envahir l’hôte]
Vrai ou faux? Clostridium tetani entre dans l’hôte par morsure d’arthropode (moustique, tique).
Faux. Par trauma (de la peau)
MODE DE TRANSMISSION (Info site gouv Canada) : Contamination des plaies par des corps étrangers ou un sol contaminés par des spores de C. tetani. C. tetani colonise les petites plaies bénignes, comme les plaies perforantes causées par des échardes, et il libère la TeNT au siège de la lésion
[1. Envahir l’hôte]
Vrai ou faux? Staphylococcus aureus se transmet par trauma (de la peau) et peut aussi se transmettre par des piqures d’aiguilles
Vrai
[1. Envahir l’hôte]
Vrai ou faux? Neisseria gonorrhoae entre dans l’hôte par voie d’inhalation
Faux. Par transmission sexuelle
[1. Envahir l’hôte]
Par quelle voie le virus de la grippe aviaire entre-t-il dans l’humain?
Muqueuse respiratoire - Inhalation de particules aérosoles qui contiennent particules virales. Dans environnements de proximité avec animaux, comme élevages, abattoirs, marchés.
[2. Adhérer aux cellules de l’hôte]
EXAM - L’adhérence aux cellules de l’hôte se fait par une interaction COMPLÉMENTAIRE et SPÉCIFIQUE entre quels composants?
Entre une ADHÉSINE (du pathogène) et un RÉCEPTEUR (de l’hôte)
Ex. d’adhésines : glycoprotéine, lipoprotéine sur la surface bactérienne/virale.
Ex. de récepteur : hydrate de carbone (a.k.a glucide, sucre, carbohydrate) à la surface de la cellule hôte.
[2. Adhérer aux cellules de l’hôte]
EXAM..? - Quel est l’adhésine de Staphylococcus aureus? Quelle est l’adhésine de Vibrio cholerae?
Staphylococcus aureus : Clumping factor A (récepteur fibrinogène)
Vibrio cholerae : Pilli de type 4
[2. Adhérer aux cellules de l’hôte]
À quoi servent les pili (de type 4) de Vibrio cholerae?
Adhésine qui permet adhérence aux récepteurs (sucres) à la surface des cellules de l’hôte.
[2. Adhérer aux cellules de l’hôte]
Dans le cours 1, on a vu les acides lipoteichoiques, présents dans la paroi des ____. Il s’agit de facteurs de virulence. Ils permettent l’adhérence aux tissus/surfaces. Ce sont adhésines (notamment pour streptococcus groupe A)
Gram +
[1. Envahir l’hôte]
Comment le virus de l’influenza adhère-il aux cellules de la muqueuse respiratoire (cellules épithéliales)?
Le virus influenza exprime des adhésines (protéine hemagglutine) à sa surfaces, qui reconnaîssent et s’attachent aux récepteurs d’acide sialique des cellules du tractus respiratoire. Like a key to a lock.
Le virus est ensuite capable d’entrer et d’infecter les cellules. C’est le début d’une infection de grippe
[3. Compétition avec la flore]
Vrai ou faux? Il y a plus de micro-organismes dans le corps humain que de cellules humaines
Vrai. Ratio estimé de 10 microbes/cellule humaine.
10-100 mille milliards de bactéries symbiotiques dans le corps humain. Plus de 10 000 espèces.
[3. Compétition avec la flore]
Vrai ou faux? Les bactéries symbiotiques sont potentiellement pathogènes si elles se retrouvent dans un autre organe
Vrai. Ex. Mauvais si contacte poumons, mais pas juste la bouche.
Bactérie sur la peau, voies respiratoires, cavité buccale, tractus digestif, système urogénital.
[3. Compétition avec la flore]
Qu’est-ce que le microbiote?
Qu’est-ce que le microbiome?
[P.S. c’est presque la même chose]
MICROBIOTE = FLORE NORMALE : Communauté de microorganismes qui vivent sur et dans un individu
MICROBIOME : Regroupe l’ensemble des génomes du microbiote
[3. Compétition avec la flore]
Vrai ou faux? Le core microbiome représente les espèces microbiennes COMMUNES entre les individus, dans des endroits SPÉCIFIQUES du corps
Vrai
[3. Compétition avec la flore]
Qu’est-ce que la diversité ALPHA et BETA d’un microbiote?
