Metagenonique Flashcards
Définir le microbiote?
Ensemble des mo vivant dans un environnement spécifique chez un hôte ou une matière
Définir le microbiome?
Terme englobant les m.o., leurs génomes et leur habitat
Donner 5 raisons qui expliquent qu’un microorganisme n’est pas cultivable?
- obtention d’un isolat
- substrat pour la survie
- relation symbiotique
- conditions physiques
- temps de culture
Définir la metagenomique?
Étude de l’ensemble des génomes d’un microbiote par l’intermédiaire du séquencage de l’ADN contenu dans le milieu
Quels sont les 2approches utilisées pour sequencer un génome?
1) Approches ciblées
2) whole métagénome shotgun
Quels sont les (5)inconvénients d’utiliser l’opéron 16S de l’ADNr ?
- Plusieurs copies hétérogènes par génome
- biais d’amplifications
- chimères de. PCR
- non-universatilité des amorces
- manque de résolution
Quelles sont les 5 grandes étapes de l’analyse 16S (séquençage)?
1) séparation des diverses composantes
2) extraction d’ADN
3) préparation des librairies
4) séquençage
5) obtention des reads
Quels sont les 2 étapes du pipeline d’analyse 16S (pré-traitement)?
Contrôle de qualité
- retirer les adaptateurs
- élagage des séquences (trimming)
Quelles sont les 4 options de trimming?
1) leading
2) average
3) trailing
4) sliding window
Qu’est-ce qu’un OTU?
O.T.U. (Operational taxonomic unit)
Représente un groupe d’organismes regroupés en fonction de leur similarité de séquence dont le seuil de clustering est à définir (genre= 97%, espèce =99%)
Dans une analyse de diversité, qu’est ce que la variété?
Les espèces présentes dans le milieu
Dans une analyse de diversité, qu’est ce que la variabilité?
L’abondance des espèces
Qu’est ce que la diversité (alpha)?
La diversité représente le nombre d’espèces constituant un milieu donné ( échantillon).
Quelles sont les unités de mesures de la diversité alpha?
Nombre d’OTU observés, indice de Shannon, Chao1, Diversité phylogénétique de Faith,…
Quand peut-on dire qu’une courbe de raréfaction converge?
Quand il y a une asymptote horizontale
Si la courbe de raréfaction ne converge pas qu’est ce que cela veut dire?
Il n’y a pas assez d’observation pour avoir une estimation raisonnable de la diversité
Qu’est ce que la diversité (bêta)?
Mesure de la biodiversité qui consiste à comparer la diversité entre deux écosystèmes (échantillons)
Quelles sont les unités de mesures de la bêta diversité?
Unifrac, UniFrac pondéré, dissimilarité de Bray-curtus, distance de Jaccard…
Quels sont les avantages du Whole Metagenome Shotgun?
1) approche sans a priori
2) accès à l’ensemble métagénome
3) identification taxinomique plus résolutive
4) accès à la composition fonctionnelle de l’environnement
Quels sont les inconvénients du Whole Métagénome Shotgun?
1) profondeur de séquençage importante
2) analyse bioinformatique
3) puissance de Calculs stockage
4) bases de données moins fournies
5) prix
Donnez 4 caractéristiques des régions de faible complexité (LCR)
1) résidus hautement répétés (régions répétées et zones intergéniques)
2) peu informatif
3) erreur d’assemblage
Quels sont les avantages et les inconvénients du closed référence clustering?
Rapide mais écarte les données inconnues
Quels sont les inconvénients du De Novo Clustering?
On doit avoir un minimum de 97% d’identité
Quels sont les avantages du Open Référence Clustering?
Rapide et n’écarte pas les reads
