Metagenonique

Question 1

Définir le microbiote?

Answer 1

Ensemble des mo vivant dans un environnement spécifique chez un hôte ou une matière

Question 2

Définir le microbiome?

Answer 2

Terme englobant les m.o., leurs génomes et leur habitat

Question 3

Donner 5 raisons qui expliquent qu’un microorganisme n’est pas cultivable?

Answer 3

• obtention d’un isolat
• substrat pour la survie
• relation symbiotique
• conditions physiques
• temps de culture

Question 4

Définir la metagenomique?

Answer 4

Étude de l’ensemble des génomes d’un microbiote par l’intermédiaire du séquencage de l’ADN contenu dans le milieu

Question 5

Quels sont les 2approches utilisées pour sequencer un génome?

Answer 5

1) Approches ciblées

2) whole métagénome shotgun

Question 6

Quels sont les (5)inconvénients d’utiliser l’opéron 16S de l’ADNr ?

Answer 6

• Plusieurs copies hétérogènes par génome
• biais d’amplifications
• chimères de. PCR
• non-universatilité des amorces
• manque de résolution

Question 7

Quelles sont les 5 grandes étapes de l’analyse 16S (séquençage)?

Answer 7

1) séparation des diverses composantes
2) extraction d’ADN
3) préparation des librairies
4) séquençage
5) obtention des reads

Question 8

Quels sont les 2 étapes du pipeline d’analyse 16S (pré-traitement)?

Answer 8

Contrôle de qualité

• retirer les adaptateurs
• élagage des séquences (trimming)

Question 9

Quelles sont les 4 options de trimming?

Answer 9

1) leading
2) average
3) trailing
4) sliding window

Question 10

Qu’est-ce qu’un OTU?

Answer 10

O.T.U. (Operational taxonomic unit)

Représente un groupe d’organismes regroupés en fonction de leur similarité de séquence dont le seuil de clustering est à définir (genre= 97%, espèce =99%)

Question 11

Dans une analyse de diversité, qu’est ce que la variété?

Answer 11

Les espèces présentes dans le milieu

Question 12

Dans une analyse de diversité, qu’est ce que la variabilité?

Answer 12

L’abondance des espèces

Question 13

Qu’est ce que la diversité (alpha)?

Answer 13

La diversité représente le nombre d’espèces constituant un milieu donné ( échantillon).

Question 14

Quelles sont les unités de mesures de la diversité alpha?

Answer 14

Nombre d’OTU observés, indice de Shannon, Chao1, Diversité phylogénétique de Faith,…

Question 15

Quand peut-on dire qu’une courbe de raréfaction converge?

Answer 15

Quand il y a une asymptote horizontale

Question 16

Si la courbe de raréfaction ne converge pas qu’est ce que cela veut dire?

Answer 16

Il n’y a pas assez d’observation pour avoir une estimation raisonnable de la diversité

Question 17

Qu’est ce que la diversité (bêta)?

Answer 17

Mesure de la biodiversité qui consiste à comparer la diversité entre deux écosystèmes (échantillons)

Question 18

Quelles sont les unités de mesures de la bêta diversité?

Answer 18

Unifrac, UniFrac pondéré, dissimilarité de Bray-curtus, distance de Jaccard…

Question 19

Quels sont les avantages du Whole Metagenome Shotgun?

Answer 19

1) approche sans a priori
2) accès à l’ensemble métagénome
3) identification taxinomique plus résolutive
4) accès à la composition fonctionnelle de l’environnement

Question 20

Quels sont les inconvénients du Whole Métagénome Shotgun?

Answer 20

1) profondeur de séquençage importante
2) analyse bioinformatique
3) puissance de Calculs stockage
4) bases de données moins fournies
5) prix

Question 21

Donnez 4 caractéristiques des régions de faible complexité (LCR)

Answer 21

1) résidus hautement répétés (régions répétées et zones intergéniques)
2) peu informatif
3) erreur d’assemblage

Question 22

Quels sont les avantages et les inconvénients du closed référence clustering?

Answer 22

Rapide mais écarte les données inconnues

Question 23

Quels sont les inconvénients du De Novo Clustering?

Answer 23

On doit avoir un minimum de 97% d’identité

Question 24

Quels sont les avantages du Open Référence Clustering?

Answer 24

Rapide et n’écarte pas les reads