Diversité : nombre d’espèces qui composent le microbiote
- alpha : diversité dans un seul échantillon (nombre d’espèces composant un microbiote)
- beta : diversité entre deux échantillons (nombre d’espèces COMMUNES entre deux microbiotes)
[3. Compétition avec la flore]
Qu’est-ce qu’un micro-organisme PROBIOTIQUE?
Micro-organisme vivant du microbiote qui a une action bénéfique sur l’hôte (ex. micro-organismes qui équilibrent la flore intestinale).
[3. Compétition avec la flore]
C’est quoi une DYSBIOSE ?
Un DÉSÉQUILIBRE/PERTURBATION du MICROBIOTE
[3. Compétition avec la flore]
Comment appelle-t-on un déséquilibre ou perturbation du microbiote?
DYSBIOSE
[3. Compétition avec la flore]
À quoi sert le microbiote?
1) PROTECTION contre pathogènes (effet de barrière)
2) Fonctions tissulaires (maturation tube digestif, production mucus)
3) Fonctions neurologiques (DOULEUR/HUMEUR/SATIÉTÉ)
4) Fonction MÉTABOLIQUES (digestion, synthèse métabolites)
5) Rôle sur le système IMMUNITAIRE (développement, maturation, fonctions des cellules INNÉES et ADAPTATIVES)
[3. Compétition avec la flore]
Vrai ou faux? Le microbiote peut réguler fonctions neurologiques, comme sur la douleur, l’humeur, la satiété
Vrai
[3. Compétition avec la flore]
Vrai ou faux? Le microbiote peut synthétiser des métabolites que le corps ne peut synthétiser lui-même
Vrai
[3. Compétition avec la flore]
Vrai ou faux? Le microbiote signifie la flore bactérienne normale d’un individu
Faux. Pas seulement bactéries. Aussi microbiote FONGIQUE (“mycobiome”), microbiote VIRAL (“virome” ou “virobiote”), et macrobiote (HELMINTHES)
MICROBIOTE = FLORE NORMALE : Communauté de microorganismes qui vivent sur et dans un individu
[3. Compétition avec la flore]
Vrai ou faux? La diversité de la flore de la peau varie en fonction de la localisation sur le corps… duh. Ok d’abord, donner un exemple
Il y a des mycètes entre les orteils en plus grande proportion qu’ailleurs sur le corps. Sur le front, le seul mycète est malassezia
[3. Compétition avec la flore]
POP QUESTION ! Nommer un genre de bactérie retrouvé dans la flore bactérienne normale de la peau
Staphylococcus
[3. Compétition avec la flore]
Où se trouve le microbiote sur la peau?
Épiderme, grandes sudoripares et follicules pileux.
Image : Sur toute la surface de la peau (épiderme). Au niveau du derme, les micro-oranismes vont envahir les grandes sudoripares, le long des follicules pileux et les glandes sébacées qui sont rattachées à ces derniers. Note : les virus eux semblent rester à la surface, mais whatever.
[1. Envahir l’hôte]
Quelle est la différence entre taux de MORBIDITÉ et taux de MORTALITÉ ?
Morbidité fait état des malades, mortalité fait état des morts
[3. Compétition avec la flore]
Nommer des fonctions du microbiote de la peau
(1) Important pour le maintien de l’homéostasie immunitaire (en agissant sur les cellules dendritiques et les lymphocytes T)
(2) Maintien les défenses immunitaires (ex. production de peptides ANTIMICROBIENS) = EMPÊCHE COLONISATION PAR ESPÈCES PATHOGÈNES
[3. Compétition avec la flore]
EXAM - Quelle bactérie, présente dans le microbiote de la peau (qui colonise les glandes sébacées et les follicules pileux), est responsable de l’acné?
Propionibacterium acnes
[3. Compétition avec la flore]
Le microbiote retrouvé à la surface de la peau et celui dans les glandes sudoripares et les follicules pileux sont différents. Pourquoi?
Diversité en fonction de l’accès à l’O2. Bactéries aéorobie à la surface, bactéries anaérobie dans les glande/follicules.
