Metagenonique Flashcards
Définir le microbiote?
Ensemble des mo vivant dans un environnement spécifique chez un hôte ou une matière
Définir le microbiome?
Terme englobant les m.o., leurs génomes et leur habitat
Donner 5 raisons qui expliquent qu’un microorganisme n’est pas cultivable?
- obtention d’un isolat
- substrat pour la survie
- relation symbiotique
- conditions physiques
- temps de culture
Définir la metagenomique?
Étude de l’ensemble des génomes d’un microbiote par l’intermédiaire du séquencage de l’ADN contenu dans le milieu
Quels sont les 2approches utilisées pour sequencer un génome?
1) Approches ciblées
2) whole métagénome shotgun
Quels sont les (5)inconvénients d’utiliser l’opéron 16S de l’ADNr ?
- Plusieurs copies hétérogènes par génome
- biais d’amplifications
- chimères de. PCR
- non-universatilité des amorces
- manque de résolution
Quelles sont les 5 grandes étapes de l’analyse 16S (séquençage)?
1) séparation des diverses composantes
2) extraction d’ADN
3) préparation des librairies
4) séquençage
5) obtention des reads
Quels sont les 2 étapes du pipeline d’analyse 16S (pré-traitement)?
Contrôle de qualité
- retirer les adaptateurs
- élagage des séquences (trimming)
Quelles sont les 4 options de trimming?
1) leading
2) average
3) trailing
4) sliding window
Qu’est-ce qu’un OTU?
O.T.U. (Operational taxonomic unit)
Représente un groupe d’organismes regroupés en fonction de leur similarité de séquence dont le seuil de clustering est à définir (genre= 97%, espèce =99%)
Dans une analyse de diversité, qu’est ce que la variété?
Les espèces présentes dans le milieu
Dans une analyse de diversité, qu’est ce que la variabilité?
L’abondance des espèces
Qu’est ce que la diversité (alpha)?
La diversité représente le nombre d’espèces constituant un milieu donné ( échantillon).
Quelles sont les unités de mesures de la diversité alpha?
Nombre d’OTU observés, indice de Shannon, Chao1, Diversité phylogénétique de Faith,…
Quand peut-on dire qu’une courbe de raréfaction converge?
Quand il y a une asymptote horizontale