Metagenonique Flashcards

1
Q

Définir le microbiote?

A

Ensemble des mo vivant dans un environnement spécifique chez un hôte ou une matière

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Q

Définir le microbiome?

A

Terme englobant les m.o., leurs génomes et leur habitat

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3
Q

Donner 5 raisons qui expliquent qu’un microorganisme n’est pas cultivable?

A
  • obtention d’un isolat
  • substrat pour la survie
  • relation symbiotique
  • conditions physiques
  • temps de culture
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4
Q

Définir la metagenomique?

A

Étude de l’ensemble des génomes d’un microbiote par l’intermédiaire du séquencage de l’ADN contenu dans le milieu

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5
Q

Quels sont les 2approches utilisées pour sequencer un génome?

A

1) Approches ciblées

2) whole métagénome shotgun

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6
Q

Quels sont les (5)inconvénients d’utiliser l’opéron 16S de l’ADNr ?

A
  • Plusieurs copies hétérogènes par génome
  • biais d’amplifications
  • chimères de. PCR
  • non-universatilité des amorces
  • manque de résolution
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7
Q

Quelles sont les 5 grandes étapes de l’analyse 16S (séquençage)?

A

1) séparation des diverses composantes
2) extraction d’ADN
3) préparation des librairies
4) séquençage
5) obtention des reads

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8
Q

Quels sont les 2 étapes du pipeline d’analyse 16S (pré-traitement)?

A

Contrôle de qualité

  • retirer les adaptateurs
  • élagage des séquences (trimming)
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9
Q

Quelles sont les 4 options de trimming?

A

1) leading
2) average
3) trailing
4) sliding window

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10
Q

Qu’est-ce qu’un OTU?

A

O.T.U. (Operational taxonomic unit)

Représente un groupe d’organismes regroupés en fonction de leur similarité de séquence dont le seuil de clustering est à définir (genre= 97%, espèce =99%)

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11
Q

Dans une analyse de diversité, qu’est ce que la variété?

A

Les espèces présentes dans le milieu

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12
Q

Dans une analyse de diversité, qu’est ce que la variabilité?

A

L’abondance des espèces

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13
Q

Qu’est ce que la diversité (alpha)?

A

La diversité représente le nombre d’espèces constituant un milieu donné ( échantillon).

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14
Q

Quelles sont les unités de mesures de la diversité alpha?

A

Nombre d’OTU observés, indice de Shannon, Chao1, Diversité phylogénétique de Faith,…

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15
Q

Quand peut-on dire qu’une courbe de raréfaction converge?

A

Quand il y a une asymptote horizontale

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16
Q

Si la courbe de raréfaction ne converge pas qu’est ce que cela veut dire?

A

Il n’y a pas assez d’observation pour avoir une estimation raisonnable de la diversité

17
Q

Qu’est ce que la diversité (bêta)?

A

Mesure de la biodiversité qui consiste à comparer la diversité entre deux écosystèmes (échantillons)

18
Q

Quelles sont les unités de mesures de la bêta diversité?

A

Unifrac, UniFrac pondéré, dissimilarité de Bray-curtus, distance de Jaccard…

19
Q

Quels sont les avantages du Whole Metagenome Shotgun?

A

1) approche sans a priori
2) accès à l’ensemble métagénome
3) identification taxinomique plus résolutive
4) accès à la composition fonctionnelle de l’environnement

20
Q

Quels sont les inconvénients du Whole Métagénome Shotgun?

A

1) profondeur de séquençage importante
2) analyse bioinformatique
3) puissance de Calculs stockage
4) bases de données moins fournies
5) prix

21
Q

Donnez 4 caractéristiques des régions de faible complexité (LCR)

A

1) résidus hautement répétés (régions répétées et zones intergéniques)
2) peu informatif
3) erreur d’assemblage

22
Q

Quels sont les avantages et les inconvénients du closed référence clustering?

A

Rapide mais écarte les données inconnues

23
Q

Quels sont les inconvénients du De Novo Clustering?

A

On doit avoir un minimum de 97% d’identité

24
Q

Quels sont les avantages du Open Référence Clustering?

A

Rapide et n’écarte pas les reads