[3. Compétition avec la flore]
Donner un exemple d’une DYSBIOSE du microbiote de la peau
Acné!
Complément : Aussi les infections chroniques des plaies et la dermatite atopique.
[3. Compétition avec la flore]
EXAM - Nommer une bactérie présente dans le microbiote (= flore normale) de la peau
STAPHYLOCCOCCUS EPIDERMIS
[3. Compétition avec la flore]
Vrai ou faux? Le microbiote buccal est peu diversifié. Nommer une des bactéries just for fun
FAUX. Très diversitié. Streptococcus
[3. Compétition avec la flore]
Vrai ou faux? Le microbiote buccal varie en fonction de la partie de la bouche (salive différent de langue, de palais, de la muqueuse buccale, de la plaque dentaire, etc.)
Vrai !
[3. Compétition avec la flore]
Qu’est-ce qui peut causer une dysbiote du microbiote buccal?
- Alcoolisme
- Tabagisme
- Maladies chroniques
- Cancers
- Régime alimentaire
- Antibiotiques
[3. Compétition avec la flore]
Donner 3 exemples de dysbioses du microbiote buccal [EXAM - BACTÉRIES/LEVURES À RETENIR]. Un shift du microbiote
(1) CARIES - STREPTOCOCCUS MUTANS
(2) MALADIES PARODONTALES - PORPHYROMONAS GINGIVALIS
(3) CANDIDOSE ORALE - CANDIDA ALBICANS (“muguet buccal”, truc pseudomembranaire blanc sur la langue)
Complément : Qu’est-ce qu’une maladie parodontale ? C’est une maladie d’origine infectieuse (bactéries) qui touche et détruit les tissus de soutien des dents (gencives et os)
[3. Compétition avec la flore]
Quelle bactérie est responsable de la gingivite?
PORPHYROMONAS GINGIVALIS
[3. Compétition avec la flore]
Quelle bactérie est la principale responsable des caries?
STREPTOCOCCUS MUTANS
[3. Compétition avec la flore]
Streptococcus mutans, présent dans le microbiote buccal, peut causer quelle condition lors d’une dysbiose?
CARIES
[3. Compétition avec la flore]
Vrai ou faux? Les reins et la vessie sont normalement stériles
Vrai (selon le ppt)
Selon Google, ça semble controversé pour la vessie.
Fun fact : le sang est normalement stérile aussi, donc détection de microbes dans le sang est toujours anormal
[3. Compétition avec la flore]
Quelles bactéries retrouvent-on dans l’urètre? For fun
Staphylocoques (comme peau), streptocoques (comme bouche), entérocoques, bacilles anaérobies
[3. Compétition avec la flore]
Vrai ou faux? La flore du vagin est complexe et évolue avec l’âge
Vrai. Enfance vs. âge reproductif vs. ménopause = tous différents
[3. Compétition avec la flore]
Vrai ou faux? Le pH vaginal varie selon l’âge
Vrai
Avant puberté et après ménopause : pH alcalin (7+)
Vie adulte : pH acide (3,8 - 4,5) [Why? Colonisation de bactéries sécrétant acide lactique]
[3. Compétition avec la flore]
Quelle levure contenue dans la flore normale du système urogénital peut proliférer lors d’une dysbiote et causer des infections urinaires ?
Indice : c’est le même qui cause le muguet buccal (“candidose orale”)
CANDIDA ALBICANS
[3. Compétition avec la flore]
EXAM - QUEL GENRE BACTÉRIEN EST IMPORTANTE POUR LE MICROBIOTE VAGINAL?
LACTOBACILLES [QUI PRODUIT L’ACIDE LACTIQUE]
↑ lactobacilles à la puberté = ↓ pH
[3. Compétition avec la flore]
Exemples de dysbiose du microbiote du système urogénital ?
Prolifération des micro-organismes opportunistes ex. CANDIDA ALBICANS [candidose vaginale, infection urinaire]
Complément :
How? Ex. Diminution lactobacilles = ↑ pH ; ↓ défenses immun ; ↑ inflammation
Why? âge, stress, manque d’hygiène, antibiotiques
Conséquences ?
- Prolifération des microorganismes opportunistes (Candida albicans)
- Infection par des microorganismes pathogènes (Gardnerella vaginalis – vaginose ; Trichromonas vaginalis – trichomonase)
- Augmente le risque de naissances prématurées
- Augmente le risque de dommages aux trompes et d’infer’lité
- Augmente le risque d’IST (VIH)
[3. Compétition avec la flore]
Vrai ou faux? Les poumons ont longtemps été pensés comme un environnement complètement stérile, mais non. On y retrouve un microbiote. On commence à découvrir le microbiote des voies aériennes inférieures.
Vrai
[3. Compétition avec la flore]
Quelles sont les composants des voies aériennes supérieures/inférieures?
Voies aériennes supérieures : cavité nasale, pharynx (nasopharynx, oropharynx), larynx
Voies aériennes inférieures : Trachée, bronches, bronchioles, alvéoles
Fun fact : La surfaces des alvéoles = 75 m^2
[3. Compétition avec la flore]
Vrai ou faux? Il existe un microbiote pulmonaire
Vrai
[3. Compétition avec la flore]
Vrai ou faux? Plus on descend l’arbre respiratoire, plus le microbiote est dense et diversifié
Faux.
Oropharynx +++ dense et diversitié, et de moins en moins plus on descend.
[3. Compétition avec la flore]
Nommer une fonction du microbiote des voies respiratoire
TOLÉRANCE / IMMUNOMODULATION : Action sur l’immunité innée et adaptative, maintien de l’homéostasie tissulaire
Aussi : production de mucus, diminution du risque allergique
[3. Compétition avec la flore]
Quelles peuvent être les causes d’une dysbiose du microbiote des voies respiratoires? Logique
Maladies chroniques (fibrose, BPCO a.k.a bronchite chronique), tabagisme, cancer, nutrition, antibiotiques
[3. Compétition avec la flore]
Quelles sont les CONSÉQUENCES d’une dysbiose du microbiote des voies respiratoires?
- Atténuation des réponses immunitaires innées et adaptatives
- Augmentation de la susceptibilité aux infections respiratoires
- Risque plus élevé de développer la fibrose pulmonaire ou des cancers
Wow
[3. Compétition avec la flore]
Le microbiote du tractus digestif ou “microbiote intestinal” a des effets locaux, mais aussi des effets systémiques. Vrai ou faux?
Vrai. Il a des liens avec les autres organes
Bonus : Il module réponses soit (1) directement [axe intestins-poumons : aller coloniser poumons à partir t.d.], soit (2) indirectement avec sécrétion de MÉDIATEURS SOLUBLES, pour contrôler réponse immunitaire ou réponse tissulaire, par exemple.
[3. Compétition avec la flore]
Vrai ou faux? On retrouve des virus dans le microbiote buccal et intestinal
Vrai. 90% sont des bactériophages
[3. Compétition avec la flore]
Où retrouve-t-on helicobacter dans le corps humain? (Indice : fait partie du microbiote du tractus digestif)
Estomac
Présente chez environ 50% des humains
Majorité des ulcers gastroduodénaux = infection à helicobacter PYLORI
[3. Compétition avec la flore]
Vrai ou faux? La variation normale de la diversité (alpha) du microbiote intestinal en fonction de l’âge est associée à une variation de la réponse immunitaire (+ diversité = + réponse immun)
Vrai
Les bébés ont moins de diversité alpha, donc moins de réponse immunitaire. Ils l’a développent en grandissant, ça grandit jusqu’à âge adulte avancé, et là ça diminue.
[3. Compétition avec la flore]
EXAM - Quelles sont les 4 fonctions du microbiote du tractus digestif?
Juste savoir les 4 grands titres
(1) Modification de la PHYSIOLOGIE : Digestion, motilité intestinale, régulation de l’immunité intestinale, protection de l’épithélium intestinal, homéostasie de l’énergie du corps
(2) Fonction MÉTABOLIQUE : a) synthèse de NEUROTRANSMETTEURS et autres MÉTABOLITES, b) sécrétion de PEPTIDES ANTIMICROBIENS, c) synthèse de VITAMINES (notamment vitamines B) !! d) biosynthèse acides aminés
(3) Régulation de l’axe intestin-cerveau (communication bi-directionnelle du microbiote gut-brain)
(4) Métabolisme : Métabolise les composants de la bouffe, certains groupes de AA, les médicaments…
[3. Compétition avec la flore]
Il y a un axe intestin-poumon très important dans la composition et les effets du microbiote pulmonaire.
Yayaya. Y’a aussi un axe intestin-cerveau
Notes : bactéries remontent parfois pour aller coloniser poumons.
Le Quotidien du Médecin (Google) : l’axe intestin-poumon dans lequel le microbiote intestinal conditionne les réponses immunologiques pulmonaires à des provocations exogènes (allergènes, infections) et même endogènes (cancer, autoantigènes).
[3. Compétition avec la flore]
Le microbiote du tractus digestif a des effets sur plusieurs autres organes, effets systémiques.
Vrai. Sur le cerveau, système endocrinien, coeur, poumons, foie, pancréas, muscles, etc., etc., etc.
Pas à savoir :
Cerveau : stress, anxiété, dépression, AUTISME?
Système endocrinien : désordres hormonaux
Coeur : maladies cardiovasculaires
Pancréas : DIABÈTE
etc.
[3. Compétition avec la flore]
Vrai ou faux? La composition du microbiote du tractus digestif est différente chez les personnes souffrant de diaète de type 2 ou d’obésité
Vrai
- Microbiote moins diversifié
- moins intégrité tight JUNCTIONS epithélium gut
+ de LPS (lipopolysaccharides, présent sur paroi gram plus, contient l’antigène O et le lipide A)
Résultat sur métabolisme : + insuline résistante ; + adiposité
[3. Compétition avec la flore]
Comment microbiote intestinal peut-il moduler les fonctions du corps comme ça?
[Pas en gras, mais whatever c’est cool]
(1) Mécanisme le plus connu : PRODUCTION SHORT CHAIN FATTY ACIDS (SCFA), ACIDES GRAS À COURTES CHAÎNES (BUTYRATE, PROPIONATE)*** Juste savoir celui-ci
(2) les bactéries libèrent molécules bactériennes qui seront reconnues et promotion tolérence immunitaire…
(3) Métabolisme acides biliaires
(4) Métabolisme du tryptophane
(5) Production de MÉDIATEURS IMMUNOMODULATEURS* (celui-ci aussi est cool)
Gros schéma : tout ça, tous les poduits et métabolites, ça joue sur la tolérance immunitaire, cellules dendritiques, T cell régulateurs et tout.
[3. Compétition avec la flore]
Décrire 4 composantes du mécanisme par lequel le microbiote a un effet sur le système immunitaire
(1) Maintien de la TOLÉRANCE IMMUNITAIRE : SCFA agit sur :
- Cellules dentritiques tolérogéniques
- Lymphocytes T régulateurs
[les acides gras à courtes chaines (SCFA) produits par les gut bactéries agissent sur les entérocytes, grosse cascade de contrôle de l’immunité innée et adaptative de la muqueuse intestinale]
(2) Production de PEPTIDES ANTIMICROBIENS
(3) Maintien de l’intégrité barrière intestinale
- Renforcement des JONCTIONS cellulaires : tight junctions, maintient imperméabilité barrière intertinale (lumière intestinale vers tissus)
(4) Activation des LYMPHOCYTES B et production
d’IgA
- [SCFA -> B CELL -> ANTICORPS IgA = élimination pathogène + tolérance immunitaire ]
[3. Compétition avec la flore]
Décrire 4 effets possibles de la prise d’antibiotiques sur le microbiote du tractus digestif : (1) Survivants (2) Opportunists (3) Colonisateurs de novo (4) Perdus
*slide avec les 4 graphiques
(1) Survivants : diversité + abondance diminue drastiquement pour la plupart des espèces et genres bactériens
(2) Opportunistes : colonisation par bactéries opportunistes, d’abondance assez faible avant antibiothérapie, et après cet antibiotique, vont coloniser à des niveaux + importants
(3) Colonisateurs de novo : colonisateurs de novo qui n’existait pas, et profite de cette perturbation pour aller coloniser. Ex. de cela qui pose problème santé publique : clostrium dificile..
(4) Perdus : Et y’a aussi bactéries qui sont perdues, qui reviendront jamais, sauf si on prend probiotiques.
[3. Compétition avec la flore]
Antibiotiques + Transplantation de jus de selles (matières fécales). Explique.
Infection par Clostridium difficile.
Explication : Clostridium est difficile à éliminer, l’antibiothérapie ne fonctionne souvent pas, car antibiotique tue les bactéries, mais pas les spores. C difficile est un colonizateur de novo qui profite du microbiote affaibli par l’antibiotique pour “faire germer” ses spores.
Solution : donner jus de selles de personne saine par voie orale.
Pourquoi? Restaurer microbiote sain/normal et empêcher colonisation de C. difficile
[4. Résister à la réponse immunitaire]
Quelles sont les 5 mécanismes par lesquels les microbes résistent à la réponse immunitaire de l’hôte qu’ils infectent?
(1) MASQUER leurs composants vulnérables [masquer leurs antigènes reconnus = échapper à surveillance]
(2) Se protéger de la PHAGOCYTOSE [Rappel : la capsule (antigène K) permet cela]
(3) Survivre à l’intérieur des leucocytes [une fois phagocyté, inhibe la destruction par leucocytes, ex. bloquer la fusion entre phagosome contenant pathogène et lysozome]
(4) Sécréter des enzymes détruisant les leucocytes (ex. leucocidines des staphyloccoquues]
(5) Interférer avec les anticorps et le COMPLÉMENT [et échapper à lyse]
Leucocyte = globule blanc
[4. Résister à la réponse immunitaire]
Vrai ou faux? Certains microbes peuvent masquer leurs antigènes (composants vulnérables) pour résister à la réponse immunitaire
Vrai
[4. Résister à la réponse immunitaire]
Vrai ou faux? Certains microbes peuvent se protéger de la phagocytose. Si c’est vrai, expliquer comment
Vrai. Capsule (Gram + et -) empêche la phagocytose
Rappel : capsule = antigènes K
[4. Résister à la réponse immunitaire]
Vrai ou faux? Lorsqu’une bactérie se fait phagocyté par un macrophage, elle est toujours détruite
Faux. Certaines bactéries ont des mécanismes pour survivre à l’intérieur des macrophages
[5. Enhavir les tissus]
Nommer 2 mécanismes utilisés par les bactéries pour pénétrer les tissus
Indice : mots anglais
Zipper et Trigger
[5. Enhavir les tissus]
Quelles sont les 3 étapes du mécanisme ZIPPER (fafa bb). Savoir globalement ça fait quoi Zipper
EN GROS : ZIPPER, PARCE QUE PLUS Y’A DE LIAISON ADHÉSINE-RÉCEPTEUR, PLUS ÇA INVAGINE ET = ENDOCYTOSE
Détail :
1- Interactions entre les ADHÉSINES de la bactérie et les RÉCEPTEURS de
l’hôte (+ y’a de liaisons, plus ça invagine = ZIPPER)
2- Modulation du CYTOSQUELETTE
d’actine
3- La bactérie est ensuite entourée par la MEMBRANE PLASMIQUE (invagination) qui forme un ENDOSOME (vésicule) pour permettre l’invasion
[5. Enhavir les tissus]
Exemple de bactérie utilisant le mécanisme Zipper?
Listeria monocytogenes
[5. Enhavir les tissus]
C’est quoi en gros le mécanisme Trigger qui permet à une bactérie d’envahir les tissus?
EN GROS : TRIGGER = INJECTER (PAR SYSTÈME DE SÉCRÉTION, genre de big seringue) DES PROTÉINES QUI VONT TRIGGER ENDOCYTOSE DE LA BACTÉRIE
Détails :
1- La bactérie utilise une seringue appelée système de sécrétion de type 3 (SST3) pour injecter des protéines effectrices directement dans le cytoplasme de la cellule hôte
2- Les effecteurs bactériens modulent le cytosquelette d’actine
3- La bactérie est ensuite entourée par la membrane qui forme un endosome pour permettre l’invasion
[5. Enhavir les tissus]
Exemple de bactérie qui utilise mécanisme Trigger?
Salmonella (ex. Salmonella enterica a cette big seringue)
Shigella
[On a vu ça dans le texte de mycobacterium tuberculosis aussi, un système de sécrétion ESX-1 qui injecte produits bactériens]
[5. Enhavir les tissus]
Vrai ou faux? C. difficile a son propre mécanisme pour envahir les tissus
Ouep. Pas d’endocytose, microtubules hug C. difficile
Implique des microtubules.
C. difficile fait des toxines qui sont endocytées par cell. épith. intestin = sous-unité A de la toxine relâchée dans cytosol = +++ pousse incontrôlée microtubules qui entourent C. difficile = +++ adhérence.
[5. Enhavir les tissus]
Les bactéries peuvent sécréter des enzymes EXTRACELLULAIRES. Nommer les 4 types et leur fonction
Indice : y’a souvent le suffixe “lysine”.
(1) CYTOLYSINE : détruisent les composantes cellulaires des cellules de l’hôte (ex. phospholipases détruit membranes, collagénases)
(2) HÉMOLYSINE : lysent les érythrocytes (globules rouges)
(3) COAGULASE ET FIBRINOLYSINE : agissent sur la coagulation du sang (favorisent ou empêchent). [Rappel : Fibrinogène est le facteur 1 de coagulation]
(4) LEUCOCIDINES : forment des PORES dans les membranes des leucocytes et induisent leur LYSE
[5. Enhavir les tissus]
EXAM - Quelle est la fonction des LEUCOCIDINES, sécrétée par certaines bactéries
Enzyme qui détruit leucocytes (formation de pores dans MP -> lyse)
[6. Induire des dysfonctions physiologiques des tissus]
C’est quoi une toxine ?
Protéine d’un microorganisme qui lui permet de provoquer une maladie
[6. Induire des dysfonctions physiologiques des tissus]
C’est quoi une EXOtoxine?
Une toxine présente dans le CYTOPLASME des microorganismes qui est ENSUITE SÉCRÉTÉE dans le milieu extracellulaire ou directement INJECTÉE dans la cellule hôte (ex. SST3, l’aiguille qu’on a vue pour le mécanisme TRIGGER)
[6. Induire des dysfonctions physiologiques des tissus]
c koi ENDOtoxine
Portion lipidique (lipide A) du lipopolysaccharide (LPS) de la MEMBRANE EXTERNE des bactéries à Gram négatif qui est libérée lors de la LYSE ou de la CROISSANCE
SYNONYME DE LPS = ENDOTOXINE !!!!
*Rappel : c’est la partie Lipide A qui est ancrée dans la membrane externe !
*Rappel : le lipide A est conservé au sein d’une espèce
*Rappel : LPS = uniquement Gram négatif
[6. Induire des dysfonctions physiologiques des tissus]
Quelle différence entre ENDOtoxine et EXOtoxine
Exo : toxine dans cytoplasme de m-o
Endo : toxine dans la membrane externe de bactéries gram négatif (lipide A)
[6. Induire des dysfonctions physiologiques des tissus]
Quel genre de toxine peut être utilisée comme vaccin?
ANATOXINE
[6. Induire des dysfonctions physiologiques des tissus]
C’est quoi anatoxine?
Toxine qui a perdu son pouvoir toxique mais reste IMMUNOGÈNE et peut être utilisée comme VACCIN
[6. Induire des dysfonctions physiologiques des tissus]
Rappel : Chez les bactérie gram négatif, leur paroi de peptidoglycane est recouverte d’une MEMBRANE EXTERNE, dans laquelle sont ancrées des endotoxines, aussi appelées (1) _____. Cette endotoxine se divise en 3 composantes, dont (2) _____ et (3) _____.
(1) Lipopolysaccharide (plus spécifiquement, la portion lipide A QUI EST DANS LA MEMBRANE EXTERNE)
(2) Lipide A
(3) Antigène O
[6. Induire des dysfonctions physiologiques des tissus]
Vrai ou faux? Le lipide A peut causer une réponse inflammatoire, une fièvre, et un choc septique
Vrai
[6. Induire des dysfonctions physiologiques des tissus]
Vrai ou faux? S’auto-injecter du LPS, c’est pas une bonne idée.
Vrai. Qqn s’est injecté LPS purifié par IV = hospitalisé 2h plus tard.
LPS = ENDOTOXINE
[6. Induire des dysfonctions physiologiques des tissus]
Vrai ou faux? Les endotoxines (Lipides A des LPS) ont des effets neurotoxiques, cytotoxiques et entérotoxiques. Ce sont des poisons violents efficaces à faibles doses.
FAUX. C’est les EXOTOXINES ça
[6. Induire des dysfonctions physiologiques des tissus]
EXAM : Quelles sont les trois classes de toxines?
(1) CLASSE 1 : Toxines qui agissent à la surface de la cellule - récepteurs de l’hôte -> signal -> PORES dans MP -> lyse
(2) CLASSE 2 : Toxines ENDOCYTÉES qui agissent sur des cibles intracellulaires (voies de signalisation, cytosquelette, synthèse protéique)
(3) CLASSE 3 : Toxines INJECTÉES qui agissent aussi sur des cibles intracellulaires (voies de signalisation, cytosquelette, synthèse protéique)
* On a vu, ex. système de sécrétion, mécanisme TRIGGER, injecte des protéines
* Ex. Salmonella
[6. Induire des dysfonctions physiologiques des tissus]
EXAM : 3 mots chaque pour décrire les 3 classes de toxines
Classe 1 : surface, récepteurs, pores dans membrane
Classe 2 : endocytées, cibles intracellulaires
Classe 3 : injectées, cibles intracellulaire (ex. salmonella)
[6. Induire des dysfonctions physiologiques des tissus]
Utilisation toxine botulique (Clostridium botulinum)?
Botox.
Neurotoxine très puissante qui agit à faible dose. Agent causal du botulisme. Bloque contraction muscles.
[6. Induire des dysfonctions physiologiques des tissus]
Quel est le résultat de la réalisation des 6 étapes du processus infectieux ?
- Être en contact avec un pathogène
- Envahir l’hôte
- Adhérer aux cellules de l’hôte
- Compétition avec la flore
- Résister à la réponse immunitaire de l’hôte
- Envahir les tissus
- Induire des dysfonctions physiologiques
Pathogène induit la maladie
[6. Induire des dysfonctions physiologiques des tissus]
EXAM : 2 voies de production d’énergie des microbes (métabolisme microbien)?
FERMENTATION (anaérobie) et RESPIRATION AÉROBIE
[6. Induire des dysfonctions physiologiques des tissus]
EXAM - 2 TYPES de fermentation ?
Lactique : formation de lactate
Alcoolique : formation éthanol + CO2
[6. Induire des dysfonctions physiologiques des tissus]
Laquelle des deux méthodes de production d’énergie produit le plus d’ATP?
Respiration aérobie (34 ATP) vs fermentation (2 ATP)
[6. Induire des dysfonctions physiologiques des tissus]
Quelle est la première réaction du métabolisme microbien, qui donne le pyruvate?
Glycolyse
[6. Induire des dysfonctions physiologiques des tissus]
Décrire sommairement la respiration aérobie
Glycolyse = pyruvate => cycle de Krebs = NADH et FADH2 (donneurs d’électron) => chaine de transport d’électrons = ATP
La fermentation (absence O2) et la respiration cellulaire (aérobie) utilisent le même substrat. Lequel ?
Le pyruvate provenant de la glycolyse.
Vrai ou faux? La fermentation et la respiration peuvent être utilisée pour IDENTIFIER bactéries
Vrai (i guess parce que différents produits, ex. acide lactique, éthanol)
Nommer des méthodes moléculaires d’identification des microorganismes
Méthodes moléculaires basées sur la détection:
- des acides nucléiques ARN/ADN (ex. détection d’ADN spécifique à un m-o)
- des protéines des microorganismes (immunoblot, ELISA, Maldi-TOFF, etc)
- séquençage des m-o
Ça veut dire quoi PCR, et ça fait quoi?
Réaction en chaîne de la polymérase : Se fait à partir de l’ADN et génère grandes qté d’ADN à partir de concentration relativement faible. Amplifier.
